MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 plasmid pUSA300HOUMR

Total Repeats: 677

Go To Repeat Summary Page

< Previous 12Next >

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_010063	A	6	6	19686	19691	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
502	NC_010063	TAA	2	6	19717	19722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
503	NC_010063	T	6	6	19787	19792	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
504	NC_010063	AAAC	2	8	19828	19835	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
505	NC_010063	AATAC	2	10	19836	19845	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
506	NC_010063	AT	3	6	19857	19862	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
507	NC_010063	AAT	2	6	19887	19892	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
508	NC_010063	GATT	2	8	19943	19950	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
509	NC_010063	TTC	2	6	19991	19996	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
510	NC_010063	TCA	2	6	20072	20077	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
511	NC_010063	GT	4	8	20174	20181	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
512	NC_010063	TTC	2	6	20194	20199	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
513	NC_010063	TGC	2	6	20215	20220	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
514	NC_010063	AGT	2	6	20225	20230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
515	NC_010063	ATC	2	6	20239	20244	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
516	NC_010063	ATT	2	6	20254	20259	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
517	NC_010063	GTG	2	6	20267	20272	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
518	NC_010063	GCG	2	6	20284	20289	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
519	NC_010063	A	6	6	20353	20358	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
520	NC_010063	AT	3	6	20374	20379	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
521	NC_010063	ATG	2	6	20408	20413	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510944
522	NC_010063	TA	3	6	20469	20474	50 %	50 %	0 %	0 %	161510944
523	NC_010063	TCTT	2	8	20538	20545	0 %	75 %	0 %	25 %	161510944
524	NC_010063	GTTTAA	2	12	20613	20624	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	161510944
525	NC_010063	ATT	2	6	20633	20638	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510944
526	NC_010063	TGC	2	6	20647	20652	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161510944
527	NC_010063	ATGT	2	8	20772	20779	25 %	50 %	25 %	0 %	161510944
528	NC_010063	TCA	2	6	20840	20845	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510944
529	NC_010063	TAA	2	6	20858	20863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510944
530	NC_010063	T	6	6	20866	20871	0 %	100 %	0 %	0 %	161510944
531	NC_010063	TTC	2	6	20879	20884	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510944
532	NC_010063	ATG	2	6	20938	20943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510944
533	NC_010063	AT	3	6	20976	20981	50 %	50 %	0 %	0 %	161510944
534	NC_010063	TAG	2	6	21008	21013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510944
535	NC_010063	AGA	2	6	21072	21077	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
536	NC_010063	ATTAT	2	10	21093	21102	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
537	NC_010063	AATC	2	8	21163	21170	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
538	NC_010063	TA	3	6	21196	21201	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
539	NC_010063	AT	3	6	21218	21223	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
540	NC_010063	A	7	7	21227	21233	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
541	NC_010063	CAA	2	6	21235	21240	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
542	NC_010063	AGG	2	6	21274	21279	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
543	NC_010063	AATT	2	8	21334	21341	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
544	NC_010063	AC	3	6	21362	21367	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
545	NC_010063	T	6	6	21388	21393	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
546	NC_010063	AAT	2	6	21407	21412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
547	NC_010063	CAT	2	6	21434	21439	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
548	NC_010063	T	7	7	21498	21504	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
549	NC_010063	ATCA	2	8	21573	21580	50 %	25 %	0 %	25 %	161510945
550	NC_010063	A	6	6	21637	21642	100 %	0 %	0 %	0 %	161510945
551	NC_010063	A	6	6	21700	21705	100 %	0 %	0 %	0 %	161510945
552	NC_010063	GTG	3	9	21853	21861	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161510945
553	NC_010063	AAG	2	6	22060	22065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510945
554	NC_010063	AC	3	6	22096	22101	50 %	0 %	0 %	50 %	161510945
555	NC_010063	AAC	3	9	22135	22143	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161510945
556	NC_010063	TA	3	6	22158	22163	50 %	50 %	0 %	0 %	161510945
557	NC_010063	CAA	2	6	22215	22220	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161510945
