MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Streptococcus suis 98HAH33

Total Repeats: 27405

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009443	AAC	2	6	11	16	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	146322039
2	NC_009443	TAC	2	6	267	272	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146322039
3	NC_009443	AAG	2	6	279	284	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146322039
4	NC_009443	CTC	2	6	323	328	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	146322039
5	NC_009443	AAT	2	6	400	405	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146322039
6	NC_009443	ATT	2	6	465	470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146322039
7	NC_009443	TGG	2	6	477	482	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	146322039
8	NC_009443	TCA	2	6	581	586	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146322039
9	NC_009443	TGA	2	6	666	671	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146322039
10	NC_009443	TAA	2	6	687	692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146322039
11	NC_009443	CAA	2	6	695	700	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	146322039
12	NC_009443	GAA	2	6	706	711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146322039
13	NC_009443	GAA	2	6	799	804	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146322039
14	NC_009443	TGC	2	6	1041	1046	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146322039
15	NC_009443	CTC	2	6	1312	1317	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	146322039
16	NC_009443	GAT	2	6	1321	1326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146322039
17	NC_009443	TCA	2	6	1454	1459	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_009443	ACT	2	6	1482	1487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_009443	ATA	2	6	1507	1512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009443	TAA	2	6	1545	1550	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146319851
21	NC_009443	TTA	2	6	1772	1777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146319851
22	NC_009443	AAG	2	6	1880	1885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146319851
23	NC_009443	GTC	2	6	2000	2005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146319851
24	NC_009443	TGA	2	6	2115	2120	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319851
25	NC_009443	TGT	2	6	2127	2132	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	146319851
26	NC_009443	GAT	2	6	2176	2181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319851
27	NC_009443	TCT	2	6	2198	2203	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	146319851
28	NC_009443	AAT	2	6	2209	2214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146319851
29	NC_009443	TTA	2	6	2257	2262	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146319851
30	NC_009443	TAA	2	6	2412	2417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146319851
31	NC_009443	TGT	2	6	2418	2423	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	146319851
32	NC_009443	TCT	2	6	2580	2585	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	146319852
33	NC_009443	AAT	2	6	2610	2615	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146319852
34	NC_009443	ATA	2	6	2664	2669	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009443	CTG	2	6	2798	2803	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146319853
36	NC_009443	AGT	2	6	2920	2925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319853
37	NC_009443	TTA	2	6	3006	3011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146319853
38	NC_009443	ATT	2	6	3264	3269	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146319853
39	NC_009443	TGA	2	6	3303	3308	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319853
40	NC_009443	TGG	2	6	3366	3371	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	146319853
41	NC_009443	TTA	2	6	3475	3480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146319853
42	NC_009443	TCT	2	6	3496	3501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	146319853
43	NC_009443	ATT	3	9	3555	3563	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146319853
44	NC_009443	AGG	2	6	3636	3641	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	146319853
45	NC_009443	TCA	2	6	3695	3700	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146319854
46	NC_009443	TAA	2	6	3720	3725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146319854
47	NC_009443	ATG	2	6	3790	3795	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319854
48	NC_009443	ACT	2	6	3863	3868	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_009443	GAG	2	6	3938	3943	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009443	TGG	2	6	4170	4175	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	146319855
51	NC_009443	AAC	2	6	4176	4181	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	146319855
52	NC_009443	GAA	2	6	4214	4219	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146319855
53	NC_009443	TGT	2	6	4246	4251	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	146319855
54	NC_009443	ATT	2	6	4288	4293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146319855
55	NC_009443	ATT	2	6	4302	4307	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146319855
56	NC_009443	CAG	2	6	4408	4413	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146319856
57	NC_009443	TCG	2	6	4417	4422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146319856
58	NC_009443	TCA	2	6	4567	4572	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146319856
59	NC_009443	CAA	2	6	4829	4834	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	146319856
60	NC_009443	AGA	2	6	4928	4933	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146319856
61	NC_009443	GAA	2	6	4968	4973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146319856
62	NC_009443	TGA	2	6	5036	5041	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319856
63	NC_009443	GCA	2	6	5097	5102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146319856
64	NC_009443	GTG	3	9	5118	5126	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	146319856
65	NC_009443	CGA	2	6	5162	5167	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146319856
66	NC_009443	CAG	2	6	5271	5276	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146319857
