MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Synechococcus sp. CC9902 chromosome

Total Repeats: 1761

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007513	GATTT	2	10	389	398	20 %	60 %	20 %	0 %	78183585
2	NC_007513	CAGGT	2	10	1848	1857	20 %	20 %	40 %	20 %	78183586
3	NC_007513	GCGTC	2	10	2119	2128	0 %	20 %	40 %	40 %	78183586
4	NC_007513	GCTTT	2	10	3329	3338	0 %	60 %	20 %	20 %	78183587
5	NC_007513	AGATC	2	10	6430	6439	40 %	20 %	20 %	20 %	78183589
6	NC_007513	GTGGA	2	10	6997	7006	20 %	20 %	60 %	0 %	78183589
7	NC_007513	TCCAA	2	10	9897	9906	40 %	20 %	0 %	40 %	78183591
8	NC_007513	CCCAG	2	10	9907	9916	20 %	0 %	20 %	60 %	78183591
9	NC_007513	TTGAG	2	10	10336	10345	20 %	40 %	40 %	0 %	78183591
10	NC_007513	TTGGC	2	10	10442	10451	0 %	40 %	40 %	20 %	78183592
11	NC_007513	GAACA	2	10	11890	11899	60 %	0 %	20 %	20 %	78183594
12	NC_007513	AGCAG	2	10	15721	15730	40 %	0 %	40 %	20 %	78183597
13	NC_007513	GAACG	2	10	16927	16936	40 %	0 %	40 %	20 %	78183597
14	NC_007513	CCTTC	2	10	17098	17107	0 %	40 %	0 %	60 %	78183598
15	NC_007513	AGCGA	2	10	19071	19080	40 %	0 %	40 %	20 %	78183600
16	NC_007513	AGCGC	2	10	20220	20229	20 %	0 %	40 %	40 %	78183601
17	NC_007513	CAGGC	2	10	20453	20462	20 %	0 %	40 %	40 %	78183601
18	NC_007513	TGAAG	2	10	22284	22293	40 %	20 %	40 %	0 %	78183604
19	NC_007513	GTGTG	2	10	23634	23643	0 %	40 %	60 %	0 %	78183606
20	NC_007513	CCGAA	2	10	24530	24539	40 %	0 %	20 %	40 %	78183608
21	NC_007513	AAGGG	2	10	24665	24674	40 %	0 %	60 %	0 %	78183608
22	NC_007513	GATCA	2	10	25750	25759	40 %	20 %	20 %	20 %	78183609
23	NC_007513	TGCTG	2	10	26119	26128	0 %	40 %	40 %	20 %	78183609
24	NC_007513	ATGAA	2	10	26327	26336	60 %	20 %	20 %	0 %	78183609
25	NC_007513	CTTGG	2	10	27472	27481	0 %	40 %	40 %	20 %	78183610
26	NC_007513	AAGCG	2	10	28171	28180	40 %	0 %	40 %	20 %	78183611
27	NC_007513	GCCCA	2	10	28821	28830	20 %	0 %	20 %	60 %	78183612
28	NC_007513	AAGGG	2	10	28848	28857	40 %	0 %	60 %	0 %	78183612
29	NC_007513	CAGCC	2	10	29591	29600	20 %	0 %	20 %	60 %	78183612
30	NC_007513	CCGTT	2	10	29730	29739	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_007513	TGCTG	2	10	31796	31805	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_007513	TTGGA	2	10	32166	32175	20 %	40 %	40 %	0 %	78183616
33	NC_007513	CGCAA	2	10	32704	32713	40 %	0 %	20 %	40 %	78183616
34	NC_007513	TTAGT	2	10	32810	32819	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007513	TGCGC	2	10	34012	34021	0 %	20 %	40 %	40 %	78183618
36	NC_007513	GGGAA	2	10	34384	34393	40 %	0 %	60 %	0 %	78183618
37	NC_007513	TGTTT	2	10	37164	37173	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007513	TGCTC	2	10	38886	38895	0 %	40 %	20 %	40 %	78183625
39	NC_007513	CTTGC	2	10	39250	39259	0 %	40 %	20 %	40 %	78183625
40	NC_007513	GACTG	2	10	43523	43532	20 %	20 %	40 %	20 %	78183629
41	NC_007513	TGCGT	2	10	44281	44290	0 %	40 %	40 %	20 %	78183630
42	NC_007513	GACCA	2	10	45942	45951	40 %	0 %	20 %	40 %	78183631
43	NC_007513	CCAGC	2	10	46176	46185	20 %	0 %	20 %	60 %	78183632
44	NC_007513	CGCAT	2	10	46689	46698	20 %	20 %	20 %	40 %	78183632
45	NC_007513	CTTGG	2	10	47290	47299	0 %	40 %	40 %	20 %	78183633
46	NC_007513	CACAG	2	10	48412	48421	40 %	0 %	20 %	40 %	78183633
