MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Shigella boydii Sb227 plasmid pSB4_227

Total Repeats: 373

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007608	CAGC	2	8	26	33	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_007608	ATCT	2	8	122	129	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_007608	TCGT	2	8	169	176	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_007608	GCGA	2	8	244	251	25 %	0 %	50 %	25 %	82524666
5	NC_007608	GTCA	2	8	499	506	25 %	25 %	25 %	25 %	82524665
6	NC_007608	GCGA	2	8	869	876	25 %	0 %	50 %	25 %	161984778
7	NC_007608	CTTT	2	8	1336	1343	0 %	75 %	0 %	25 %	161984778
8	NC_007608	CCAT	2	8	1588	1595	25 %	25 %	0 %	50 %	161984778
9	NC_007608	CTTC	2	8	1863	1870	0 %	50 %	0 %	50 %	82524668
10	NC_007608	CTGG	2	8	1898	1905	0 %	25 %	50 %	25 %	82524668
11	NC_007608	ATCA	2	8	2024	2031	50 %	25 %	0 %	25 %	82524668
12	NC_007608	GTAG	2	8	2303	2310	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007608	TCTA	2	8	2684	2691	25 %	50 %	0 %	25 %	82524669
14	NC_007608	ACAA	2	8	2993	3000	75 %	0 %	0 %	25 %	82524669
15	NC_007608	TCTT	2	8	3116	3123	0 %	75 %	0 %	25 %	82524669
16	NC_007608	AATT	2	8	3681	3688	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007608	AAAT	2	8	3698	3705	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007608	CGCT	2	8	3896	3903	0 %	25 %	25 %	50 %	82524670
19	NC_007608	TTAT	2	8	4107	4114	25 %	75 %	0 %	0 %	82524670
20	NC_007608	TTGG	2	8	4191	4198	0 %	50 %	50 %	0 %	82524670
21	NC_007608	GCCA	2	8	5180	5187	25 %	0 %	25 %	50 %	82524672
22	NC_007608	CAGC	2	8	5313	5320	25 %	0 %	25 %	50 %	82524672
23	NC_007608	AGGA	2	8	5653	5660	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007608	AAGT	2	8	5782	5789	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007608	GCGA	2	8	6199	6206	25 %	0 %	50 %	25 %	161984779
26	NC_007608	CTTT	2	8	6666	6673	0 %	75 %	0 %	25 %	161984779
27	NC_007608	CCAT	2	8	6918	6925	25 %	25 %	0 %	50 %	161984779
28	NC_007608	CTTC	2	8	7193	7200	0 %	50 %	0 %	50 %	82524674
29	NC_007608	CTGG	2	8	7228	7235	0 %	25 %	50 %	25 %	82524674
30	NC_007608	ATCA	2	8	7354	7361	50 %	25 %	0 %	25 %	82524674
31	NC_007608	GATA	2	8	7748	7755	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007608	CCGG	2	8	8139	8146	0 %	0 %	50 %	50 %	82524675
33	NC_007608	CGAC	2	8	8571	8578	25 %	0 %	25 %	50 %	82524676
34	NC_007608	TCTG	2	8	8690	8697	0 %	50 %	25 %	25 %	82524676
35	NC_007608	AGGA	2	8	9127	9134	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007608	TATT	2	8	9806	9813	25 %	75 %	0 %	0 %	82524679
37	NC_007608	TGTT	2	8	10766	10773	0 %	75 %	25 %	0 %	82524679
38	NC_007608	AAAT	2	8	11110	11117	75 %	25 %	0 %	0 %	82524679
39	NC_007608	ACAT	2	8	11157	11164	50 %	25 %	0 %	25 %	82524679
40	NC_007608	TTTA	2	8	11481	11488	25 %	75 %	0 %	0 %	82524679
41	NC_007608	CATG	2	8	12384	12391	25 %	25 %	25 %	25 %	82524680
42	NC_007608	ATTG	2	8	12684	12691	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007608	CCTG	2	8	13130	13137	0 %	25 %	25 %	50 %	82524681
44	NC_007608	TCAT	2	8	13740	13747	25 %	50 %	0 %	25 %	82524682
45	NC_007608	TCTT	2	8	14079	14086	0 %	75 %	0 %	25 %	82524682
46	NC_007608	CATT	2	8	14409	14416	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_007608	TTTG	2	8	14874	14881	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007608	ATTG	2	8	15030	15037	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007608	CCAG	2	8	15528	15535	25 %	0 %	25 %	50 %	82524683
