MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Streptococcus pneumoniae D39 chromosome

Total Repeats: 5898

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008533	GAAA	2	8	3	10	75 %	0 %	25 %	0 %	116516053
2	NC_008533	AAGA	2	8	44	51	75 %	0 %	25 %	0 %	116516053
3	NC_008533	GGAA	2	8	1238	1245	50 %	0 %	50 %	0 %	116516053
4	NC_008533	TCAT	2	8	1271	1278	25 %	50 %	0 %	25 %	116516053
5	NC_008533	TGAT	2	8	1301	1308	25 %	50 %	25 %	0 %	116516053
6	NC_008533	AATC	2	8	1337	1344	50 %	25 %	0 %	25 %	116516053
7	NC_008533	ATAA	2	8	1503	1510	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008533	ATTT	2	8	1546	1553	25 %	75 %	0 %	0 %	116516939
9	NC_008533	AGCA	2	8	1910	1917	50 %	0 %	25 %	25 %	116516939
10	NC_008533	ACTT	2	8	2514	2521	25 %	50 %	0 %	25 %	116516939
11	NC_008533	GATT	2	8	2522	2529	25 %	50 %	25 %	0 %	116516939
12	NC_008533	TTAG	2	8	2923	2930	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008533	AACT	2	8	3157	3164	50 %	25 %	0 %	25 %	116516338
14	NC_008533	AATT	2	8	3403	3410	50 %	50 %	0 %	0 %	116516338
15	NC_008533	CAAA	2	8	3680	3687	75 %	0 %	0 %	25 %	116516338
16	NC_008533	CTTG	2	8	3848	3855	0 %	50 %	25 %	25 %	116516338
17	NC_008533	ACTT	2	8	3864	3871	25 %	50 %	0 %	25 %	116516338
18	NC_008533	AAAT	2	8	4180	4187	75 %	25 %	0 %	0 %	116515731
19	NC_008533	TTGA	2	8	4261	4268	25 %	50 %	25 %	0 %	116515731
20	NC_008533	ATGA	2	8	4384	4391	50 %	25 %	25 %	0 %	116515731
21	NC_008533	GATT	2	8	5129	5136	25 %	50 %	25 %	0 %	116516151
22	NC_008533	GAAA	2	8	5394	5401	75 %	0 %	25 %	0 %	116516151
23	NC_008533	TTTA	2	8	7437	7444	25 %	75 %	0 %	0 %	116516151
24	NC_008533	GTCG	2	8	7498	7505	0 %	25 %	50 %	25 %	116516151
25	NC_008533	ATCA	2	8	7551	7558	50 %	25 %	0 %	25 %	116516151
26	NC_008533	GAAA	2	8	8020	8027	75 %	0 %	25 %	0 %	116516151
27	NC_008533	AAGA	2	8	8176	8183	75 %	0 %	25 %	0 %	116516151
28	NC_008533	GAAA	2	8	9159	9166	75 %	0 %	25 %	0 %	116515953
29	NC_008533	TATT	2	8	9195	9202	25 %	75 %	0 %	0 %	116515953
30	NC_008533	TAAA	2	8	9326	9333	75 %	25 %	0 %	0 %	116515953
31	NC_008533	ATCA	2	8	9401	9408	50 %	25 %	0 %	25 %	116515953
32	NC_008533	GAAG	2	8	9544	9551	50 %	0 %	50 %	0 %	116515953
33	NC_008533	TTCT	2	8	9663	9670	0 %	75 %	0 %	25 %	116515953
34	NC_008533	ATCA	2	8	9712	9719	50 %	25 %	0 %	25 %	116515953
35	NC_008533	CAGC	2	8	9737	9744	25 %	0 %	25 %	50 %	116515953
36	NC_008533	TTCT	2	8	10259	10266	0 %	75 %	0 %	25 %	116515953
37	NC_008533	CTAT	2	8	10751	10758	25 %	50 %	0 %	25 %	116516781
38	NC_008533	CTTA	2	8	10906	10913	25 %	50 %	0 %	25 %	116516781
39	NC_008533	ATTT	2	8	11305	11312	25 %	75 %	0 %	0 %	116516781
40	NC_008533	AATT	2	8	11338	11345	50 %	50 %	0 %	0 %	116516781
41	NC_008533	TTTA	2	8	11444	11451	25 %	75 %	0 %	0 %	116516781
42	NC_008533	AAAG	2	8	11961	11968	75 %	0 %	25 %	0 %	116516681
43	NC_008533	AGAA	2	8	12157	12164	75 %	0 %	25 %	0 %	116516681
44	NC_008533	TTAA	2	8	12195	12202	50 %	50 %	0 %	0 %	116515587
45	NC_008533	ACCA	2	8	12352	12359	50 %	0 %	0 %	50 %	116515587
46	NC_008533	TGCT	2	8	12877	12884	0 %	50 %	25 %	25 %	116515587
47	NC_008533	GATG	2	8	13121	13128	25 %	25 %	50 %	0 %	116515587
48	NC_008533	TTGG	2	8	13230	13237	0 %	50 %	50 %	0 %	116515587
49	NC_008533	TGAA	2	8	13372	13379	50 %	25 %	25 %	0 %	116515587
50	NC_008533	AAGA	2	8	13470	13477	75 %	0 %	25 %	0 %	116515587
