MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Synechococcus sp. JA-3-3Ab chromosome

Total Repeats: 2274

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007775	CCTCA	2	10	869	878	20 %	20 %	0 %	60 %	86604734
2	NC_007775	GGGCT	2	10	1658	1667	0 %	20 %	60 %	20 %	86604735
3	NC_007775	CCCTT	2	10	2241	2250	0 %	40 %	0 %	60 %	86604735
4	NC_007775	CAAAA	2	10	3174	3183	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_007775	GGCCA	2	10	5455	5464	20 %	0 %	40 %	40 %	86604738
6	NC_007775	TCCGC	2	10	6853	6862	0 %	20 %	20 %	60 %	86604740
7	NC_007775	TCTGT	2	10	7425	7434	0 %	60 %	20 %	20 %	86604741
8	NC_007775	AGCTG	2	10	8508	8517	20 %	20 %	40 %	20 %	86604741
9	NC_007775	GCTCA	2	10	10280	10289	20 %	20 %	20 %	40 %	86604742
10	NC_007775	GGTCT	2	10	10517	10526	0 %	40 %	40 %	20 %	86604742
11	NC_007775	GGCGG	2	10	10618	10627	0 %	0 %	80 %	20 %	86604742
12	NC_007775	ACCCC	2	10	14477	14486	20 %	0 %	0 %	80 %	86604746
13	NC_007775	TCCAA	2	10	14960	14969	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_007775	GCGCC	2	10	17618	17627	0 %	0 %	40 %	60 %	86604750
15	NC_007775	AAGGC	2	10	18583	18592	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_007775	AAGTA	2	10	22323	22332	60 %	20 %	20 %	0 %	86604757
17	NC_007775	GCCGC	2	10	23530	23539	0 %	0 %	40 %	60 %	86604758
18	NC_007775	CCGCA	2	10	26409	26418	20 %	0 %	20 %	60 %	86604760
19	NC_007775	GCGCT	2	10	28036	28045	0 %	20 %	40 %	40 %	86604762
20	NC_007775	AAAGA	2	10	28697	28706	80 %	0 %	20 %	0 %	86604762
21	NC_007775	GGGTA	2	10	29551	29560	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007775	GAGCT	2	10	29690	29699	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007775	GGGAA	2	10	30471	30480	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007775	AGCTC	2	10	31014	31023	20 %	20 %	20 %	40 %	86604765
25	NC_007775	GCCCC	2	10	32282	32291	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
26	NC_007775	GGTTT	2	10	32639	32648	0 %	60 %	40 %	0 %	86604766
27	NC_007775	GGCCT	2	10	33699	33708	0 %	20 %	40 %	40 %	86604767
28	NC_007775	TCTCA	2	10	34229	34238	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_007775	TTTAA	2	10	34509	34518	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007775	CCAGC	2	10	35943	35952	20 %	0 %	20 %	60 %	86604771
31	NC_007775	CTGAA	2	10	36269	36278	40 %	20 %	20 %	20 %	86604771
32	NC_007775	GCGCA	2	10	38942	38951	20 %	0 %	40 %	40 %	86604773
33	NC_007775	GCCCT	2	10	40671	40680	0 %	20 %	20 %	60 %	86604774
34	NC_007775	CGGGG	2	10	41762	41771	0 %	0 %	80 %	20 %	86604775
35	NC_007775	GGCGC	2	10	42125	42134	0 %	0 %	60 %	40 %	86604775
36	NC_007775	CTTGC	2	10	43441	43450	0 %	40 %	20 %	40 %	86604776
37	NC_007775	TGAGA	2	10	43856	43865	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007775	GCAGA	2	10	45892	45901	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_007775	AGCTT	2	10	45986	45995	20 %	40 %	20 %	20 %	86604779
40	NC_007775	CTTTG	2	10	47652	47661	0 %	60 %	20 %	20 %	86604780
41	NC_007775	CAATC	2	10	48675	48684	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_007775	ATTGA	2	10	48702	48711	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007775	TCAGC	2	10	48930	48939	20 %	20 %	20 %	40 %	86604782
44	NC_007775	CCCAG	2	10	49019	49028	20 %	0 %	20 %	60 %	86604782
45	NC_007775	CCCGG	2	10	51510	51519	0 %	0 %	40 %	60 %	86604784
46	NC_007775	TTAAA	2	10	52686	52695	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007775	CCGGG	2	10	53352	53361	0 %	0 %	60 %	40 %	86604787
