MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Streptococcus thermophilus LMD-9

Total Repeats: 1313

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008532	AAAGG	2	10	1965	1974	60 %	0 %	40 %	0 %	116626974
2	NC_008532	CAAAT	2	10	2302	2311	60 %	20 %	0 %	20 %	116626974
3	NC_008532	TGATT	2	10	2588	2597	20 %	60 %	20 %	0 %	116626974
4	NC_008532	GAGAT	2	10	6975	6984	40 %	20 %	40 %	0 %	116626979
5	NC_008532	TTATG	2	10	8782	8791	20 %	60 %	20 %	0 %	116626979
6	NC_008532	CTTTT	2	10	9931	9940	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_008532	GGAAA	2	10	10054	10063	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008532	TCAGA	2	10	10565	10574	40 %	20 %	20 %	20 %	116626981
9	NC_008532	CAGTA	2	10	14103	14112	40 %	20 %	20 %	20 %	116626986
10	NC_008532	GGTAA	2	10	14183	14192	40 %	20 %	40 %	0 %	116626986
11	NC_008532	TCGTG	2	10	20221	20230	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_008532	GTTAA	2	10	20967	20976	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008532	GGGAG	2	10	21485	21494	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008532	AGGGA	2	10	23694	23703	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008532	TTGAG	2	10	23928	23937	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008532	CTAGT	2	10	26860	26869	20 %	40 %	20 %	20 %	116626991
17	NC_008532	CAATC	2	10	27196	27205	40 %	20 %	0 %	40 %	116626992
18	NC_008532	ATTCA	2	10	28285	28294	40 %	40 %	0 %	20 %	116626992
19	NC_008532	TTTTA	2	10	28442	28451	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008532	TGATT	2	10	29504	29513	20 %	60 %	20 %	0 %	116626993
21	NC_008532	ACCTT	2	10	30248	30257	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_008532	TTTTG	2	10	31132	31141	0 %	80 %	20 %	0 %	116626994
23	NC_008532	ATGAA	2	10	32485	32494	60 %	20 %	20 %	0 %	116626995
24	NC_008532	GTAGA	2	10	33850	33859	40 %	20 %	40 %	0 %	116626997
25	NC_008532	AACAA	2	10	34288	34297	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_008532	AAATG	2	10	39962	39971	60 %	20 %	20 %	0 %	116627000
27	NC_008532	AAAAT	2	10	42137	42146	80 %	20 %	0 %	0 %	116627003
28	NC_008532	TCAAA	2	10	43391	43400	60 %	20 %	0 %	20 %	116627003
29	NC_008532	ACTAT	2	10	46010	46019	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_008532	TTGAT	2	10	46361	46370	20 %	60 %	20 %	0 %	116627006
31	NC_008532	GAAGC	2	10	49319	49328	40 %	0 %	40 %	20 %	116627008
32	NC_008532	ATTTT	2	10	49629	49638	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008532	GCTTG	2	10	50937	50946	0 %	40 %	40 %	20 %	116627011
34	NC_008532	CTTTT	2	10	52941	52950	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_008532	TAGCT	2	10	64159	64168	20 %	40 %	20 %	20 %	116627023
36	NC_008532	TTCTT	2	10	65838	65847	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_008532	TTTGA	2	10	65848	65857	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008532	GATAA	2	10	65953	65962	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008532	TTGAT	2	10	66232	66241	20 %	60 %	20 %	0 %	116627025
40	NC_008532	TCGTG	2	10	67883	67892	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_008532	GTTAA	2	10	68629	68638	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008532	GGGAG	2	10	69147	69156	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008532	AGGGA	2	10	71356	71365	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008532	TTGAG	2	10	71590	71599	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008532	CAAAT	2	10	75244	75253	60 %	20 %	0 %	20 %	116627026
46	NC_008532	CGAAT	2	10	77582	77591	40 %	20 %	20 %	20 %	116627027
47	NC_008532	AGAAA	2	10	77637	77646	80 %	0 %	20 %	0 %	116627027
48	NC_008532	TCAAA	2	10	78517	78526	60 %	20 %	0 %	20 %	116627027
49	NC_008532	AATTT	2	10	79078	79087	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008532	AAGAT	2	10	79819	79828	60 %	20 %	20 %	0 %	116627030
51	NC_008532	GGGGC	2	10	83784	83793	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
52	NC_008532	CAGCC	2	10	83795	83804	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
53	NC_008532	AAAAG	2	10	84898	84907	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008532	TCAGC	2	10	85974	85983	20 %	20 %	20 %	40 %	116627035