51	NC_008533	TCTA	2	8	13646	13653	25 %	50 %	0 %	25 %	116515587
52	NC_008533	TGGC	2	8	13675	13682	0 %	25 %	50 %	25 %	116515587
53	NC_008533	AACA	2	8	13879	13886	75 %	0 %	0 %	25 %	116515587
54	NC_008533	GTTC	2	8	13908	13915	0 %	50 %	25 %	25 %	116515587
55	NC_008533	ATGA	2	8	14115	14122	50 %	25 %	25 %	0 %	116515587
56	NC_008533	AAAC	2	8	14604	14611	75 %	0 %	0 %	25 %	116515336
57	NC_008533	GCTT	2	8	15230	15237	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_008533	CCTG	2	8	15278	15285	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_008533	GTGA	2	8	15558	15565	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008533	AGCG	2	8	15729	15736	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_008533	AGCC	2	8	16610	16617	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_008533	GTAA	2	8	17032	17039	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008533	GCGA	2	8	17188	17195	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_008533	ATTC	2	8	18054	18061	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_008533	CTAA	2	8	18408	18415	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_008533	GTCT	2	8	18433	18440	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_008533	TAGG	2	8	19064	19071	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008533	CTTT	2	8	21158	21165	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_008533	ATGT	2	8	22593	22600	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008533	GATA	2	8	23234	23241	50 %	25 %	25 %	0 %	116515772
71	NC_008533	CAAG	2	8	23398	23405	50 %	0 %	25 %	25 %	116515772
72	NC_008533	GGTT	2	8	23553	23560	0 %	50 %	50 %	0 %	116515772
73	NC_008533	CTTT	2	8	23610	23617	0 %	75 %	0 %	25 %	116515772
74	NC_008533	CTAT	2	8	23737	23744	25 %	50 %	0 %	25 %	116515772
75	NC_008533	TTGG	2	8	23841	23848	0 %	50 %	50 %	0 %	116515772
76	NC_008533	AACA	2	8	23887	23894	75 %	0 %	0 %	25 %	116515772
77	NC_008533	GAGG	2	8	24157	24164	25 %	0 %	75 %	0 %	116516620
78	NC_008533	AGCG	2	8	24276	24283	25 %	0 %	50 %	25 %	116516620
79	NC_008533	ATGC	2	8	24287	24294	25 %	25 %	25 %	25 %	116516620
80	NC_008533	TGAG	2	8	24324	24331	25 %	25 %	50 %	0 %	116516620
81	NC_008533	AATA	2	8	24724	24731	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008533	TTAA	2	8	25004	25011	50 %	50 %	0 %	0 %	116515930
83	NC_008533	ATGT	2	8	25610	25617	25 %	50 %	25 %	0 %	116516859
84	NC_008533	GATT	2	8	25694	25701	25 %	50 %	25 %	0 %	116516859
85	NC_008533	CCAG	2	8	26235	26242	25 %	0 %	25 %	50 %	116516243
86	NC_008533	TCCA	2	8	26260	26267	25 %	25 %	0 %	50 %	116516243
87	NC_008533	TTCG	2	8	27389	27396	0 %	50 %	25 %	25 %	116515462
88	NC_008533	AGAA	2	8	27693	27700	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008533	ACGG	2	8	27781	27788	25 %	0 %	50 %	25 %	116516295
90	NC_008533	GGGA	2	8	27930	27937	25 %	0 %	75 %	0 %	116516295
91	NC_008533	TTGA	2	8	28545	28552	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008533	TGGT	2	8	29118	29125	0 %	50 %	50 %	0 %	116516609
93	NC_008533	TTGA	2	8	29297	29304	25 %	50 %	25 %	0 %	116516609
94	NC_008533	TGAT	2	8	29310	29317	25 %	50 %	25 %	0 %	116516609
95	NC_008533	TTCT	2	8	29400	29407	0 %	75 %	0 %	25 %	116516609
96	NC_008533	ATCT	2	8	29468	29475	25 %	50 %	0 %	25 %	116516609
97	NC_008533	TGAT	2	8	29490	29497	25 %	50 %	25 %	0 %	116516609