67	NC_009443	AGG	2	6	5283	5288	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	146319857
68	NC_009443	CTC	2	6	5322	5327	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	146319857
69	NC_009443	GAT	2	6	5393	5398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319857
70	NC_009443	AAG	2	6	5430	5435	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146319857
71	NC_009443	GAA	2	6	5450	5455	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146319857
72	NC_009443	CAT	2	6	5485	5490	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146319857
73	NC_009443	TTC	2	6	5530	5535	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_009443	GTT	2	6	5536	5541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009443	GAT	2	6	5615	5620	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009443	TGC	2	6	5743	5748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146319858
77	NC_009443	TTA	2	6	5906	5911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146319858
78	NC_009443	TAG	2	6	5935	5940	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319858
79	NC_009443	GAC	2	6	5946	5951	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146319858
80	NC_009443	TGG	2	6	5999	6004	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	146319858
81	NC_009443	GAA	2	6	6195	6200	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146319858
82	NC_009443	GAT	2	6	6201	6206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319858
83	NC_009443	TTA	3	9	6317	6325	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146319859
84	NC_009443	ATG	2	6	6414	6419	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319859
85	NC_009443	ATT	2	6	6449	6454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146319859
86	NC_009443	GAT	2	6	6485	6490	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319859
87	NC_009443	AGA	2	6	6934	6939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146319859
88	NC_009443	TAG	2	6	6943	6948	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319859
89	NC_009443	TTG	2	6	7100	7105	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	146319859
90	NC_009443	GAT	2	6	7139	7144	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319859
91	NC_009443	TTG	2	6	7195	7200	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	146319859
92	NC_009443	GAT	2	6	7204	7209	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319860
93	NC_009443	CTT	2	6	7290	7295	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	146319860
94	NC_009443	CCA	2	6	7377	7382	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	146319860
95	NC_009443	GTT	2	6	7435	7440	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	146319860
96	NC_009443	GCA	2	6	7519	7524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146319860
97	NC_009443	TAG	2	6	7532	7537	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319860
98	NC_009443	TCA	2	6	7607	7612	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146319860
99	NC_009443	TGT	2	6	7719	7724	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	146319860
100	NC_009443	ATT	2	6	7793	7798	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146319860
101	NC_009443	TCT	2	6	7854	7859	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	146319860
102	NC_009443	TAA	2	6	7899	7904	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146319860
103	NC_009443	GGA	2	6	7956	7961	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	146319860
104	NC_009443	GAT	2	6	7969	7974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319860
105	NC_009443	TGA	3	9	8028	8036	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319860
106	NC_009443	ACT	2	6	8057	8062	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146319860
107	NC_009443	TGA	2	6	8100	8105	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319860
108	NC_009443	TAG	2	6	8150	8155	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319860
109	NC_009443	ATG	2	6	8213	8218	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319860
110	NC_009443	TGT	2	6	8424	8429	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	146319860
111	NC_009443	CTA	2	6	8780	8785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146319860
112	NC_009443	CAA	2	6	8876	8881	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	146319860
113	NC_009443	GTG	2	6	9131	9136	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	146319860
114	NC_009443	TGC	2	6	9153	9158	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146319860
115	NC_009443	AGA	2	6	9254	9259	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146319860
116	NC_009443	AAG	2	6	9389	9394	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146319860
117	NC_009443	GTA	2	6	9427	9432	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319860
118	NC_009443	GAC	2	6	9500	9505	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146319860
119	NC_009443	TGT	2	6	9630	9635	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	146319860
120	NC_009443	AAT	2	6	9761	9766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009443	TAA	2	6	9938	9943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146319861
122	NC_009443	ACT	2	6	9944	9949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146319861
123	NC_009443	GAA	2	6	10044	10049	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146319861
124	NC_009443	AAT	2	6	10069	10074	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146319862
125	NC_009443	CAA	2	6	10126	10131	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	146319862
126	NC_009443	TTG	2	6	10199	10204	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	146319862
127	NC_009443	CAG	3	9	10222	10230	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146319862
128	NC_009443	GAA	2	6	10264	10269	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146319862
129	NC_009443	GCA	2	6	10330	10335	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146319862
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131	NC_009443	TGA	2	6	10454	10459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319863
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389	NC_009443	CAT	2	6	28310	28315	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146319874
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