MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Synechococcus elongatus PCC 7942 chromosome

Total Repeats: 6945

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007604	CCCG	2	8	177	184	0 %	0 %	25 %	75 %	81298812
2	NC_007604	GACG	2	8	625	632	25 %	0 %	50 %	25 %	81298812
3	NC_007604	ATCG	2	8	1355	1362	25 %	25 %	25 %	25 %	81298813
4	NC_007604	GCAA	2	8	1407	1414	50 %	0 %	25 %	25 %	81298813
5	NC_007604	TGGC	2	8	1665	1672	0 %	25 %	50 %	25 %	81298813
6	NC_007604	GGTG	2	8	2672	2679	0 %	25 %	75 %	0 %	81298814
7	NC_007604	GCTT	2	8	2937	2944	0 %	50 %	25 %	25 %	81298814
8	NC_007604	CGGT	2	8	4876	4883	0 %	25 %	50 %	25 %	81298815
9	NC_007604	CTGC	2	8	5125	5132	0 %	25 %	25 %	50 %	81298815
10	NC_007604	CCCA	2	8	5637	5644	25 %	0 %	0 %	75 %	81298815
11	NC_007604	GCTT	2	8	5994	6001	0 %	50 %	25 %	25 %	81298815
12	NC_007604	CGAT	2	8	6325	6332	25 %	25 %	25 %	25 %	81298816
13	NC_007604	ATCG	2	8	6633	6640	25 %	25 %	25 %	25 %	81298816
14	NC_007604	CAAA	2	8	6675	6682	75 %	0 %	0 %	25 %	81298816
15	NC_007604	ATCG	2	8	6943	6950	25 %	25 %	25 %	25 %	81298816
16	NC_007604	GCCA	2	8	6989	6996	25 %	0 %	25 %	50 %	81298816
17	NC_007604	CCGA	2	8	7113	7120	25 %	0 %	25 %	50 %	81298816
18	NC_007604	ATCC	2	8	7655	7662	25 %	25 %	0 %	50 %	81298816
19	NC_007604	CTCA	2	8	7995	8002	25 %	25 %	0 %	50 %	81298817
20	NC_007604	CCAG	2	8	8171	8178	25 %	0 %	25 %	50 %	81298817
21	NC_007604	CAGC	2	8	8709	8716	25 %	0 %	25 %	50 %	81298819
22	NC_007604	CAAG	2	8	9035	9042	50 %	0 %	25 %	25 %	81298820
23	NC_007604	ATCG	2	8	9495	9502	25 %	25 %	25 %	25 %	81298820
24	NC_007604	TTGG	2	8	9756	9763	0 %	50 %	50 %	0 %	81298820
25	NC_007604	TTCA	2	8	9948	9955	25 %	50 %	0 %	25 %	81298820
26	NC_007604	CTAC	2	8	10063	10070	25 %	25 %	0 %	50 %	81298820
27	NC_007604	GCCA	2	8	10340	10347	25 %	0 %	25 %	50 %	81298821
28	NC_007604	GCCA	2	8	10623	10630	25 %	0 %	25 %	50 %	81298821
29	NC_007604	CAAG	2	8	10785	10792	50 %	0 %	25 %	25 %	81298821
30	NC_007604	TGGG	2	8	11056	11063	0 %	25 %	75 %	0 %	81298822
31	NC_007604	TCGA	2	8	11534	11541	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_007604	GCGG	2	8	11663	11670	0 %	0 %	75 %	25 %	81298823
33	NC_007604	ACTA	2	8	12273	12280	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_007604	TTGG	2	8	12402	12409	0 %	50 %	50 %	0 %	81298824
35	NC_007604	AATA	2	8	12504	12511	75 %	25 %	0 %	0 %	81298824
36	NC_007604	TTGA	2	8	12690	12697	25 %	50 %	25 %	0 %	81298824
37	NC_007604	TTCA	2	8	12840	12847	25 %	50 %	0 %	25 %	81298824
38	NC_007604	TGCC	2	8	13261	13268	0 %	25 %	25 %	50 %	81298825
39	NC_007604	ATCG	2	8	14231	14238	25 %	25 %	25 %	25 %	81298826
40	NC_007604	GCCA	2	8	14298	14305	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_007604	CTTG	2	8	14643	14650	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_007604	AGAC	2	8	14938	14945	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_007604	GGCT	2	8	14957	14964	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_007604	AAGG	2	8	15446	15453	50 %	0 %	50 %	0 %	81298827
45	NC_007604	CGTA	2	8	15763	15770	25 %	25 %	25 %	25 %	81298828
46	NC_007604	CAGC	2	8	16235	16242	25 %	0 %	25 %	50 %	81298829
47	NC_007604	GCTA	2	8	16536	16543	25 %	25 %	25 %	25 %	81298829