55	NC_008532	AAACC	2	10	90750	90759	60 %	0 %	0 %	40 %	116627037
56	NC_008532	TTTTA	2	10	97199	97208	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008532	GCTTC	2	10	98232	98241	0 %	40 %	20 %	40 %	116627043
58	NC_008532	AAGCC	2	10	98361	98370	40 %	0 %	20 %	40 %	116627043
59	NC_008532	CTGTT	2	10	98441	98450	0 %	60 %	20 %	20 %	116627043
60	NC_008532	AAATA	2	10	101413	101422	80 %	20 %	0 %	0 %	116627049
61	NC_008532	AAATG	2	10	102646	102655	60 %	20 %	20 %	0 %	116627051
62	NC_008532	AACAA	2	10	104409	104418	80 %	0 %	0 %	20 %	116627053
63	NC_008532	CACAC	2	10	104543	104552	40 %	0 %	0 %	60 %	116627053
64	NC_008532	TTTAC	2	10	105730	105739	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_008532	ATTTT	2	10	106149	106158	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008532	GTAGT	2	10	106900	106909	20 %	40 %	40 %	0 %	116627056
67	NC_008532	GGTTG	2	10	107033	107042	0 %	40 %	60 %	0 %	116627056
68	NC_008532	TTTAA	2	10	108131	108140	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008532	ATTAT	2	10	108182	108191	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008532	TATTT	2	10	109709	109718	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008532	GACGA	2	10	110136	110145	40 %	0 %	40 %	20 %	116627057
72	NC_008532	ATTAT	2	10	110532	110541	40 %	60 %	0 %	0 %	116627057
73	NC_008532	TTGAA	2	10	111773	111782	40 %	40 %	20 %	0 %	116627060
74	NC_008532	TTTAT	2	10	115001	115010	20 %	80 %	0 %	0 %	116627063
75	NC_008532	GTAAT	2	10	115015	115024	40 %	40 %	20 %	0 %	116627063
76	NC_008532	TCCTT	2	10	115297	115306	0 %	60 %	0 %	40 %	116627064
77	NC_008532	GATTC	2	10	117440	117449	20 %	40 %	20 %	20 %	116627065
78	NC_008532	CTGAA	2	10	119962	119971	40 %	20 %	20 %	20 %	116627067
79	NC_008532	TGATT	2	10	123709	123718	20 %	60 %	20 %	0 %	116627070
80	NC_008532	TTTGA	2	10	124939	124948	20 %	60 %	20 %	0 %	116627071
81	NC_008532	AACCA	2	10	125357	125366	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_008532	ATTGT	2	10	129170	129179	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008532	TCTGT	2	10	130716	130725	0 %	60 %	20 %	20 %	116627077
84	NC_008532	CGGTT	2	10	131691	131700	0 %	40 %	40 %	20 %	116627078
85	NC_008532	CAGTT	2	10	133836	133845	20 %	40 %	20 %	20 %	116627081
86	NC_008532	AAGGT	2	10	134058	134067	40 %	20 %	40 %	0 %	116627081
87	NC_008532	TTAGT	2	10	134307	134316	20 %	60 %	20 %	0 %	116627081
88	NC_008532	GTATC	2	10	136536	136545	20 %	40 %	20 %	20 %	116627083
89	NC_008532	AAGTG	2	10	137241	137250	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008532	TTCGT	2	10	137270	137279	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_008532	AAATA	2	10	137283	137292	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008532	AAAGG	2	10	138365	138374	60 %	0 %	40 %	0 %	116627084
93	NC_008532	TGATA	2	10	138656	138665	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008532	TCGTG	2	10	142092	142101	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_008532	GTTAA	2	10	142838	142847	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008532	GGGAG	2	10	143356	143365	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008532	AGGGA	2	10	145565	145574	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008532	TTGAG	2	10	145799	145808	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008532	TCGTG	2	10	147898	147907	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_008532	GTTAA	2	10	148644	148653	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008532	GGGAG	2	10	149162	149171	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008532	AGGGA	2	10	151371	151380	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008532	TTGAG	2	10	151605	151614	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008532	GGATG	2	10	153277	153286	20 %	20 %	60 %	0 %	116627087
105	NC_008532	TATTT	2	10	155437	155446	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008532	AAATT	2	10	156918	156927	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008532	TAAAC	2	10	157054	157063	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_008532	GGTTT	2	10	161449	161458	0 %	60 %	40 %	0 %	116627093
