MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis str. SC-B67 chromosome

Total Repeats: 3369

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006905	AGGTA	2	10	2553	2562	40 %	20 %	40 %	0 %	62178572
2	NC_006905	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	62178573
3	NC_006905	CGGCG	2	10	4144	4153	0 %	0 %	60 %	40 %	62178574
4	NC_006905	CCGCG	2	10	7184	7193	0 %	0 %	40 %	60 %	62178576
5	NC_006905	GATGA	2	10	8915	8924	40 %	20 %	40 %	0 %	62178578
6	NC_006905	GAAAA	2	10	10061	10070	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_006905	GCGTG	2	10	13991	14000	0 %	20 %	60 %	20 %	62178583
8	NC_006905	GTGAT	2	10	14913	14922	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_006905	AATCA	2	10	15507	15516	60 %	20 %	0 %	20 %	62178584
10	NC_006905	TATTG	2	10	17578	17587	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_006905	GGCTG	2	10	18853	18862	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_006905	AGAGC	2	10	19374	19383	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_006905	CCTGA	2	10	19914	19923	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_006905	TACCG	2	10	21051	21060	20 %	20 %	20 %	40 %	62178588
15	NC_006905	GGCCG	2	10	21675	21684	0 %	0 %	60 %	40 %	62178588
16	NC_006905	CTTTT	2	10	23394	23403	0 %	80 %	0 %	20 %	62178589
17	NC_006905	CGGTA	2	10	24562	24571	20 %	20 %	40 %	20 %	62178590
18	NC_006905	CTGTT	2	10	24601	24610	0 %	60 %	20 %	20 %	62178590
19	NC_006905	TATTT	2	10	25435	25444	20 %	80 %	0 %	0 %	62178591
20	NC_006905	ATCTG	2	10	30966	30975	20 %	40 %	20 %	20 %	62178595
21	NC_006905	TTACG	2	10	31021	31030	20 %	40 %	20 %	20 %	62178595
22	NC_006905	GGGCG	2	10	31789	31798	0 %	0 %	80 %	20 %	62178596
23	NC_006905	TGCGT	2	10	32168	32177	0 %	40 %	40 %	20 %	62178597
24	NC_006905	AAAAG	2	10	32562	32571	80 %	0 %	20 %	0 %	62178598
25	NC_006905	GCTAT	2	10	33068	33077	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_006905	TGTCT	2	10	34253	34262	0 %	60 %	20 %	20 %	62178600
27	NC_006905	TGAAA	2	10	35690	35699	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_006905	CTGGA	2	10	36792	36801	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_006905	TTTTA	2	10	37266	37275	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_006905	CGCAT	2	10	39758	39767	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_006905	GGGCT	2	10	40816	40825	0 %	20 %	60 %	20 %	62178604
32	NC_006905	GCGTA	2	10	42692	42701	20 %	20 %	40 %	20 %	62178606
33	NC_006905	GACCA	2	10	43297	43306	40 %	0 %	20 %	40 %	62178606
34	NC_006905	CCGGC	2	10	43439	43448	0 %	0 %	40 %	60 %	62178606
35	NC_006905	CAGAC	2	10	44629	44638	40 %	0 %	20 %	40 %	62178606
36	NC_006905	TGTGC	2	10	47389	47398	0 %	40 %	40 %	20 %	62178609
37	NC_006905	GTTTG	2	10	49711	49720	0 %	60 %	40 %	0 %	62178610
38	NC_006905	CACTA	2	10	50842	50851	40 %	20 %	0 %	40 %	62178610
39	NC_006905	CGGCG	2	10	51380	51389	0 %	0 %	60 %	40 %	62178611
40	NC_006905	AGCGC	2	10	51488	51497	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_006905	TTCAC	2	10	51635	51644	20 %	40 %	0 %	40 %	62178612
42	NC_006905	AAAAT	2	10	53206	53215	80 %	20 %	0 %	0 %	62178614
43	NC_006905	GGAAA	2	10	53993	54002	60 %	0 %	40 %	0 %	62178614
44	NC_006905	CGGCG	2	10	58249	58258	0 %	0 %	60 %	40 %	62178618