558	NC_010063	CAT	2	6	22231	22236	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510945
559	NC_010063	CAAAA	2	10	22237	22246	80 %	0 %	0 %	20 %	161510945
560	NC_010063	A	7	7	22243	22249	100 %	0 %	0 %	0 %	161510945
561	NC_010063	CAAAA	2	10	22282	22291	80 %	0 %	0 %	20 %	161510945
562	NC_010063	GCT	2	6	22308	22313	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161510945
563	NC_010063	A	6	6	22336	22341	100 %	0 %	0 %	0 %	161510945
564	NC_010063	GAA	2	6	22356	22361	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510945
565	NC_010063	AAAAT	2	10	22402	22411	80 %	20 %	0 %	0 %	161510945
566	NC_010063	ATA	2	6	22423	22428	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510945
567	NC_010063	ACC	2	6	22576	22581	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161510945
568	NC_010063	ATTG	2	8	22593	22600	25 %	50 %	25 %	0 %	161510945
569	NC_010063	ATT	2	6	22664	22669	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510945
570	NC_010063	TCA	2	6	22695	22700	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510945
571	NC_010063	GTG	2	6	22774	22779	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161510945
572	NC_010063	TAT	2	6	22807	22812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510945
573	NC_010063	T	6	6	22856	22861	0 %	100 %	0 %	0 %	161510945
574	NC_010063	AATA	2	8	22899	22906	75 %	25 %	0 %	0 %	161510945
575	NC_010063	A	6	6	22965	22970	100 %	0 %	0 %	0 %	161510945
576	NC_010063	A	6	6	23059	23064	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
577	NC_010063	ATA	2	6	23083	23088	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
578	NC_010063	ATT	2	6	23126	23131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510946
579	NC_010063	TGAA	2	8	23181	23188	50 %	25 %	25 %	0 %	161510946
580	NC_010063	AAG	2	6	23257	23262	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510946
581	NC_010063	AAAC	2	8	23294	23301	75 %	0 %	0 %	25 %	161510946
582	NC_010063	CTT	2	6	23308	23313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510946
583	NC_010063	AGA	2	6	23316	23321	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510946
584	NC_010063	TATG	2	8	23429	23436	25 %	50 %	25 %	0 %	161510946
585	NC_010063	TTA	2	6	23469	23474	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510946
586	NC_010063	ACA	2	6	23505	23510	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161510946
587	NC_010063	AGA	2	6	23515	23520	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510946
588	NC_010063	A	6	6	23566	23571	100 %	0 %	0 %	0 %	161510946
589	NC_010063	AGA	2	6	23582	23587	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510946
590	NC_010063	ACG	2	6	23658	23663	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510946
591	NC_010063	GACTG	2	10	23756	23765	20 %	20 %	40 %	20 %	161510946
592	NC_010063	CGA	3	9	23818	23826	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510946
593	NC_010063	ATA	2	6	23897	23902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510946
594	NC_010063	TGA	2	6	24051	24056	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
595	NC_010063	CAA	2	6	24134	24139	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
596	NC_010063	AGG	2	6	24180	24185	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
597	NC_010063	ATAA	2	8	24186	24193	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
598	NC_010063	TA	3	6	24218	24223	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
599	NC_010063	TCA	2	6	24228	24233	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
600	NC_010063	TACC	2	8	24241	24248	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
601	NC_010063	GAT	2	6	24276	24281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
602	NC_010063	A	6	6	24350	24355	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
603	NC_010063	TATT	2	8	24360	24367	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
604	NC_010063	TTG	2	6	24429	24434	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
605	NC_010063	TATT	2	8	24470	24477	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
606	NC_010063	ATGA	2	8	24489	24496	50 %	25 %	25 %	0 %	161510947
607	NC_010063	ATC	2	6	24516	24521	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510947
608	NC_010063	AAG	2	6	24632	24637	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510947
609	NC_010063	ATG	2	6	24704	24709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510947
610	NC_010063	ATT	2	6	24712	24717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510947
611	NC_010063	ATT	2	6	24728	24733	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510947
612	NC_010063	AAAAGA	2	12	24735	24746	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	161510947
613	NC_010063	ATG	2	6	24775	24780	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510947
614	NC_010063	AG	3	6	24861	24866	50 %	0 %	50 %	0 %	161510947
615	NC_010063	TA	3	6	24923	24928	50 %	50 %	0 %	0 %	161510947
616	NC_010063	CTTTA	2	10	24938	24947	20 %	60 %	0 %	20 %	161510947
617	NC_010063	TTAT	2	8	24980	24987	25 %	75 %	0 %	0 %	161510947
618	NC_010063	GTG	2	6	24994	24999	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161510947