47	NC_007513	ATCGG	2	10	49237	49246	20 %	20 %	40 %	20 %	78183635
48	NC_007513	TTGAT	2	10	50011	50020	20 %	60 %	20 %	0 %	78183636
49	NC_007513	GAACC	2	10	50567	50576	40 %	0 %	20 %	40 %	78183637
50	NC_007513	TGCGG	2	10	51000	51009	0 %	20 %	60 %	20 %	78183638
51	NC_007513	TGCTC	2	10	51356	51365	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_007513	CCACG	2	10	51925	51934	20 %	0 %	20 %	60 %	78183640
53	NC_007513	GTTTG	2	10	54264	54273	0 %	60 %	40 %	0 %	78183641
54	NC_007513	GGTTT	2	10	54402	54411	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007513	GCTGG	2	10	54535	54544	0 %	20 %	60 %	20 %	78183642
56	NC_007513	TTGTG	2	10	54630	54639	0 %	60 %	40 %	0 %	78183642
57	NC_007513	AGGTG	2	10	55751	55760	20 %	20 %	60 %	0 %	78183642
58	NC_007513	GCACT	2	10	58807	58816	20 %	20 %	20 %	40 %	78183645
59	NC_007513	CAGCT	2	10	60630	60639	20 %	20 %	20 %	40 %	78183647
60	NC_007513	TTCAG	2	10	62120	62129	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_007513	ATCCC	2	10	63943	63952	20 %	20 %	0 %	60 %	78183649
62	NC_007513	CTCGC	2	10	64691	64700	0 %	20 %	20 %	60 %	78183650
63	NC_007513	TGGAT	2	10	65741	65750	20 %	40 %	40 %	0 %	78183650
64	NC_007513	GCCGA	2	10	65870	65879	20 %	0 %	40 %	40 %	78183650
65	NC_007513	CATGG	2	10	66485	66494	20 %	20 %	40 %	20 %	78183651
66	NC_007513	CTTCA	2	10	67639	67648	20 %	40 %	0 %	40 %	78183652
67	NC_007513	TGGCC	2	10	72128	72137	0 %	20 %	40 %	40 %	78183656
68	NC_007513	AGATC	2	10	72897	72906	40 %	20 %	20 %	20 %	78183657
69	NC_007513	CCAGG	2	10	73008	73017	20 %	0 %	40 %	40 %	78183658
70	NC_007513	GTTGT	2	10	73141	73150	0 %	60 %	40 %	0 %	78183658
71	NC_007513	GGCGA	2	10	73186	73195	20 %	0 %	60 %	20 %	78183658
72	NC_007513	CGGCT	2	10	78246	78255	0 %	20 %	40 %	40 %	78183663
73	NC_007513	GGGAT	2	10	78420	78429	20 %	20 %	60 %	0 %	78183663
74	NC_007513	CAGGC	2	10	79197	79206	20 %	0 %	40 %	40 %	78183664
75	NC_007513	GCCAG	2	10	80180	80189	20 %	0 %	40 %	40 %	78183665
76	NC_007513	GTTGA	2	10	80716	80725	20 %	40 %	40 %	0 %	78183665
77	NC_007513	ACTTA	2	10	82583	82592	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_007513	GGAAT	2	10	82864	82873	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007513	TAATT	2	10	83650	83659	40 %	60 %	0 %	0 %	78183668
80	NC_007513	ATTGC	2	10	84148	84157	20 %	40 %	20 %	20 %	78183668
81	NC_007513	AATAT	2	10	91174	91183	60 %	40 %	0 %	0 %	78183676
82	NC_007513	GGAAA	2	10	91677	91686	60 %	0 %	40 %	0 %	78183676
83	NC_007513	TTATG	2	10	92117	92126	20 %	60 %	20 %	0 %	78183676
84	NC_007513	ATGGA	2	10	92986	92995	40 %	20 %	40 %	0 %	78183677
85	NC_007513	ATTGG	2	10	94234	94243	20 %	40 %	40 %	0 %	78183679
86	NC_007513	TTTTA	2	10	96491	96500	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007513	ATTAT	2	10	99314	99323	40 %	60 %	0 %	0 %	78183683
88	NC_007513	TGCTT	2	10	101384	101393	0 %	60 %	20 %	20 %	78183685
89	NC_007513	TTATT	2	10	102108	102117	20 %	80 %	0 %	0 %	78183686
90	NC_007513	AGTAT	2	10	102540	102549	40 %	40 %	20 %	0 %	78183686
91	NC_007513	GGATG	2	10	105333	105342	20 %	20 %	60 %	0 %	78183689
92	NC_007513	TTCCT	2	10	107491	107500	0 %	60 %	0 %	40 %	78183691
93	NC_007513	CATCC	2	10	107861	107870	20 %	20 %	0 %	60 %	78183691