45	NC_006905	GCCTG	2	10	59042	59051	0 %	20 %	40 %	40 %	62178618
46	NC_006905	GCGCG	2	10	59196	59205	0 %	0 %	60 %	40 %	62178619
47	NC_006905	CGTGC	2	10	65621	65630	0 %	20 %	40 %	40 %	62178625
48	NC_006905	ACCGC	2	10	66351	66360	20 %	0 %	20 %	60 %	62178625
49	NC_006905	ATTTG	2	10	69518	69527	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_006905	GCGAA	2	10	72777	72786	40 %	0 %	40 %	20 %	62178631
51	NC_006905	CGTAC	2	10	73667	73676	20 %	20 %	20 %	40 %	62178631
52	NC_006905	TTGCC	2	10	75304	75313	0 %	40 %	20 %	40 %	62178633
53	NC_006905	CGTCC	2	10	75414	75423	0 %	20 %	20 %	60 %	62178633
54	NC_006905	AAGCG	2	10	75778	75787	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_006905	TTCAG	2	10	78532	78541	20 %	40 %	20 %	20 %	62178636
56	NC_006905	GGCCA	2	10	78681	78690	20 %	0 %	40 %	40 %	62178636
57	NC_006905	GTACG	2	10	81252	81261	20 %	20 %	40 %	20 %	62178638
58	NC_006905	CAGAA	2	10	81965	81974	60 %	0 %	20 %	20 %	62178638
59	NC_006905	CCGCA	2	10	84084	84093	20 %	0 %	20 %	60 %	62178641
60	NC_006905	CGGTT	2	10	84589	84598	0 %	40 %	40 %	20 %	62178642
61	NC_006905	GCTCC	2	10	85725	85734	0 %	20 %	20 %	60 %	62178642
62	NC_006905	TGGCG	2	10	86369	86378	0 %	20 %	60 %	20 %	62178644
63	NC_006905	TAAAA	2	10	89834	89843	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_006905	TTTCC	2	10	90273	90282	0 %	60 %	0 %	40 %	62178649
65	NC_006905	GTGGC	2	10	90842	90851	0 %	20 %	60 %	20 %	62178649
66	NC_006905	GCGCT	2	10	92141	92150	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_006905	AGCGC	2	10	92208	92217	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_006905	TGCAC	2	10	92906	92915	20 %	20 %	20 %	40 %	62178650
69	NC_006905	TGGCA	2	10	92975	92984	20 %	20 %	40 %	20 %	62178650
70	NC_006905	GCGCT	2	10	93611	93620	0 %	20 %	40 %	40 %	62178651
71	NC_006905	GGCGC	2	10	94025	94034	0 %	0 %	60 %	40 %	62178651
72	NC_006905	GCGAC	2	10	94338	94347	20 %	0 %	40 %	40 %	62178651
73	NC_006905	AACGT	2	10	96795	96804	40 %	20 %	20 %	20 %	62178654
74	NC_006905	CCCAA	2	10	98945	98954	40 %	0 %	0 %	60 %	62178657
75	NC_006905	TTGTT	2	10	99652	99661	0 %	80 %	20 %	0 %	62178657
76	NC_006905	GCTTC	2	10	101032	101041	0 %	40 %	20 %	40 %	62178658
77	NC_006905	TGCGT	2	10	101319	101328	0 %	40 %	40 %	20 %	62178658
78	NC_006905	TGATC	2	10	103019	103028	20 %	40 %	20 %	20 %	62178659
79	NC_006905	AAGCG	2	10	103515	103524	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_006905	GCTGA	2	10	104529	104538	20 %	20 %	40 %	20 %	62178661
81	NC_006905	TGGCG	2	10	106179	106188	0 %	20 %	60 %	20 %	62178661
82	NC_006905	AGCGC	2	10	106739	106748	20 %	0 %	40 %	40 %	62178661
83	NC_006905	ACGTT	2	10	107556	107565	20 %	40 %	20 %	20 %	62178662
84	NC_006905	CCGCG	2	10	107824	107833	0 %	0 %	40 %	60 %	62178662
85	NC_006905	GGGGT	2	10	109220	109229	0 %	20 %	80 %	0 %	62178662
86	NC_006905	TAATT	2	10	110741	110750	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_006905	ATTTT	2	10	110767	110776	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_006905	ACAGA	2	10	110950	110959	60 %	0 %	20 %	20 %	62178664
89	NC_006905	CAGCG	2	10	112125	112134	20 %	0 %	40 %	40 %	62178666
90	NC_006905	GCCGG	2	10	112425	112434	0 %	0 %	60 %	40 %	62178666
