MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Shigella dysenteriae Sd197 plasmid pSD1_197

Total Repeats: 72

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007607	GCAGAA	2	12	3111	3122	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_007607	ATTCGG	2	12	4296	4307	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_007607	CACTTA	2	12	4483	4494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_007607	CGGCTT	2	12	6686	6697	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82524415
5	NC_007607	GCCGGA	2	12	15463	15474	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	82524425
6	NC_007607	CAGGAG	2	12	24063	24074	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	82524435
7	NC_007607	TCCGCA	2	12	32736	32747	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	82524443
8	NC_007607	TTATGC	2	12	34790	34801	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_007607	TCCGCA	2	12	34927	34938	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	82524444
10	NC_007607	AAATTA	2	12	36800	36811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007607	TCCGCA	2	12	40529	40540	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	82524451
12	NC_007607	AGCCAG	2	12	41545	41556	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82524451
13	NC_007607	AAGCCG	2	12	43670	43681	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82524454
14	NC_007607	TAAGTG	2	12	44648	44659	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82524456
15	NC_007607	TAAGTG	2	12	52076	52087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82524464
16	NC_007607	CGTGAT	2	12	52663	52674	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	82524466
17	NC_007607	GCAGAA	2	12	54878	54889	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	82524468
18	NC_007607	CACTTA	2	12	57115	57126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82524471
19	NC_007607	GATGTG	2	12	63471	63482	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	82524480
20	NC_007607	TCCGCA	2	12	67762	67773	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	82524486
21	NC_007607	TTTACG	2	12	68193	68204	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	82524487
22	NC_007607	TCAGCA	2	12	68343	68354	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	82524488
23	NC_007607	ACATTT	2	12	68917	68928	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	82524488
24	NC_007607	TAAGTG	2	12	75090	75101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82524501
25	NC_007607	CACTTA	2	12	76363	76374	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_007607	GATGCG	2	12	78658	78669	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	82524505
27	NC_007607	CCTGCT	2	12	83743	83754	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	82524512
28	NC_007607	CAGTTG	2	12	84548	84559	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	82524512
29	NC_007607	GCCGGA	2	12	90687	90698	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	82524517
30	NC_007607	GCCTGC	2	12	90857	90868	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_007607	AACCGT	2	12	94462	94473	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	82524523
32	NC_007607	GGTTAA	2	12	95694	95705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82524525
33	NC_007607	ATGTGG	2	12	98837	98848	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	82524528
34	NC_007607	TGGGGC	2	12	99143	99154	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	82524528
35	NC_007607	GCAGGT	2	12	99846	99857	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	82524528
36	NC_007607	TGCCCT	2	12	99936	99947	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	82524528
37	NC_007607	AACACG	2	12	101383	101394	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	82524530
38	NC_007607	TGGGGA	2	12	101650	101661	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	82524530
39	NC_007607	CTTCCG	2	12	102787	102798	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
40	NC_007607	TAAGTG	2	12	105524	105535	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82524540
41	NC_007607	GATGCG	2	12	111234	111245	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	82524546
42	NC_007607	GCAGAA	2	12	111915	111926	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	82524546
43	NC_007607	CGGCTT	2	12	112489	112500	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82524549
44	NC_007607	CTCAGA	2	12	112598	112609	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	82524550
45	NC_007607	CAAAAC	2	12	112649	112660	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	82524550
46	NC_007607	GAGATG	2	12	118885	118896	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007607	AAGCCG	2	12	119144	119155	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82524558
48	NC_007607	GCTCCT	2	12	124491	124502	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	82524565
49	NC_007607	TATCTT	2	12	125442	125453	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_007607	TGCTGA	2	12	125970	125981	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_007607	TTATAA	2	12	127387	127398	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007607	AGAGAA	2	12	129154	129165	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82524568
53	NC_007607	TATCTG	2	12	131200	131211	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	82524570
54	NC_007607	GTTCAT	2	12	136482	136493	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	82524575
55	NC_007607	ATACTG	2	12	137693	137704	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	82524576
56	NC_007607	TAAAAA	2	12	138838	138849	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	82524577
57	NC_007607	GAAAAA	2	12	140805	140816	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	82524579
58	NC_007607	ATTATC	2	12	145479	145490	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	82524588
59	NC_007607	AAGTGA	2	12	148628	148639	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	82524590
60	NC_007607	AGTGAA	2	12	148749	148760	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	82524590
61	NC_007607	GATGCG	2	12	149115	149126	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	82524591
62	NC_007607	TTAATG	2	12	151140	151151	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	82524592
63	NC_007607	CGGTTT	2	12	152143	152154	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	82524593
64	NC_007607	ATTTAA	2	12	156555	156566	50 %	50 %	0 %	0 %	82524599
65	NC_007607	TTCATT	2	12	160260	160271	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_007607	GCAGAA	2	12	164213	164224	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	82524609
67	NC_007607	GCCTGC	2	12	166120	166131	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
68	NC_007607	TAAGTG	2	12	169953	169964	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82524619
69	NC_007607	TAGTGA	2	12	170932	170943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82524620
70	NC_007607	GGTTAT	2	12	171137	171148	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	82524620
71	NC_007607	GCAGAA	2	12	175820	175831	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	82524623
72	NC_007607	TTAATA	2	12	177953	177964	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.