619	NC_010063	AGA	2	6	25008	25013	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510947
620	NC_010063	AAG	2	6	25040	25045	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510947
621	NC_010063	ATTG	2	8	25105	25112	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
622	NC_010063	TC	3	6	25129	25134	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
623	NC_010063	ATT	2	6	25159	25164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
624	NC_010063	TAA	2	6	25177	25182	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
625	NC_010063	A	6	6	25192	25197	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
626	NC_010063	TA	3	6	25219	25224	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
627	NC_010063	TAA	2	6	25238	25243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
628	NC_010063	AT	3	6	25255	25260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
629	NC_010063	TAT	3	9	25364	25372	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510948
630	NC_010063	T	6	6	25378	25383	0 %	100 %	0 %	0 %	161510948
631	NC_010063	TAAC	2	8	25402	25409	50 %	25 %	0 %	25 %	161510948
632	NC_010063	A	6	6	25437	25442	100 %	0 %	0 %	0 %	161510948
633	NC_010063	ACA	2	6	25445	25450	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161510948
634	NC_010063	TACTA	2	10	25647	25656	40 %	40 %	0 %	20 %	161510948
635	NC_010063	A	7	7	25662	25668	100 %	0 %	0 %	0 %	161510948
636	NC_010063	AATA	2	8	25796	25803	75 %	25 %	0 %	0 %	161510949
637	NC_010063	ATT	2	6	25864	25869	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510949
638	NC_010063	CATT	2	8	25878	25885	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
639	NC_010063	AG	3	6	25896	25901	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
640	NC_010063	CT	3	6	25914	25919	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
641	NC_010063	GTA	3	9	25926	25934	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
642	NC_010063	AACG	2	8	25955	25962	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
643	NC_010063	ATG	2	6	25977	25982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
644	NC_010063	ATT	2	6	26001	26006	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
645	NC_010063	GAT	2	6	26031	26036	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
646	NC_010063	TA	3	6	26053	26058	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
647	NC_010063	ATT	2	6	26097	26102	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
648	NC_010063	CAAA	2	8	26111	26118	75 %	0 %	0 %	25 %	161510950
649	NC_010063	TTC	2	6	26148	26153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510950
650	NC_010063	TCT	2	6	26161	26166	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510950
651	NC_010063	TCT	2	6	26203	26208	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510950
652	NC_010063	T	7	7	26208	26214	0 %	100 %	0 %	0 %	161510950
653	NC_010063	CTT	2	6	26216	26221	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510950
654	NC_010063	TCG	2	6	26236	26241	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161510950
655	NC_010063	AT	3	6	26255	26260	50 %	50 %	0 %	0 %	161510950
656	NC_010063	TTC	2	6	26289	26294	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510950
657	NC_010063	TAG	2	6	26321	26326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510950
658	NC_010063	T	6	6	26333	26338	0 %	100 %	0 %	0 %	161510950
659	NC_010063	TAG	2	6	26366	26371	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510950
660	NC_010063	TTTTTC	2	12	26397	26408	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	161510950
661	NC_010063	CT	3	6	26443	26448	0 %	50 %	0 %	50 %	161510950
662	NC_010063	TCTT	2	8	26484	26491	0 %	75 %	0 %	25 %	161510950
663	NC_010063	TTG	2	6	26516	26521	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161510950
664	NC_010063	GAC	2	6	26528	26533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510950
665	NC_010063	ATT	2	6	26553	26558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510950
666	NC_010063	CTA	2	6	26588	26593	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510950
667	NC_010063	T	8	8	26637	26644	0 %	100 %	0 %	0 %	161510950
668	NC_010063	AGT	2	6	26655	26660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510950
669	NC_010063	T	6	6	26708	26713	0 %	100 %	0 %	0 %	161510950
670	NC_010063	TCT	2	6	26725	26730	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510950
671	NC_010063	TAA	2	6	26732	26737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510950
672	NC_010063	ATT	2	6	26784	26789	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510950
673	NC_010063	TTC	2	6	26817	26822	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510950
674	NC_010063	ATC	2	6	26847	26852	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510950
675	NC_010063	TAA	3	9	26909	26917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
676	NC_010063	TAA	2	6	26924	26929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
677	NC_010063	CATC	2	8	26941	26948	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

< Previous 12Next >