91	NC_006905	CGAGC	2	10	112550	112559	20 %	0 %	40 %	40 %	62178666
92	NC_006905	ATTTG	2	10	112993	113002	20 %	60 %	20 %	0 %	62178666
93	NC_006905	TTGCC	2	10	117493	117502	0 %	40 %	20 %	40 %	62178670
94	NC_006905	AGCAG	2	10	118170	118179	40 %	0 %	40 %	20 %	62178671
95	NC_006905	AGTTT	2	10	120400	120409	20 %	60 %	20 %	0 %	62178672
96	NC_006905	TAGTG	2	10	120818	120827	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_006905	TCGAT	2	10	122248	122257	20 %	40 %	20 %	20 %	62178673
98	NC_006905	CGGCG	2	10	124878	124887	0 %	0 %	60 %	40 %	62178677
99	NC_006905	CGTTT	2	10	125340	125349	0 %	60 %	20 %	20 %	62178677
100	NC_006905	GGTTT	2	10	128496	128505	0 %	60 %	40 %	0 %	62178681
101	NC_006905	ATTCC	2	10	130441	130450	20 %	40 %	0 %	40 %	162139624
102	NC_006905	GCTGA	2	10	132381	132390	20 %	20 %	40 %	20 %	62178684
103	NC_006905	CCCAA	2	10	132510	132519	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
104	NC_006905	AAAGC	2	10	132738	132747	60 %	0 %	20 %	20 %	62178685
105	NC_006905	CCGCA	2	10	133271	133280	20 %	0 %	20 %	60 %	62178685
106	NC_006905	AGCGC	2	10	135548	135557	20 %	0 %	40 %	40 %	62178687
107	NC_006905	AGTTC	2	10	135642	135651	20 %	40 %	20 %	20 %	62178687
108	NC_006905	AAGCG	2	10	140395	140404	40 %	0 %	40 %	20 %	62178691
109	NC_006905	GTTTG	2	10	142298	142307	0 %	60 %	40 %	0 %	62178693
110	NC_006905	CGTAT	2	10	143769	143778	20 %	40 %	20 %	20 %	62178694
111	NC_006905	ATCAG	2	10	145605	145614	40 %	20 %	20 %	20 %	62178696
112	NC_006905	CTGCC	2	10	147614	147623	0 %	20 %	20 %	60 %	62178697
113	NC_006905	CGGCG	2	10	150344	150353	0 %	0 %	60 %	40 %	62178700
114	NC_006905	CGCGG	2	10	152994	153003	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
115	NC_006905	CCGGC	2	10	153698	153707	0 %	0 %	40 %	60 %	62178703
116	NC_006905	CGCTG	2	10	154590	154599	0 %	20 %	40 %	40 %	62178703
117	NC_006905	GATCA	2	10	158741	158750	40 %	20 %	20 %	20 %	62178708
118	NC_006905	CGTCA	2	10	159487	159496	20 %	20 %	20 %	40 %	62178709
119	NC_006905	ATCCC	2	10	161187	161196	20 %	20 %	0 %	60 %	62178711
120	NC_006905	TAGCG	2	10	161894	161903	20 %	20 %	40 %	20 %	62178711
121	NC_006905	TGAGC	2	10	163744	163753	20 %	20 %	40 %	20 %	62178712
122	NC_006905	CGCAT	2	10	164006	164015	20 %	20 %	20 %	40 %	62178713
123	NC_006905	CGAAC	2	10	164735	164744	40 %	0 %	20 %	40 %	162139623
124	NC_006905	GTTCA	2	10	165001	165010	20 %	40 %	20 %	20 %	162139623
125	NC_006905	ATGAC	2	10	165967	165976	40 %	20 %	20 %	20 %	62178715
126	NC_006905	CTGGA	2	10	166557	166566	20 %	20 %	40 %	20 %	62178716
127	NC_006905	CAGAA	2	10	168676	168685	60 %	0 %	20 %	20 %	62178718
128	NC_006905	CATAC	2	10	169227	169236	40 %	20 %	0 %	40 %	62178718
129	NC_006905	CGAAG	2	10	171547	171556	40 %	0 %	40 %	20 %	62178720
130	NC_006905	GACTG	2	10	173348	173357	20 %	20 %	40 %	20 %	62178721
131	NC_006905	AGCAA	2	10	173760	173769	60 %	0 %	20 %	20 %	62178721
132	NC_006905	GGCAT	2	10	178522	178531	20 %	20 %	40 %	20 %	62178724
133	NC_006905	GGCCA	2	10	178944	178953	20 %	0 %	40 %	40 %	62178725
134	NC_006905	GCGCC	2	10	178957	178966	0 %	0 %	40 %	60 %	62178725
135	NC_006905	CGTTT	2	10	179459	179468	0 %	60 %	20 %	20 %	62178725
136	NC_006905	GGGGA	2	10	179511	179520	20 %	0 %	80 %	0 %	62178725
