MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella sonnei Ss046 chromosome

Total Repeats: 97740

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5001	NC_007384	CGA	2	6	247113	247118	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310823
5002	NC_007384	CTT	2	6	247132	247137	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310823
5003	NC_007384	TTGC	2	8	247228	247235	0 %	50 %	25 %	25 %	74310823
5004	NC_007384	CGA	2	6	247273	247278	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310823
5005	NC_007384	TTC	2	6	247298	247303	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310823
5006	NC_007384	ATTT	2	8	247355	247362	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5007	NC_007384	AAT	2	6	247412	247417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5008	NC_007384	A	6	6	247564	247569	100 %	0 %	0 %	0 %	74310824
5009	NC_007384	CCG	2	6	247619	247624	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310824
5010	NC_007384	ACC	2	6	247654	247659	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310824
5011	NC_007384	AAC	2	6	247795	247800	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310824
5012	NC_007384	GCC	2	6	247838	247843	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310824
5013	NC_007384	TGC	2	6	247863	247868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310824
5014	NC_007384	CGG	2	6	247899	247904	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310824
5015	NC_007384	TGC	2	6	247919	247924	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310824
5016	NC_007384	TGG	2	6	248010	248015	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310824
5017	NC_007384	CAC	2	6	248096	248101	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310824
5018	NC_007384	GAT	2	6	248210	248215	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310824
5019	NC_007384	CG	3	6	248298	248303	0 %	0 %	50 %	50 %	74310824
5020	NC_007384	ATAA	2	8	248352	248359	75 %	25 %	0 %	0 %	74310824
5021	NC_007384	GGT	2	6	248419	248424	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310825
5022	NC_007384	GCC	2	6	248468	248473	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310825
5023	NC_007384	CAC	2	6	248497	248502	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310825
5024	NC_007384	ATG	2	6	248586	248591	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310825
5025	NC_007384	GCA	2	6	248597	248602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310825
5026	NC_007384	GATG	2	8	248650	248657	25 %	25 %	50 %	0 %	74310825
5027	NC_007384	TAATT	2	10	248791	248800	40 %	60 %	0 %	0 %	74310825
5028	NC_007384	TTC	2	6	248824	248829	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310825
5029	NC_007384	TAG	2	6	248862	248867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310825
5030	NC_007384	ATC	2	6	248954	248959	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310825
5031	NC_007384	ATAA	2	8	248983	248990	75 %	25 %	0 %	0 %	74310825
5032	NC_007384	A	6	6	248989	248994	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5033	NC_007384	T	6	6	249016	249021	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5034	NC_007384	TGT	3	9	249049	249057	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310826
5035	NC_007384	AAC	2	6	249066	249071	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310826
5036	NC_007384	TGT	2	6	249205	249210	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310826
5037	NC_007384	CTGC	2	8	249231	249238	0 %	25 %	25 %	50 %	74310826
5038	NC_007384	CTG	2	6	249293	249298	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310826
5039	NC_007384	GCG	2	6	249382	249387	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310826
5040	NC_007384	CAG	2	6	249415	249420	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310826
5041	NC_007384	GA	3	6	249437	249442	50 %	0 %	50 %	0 %	74310826
5042	NC_007384	CTT	2	6	249464	249469	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310826
5043	NC_007384	CGC	2	6	249799	249804	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310826
5044	NC_007384	CAT	2	6	249863	249868	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310826
5045	NC_007384	GTT	2	6	249882	249887	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310826
5046	NC_007384	CAA	2	6	249892	249897	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310826
5047	NC_007384	CG	3	6	249906	249911	0 %	0 %	50 %	50 %	74310826
5048	NC_007384	GTA	3	9	250030	250038	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310826
5049	NC_007384	T	6	6	250061	250066	0 %	100 %	0 %	0 %	74310826
5050	NC_007384	TTTCTG	2	12	250145	250156	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	74310826
5051	NC_007384	TCG	2	6	250197	250202	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310826
5052	NC_007384	TCCA	2	8	250251	250258	25 %	25 %	0 %	50 %	74310826
5053	NC_007384	TGC	2	6	250280	250285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310826
5054	NC_007384	GTGC	2	8	250315	250322	0 %	25 %	50 %	25 %	74310826
5055	NC_007384	TG	4	8	250393	250400	0 %	50 %	50 %	0 %	74310826
5056	NC_007384	GAC	2	6	250418	250423	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5057	NC_007384	TCTT	2	8	250475	250482	0 %	75 %	0 %	25 %	74310827
5058	NC_007384	GTT	2	6	250512	250517	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310827
5059	NC_007384	AAT	2	6	250520	250525	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310827
5060	NC_007384	ATTA	2	8	250534	250541	50 %	50 %	0 %	0 %	74310827
5061	NC_007384	ATTA	2	8	250543	250550	50 %	50 %	0 %	0 %	74310827
