MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Shewanella sp. ANA-3 plasmid 1

Total Repeats: 91

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008573	TTTTCA	2	12	602	613	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_008573	TGTGGT	2	12	6832	6843	0 %	50 %	50 %	0 %	117676087
3	NC_008573	AATTTT	2	12	7117	7128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	117676087
4	NC_008573	ATCAAT	2	12	9168	9179	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_008573	GTTAAT	2	12	10293	10304	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008573	CTCTTC	2	12	17331	17342	0 %	50 %	0 %	50 %	117676095
7	NC_008573	ATGGCA	2	12	18991	19002	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_008573	AGCGGC	2	12	21217	21228	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	117676099
9	NC_008573	AGTTTG	2	12	25977	25988	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	117676103
10	NC_008573	GATTTT	2	12	29253	29264	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	117676104
11	NC_008573	CATTGG	2	12	34085	34096	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_008573	GGCGTT	2	12	35040	35051	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	117676109
13	NC_008573	GGAGAT	2	12	35652	35663	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008573	TTACCA	2	12	35877	35888	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	117676110
15	NC_008573	CAGTAC	2	12	35936	35947	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	117676110
16	NC_008573	AACATT	2	12	36341	36352	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	117676110
17	NC_008573	TGGTCA	2	12	40054	40065	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	117676113
18	NC_008573	CCAGCG	2	12	44744	44755	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	117676118
19	NC_008573	GGGCAT	2	12	44969	44980	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	117676118
20	NC_008573	GCTCAA	2	12	45318	45329	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	117676118
21	NC_008573	ATTAAC	2	12	50783	50794	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_008573	ATTTAT	2	12	59867	59878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	117676138
23	NC_008573	CATTGC	2	12	62702	62713	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	117676140
24	NC_008573	CTTCAC	2	12	63244	63255	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	117676140
25	NC_008573	CTTCAC	2	12	63274	63285	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	117676140
26	NC_008573	GCTCAT	2	12	65634	65645	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	117676142
27	NC_008573	TGAGTC	2	12	68040	68051	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_008573	CTTTTG	2	12	72550	72561	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	117676146
29	NC_008573	TTTTGC	2	12	74958	74969	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	117676146
30	NC_008573	GAGCAT	2	12	76514	76525	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	117676147
31	NC_008573	TTGCTG	2	12	83913	83924	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	117676153
32	NC_008573	CACTGC	2	12	84043	84054	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	117676153
33	NC_008573	TGGGGT	2	12	84799	84810	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	117676154
34	NC_008573	CATAGA	2	12	87241	87252	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	117676155
35	NC_008573	GTCCGT	2	12	92509	92520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	117676160
36	NC_008573	TTTGAT	2	12	93565	93576	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	117676161
37	NC_008573	GGTAAA	2	12	93868	93879	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	117676161
38	NC_008573	GATAAA	2	12	98842	98853	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	117676166
39	NC_008573	CAAAAA	2	12	114526	114537	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	117676179
40	NC_008573	GCAAAG	2	12	119548	119559	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	117676183
41	NC_008573	TCTGTC	2	12	122510	122521	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	117676186
42	NC_008573	CAGAGC	2	12	125107	125118	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	117676188
43	NC_008573	GCATTT	2	12	135646	135657	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	117676197
44	NC_008573	ACGCTC	2	12	136464	136475	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	117676198
45	NC_008573	CCAGAA	2	12	139105	139116	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	117676202
46	NC_008573	GCTGGT	3	18	142629	142646	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	117676204
47	NC_008573	GGCTCT	2	12	147554	147565	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	117676209
48	NC_008573	AGGAAG	2	12	147673	147684	50 %	0 %	50 %	0 %	117676209
49	NC_008573	GCTGGG	2	12	152444	152455	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	117676211
50	NC_008573	GTATCA	2	12	158992	159003	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	117676216
51	NC_008573	CGATCT	2	12	159126	159137	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	117676216
52	NC_008573	CAATCT	2	12	159799	159810	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	117676217
53	NC_008573	CACCGG	2	12	163262	163273	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	117676219
54	NC_008573	ATGGAA	2	12	164501	164512	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	117676220
55	NC_008573	ATCGGG	2	12	169013	169024	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_008573	ATGAAC	4	24	169265	169288	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	117676224
57	NC_008573	ATGGAT	2	12	169289	169300	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	117676224
58	NC_008573	TTAGTG	2	12	169828	169839	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	117676225
59	NC_008573	GATATG	2	12	171314	171325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	117676226
60	NC_008573	TTGATT	2	12	176497	176508	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	117676232
61	NC_008573	ATTGTA	2	12	177212	177223	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008573	GCAATC	2	12	178985	178996	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	117676234
63	NC_008573	AAATTA	2	12	180428	180439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	117676236
64	NC_008573	TATGGA	2	12	182509	182520	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	117676238
65	NC_008573	CCTGAA	2	12	186748	186759	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	117676239
66	NC_008573	CATCAC	2	12	187652	187663	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	117676241
67	NC_008573	CCACGG	2	12	190028	190039	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
68	NC_008573	CTTAGT	2	12	194155	194166	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_008573	AATAAA	2	12	194349	194360	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008573	CAACAG	2	12	198508	198519	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	117676247
71	NC_008573	CCGTCA	2	12	200776	200787	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	117676250
72	NC_008573	GCAATT	2	12	213874	213885	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	117676260
73	NC_008573	CCAATA	2	12	219158	219169	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	117676266
74	NC_008573	CAAAAA	2	12	221971	221982	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	117676268
75	NC_008573	ACTTAA	2	12	224345	224356	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	117676273
76	NC_008573	CGTCAA	2	12	228200	228211	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	117676277
77	NC_008573	TAAGCT	2	12	229175	229186	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_008573	CTGGTC	2	12	229561	229572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	117676279
79	NC_008573	GACGGT	2	12	232325	232336	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	117676283
80	NC_008573	CTTTTT	2	12	236607	236618	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	117676288
81	NC_008573	CACCTA	2	12	241780	241791	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_008573	CGGTGT	2	12	252160	252171	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	117676300
83	NC_008573	GGTTTT	2	12	253033	253044	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	117676301
84	NC_008573	AAAAAT	2	12	253532	253543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	117676302
85	NC_008573	CAGGCA	2	12	254977	254988	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	117676303
86	NC_008573	GCCTTG	2	12	256331	256342	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	117676304
87	NC_008573	GAAGCC	2	12	261151	261162	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	117676309
88	NC_008573	TCGTTA	2	12	262306	262317	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	117676309
89	NC_008573	GTATCG	2	12	266950	266961	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	117676316
90	NC_008573	ACTTCA	2	12	269261	269272	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	117676321
91	NC_008573	CACTAA	2	12	272326	272337	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	117676321

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.