48	NC_007775	CAAGG	2	10	54312	54321	40 %	0 %	40 %	20 %	86604788
49	NC_007775	CAGAT	2	10	54940	54949	40 %	20 %	20 %	20 %	86604788
50	NC_007775	TGCCT	2	10	59005	59014	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_007775	AAAAC	2	10	60386	60395	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_007775	AAACA	2	10	60545	60554	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_007775	AGCCA	2	10	60612	60621	40 %	0 %	20 %	40 %	86604794
54	NC_007775	AGCTA	2	10	61356	61365	40 %	20 %	20 %	20 %	86604794
55	NC_007775	ATCCC	2	10	61560	61569	20 %	20 %	0 %	60 %	86604795
56	NC_007775	CAGGG	2	10	63234	63243	20 %	0 %	60 %	20 %	86604797
57	NC_007775	ATCCG	2	10	63730	63739	20 %	20 %	20 %	40 %	86604798
58	NC_007775	CCAGT	2	10	65208	65217	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_007775	CGGAT	2	10	66695	66704	20 %	20 %	40 %	20 %	86604800
60	NC_007775	ATTTT	2	10	67063	67072	20 %	80 %	0 %	0 %	86604801
61	NC_007775	GCAGG	2	10	68391	68400	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
62	NC_007775	TAGCC	2	10	70744	70753	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_007775	CTCGG	2	10	70816	70825	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_007775	TGCCC	2	10	71407	71416	0 %	20 %	20 %	60 %	86604804
65	NC_007775	TTGCT	2	10	73223	73232	0 %	60 %	20 %	20 %	86604805
66	NC_007775	CTGGG	2	10	73470	73479	0 %	20 %	60 %	20 %	86604806
67	NC_007775	AGCCA	2	10	73504	73513	40 %	0 %	20 %	40 %	86604806
68	NC_007775	GTCCC	2	10	73785	73794	0 %	20 %	20 %	60 %	86604806
69	NC_007775	GCCCA	2	10	74464	74473	20 %	0 %	20 %	60 %	86604806
70	NC_007775	TGGCC	2	10	75041	75050	0 %	20 %	40 %	40 %	86604806
71	NC_007775	TGCTT	2	10	75760	75769	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_007775	TAAGC	2	10	77238	77247	40 %	20 %	20 %	20 %	86604807
73	NC_007775	CTCCC	2	10	78964	78973	0 %	20 %	0 %	80 %	86604810
74	NC_007775	TAGAA	2	10	81917	81926	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007775	GGGGC	2	10	82007	82016	0 %	0 %	80 %	20 %	86604813
76	NC_007775	TCAAA	2	10	82977	82986	60 %	20 %	0 %	20 %	86604814
77	NC_007775	GGTGC	2	10	83357	83366	0 %	20 %	60 %	20 %	86604814
78	NC_007775	GCCCA	2	10	86590	86599	20 %	0 %	20 %	60 %	86604818
79	NC_007775	CGGGG	2	10	86647	86656	0 %	0 %	80 %	20 %	86604818
80	NC_007775	CCAGC	2	10	86877	86886	20 %	0 %	20 %	60 %	86604818
81	NC_007775	ATTAA	2	10	87833	87842	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007775	GTCTT	2	10	88208	88217	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_007775	CTTCC	2	10	88483	88492	0 %	40 %	0 %	60 %	86604821
84	NC_007775	ACCAA	2	10	91731	91740	60 %	0 %	0 %	40 %	86604824
85	NC_007775	GATGC	2	10	91811	91820	20 %	20 %	40 %	20 %	86604824
86	NC_007775	GCCCG	3	15	92113	92127	0 %	0 %	40 %	60 %	86604824
87	NC_007775	CCCGC	2	10	92959	92968	0 %	0 %	20 %	80 %	86604825
88	NC_007775	GCTTG	2	10	94925	94934	0 %	40 %	40 %	20 %	86604827
89	NC_007775	GGCGG	2	10	95576	95585	0 %	0 %	80 %	20 %	86604829
90	NC_007775	CCCTG	2	10	95593	95602	0 %	20 %	20 %	60 %	86604829
91	NC_007775	GCCCA	2	10	99358	99367	20 %	0 %	20 %	60 %	86604833
92	NC_007775	CCCGG	2	10	101568	101577	0 %	0 %	40 %	60 %	86604835
93	NC_007775	GAAAA	2	10	103687	103696	80 %	0 %	20 %	0 %	86604838
94	NC_007775	TCGCG	2	10	104755	104764	0 %	20 %	40 %	40 %	86604839
95	NC_007775	TCTCC	2	10	104940	104949	0 %	40 %	0 %	60 %	86604839
96	NC_007775	GGCCG	2	10	108023	108032	0 %	0 %	60 %	40 %	86604843
97	NC_007775	ACGGC	2	10	108313	108322	20 %	0 %	40 %	40 %	86604843