5062	NC_007384	A	7	7	250571	250577	100 %	0 %	0 %	0 %	74310827
5063	NC_007384	T	6	6	250625	250630	0 %	100 %	0 %	0 %	74310827
5064	NC_007384	ATA	2	6	250654	250659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310827
5065	NC_007384	GAA	2	6	250683	250688	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310827
5066	NC_007384	ACTTA	2	10	250762	250771	40 %	40 %	0 %	20 %	74310827
5067	NC_007384	TGAT	2	8	250777	250784	25 %	50 %	25 %	0 %	74310827
5068	NC_007384	AAC	2	6	250808	250813	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310827
5069	NC_007384	CACC	2	8	250820	250827	25 %	0 %	0 %	75 %	74310827
5070	NC_007384	CGC	2	6	250842	250847	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310827
5071	NC_007384	TGT	2	6	250963	250968	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310827
5072	NC_007384	CCA	2	6	251022	251027	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310827
5073	NC_007384	CGC	2	6	251037	251042	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310827
5074	NC_007384	CGTGAT	2	12	251046	251057	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	74310827
5075	NC_007384	TGG	2	6	251060	251065	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310827
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5077	NC_007384	TCA	2	6	251162	251167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310827
5078	NC_007384	TCA	2	6	251189	251194	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310827
5079	NC_007384	TGA	2	6	251252	251257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310828
5080	NC_007384	TCA	2	6	251442	251447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310828
5081	NC_007384	GTG	2	6	251556	251561	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310828
5082	NC_007384	ATTG	2	8	251601	251608	25 %	50 %	25 %	0 %	74310828
5083	NC_007384	ATG	2	6	251609	251614	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310828
5084	NC_007384	GCTG	2	8	251615	251622	0 %	25 %	50 %	25 %	74310828
5085	NC_007384	ACTGG	2	10	251730	251739	20 %	20 %	40 %	20 %	74310828
5086	NC_007384	CT	3	6	251740	251745	0 %	50 %	0 %	50 %	74310828
5087	NC_007384	TTG	2	6	251746	251751	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310828
5088	NC_007384	TGC	2	6	251762	251767	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310828
5089	NC_007384	AACA	2	8	251797	251804	75 %	0 %	0 %	25 %	74310828
5090	NC_007384	GGA	2	6	251806	251811	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	74310828
5091	NC_007384	TTG	2	6	251858	251863	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310828
5092	NC_007384	GCA	2	6	252022	252027	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310829
5093	NC_007384	TCA	2	6	252037	252042	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310829
5094	NC_007384	CGTT	2	8	252046	252053	0 %	50 %	25 %	25 %	74310829
5095	NC_007384	CCCATT	2	12	252080	252091	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	74310829
5096	NC_007384	GCA	2	6	252112	252117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310829
5097	NC_007384	T	6	6	252142	252147	0 %	100 %	0 %	0 %	74310829
5098	NC_007384	T	6	6	252153	252158	0 %	100 %	0 %	0 %	74310829
5099	NC_007384	T	6	6	252180	252185	0 %	100 %	0 %	0 %	74310829
5100	NC_007384	GTT	2	6	252306	252311	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310829
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5102	NC_007384	ACC	2	6	252547	252552	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310830
5103	NC_007384	GTG	2	6	252616	252621	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310830
5104	NC_007384	TGG	2	6	252674	252679	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310830
5105	NC_007384	CGCGG	2	10	252775	252784	0 %	0 %	60 %	40 %	74310830
5106	NC_007384	AACG	2	8	252977	252984	50 %	0 %	25 %	25 %	74310830
5107	NC_007384	GGT	2	6	253042	253047	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310830
5108	NC_007384	GA	3	6	253076	253081	50 %	0 %	50 %	0 %	74310830
5109	NC_007384	CAG	2	6	253084	253089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310830
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5111	NC_007384	CAA	2	6	253103	253108	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310830
5112	NC_007384	AAGT	2	8	253131	253138	50 %	25 %	25 %	0 %	74310830
5113	NC_007384	GTT	2	6	253144	253149	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310830
5114	NC_007384	TGG	2	6	253196	253201	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310830
5115	NC_007384	AGA	2	6	253202	253207	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310830
5116	NC_007384	GCA	2	6	253280	253285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5117	NC_007384	CCTG	2	8	253396	253403	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
5118	NC_007384	G	6	6	253411	253416	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
5119	NC_007384	CCGT	2	8	253431	253438	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
5120	NC_007384	T	7	7	253498	253504	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5121	NC_007384	TTC	2	6	253523	253528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5122	NC_007384	AT	3	6	253622	253627	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5123	NC_007384	TA	4	8	253670	253677	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5124	NC_007384	TGTT	2	8	253688	253695	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
