MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella flexneri 5 str. 8401 chromosome

Total Repeats: 93120

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
11001	NC_008258	GC	3	6	544044	544049	0 %	0 %	50 %	50 %	110804559
11002	NC_008258	CGA	2	6	544051	544056	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804559
11003	NC_008258	GGT	2	6	544097	544102	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804559
11004	NC_008258	GC	3	6	544190	544195	0 %	0 %	50 %	50 %	110804559
11005	NC_008258	TGA	2	6	544231	544236	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804559
11006	NC_008258	TGT	2	6	544249	544254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804559
11007	NC_008258	CAG	2	6	544295	544300	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804559
11008	NC_008258	TGG	2	6	544315	544320	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804559
11009	NC_008258	TGG	2	6	544338	544343	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804559
11010	NC_008258	CGC	2	6	544400	544405	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804559
11011	NC_008258	GTG	2	6	544416	544421	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804559
11012	NC_008258	CGT	2	6	544459	544464	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804559
11013	NC_008258	AAT	2	6	544467	544472	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804559
11014	NC_008258	CTG	2	6	544575	544580	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804559
11015	NC_008258	TGA	2	6	544615	544620	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804559
11016	NC_008258	GAT	2	6	544637	544642	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804559
11017	NC_008258	GGC	2	6	544644	544649	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804559
11018	NC_008258	TAT	2	6	544679	544684	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804559
11019	NC_008258	CGG	2	6	544687	544692	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804559
11020	NC_008258	CGA	2	6	544775	544780	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11021	NC_008258	CAA	2	6	544809	544814	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11022	NC_008258	A	6	6	544813	544818	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11023	NC_008258	AC	3	6	544820	544825	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11024	NC_008258	ATC	2	6	545029	545034	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804560
11025	NC_008258	TGG	2	6	545066	545071	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804560
11026	NC_008258	CT	3	6	545140	545145	0 %	50 %	0 %	50 %	110804560
11027	NC_008258	ACT	2	6	545153	545158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804560
11028	NC_008258	TGG	2	6	545174	545179	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804560
11029	NC_008258	GCC	2	6	545254	545259	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804560
11030	NC_008258	TAT	2	6	545265	545270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804560
11031	NC_008258	ATC	2	6	545350	545355	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804560
11032	NC_008258	GCT	2	6	545379	545384	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804560
11033	NC_008258	CGG	2	6	545397	545402	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804560
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11036	NC_008258	CGG	2	6	545502	545507	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804560
11037	NC_008258	GC	3	6	545539	545544	0 %	0 %	50 %	50 %	110804560
11038	NC_008258	A	6	6	545552	545557	100 %	0 %	0 %	0 %	110804560
11039	NC_008258	GGT	2	6	545580	545585	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804560
11040	NC_008258	CTG	2	6	545596	545601	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804560
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11042	NC_008258	GTGG	2	8	545643	545650	0 %	25 %	75 %	0 %	110804560
11043	NC_008258	TGA	2	6	545678	545683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804560
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11045	NC_008258	CTG	2	6	545917	545922	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804560
11046	NC_008258	CTG	2	6	545941	545946	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804560
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11049	NC_008258	GCT	2	6	546057	546062	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804560
11050	NC_008258	TGC	2	6	546110	546115	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804560
11051	NC_008258	GATG	2	8	546126	546133	25 %	25 %	50 %	0 %	110804560
11052	NC_008258	CTG	2	6	546154	546159	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804560
11053	NC_008258	T	7	7	546272	546278	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11054	NC_008258	AG	3	6	546303	546308	50 %	0 %	50 %	0 %	110804561
11055	NC_008258	TGA	2	6	546333	546338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804561
11056	NC_008258	AT	3	6	546382	546387	50 %	50 %	0 %	0 %	110804561
11057	NC_008258	CAC	2	6	546416	546421	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804561
11058	NC_008258	GGC	2	6	546634	546639	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804561
11059	NC_008258	TCA	2	6	546693	546698	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804561
11060	NC_008258	ATACTG	2	12	546723	546734	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110804561
11061	NC_008258	CGCC	2	8	546747	546754	0 %	0 %	25 %	75 %	110804561
11062	NC_008258	GGT	2	6	546851	546856	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804561
11063	NC_008258	CCAG	2	8	546904	546911	25 %	0 %	25 %	50 %	110804561
11064	NC_008258	CCA	2	6	546955	546960	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804561
11065	NC_008258	CAG	2	6	547049	547054	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804561
11066	NC_008258	ATC	2	6	547059	547064	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804561
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11069	NC_008258	CAT	2	6	547202	547207	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804561
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11071	NC_008258	ACC	2	6	547398	547403	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804561
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11074	NC_008258	CGG	2	6	547429	547434	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804561