137	NC_006905	CTGGT	2	10	183142	183151	0 %	40 %	40 %	20 %	62178727
138	NC_006905	TTTTA	2	10	185604	185613	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_006905	CCGCT	2	10	187151	187160	0 %	20 %	20 %	60 %	62178731
140	NC_006905	GCCCA	2	10	189703	189712	20 %	0 %	20 %	60 %	62178734
141	NC_006905	GCGCA	2	10	190108	190117	20 %	0 %	40 %	40 %	62178734
142	NC_006905	GTTTG	2	10	190817	190826	0 %	60 %	40 %	0 %	62178735
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155	NC_006905	GCGCT	2	10	208506	208515	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
156	NC_006905	CGCGT	2	10	208558	208567	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
157	NC_006905	CGGCA	2	10	208988	208997	20 %	0 %	40 %	40 %	62178752
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161	NC_006905	CGCGG	2	10	210178	210187	0 %	0 %	60 %	40 %	62178754
162	NC_006905	GCCAG	2	10	212162	212171	20 %	0 %	40 %	40 %	162139619
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171	NC_006905	GCAGC	2	10	221847	221856	20 %	0 %	40 %	40 %	62178761
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173	NC_006905	TGGTC	2	10	223178	223187	0 %	40 %	40 %	20 %	62178763
174	NC_006905	TGGCG	2	10	224240	224249	0 %	20 %	60 %	20 %	62178764
175	NC_006905	CTGTC	2	10	225954	225963	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
176	NC_006905	ATATA	2	10	226668	226677	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_006905	TGCTC	2	10	242162	242171	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
186	NC_006905	CGGCG	2	10	246178	246187	0 %	0 %	60 %	40 %	62178783
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212	NC_006905	AAGGA	2	10	290328	290337	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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214	NC_006905	TGGCA	2	10	293071	293080	20 %	20 %	40 %	20 %	62178823
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240	NC_006905	TATGT	2	10	324099	324108	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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244	NC_006905	TTTTA	2	10	326507	326516	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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249	NC_006905	AATTA	2	10	334352	334361	60 %	40 %	0 %	0 %	62178857
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257	NC_006905	ATTCC	2	10	345380	345389	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
258	NC_006905	AGAAC	2	10	350716	350725	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
259	NC_006905	ATTTA	2	10	352462	352471	40 %	60 %	0 %	0 %	62178875
260	NC_006905	TAAAT	2	10	352552	352561	60 %	40 %	0 %	0 %	62178875
261	NC_006905	TATGG	2	10	352643	352652	20 %	40 %	40 %	0 %	62178875
262	NC_006905	GTTTG	2	10	352655	352664	0 %	60 %	40 %	0 %	62178875
263	NC_006905	GTTTT	2	10	352991	353000	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
264	NC_006905	GTTGA	2	10	354483	354492	20 %	40 %	40 %	0 %	62178877
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402	NC_006905	AAGGC	2	10	521174	521183	40 %	0 %	40 %	20 %	62179034
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404	NC_006905	CGACG	2	10	524062	524071	20 %	0 %	40 %	40 %	62179037
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