98	NC_008533	CGTA	2	8	29542	29549	25 %	25 %	25 %	25 %	116516609
99	NC_008533	AATA	2	8	29647	29654	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008533	TTCT	2	8	30021	30028	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_008533	GCTG	2	8	30184	30191	0 %	25 %	50 %	25 %	116516818
102	NC_008533	CTTC	2	8	30258	30265	0 %	50 %	0 %	50 %	116516818
103	NC_008533	TGAT	2	8	30776	30783	25 %	50 %	25 %	0 %	116517001
104	NC_008533	AATT	2	8	31114	31121	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008533	CTAT	2	8	31218	31225	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_008533	TTGA	2	8	31327	31334	25 %	50 %	25 %	0 %	116516654
107	NC_008533	TTGG	2	8	32305	32312	0 %	50 %	50 %	0 %	116516654
108	NC_008533	ACTT	2	8	32560	32567	25 %	50 %	0 %	25 %	116516654
109	NC_008533	AAGA	2	8	32788	32795	75 %	0 %	25 %	0 %	116516654
110	NC_008533	CTTG	2	8	32799	32806	0 %	50 %	25 %	25 %	116516654
111	NC_008533	GCTG	2	8	32862	32869	0 %	25 %	50 %	25 %	116516654
112	NC_008533	AAAC	2	8	33853	33860	75 %	0 %	0 %	25 %	116516654
113	NC_008533	TAAA	2	8	33933	33940	75 %	25 %	0 %	0 %	116516654
114	NC_008533	TTGA	2	8	34444	34451	25 %	50 %	25 %	0 %	116515315
115	NC_008533	CCAA	2	8	35298	35305	50 %	0 %	0 %	50 %	116516491
116	NC_008533	CAAG	2	8	35443	35450	50 %	0 %	25 %	25 %	116516491
117	NC_008533	AGGC	2	8	35619	35626	25 %	0 %	50 %	25 %	116516491
118	NC_008533	AGCG	2	8	35968	35975	25 %	0 %	50 %	25 %	116516139
119	NC_008533	CAGC	2	8	36916	36923	25 %	0 %	25 %	50 %	116516139
120	NC_008533	TTTC	2	8	37470	37477	0 %	75 %	0 %	25 %	116517190
121	NC_008533	TCAA	2	8	37560	37567	50 %	25 %	0 %	25 %	116517190
122	NC_008533	CAAG	2	8	37621	37628	50 %	0 %	25 %	25 %	116517190
123	NC_008533	TCAA	2	8	37808	37815	50 %	25 %	0 %	25 %	116515915
124	NC_008533	GATT	2	8	37926	37933	25 %	50 %	25 %	0 %	116515915
125	NC_008533	TTCT	2	8	38217	38224	0 %	75 %	0 %	25 %	116515915
126	NC_008533	GCTT	2	8	38264	38271	0 %	50 %	25 %	25 %	116515915
127	NC_008533	GAAT	2	8	39265	39272	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008533	TGCT	2	8	39560	39567	0 %	50 %	25 %	25 %	116516897
129	NC_008533	ATTT	2	8	40090	40097	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008533	CTTT	2	8	40252	40259	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_008533	GGGA	2	8	41650	41657	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008533	GAAG	2	8	41673	41680	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008533	TGAC	2	8	41787	41794	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_008533	ATGG	2	8	42037	42044	25 %	25 %	50 %	0 %	116516510
135	NC_008533	AAGG	2	8	42169	42176	50 %	0 %	50 %	0 %	116516510
136	NC_008533	CTTG	2	8	42588	42595	0 %	50 %	25 %	25 %	116516510
137	NC_008533	ATGG	2	8	43144	43151	25 %	25 %	50 %	0 %	116516510
138	NC_008533	CAGA	2	8	43735	43742	50 %	0 %	25 %	25 %	116516510
139	NC_008533	TTGC	2	8	44011	44018	0 %	50 %	25 %	25 %	116516510
140	NC_008533	CAGT	2	8	44376	44383	25 %	25 %	25 %	25 %	116515701
141	NC_008533	GCAG	2	8	44512	44519	25 %	0 %	50 %	25 %	116515701
142	NC_008533	GAAG	2	8	46036	46043	50 %	0 %	50 %	0 %	116516190
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144	NC_008533	CTTT	2	8	46740	46747	0 %	75 %	0 %	25 %	116516503
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