11075	NC_008258	ATA	2	6	547443	547448	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804561
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11078	NC_008258	GATC	2	8	547477	547484	25 %	25 %	25 %	25 %	110804561
11079	NC_008258	ACA	2	6	547543	547548	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11080	NC_008258	ATG	2	6	547556	547561	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11081	NC_008258	AG	3	6	547628	547633	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11082	NC_008258	GGT	2	6	547651	547656	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804562
11083	NC_008258	AGCGT	2	10	547682	547691	20 %	20 %	40 %	20 %	110804562
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11085	NC_008258	AAC	2	6	547723	547728	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804562
11086	NC_008258	GCG	2	6	547781	547786	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804562
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11088	NC_008258	CAT	3	9	547884	547892	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804562
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11090	NC_008258	CAA	2	6	547992	547997	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804562
11091	NC_008258	ACG	2	6	548045	548050	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804562
11092	NC_008258	TTG	2	6	548075	548080	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804562
11093	NC_008258	CTT	2	6	548124	548129	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804562
11094	NC_008258	CAA	2	6	548139	548144	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804562
11095	NC_008258	T	6	6	548227	548232	0 %	100 %	0 %	0 %	110804562
11096	NC_008258	GTAA	2	8	548303	548310	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
11097	NC_008258	CAG	2	6	548321	548326	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11098	NC_008258	T	6	6	548400	548405	0 %	100 %	0 %	0 %	110804563
11099	NC_008258	ACC	2	6	548429	548434	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804563
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11101	NC_008258	CGA	2	6	548620	548625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804563
11102	NC_008258	GCC	2	6	548641	548646	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804563
11103	NC_008258	GCA	3	9	548989	548997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804564
11104	NC_008258	AG	3	6	549002	549007	50 %	0 %	50 %	0 %	110804564
11105	NC_008258	CTG	2	6	549028	549033	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804564
11106	NC_008258	GGT	2	6	549035	549040	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804564
11107	NC_008258	TTC	2	6	549106	549111	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11108	NC_008258	GCC	2	6	549181	549186	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804565
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11110	NC_008258	TTCA	2	8	549217	549224	25 %	50 %	0 %	25 %	110804565
11111	NC_008258	GAC	2	6	549232	549237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804565
11112	NC_008258	T	6	6	549297	549302	0 %	100 %	0 %	0 %	110804565
11113	NC_008258	CGA	2	6	549335	549340	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804565
11114	NC_008258	CAG	2	6	549412	549417	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804565
11115	NC_008258	ATC	2	6	549599	549604	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804565
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11118	NC_008258	A	6	6	549690	549695	100 %	0 %	0 %	0 %	110804565
11119	NC_008258	AT	3	6	549737	549742	50 %	50 %	0 %	0 %	110804565
11120	NC_008258	CGG	2	6	549750	549755	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804565
11121	NC_008258	GCA	2	6	549795	549800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804565
11122	NC_008258	CTG	2	6	549862	549867	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804565
11123	NC_008258	CGTT	2	8	549892	549899	0 %	50 %	25 %	25 %	110804565
11124	NC_008258	CGTT	2	8	549905	549912	0 %	50 %	25 %	25 %	110804565
11125	NC_008258	CCT	2	6	549921	549926	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	110804565
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11129	NC_008258	CGG	2	6	550171	550176	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804565
11130	NC_008258	ACC	2	6	550181	550186	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804565
11131	NC_008258	T	8	8	550330	550337	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11132	NC_008258	GCTG	2	8	550405	550412	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11133	NC_008258	GAA	2	6	550418	550423	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11134	NC_008258	A	7	7	550446	550452	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11135	NC_008258	TAAA	2	8	550512	550519	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
11136	NC_008258	TTG	2	6	550528	550533	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11137	NC_008258	TTG	2	6	550648	550653	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11138	NC_008258	ACT	2	6	550729	550734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804566
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11145	NC_008258	CG	3	6	551016	551021	0 %	0 %	50 %	50 %	110804566
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11160	NC_008258	TCTG	2	8	551909	551916	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
11161	NC_008258	TAA	2	6	551940	551945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11162	NC_008258	TTG	2	6	551993	551998	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11163	NC_008258	T	7	7	552058	552064	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11164	NC_008258	AT	3	6	552066	552071	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11165	NC_008258	ATC	2	6	552154	552159	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804568
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11186	NC_008258	A	6	6	553738	553743	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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11204	NC_008258	CGG	2	6	555074	555079	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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11209	NC_008258	GTCAG	2	10	555413	555422	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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11228	NC_008258	AT	3	6	556197	556202	50 %	50 %	0 %	0 %	110804572