5125	NC_007384	TA	3	6	253711	253716	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5126	NC_007384	AAG	2	6	253783	253788	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310831
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5188	NC_007384	TTG	2	6	256096	256101	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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5248	NC_007384	CAC	2	6	258742	258747	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5249	NC_007384	AGTC	3	12	258759	258770	25 %	25 %	25 %	25 %	74310836
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5254	NC_007384	TCC	2	6	259061	259066	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	74310836
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5378	NC_007384	GGCA	2	8	264347	264354	25 %	0 %	50 %	25 %	74310841
5379	NC_007384	CGG	2	6	264410	264415	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310841
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5401	NC_007384	GAA	2	6	265547	265552	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310842
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5411	NC_007384	GAC	2	6	265912	265917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310842
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5428	NC_007384	CGCT	2	8	266655	266662	0 %	25 %	25 %	50 %	74310842
5429	NC_007384	TCA	3	9	266688	266696	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310842
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5439	NC_007384	GCCC	2	8	266914	266921	0 %	0 %	25 %	75 %	74310842
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5449	NC_007384	TA	3	6	267461	267466	50 %	50 %	0 %	0 %	74310842
5450	NC_007384	GCG	2	6	267472	267477	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310842
5451	NC_007384	GCA	2	6	267481	267486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310842
5452	NC_007384	CAG	2	6	267491	267496	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310842
5453	NC_007384	CGC	3	9	267502	267510	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310842
5454	NC_007384	TGC	2	6	267522	267527	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310842
5455	NC_007384	CAG	2	6	267542	267547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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5462	NC_007384	TGA	2	6	267987	267992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310844
5463	NC_007384	CGCC	2	8	268001	268008	0 %	0 %	25 %	75 %	74310844
5464	NC_007384	T	7	7	268014	268020	0 %	100 %	0 %	0 %	74310844
5465	NC_007384	CGC	2	6	268050	268055	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310844
5466	NC_007384	CGG	2	6	268082	268087	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310844
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5469	NC_007384	CAG	2	6	268216	268221	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310844
5470	NC_007384	TCA	2	6	268325	268330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310844
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5472	NC_007384	GCG	2	6	268497	268502	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310844
5473	NC_007384	ATC	2	6	268514	268519	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310844
5474	NC_007384	T	6	6	268566	268571	0 %	100 %	0 %	0 %	74310844
5475	NC_007384	CGT	2	6	268572	268577	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310844
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5477	NC_007384	CATC	2	8	268611	268618	25 %	25 %	0 %	50 %	74310844
5478	NC_007384	CGG	2	6	268693	268698	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310845
5479	NC_007384	CCA	2	6	268780	268785	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310845
5480	NC_007384	T	6	6	268837	268842	0 %	100 %	0 %	0 %	74310845
5481	NC_007384	CTG	2	6	268862	268867	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310845
5482	NC_007384	GCC	2	6	268905	268910	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310845
5483	NC_007384	GCA	2	6	268936	268941	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310845
5484	NC_007384	GGTCA	2	10	269069	269078	20 %	20 %	40 %	20 %	74310845
5485	NC_007384	TGA	2	6	269079	269084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310845
5486	NC_007384	GGGCA	2	10	269100	269109	20 %	0 %	60 %	20 %	74310845
5487	NC_007384	TCA	2	6	269131	269136	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310845
5488	NC_007384	CAT	2	6	269243	269248	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310845
5489	NC_007384	AGG	2	6	269386	269391	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	74310845
5490	NC_007384	CGG	2	6	269425	269430	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310846
5491	NC_007384	TCT	2	6	269476	269481	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310846
5492	NC_007384	GCG	2	6	269498	269503	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310846
5493	NC_007384	CG	3	6	269527	269532	0 %	0 %	50 %	50 %	74310846
5494	NC_007384	CTT	2	6	269537	269542	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310846
5495	NC_007384	CCGT	2	8	269595	269602	0 %	25 %	25 %	50 %	74310846
5496	NC_007384	ATTTC	2	10	269608	269617	20 %	60 %	0 %	20 %	74310846
5497	NC_007384	CTT	2	6	269659	269664	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310846
5498	NC_007384	CAG	2	6	269784	269789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310846
5499	NC_007384	TTG	2	6	269794	269799	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310846
5500	NC_007384	TCAT	2	8	269830	269837	25 %	50 %	0 %	25 %	74310846

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