48	NC_007604	GCTG	2	8	17751	17758	0 %	25 %	50 %	25 %	81298829
49	NC_007604	TGTC	2	8	18068	18075	0 %	50 %	25 %	25 %	81298829
50	NC_007604	GGTT	2	8	18138	18145	0 %	50 %	50 %	0 %	81298829
51	NC_007604	CAGT	2	8	18671	18678	25 %	25 %	25 %	25 %	81298830
52	NC_007604	CTGG	2	8	19157	19164	0 %	25 %	50 %	25 %	81298830
53	NC_007604	GAGC	2	8	19992	19999	25 %	0 %	50 %	25 %	81298830
54	NC_007604	TACC	2	8	20147	20154	25 %	25 %	0 %	50 %	81298830
55	NC_007604	ATCG	2	8	20205	20212	25 %	25 %	25 %	25 %	81298830
56	NC_007604	CTGA	2	8	20445	20452	25 %	25 %	25 %	25 %	81298830
57	NC_007604	GGCG	2	8	21201	21208	0 %	0 %	75 %	25 %	81298832
58	NC_007604	GATC	2	8	21403	21410	25 %	25 %	25 %	25 %	81298832
59	NC_007604	ATCA	2	8	21662	21669	50 %	25 %	0 %	25 %	81298832
60	NC_007604	ATCC	2	8	22255	22262	25 %	25 %	0 %	50 %	81298833
61	NC_007604	TGAA	2	8	22535	22542	50 %	25 %	25 %	0 %	81298833
62	NC_007604	ATCG	2	8	22597	22604	25 %	25 %	25 %	25 %	81298833
63	NC_007604	CAGC	2	8	22767	22774	25 %	0 %	25 %	50 %	81298833
64	NC_007604	CCAG	2	8	23122	23129	25 %	0 %	25 %	50 %	81298834
65	NC_007604	CACC	2	8	23494	23501	25 %	0 %	0 %	75 %	81298834
66	NC_007604	TGAG	2	8	23578	23585	25 %	25 %	50 %	0 %	81298834
67	NC_007604	GCCC	2	8	23867	23874	0 %	0 %	25 %	75 %	81298834
68	NC_007604	GGCA	2	8	24493	24500	25 %	0 %	50 %	25 %	81298835
69	NC_007604	GATC	2	8	24750	24757	25 %	25 %	25 %	25 %	81298835
70	NC_007604	CGAT	2	8	25391	25398	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_007604	GACT	2	8	25936	25943	25 %	25 %	25 %	25 %	81298836
72	NC_007604	CCCT	2	8	26088	26095	0 %	25 %	0 %	75 %	81298836
73	NC_007604	TACC	2	8	26188	26195	25 %	25 %	0 %	50 %	81298836
74	NC_007604	CCTA	2	8	26281	26288	25 %	25 %	0 %	50 %	81298836
75	NC_007604	CGAT	2	8	26407	26414	25 %	25 %	25 %	25 %	81298836
76	NC_007604	CCAC	2	8	26869	26876	25 %	0 %	0 %	75 %	81298836
77	NC_007604	ACCT	2	8	26994	27001	25 %	25 %	0 %	50 %	81298836
78	NC_007604	CGCC	2	8	27107	27114	0 %	0 %	25 %	75 %	81298836
79	NC_007604	GCGG	2	8	27677	27684	0 %	0 %	75 %	25 %	81298837
80	NC_007604	ATGG	2	8	28096	28103	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007604	CTGT	2	8	28108	28115	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_007604	TCAG	2	8	28485	28492	25 %	25 %	25 %	25 %	81298838
83	NC_007604	ATGG	2	8	28739	28746	25 %	25 %	50 %	0 %	81298838
84	NC_007604	TGAG	2	8	29331	29338	25 %	25 %	50 %	0 %	81298838
85	NC_007604	GCTG	2	8	30251	30258	0 %	25 %	50 %	25 %	81298840
86	NC_007604	TGGA	2	8	30307	30314	25 %	25 %	50 %	0 %	81298840
87	NC_007604	GGCT	2	8	30429	30436	0 %	25 %	50 %	25 %	81298840
88	NC_007604	CGCC	2	8	30614	30621	0 %	0 %	25 %	75 %	81298840
89	NC_007604	GCGG	2	8	31160	31167	0 %	0 %	75 %	25 %	81298841
90	NC_007604	ATCA	2	8	31265	31272	50 %	25 %	0 %	25 %	81298841
91	NC_007604	AGCA	2	8	31654	31661	50 %	0 %	25 %	25 %	81298842
92	NC_007604	AGCC	2	8	31702	31709	25 %	0 %	25 %	50 %	81298842
93	NC_007604	AGCA	2	8	32038	32045	50 %	0 %	25 %	25 %	81298842
94	NC_007604	ATGT	2	8	33138	33145	25 %	50 %	25 %	0 %	81298843
95	NC_007604	TTCG	2	8	33486	33493	0 %	50 %	25 %	25 %	81298844