109	NC_008532	TTTGG	2	10	164729	164738	0 %	60 %	40 %	0 %	116627097
110	NC_008532	AAGGT	2	10	164755	164764	40 %	20 %	40 %	0 %	116627097
111	NC_008532	CTGGT	2	10	166336	166345	0 %	40 %	40 %	20 %	116627097
112	NC_008532	ATAAA	2	10	167026	167035	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008532	TGATT	2	10	167855	167864	20 %	60 %	20 %	0 %	116627099
114	NC_008532	GAGAT	2	10	168907	168916	40 %	20 %	40 %	0 %	116627099
115	NC_008532	ATTGA	2	10	169212	169221	40 %	40 %	20 %	0 %	116627099
116	NC_008532	AATGA	2	10	172281	172290	60 %	20 %	20 %	0 %	116627102
117	NC_008532	GGTTG	2	10	173968	173977	0 %	40 %	60 %	0 %	116627103
118	NC_008532	TATTT	2	10	174057	174066	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008532	AAGTA	2	10	177051	177060	60 %	20 %	20 %	0 %	116627107
120	NC_008532	CACAA	2	10	178041	178050	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_008532	CGTAG	2	10	181365	181374	20 %	20 %	40 %	20 %	116627113
122	NC_008532	AGATA	2	10	181720	181729	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008532	TTTTA	2	10	182097	182106	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008532	GTCTT	2	10	185433	185442	0 %	60 %	20 %	20 %	116627117
125	NC_008532	AAGTT	2	10	185784	185793	40 %	40 %	20 %	0 %	116627117
126	NC_008532	CTCAG	2	10	188579	188588	20 %	20 %	20 %	40 %	116627120
127	NC_008532	CTTTA	2	10	189830	189839	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_008532	TTGAT	2	10	191602	191611	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008532	AGCTT	2	10	195423	195432	20 %	40 %	20 %	20 %	116627124
130	NC_008532	TCCAA	2	10	197831	197840	40 %	20 %	0 %	40 %	116627126
131	NC_008532	TTGGT	2	10	199994	200003	0 %	60 %	40 %	0 %	116627129
132	NC_008532	TTGCC	2	10	200425	200434	0 %	40 %	20 %	40 %	116627130
133	NC_008532	GAAAT	2	10	201373	201382	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008532	CAAGT	2	10	203065	203074	40 %	20 %	20 %	20 %	116627132
135	NC_008532	TTGGT	2	10	203290	203299	0 %	60 %	40 %	0 %	116627132
136	NC_008532	ATCGT	2	10	207148	207157	20 %	40 %	20 %	20 %	116627136
137	NC_008532	ATAAA	2	10	212793	212802	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008532	TGGCT	2	10	214510	214519	0 %	40 %	40 %	20 %	116627142
139	NC_008532	TTTCT	2	10	219157	219166	0 %	80 %	0 %	20 %	116627147
140	NC_008532	TGGTA	2	10	219310	219319	20 %	40 %	40 %	0 %	116627147
141	NC_008532	TTTCT	2	10	219352	219361	0 %	80 %	0 %	20 %	116627147
142	NC_008532	CAATC	2	10	219808	219817	40 %	20 %	0 %	40 %	116627148
143	NC_008532	AGTTC	2	10	224294	224303	20 %	40 %	20 %	20 %	116627153
144	NC_008532	TTTGG	2	10	225375	225384	0 %	60 %	40 %	0 %	116627155
145	NC_008532	AATCC	2	10	226336	226345	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_008532	TAGTA	2	10	227464	227473	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008532	ATGGG	2	10	227844	227853	20 %	20 %	60 %	0 %	116627157
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149	NC_008532	GCAAC	2	10	228272	228281	40 %	0 %	20 %	40 %	116627157
150	NC_008532	GCTTT	2	10	230342	230351	0 %	60 %	20 %	20 %	116627158
151	NC_008532	TACAT	2	10	231887	231896	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_008532	ATCAA	2	10	232382	232391	60 %	20 %	0 %	20 %	116627161
153	NC_008532	TGTCA	3	15	235025	235039	20 %	40 %	20 %	20 %	116627163
154	NC_008532	TGGTT	2	10	236129	236138	0 %	60 %	40 %	0 %	116627164
155	NC_008532	CCATG	2	10	236272	236281	20 %	20 %	20 %	40 %	116627164
156	NC_008532	AAATT	2	10	238939	238948	60 %	40 %	0 %	0 %	116627165
157	NC_008532	TGGAT	2	10	239755	239764	20 %	40 %	40 %	0 %	116627167
158	NC_008532	GAACA	2	10	240947	240956	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
159	NC_008532	ATAAA	2	10	242010	242019	80 %	20 %	0 %	0 %	116627169
160	NC_008532	ATTGA	2	10	245071	245080	40 %	40 %	20 %	0 %	116627171
161	NC_008532	TTTGA	2	10	245344	245353	20 %	60 %	20 %	0 %	116627171
162	NC_008532	GAAGA	2	10	247225	247234	60 %	0 %	40 %	0 %	116627171
163	NC_008532	GTTAC	2	10	250144	250153	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
164	NC_008532	TCTTA	2	10	251126	251135	20 %	60 %	0 %	20 %	116627174