50	NC_007608	CTGT	2	8	16033	16040	0 %	50 %	25 %	25 %	82524685
51	NC_007608	TACT	2	8	16153	16160	25 %	50 %	0 %	25 %	82524685
52	NC_007608	CAGT	2	8	16221	16228	25 %	25 %	25 %	25 %	82524686
53	NC_007608	ACTG	2	8	16235	16242	25 %	25 %	25 %	25 %	82524686
54	NC_007608	CGTC	2	8	16674	16681	0 %	25 %	25 %	50 %	82524686
55	NC_007608	GCCG	2	8	17930	17937	0 %	0 %	50 %	50 %	82524687
56	NC_007608	CTGG	2	8	18046	18053	0 %	25 %	50 %	25 %	82524688
57	NC_007608	TCCG	2	8	18754	18761	0 %	25 %	25 %	50 %	82524691
58	NC_007608	ATCC	2	8	19299	19306	25 %	25 %	0 %	50 %	82524692
59	NC_007608	ATTC	2	8	19539	19546	25 %	50 %	0 %	25 %	82524692
60	NC_007608	TTGA	2	8	19852	19859	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007608	CAAC	2	8	20030	20037	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_007608	ACTA	2	8	20150	20157	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_007608	ATGA	2	8	20290	20297	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007608	TCAG	2	8	20372	20379	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_007608	GCAG	2	8	20847	20854	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_007608	AATA	2	8	21182	21189	75 %	25 %	0 %	0 %	82524694
67	NC_007608	TTTC	2	8	21352	21359	0 %	75 %	0 %	25 %	82524694
68	NC_007608	CAGA	2	8	21784	21791	50 %	0 %	25 %	25 %	82524694
69	NC_007608	AAAC	2	8	21933	21940	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_007608	ACGA	2	8	21987	21994	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_007608	ATGA	2	8	22748	22755	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007608	AAAT	2	8	23086	23093	75 %	25 %	0 %	0 %	82524696
73	NC_007608	AAGT	2	8	23608	23615	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007608	GCCT	2	8	24074	24081	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_007608	GGCT	2	8	24172	24179	0 %	25 %	50 %	25 %	82524697
76	NC_007608	GCCA	2	8	25057	25064	25 %	0 %	25 %	50 %	82524698
77	NC_007608	CAGC	2	8	25190	25197	25 %	0 %	25 %	50 %	82524698
78	NC_007608	AGGA	2	8	25530	25537	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007608	TCGC	2	8	26414	26421	0 %	25 %	25 %	50 %	82524699
80	NC_007608	CATT	2	8	26468	26475	25 %	50 %	0 %	25 %	82524699
81	NC_007608	GCTG	2	8	26967	26974	0 %	25 %	50 %	25 %	82524700
82	NC_007608	TTAC	2	8	27863	27870	25 %	50 %	0 %	25 %	82524702
83	NC_007608	GTAT	2	8	28050	28057	25 %	50 %	25 %	0 %	82524702
84	NC_007608	GTGG	2	8	28230	28237	0 %	25 %	75 %	0 %	82524702
85	NC_007608	CTCA	2	8	28612	28619	25 %	25 %	0 %	50 %	82524703
86	NC_007608	TCAG	2	8	28863	28870	25 %	25 %	25 %	25 %	82524703
87	NC_007608	CAGA	2	8	29062	29069	50 %	0 %	25 %	25 %	82524703
88	NC_007608	CCGT	2	8	29558	29565	0 %	25 %	25 %	50 %	82524705
89	NC_007608	ATTC	2	8	29701	29708	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_007608	TGCA	2	8	29768	29775	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_007608	TAAG	2	8	29856	29863	50 %	25 %	25 %	0 %	82524706
92	NC_007608	GGAT	2	8	30736	30743	25 %	25 %	50 %	0 %	82524706
93	NC_007608	ACCG	2	8	31052	31059	25 %	0 %	25 %	50 %	82524707
94	NC_007608	ACAG	2	8	31233	31240	50 %	0 %	25 %	25 %	82524707
95	NC_007608	ACGT	2	8	31914	31921	25 %	25 %	25 %	25 %	82524707
96	NC_007608	CTGG	2	8	32391	32398	0 %	25 %	50 %	25 %	82524708
97	NC_007608	GGTT	2	8	32651	32658	0 %	50 %	50 %	0 %	82524708