98	NC_007775	GCAGA	2	10	108781	108790	40 %	0 %	40 %	20 %	86604844
99	NC_007775	AAGCC	2	10	109312	109321	40 %	0 %	20 %	40 %	86604844
100	NC_007775	GGCGG	2	10	111433	111442	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
101	NC_007775	GCGGG	2	10	111601	111610	0 %	0 %	80 %	20 %	86604847
102	NC_007775	GCCCA	2	10	113648	113657	20 %	0 %	20 %	60 %	86604848
103	NC_007775	TCCGC	2	10	114120	114129	0 %	20 %	20 %	60 %	86604848
104	NC_007775	CTGCA	2	10	114469	114478	20 %	20 %	20 %	40 %	86604848
105	NC_007775	TTGCT	2	10	117422	117431	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_007775	CGACG	2	10	117993	118002	20 %	0 %	40 %	40 %	86604856
107	NC_007775	GTGGA	2	10	119417	119426	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007775	TGACG	2	10	119743	119752	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_007775	AACTC	2	10	122066	122075	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_007775	GAGCA	2	10	125148	125157	40 %	0 %	40 %	20 %	86604860
111	NC_007775	GCCTT	2	10	126801	126810	0 %	40 %	20 %	40 %	86604862
112	NC_007775	CAGAG	2	10	127656	127665	40 %	0 %	40 %	20 %	86604862
113	NC_007775	TCGAA	2	10	132935	132944	40 %	20 %	20 %	20 %	86604867
114	NC_007775	TCCAG	2	10	133021	133030	20 %	20 %	20 %	40 %	86604867
115	NC_007775	CTTGC	2	10	133311	133320	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_007775	GTCTC	2	10	133770	133779	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_007775	GGGCA	2	10	135007	135016	20 %	0 %	60 %	20 %	86604869
118	NC_007775	GGGCA	2	10	135598	135607	20 %	0 %	60 %	20 %	86604870
119	NC_007775	GACTT	2	10	136170	136179	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_007775	TGGGC	2	10	136282	136291	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
121	NC_007775	CAAGA	2	10	137453	137462	60 %	0 %	20 %	20 %	86604872
122	NC_007775	CGCTG	2	10	138512	138521	0 %	20 %	40 %	40 %	86604872
123	NC_007775	GGGCT	2	10	139840	139849	0 %	20 %	60 %	20 %	86604874
124	NC_007775	GGCCT	2	10	139996	140005	0 %	20 %	40 %	40 %	86604874
125	NC_007775	GCCGG	2	10	140276	140285	0 %	0 %	60 %	40 %	86604874
126	NC_007775	TGCTT	2	10	141376	141385	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_007775	CCCGC	2	10	141962	141971	0 %	0 %	20 %	80 %	86604876
128	NC_007775	GGGAG	2	10	142172	142181	20 %	0 %	80 %	0 %	86604876
129	NC_007775	CCAGT	2	10	144638	144647	20 %	20 %	20 %	40 %	86604877
130	NC_007775	TAGCT	2	10	145680	145689	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_007775	CTGGG	2	10	145941	145950	0 %	20 %	60 %	20 %	86604878
132	NC_007775	CAGCC	2	10	147529	147538	20 %	0 %	20 %	60 %	86604879
133	NC_007775	GCGCC	2	10	147897	147906	0 %	0 %	40 %	60 %	86604879
134	NC_007775	AGGAT	2	10	148361	148370	40 %	20 %	40 %	0 %	86604879
135	NC_007775	GGCAG	2	10	150368	150377	20 %	0 %	60 %	20 %	86604882
136	NC_007775	AGATG	2	10	150623	150632	40 %	20 %	40 %	0 %	86604882
137	NC_007775	GACTG	2	10	152926	152935	20 %	20 %	40 %	20 %	86604886
138	NC_007775	TGGGC	2	10	156401	156410	0 %	20 %	60 %	20 %	86604889
139	NC_007775	CAGAG	2	10	157671	157680	40 %	0 %	40 %	20 %	86604890
140	NC_007775	CAGGC	2	10	157740	157749	20 %	0 %	40 %	40 %	86604890
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271	NC_007775	CTCCC	2	10	348831	348840	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
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392	NC_007775	GGCGA	2	10	496109	496118	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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