96	NC_007604	TTAA	2	8	33536	33543	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007604	TCAC	2	8	33587	33594	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_007604	GATA	2	8	34366	34373	50 %	25 %	25 %	0 %	81298846
99	NC_007604	TGAG	2	8	34739	34746	25 %	25 %	50 %	0 %	81298846
100	NC_007604	AAGA	2	8	35278	35285	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007604	TGCC	2	8	35450	35457	0 %	25 %	25 %	50 %	81298847
102	NC_007604	CGAT	2	8	35500	35507	25 %	25 %	25 %	25 %	81298847
103	NC_007604	CTGC	2	8	35682	35689	0 %	25 %	25 %	50 %	81298847
104	NC_007604	CGCC	2	8	35844	35851	0 %	0 %	25 %	75 %	81298847
105	NC_007604	CAGC	2	8	36115	36122	25 %	0 %	25 %	50 %	81298847
106	NC_007604	AAGA	2	8	36327	36334	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007604	AGTC	2	8	36412	36419	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_007604	TAAA	2	8	37012	37019	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007604	AAAG	2	8	37046	37053	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007604	GCGG	2	8	37358	37365	0 %	0 %	75 %	25 %	81298850
111	NC_007604	TTGA	2	8	37823	37830	25 %	50 %	25 %	0 %	81298850
112	NC_007604	CGGG	2	8	38240	38247	0 %	0 %	75 %	25 %	81298850
113	NC_007604	GATG	2	8	38629	38636	25 %	25 %	50 %	0 %	81298851
114	NC_007604	TCAA	2	8	39067	39074	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_007604	GCTG	2	8	40193	40200	0 %	25 %	50 %	25 %	81298852
116	NC_007604	CGAT	2	8	40267	40274	25 %	25 %	25 %	25 %	81298852
117	NC_007604	TGCA	2	8	41115	41122	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_007604	TGGC	2	8	42616	42623	0 %	25 %	50 %	25 %	81298855
119	NC_007604	GATC	2	8	42766	42773	25 %	25 %	25 %	25 %	81298855
120	NC_007604	TTTG	2	8	44469	44476	0 %	75 %	25 %	0 %	81298856
121	NC_007604	ATCA	2	8	44833	44840	50 %	25 %	0 %	25 %	81298856
122	NC_007604	TTCG	2	8	45288	45295	0 %	50 %	25 %	25 %	81298857
123	NC_007604	AATG	2	8	45760	45767	50 %	25 %	25 %	0 %	81298857
124	NC_007604	TGAG	2	8	45978	45985	25 %	25 %	50 %	0 %	81298857
125	NC_007604	CTGT	2	8	46352	46359	0 %	50 %	25 %	25 %	81298857
126	NC_007604	GCAG	2	8	46625	46632	25 %	0 %	50 %	25 %	81298858
127	NC_007604	AGCA	2	8	47596	47603	50 %	0 %	25 %	25 %	81298858
128	NC_007604	CGAT	2	8	47884	47891	25 %	25 %	25 %	25 %	81298858
129	NC_007604	GTTG	2	8	48415	48422	0 %	50 %	50 %	0 %	81298858
130	NC_007604	TGGC	2	8	48483	48490	0 %	25 %	50 %	25 %	81298858
131	NC_007604	GGAG	2	8	49969	49976	25 %	0 %	75 %	0 %	81298860
132	NC_007604	TCCG	2	8	50086	50093	0 %	25 %	25 %	50 %	81298861
133	NC_007604	TTGA	2	8	50175	50182	25 %	50 %	25 %	0 %	81298861
134	NC_007604	CAGC	2	8	50239	50246	25 %	0 %	25 %	50 %	81298861
135	NC_007604	TGCC	2	8	50273	50280	0 %	25 %	25 %	50 %	81298861
136	NC_007604	CAAT	2	8	50327	50334	50 %	25 %	0 %	25 %	81298861
137	NC_007604	TTGT	2	8	50659	50666	0 %	75 %	25 %	0 %	81298861
138	NC_007604	CAAT	2	8	50989	50996	50 %	25 %	0 %	25 %	81298861
139	NC_007604	AGTT	2	8	51046	51053	25 %	50 %	25 %	0 %	81298861
140	NC_007604	AATT	2	8	51278	51285	50 %	50 %	0 %	0 %	81298861
141	NC_007604	CTTA	2	8	51553	51560	25 %	50 %	0 %	25 %	81298861
142	NC_007604	TCCA	2	8	51574	51581	25 %	25 %	0 %	50 %	81298861
143	NC_007604	GGCT	2	8	51743	51750	0 %	25 %	50 %	25 %	81298861
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