98	NC_007608	TCCT	2	8	33097	33104	0 %	50 %	0 %	50 %	82524709
99	NC_007608	GCAT	2	8	33368	33375	25 %	25 %	25 %	25 %	82524709
100	NC_007608	TCCA	2	8	33637	33644	25 %	25 %	0 %	50 %	82524709
101	NC_007608	TCCA	2	8	33763	33770	25 %	25 %	0 %	50 %	82524709
102	NC_007608	AGCG	2	8	34781	34788	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
103	NC_007608	GTGC	2	8	34801	34808	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_007608	GTGC	2	8	35734	35741	0 %	25 %	50 %	25 %	82524712
105	NC_007608	GCAG	2	8	36566	36573	25 %	0 %	50 %	25 %	82524713
106	NC_007608	CAGA	2	8	36603	36610	50 %	0 %	25 %	25 %	82524713
107	NC_007608	GACA	2	8	36940	36947	50 %	0 %	25 %	25 %	82524714
108	NC_007608	TGCC	2	8	37441	37448	0 %	25 %	25 %	50 %	82524714
109	NC_007608	TAAA	2	8	38404	38411	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007608	ATCT	2	8	38436	38443	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_007608	AAAG	2	8	38921	38928	75 %	0 %	25 %	0 %	82524715
112	NC_007608	GCAT	2	8	39167	39174	25 %	25 %	25 %	25 %	82524715
113	NC_007608	TGAG	2	8	39418	39425	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007608	TGCT	2	8	39957	39964	0 %	50 %	25 %	25 %	82524716
115	NC_007608	CCAC	2	8	40206	40213	25 %	0 %	0 %	75 %	82524717
116	NC_007608	ATAC	2	8	40386	40393	50 %	25 %	0 %	25 %	82524717
117	NC_007608	GTAA	2	8	40573	40580	50 %	25 %	25 %	0 %	82524717
118	NC_007608	CCAC	2	8	40587	40594	25 %	0 %	0 %	75 %	82524717
119	NC_007608	TCTT	2	8	40829	40836	0 %	75 %	0 %	25 %	82524717
120	NC_007608	GCAG	2	8	42374	42381	25 %	0 %	50 %	25 %	82524720
121	NC_007608	CAGA	2	8	42411	42418	50 %	0 %	25 %	25 %	82524720
122	NC_007608	AACT	2	8	42983	42990	50 %	25 %	0 %	25 %	82524721
123	NC_007608	GTCA	2	8	43095	43102	25 %	25 %	25 %	25 %	82524722
124	NC_007608	CTGC	2	8	43253	43260	0 %	25 %	25 %	50 %	82524722
125	NC_007608	ATTC	2	8	43331	43338	25 %	50 %	0 %	25 %	82524722
126	NC_007608	TTGT	2	8	43878	43885	0 %	75 %	25 %	0 %	82524722
127	NC_007608	AGCC	2	8	44181	44188	25 %	0 %	25 %	50 %	82524722
128	NC_007608	TAAA	2	8	44646	44653	75 %	25 %	0 %	0 %	82524722
129	NC_007608	TTCG	2	8	45260	45267	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_007608	CATC	2	8	45325	45332	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_007608	GCCA	2	8	46309	46316	25 %	0 %	25 %	50 %	82524724
132	NC_007608	CAGC	2	8	46442	46449	25 %	0 %	25 %	50 %	82524724
133	NC_007608	AGGA	2	8	46782	46789	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_007608	TCCT	2	8	47009	47016	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_007608	CAGA	2	8	47446	47453	50 %	0 %	25 %	25 %	82524726
136	NC_007608	CCAC	2	8	47720	47727	25 %	0 %	0 %	75 %	82524727
137	NC_007608	ATAC	2	8	47900	47907	50 %	25 %	0 %	25 %	82524727
138	NC_007608	GTAA	2	8	48087	48094	50 %	25 %	25 %	0 %	82524727
139	NC_007608	CCAC	2	8	48101	48108	25 %	0 %	0 %	75 %	82524727
140	NC_007608	TCTT	2	8	48339	48346	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_007608	GTCA	2	8	48889	48896	25 %	25 %	25 %	25 %	82524729
142	NC_007608	CTGC	2	8	49047	49054	0 %	25 %	25 %	50 %	82524729
143	NC_007608	ATTC	2	8	49125	49132	25 %	50 %	0 %	25 %	82524729
144	NC_007608	TTGT	2	8	49672	49679	0 %	75 %	25 %	0 %	82524729
145	NC_007608	ACCT	2	8	49966	49973	25 %	25 %	0 %	50 %	82524729
146	NC_007608	TGAA	2	8	50205	50212	50 %	25 %	25 %	0 %	82524729
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.