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11231	NC_008258	CAA	2	6	556275	556280	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11232	NC_008258	ACGT	2	8	556323	556330	25 %	25 %	25 %	25 %	110804573
11233	NC_008258	CGC	2	6	556446	556451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804573
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11235	NC_008258	GCTG	2	8	556541	556548	0 %	25 %	50 %	25 %	110804573
11236	NC_008258	CTT	2	6	556564	556569	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804573
11237	NC_008258	GCT	3	9	556572	556580	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804573
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11239	NC_008258	GAT	2	6	556663	556668	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804573
11240	NC_008258	GTTTT	2	10	556688	556697	0 %	80 %	20 %	0 %	110804573
11241	NC_008258	CGCC	2	8	556896	556903	0 %	0 %	25 %	75 %	110804573
11242	NC_008258	AGCC	2	8	556904	556911	25 %	0 %	25 %	50 %	110804573
11243	NC_008258	TTG	2	6	556940	556945	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804573
11244	NC_008258	AGC	2	6	556986	556991	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804573
11245	NC_008258	AGC	2	6	557007	557012	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804573
11246	NC_008258	TGA	2	6	557165	557170	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804573
11247	NC_008258	GTCA	2	8	557203	557210	25 %	25 %	25 %	25 %	110804573
11248	NC_008258	TGT	2	6	557217	557222	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804573
11249	NC_008258	CGGT	2	8	557267	557274	0 %	25 %	50 %	25 %	110804573
11250	NC_008258	CAGCGT	2	12	557374	557385	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110804573
11251	NC_008258	AATC	2	8	557400	557407	50 %	25 %	0 %	25 %	110804573
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11253	NC_008258	CGA	2	6	557454	557459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804573
11254	NC_008258	CCGC	2	8	557498	557505	0 %	0 %	25 %	75 %	110804573
11255	NC_008258	GT	3	6	557534	557539	0 %	50 %	50 %	0 %	110804573
11256	NC_008258	TGG	2	6	557559	557564	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804573
11257	NC_008258	GGTT	2	8	557622	557629	0 %	50 %	50 %	0 %	110804573
11258	NC_008258	CGAG	2	8	557644	557651	25 %	0 %	50 %	25 %	110804573
11259	NC_008258	GGC	2	6	557703	557708	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804573
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11263	NC_008258	CG	3	6	557831	557836	0 %	0 %	50 %	50 %	110804573
11264	NC_008258	TCG	2	6	557912	557917	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804573
11265	NC_008258	TGG	2	6	557952	557957	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804573
11266	NC_008258	CGC	2	6	558015	558020	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804573
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11268	NC_008258	ATG	2	6	558035	558040	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804573
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11273	NC_008258	CGCCA	2	10	558159	558168	20 %	0 %	20 %	60 %	110804573
11274	NC_008258	GCT	2	6	558190	558195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804573
11275	NC_008258	TCAA	2	8	558209	558216	50 %	25 %	0 %	25 %	110804573
11276	NC_008258	TGG	2	6	558282	558287	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804573
11277	NC_008258	GAT	2	6	558322	558327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804573
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11282	NC_008258	CTT	2	6	558523	558528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804573
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11286	NC_008258	TTAA	2	8	558651	558658	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11287	NC_008258	GC	3	6	558676	558681	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11288	NC_008258	TGCAAA	2	12	558693	558704	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11289	NC_008258	TTA	2	6	558708	558713	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11290	NC_008258	AT	3	6	558726	558731	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11291	NC_008258	CAAT	2	8	558737	558744	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
11292	NC_008258	TGG	2	6	558807	558812	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804574
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11328	NC_008258	CGC	2	6	561003	561008	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804576
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11333	NC_008258	CGT	2	6	561169	561174	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804576
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11339	NC_008258	TGC	2	6	561509	561514	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804576
11340	NC_008258	GC	3	6	561581	561586	0 %	0 %	50 %	50 %	110804576
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11348	NC_008258	AACC	2	8	561924	561931	50 %	0 %	0 %	50 %	110804576
11349	NC_008258	C	6	6	561953	561958	0 %	0 %	0 %	100 %	110804576
11350	NC_008258	CAC	2	6	561991	561996	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804576
11351	NC_008258	ATC	2	6	562006	562011	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804576
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11353	NC_008258	A	6	6	562130	562135	100 %	0 %	0 %	0 %	110804576
11354	NC_008258	CGCT	2	8	562232	562239	0 %	25 %	25 %	50 %	110804576
11355	NC_008258	GCA	2	6	562242	562247	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804576
11356	NC_008258	GCA	2	6	562300	562305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804576
11357	NC_008258	TTG	2	6	562307	562312	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804576
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11360	NC_008258	GCG	2	6	562459	562464	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804576
11361	NC_008258	GCA	2	6	562517	562522	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804576
11362	NC_008258	GAT	2	6	562575	562580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804576
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11364	NC_008258	GAC	2	6	562652	562657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804576
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