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166	NC_008532	TTTGG	2	10	258266	258275	0 %	60 %	40 %	0 %	116627184
167	NC_008532	GATTT	2	10	259709	259718	20 %	60 %	20 %	0 %	116627185
168	NC_008532	TATAA	2	10	260497	260506	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_008532	ATGTA	2	10	260821	260830	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
170	NC_008532	TGTCC	2	10	261273	261282	0 %	40 %	20 %	40 %	116627188
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172	NC_008532	TCCTT	2	10	263466	263475	0 %	60 %	0 %	40 %	116627191
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174	NC_008532	TTGGT	2	10	273235	273244	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
175	NC_008532	TATGG	2	10	274299	274308	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
176	NC_008532	CTTTT	2	10	276154	276163	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
177	NC_008532	AGTAG	2	10	276271	276280	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
178	NC_008532	GTTTA	2	10	277671	277680	20 %	60 %	20 %	0 %	116627203
179	NC_008532	TGGTA	2	10	277747	277756	20 %	40 %	40 %	0 %	116627203
180	NC_008532	TTCTT	2	10	285007	285016	0 %	80 %	0 %	20 %	116627213
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182	NC_008532	GATGT	2	10	286846	286855	20 %	40 %	40 %	0 %	116627216
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184	NC_008532	ATTTT	2	10	288822	288831	20 %	80 %	0 %	0 %	116627216
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199	NC_008532	AATTT	2	10	309342	309351	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
200	NC_008532	AGATG	2	10	311986	311995	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
201	NC_008532	CCAAG	2	10	313969	313978	40 %	0 %	20 %	40 %	116627236
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203	NC_008532	CCAGA	2	10	314483	314492	40 %	0 %	20 %	40 %	116627237
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207	NC_008532	TAAAA	2	10	321010	321019	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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219	NC_008532	TTTAA	2	10	329533	329542	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
220	NC_008532	ATTAA	2	10	329554	329563	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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239	NC_008532	TTGAG	2	10	364237	364246	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
240	NC_008532	TGAAT	2	10	365585	365594	40 %	40 %	20 %	0 %	116627284
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254	NC_008532	TCTAT	2	10	383408	383417	20 %	60 %	0 %	20 %	116627304
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256	NC_008532	GAACA	2	10	385172	385181	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
257	NC_008532	TTGAG	2	10	387550	387559	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
258	NC_008532	AGGTA	2	10	388055	388064	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
259	NC_008532	ATTTG	2	10	388351	388360	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
260	NC_008532	GGTTT	2	10	391623	391632	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
261	NC_008532	GATGA	2	10	393863	393872	40 %	20 %	40 %	0 %	116627309
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264	NC_008532	ACCTT	2	10	400195	400204	20 %	40 %	0 %	40 %	116627315
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269	NC_008532	CTTTT	2	10	406367	406376	0 %	80 %	0 %	20 %	116627321
270	NC_008532	AGAAA	2	10	408413	408422	80 %	0 %	20 %	0 %	116627322
271	NC_008532	AAATC	2	10	412093	412102	60 %	20 %	0 %	20 %	116627326
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273	NC_008532	AAGAA	2	10	414709	414718	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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402	NC_008532	TCAAG	2	10	604358	604367	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
403	NC_008532	GAATT	2	10	604816	604825	40 %	40 %	20 %	0 %	116627504
404	NC_008532	GATTT	2	10	605534	605543	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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