94	NC_007513	TCTTT	2	10	108989	108998	0 %	80 %	0 %	20 %	78183692
95	NC_007513	TAAAT	2	10	109328	109337	60 %	40 %	0 %	0 %	78183693
96	NC_007513	CATTA	2	10	109976	109985	40 %	40 %	0 %	20 %	78183693
97	NC_007513	AGCTT	2	10	114912	114921	20 %	40 %	20 %	20 %	78183697
98	NC_007513	AATCG	2	10	115907	115916	40 %	20 %	20 %	20 %	78183697
99	NC_007513	CTTGG	2	10	116428	116437	0 %	40 %	40 %	20 %	78183697
100	NC_007513	TGTGA	2	10	118811	118820	20 %	40 %	40 %	0 %	78183698
101	NC_007513	GCCTT	2	10	118872	118881	0 %	40 %	20 %	40 %	78183698
102	NC_007513	TTCTT	2	10	119684	119693	0 %	80 %	0 %	20 %	78183699
103	NC_007513	ATTTA	2	10	119962	119971	40 %	60 %	0 %	0 %	78183699
104	NC_007513	CTGTC	2	10	122135	122144	0 %	40 %	20 %	40 %	78183701
105	NC_007513	GTCTG	2	10	126001	126010	0 %	40 %	40 %	20 %	78183703
106	NC_007513	ATCTT	2	10	127114	127123	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_007513	TCTTT	2	10	127447	127456	0 %	80 %	0 %	20 %	78183704
108	NC_007513	ATTTC	2	10	127702	127711	20 %	60 %	0 %	20 %	78183704
109	NC_007513	TTATT	2	10	129212	129221	20 %	80 %	0 %	0 %	78183705
110	NC_007513	TTTTC	2	10	129564	129573	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_007513	GGTTT	2	10	129985	129994	0 %	60 %	40 %	0 %	78183706
112	NC_007513	CTCTT	2	10	130280	130289	0 %	60 %	0 %	40 %	78183706
113	NC_007513	CCTTC	2	10	130589	130598	0 %	40 %	0 %	60 %	78183706
114	NC_007513	TTCAG	2	10	135575	135584	20 %	40 %	20 %	20 %	78183709
115	NC_007513	CGTTG	2	10	135610	135619	0 %	40 %	40 %	20 %	78183709
116	NC_007513	CGACA	2	10	137234	137243	40 %	0 %	20 %	40 %	78183711
117	NC_007513	ATCCC	2	10	137564	137573	20 %	20 %	0 %	60 %	78183712
118	NC_007513	TCTGT	2	10	137863	137872	0 %	60 %	20 %	20 %	78183712
119	NC_007513	ATGCA	2	10	138281	138290	40 %	20 %	20 %	20 %	78183712
120	NC_007513	AAAAC	2	10	141535	141544	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_007513	CGTCG	2	10	144680	144689	0 %	20 %	40 %	40 %	78183718
122	NC_007513	TTTGG	2	10	145011	145020	0 %	60 %	40 %	0 %	78183719
123	NC_007513	TTGGC	2	10	145593	145602	0 %	40 %	40 %	20 %	78183720
124	NC_007513	CGTTT	2	10	146350	146359	0 %	60 %	20 %	20 %	78183722
125	NC_007513	GTGAT	2	10	146794	146803	20 %	40 %	40 %	0 %	78183722
126	NC_007513	GGTGC	2	10	146988	146997	0 %	20 %	60 %	20 %	78183722
127	NC_007513	AGCTG	2	10	147846	147855	20 %	20 %	40 %	20 %	78183723
128	NC_007513	TTGGT	2	10	148061	148070	0 %	60 %	40 %	0 %	78183723
129	NC_007513	TGGCT	2	10	148608	148617	0 %	40 %	40 %	20 %	78183723
130	NC_007513	TTGCA	2	10	154433	154442	20 %	40 %	20 %	20 %	78183730
131	NC_007513	ATCAC	2	10	154687	154696	40 %	20 %	0 %	40 %	78183730
132	NC_007513	CGGCA	2	10	156297	156306	20 %	0 %	40 %	40 %	78183733
133	NC_007513	GGGCT	2	10	156677	156686	0 %	20 %	60 %	20 %	78183733
134	NC_007513	ATGGC	2	10	159439	159448	20 %	20 %	40 %	20 %	78183736
135	NC_007513	CGCGT	2	10	159836	159845	0 %	20 %	40 %	40 %	78183736
136	NC_007513	GATGT	2	10	160143	160152	20 %	40 %	40 %	0 %	78183737
137	NC_007513	GCTGT	2	10	162959	162968	0 %	40 %	40 %	20 %	78183740
138	NC_007513	TTGAG	2	10	163137	163146	20 %	40 %	40 %	0 %	78183741
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