MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis str. SC-B67 plasmid pSC138

Total Repeats: 320

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006856	GCCG	2	8	12	19	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_006856	CTGG	2	8	567	574	0 %	25 %	50 %	25 %	60115515
3	NC_006856	CGGC	2	8	803	810	0 %	0 %	50 %	50 %	60115515
4	NC_006856	CGGC	2	8	986	993	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_006856	CGGC	2	8	1058	1065	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_006856	ACGC	2	8	1606	1613	25 %	0 %	25 %	50 %	60115517
7	NC_006856	CGGG	2	8	1860	1867	0 %	0 %	75 %	25 %	60115517
8	NC_006856	CTGG	2	8	2419	2426	0 %	25 %	50 %	25 %	60115517
9	NC_006856	GGCA	2	8	2566	2573	25 %	0 %	50 %	25 %	60115518
10	NC_006856	CCTG	2	8	2732	2739	0 %	25 %	25 %	50 %	60115518
11	NC_006856	TTGC	2	8	2747	2754	0 %	50 %	25 %	25 %	60115518
12	NC_006856	AAGC	2	8	2780	2787	50 %	0 %	25 %	25 %	60115518
13	NC_006856	CCAT	2	8	2807	2814	25 %	25 %	0 %	50 %	60115518
14	NC_006856	CGGC	2	8	3023	3030	0 %	0 %	50 %	50 %	60115518
15	NC_006856	AGCG	2	8	3111	3118	25 %	0 %	50 %	25 %	60115518
16	NC_006856	CGGC	2	8	3141	3148	0 %	0 %	50 %	50 %	60115518
17	NC_006856	CAGG	2	8	4076	4083	25 %	0 %	50 %	25 %	60115519
18	NC_006856	CACT	2	8	4495	4502	25 %	25 %	0 %	50 %	60115520
19	NC_006856	GCAC	2	8	5336	5343	25 %	0 %	25 %	50 %	60115521
20	NC_006856	GCCG	2	8	5500	5507	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
21	NC_006856	CTTG	2	8	6305	6312	0 %	50 %	25 %	25 %	60115522
22	NC_006856	GTCC	2	8	6664	6671	0 %	25 %	25 %	50 %	60115522
23	NC_006856	TCAA	2	8	7771	7778	50 %	25 %	0 %	25 %	60115522
24	NC_006856	GCCA	2	8	8161	8168	25 %	0 %	25 %	50 %	60115522
25	NC_006856	TTTC	2	8	8915	8922	0 %	75 %	0 %	25 %	60115523
26	NC_006856	GCTG	2	8	9266	9273	0 %	25 %	50 %	25 %	60115524
27	NC_006856	AATT	3	12	10003	10014	50 %	50 %	0 %	0 %	60115525
28	NC_006856	TATT	2	8	10802	10809	25 %	75 %	0 %	0 %	60115526
29	NC_006856	TAAT	2	8	11229	11236	50 %	50 %	0 %	0 %	60115526
30	NC_006856	GCTG	2	8	11486	11493	0 %	25 %	50 %	25 %	60115527
31	NC_006856	TGCC	2	8	12248	12255	0 %	25 %	25 %	50 %	60115528
32	NC_006856	GGGC	2	8	12478	12485	0 %	0 %	75 %	25 %	60115528
33	NC_006856	GCTC	2	8	12634	12641	0 %	25 %	25 %	50 %	60115528
34	NC_006856	TGGC	2	8	12814	12821	0 %	25 %	50 %	25 %	60115528
35	NC_006856	GGCG	2	8	13759	13766	0 %	0 %	75 %	25 %	60115531
36	NC_006856	CAGC	2	8	14076	14083	25 %	0 %	25 %	50 %	60115531
37	NC_006856	ACTT	2	8	15217	15224	25 %	50 %	0 %	25 %	60115532
38	NC_006856	TGAA	2	8	15316	15323	50 %	25 %	25 %	0 %	60115532
39	NC_006856	TGGA	2	8	15438	15445	25 %	25 %	50 %	0 %	60115532
40	NC_006856	GGCT	2	8	15488	15495	0 %	25 %	50 %	25 %	60115532
41	NC_006856	GATT	2	8	15711	15718	25 %	50 %	25 %	0 %	60115533
42	NC_006856	CCGC	2	8	16467	16474	0 %	0 %	25 %	75 %	60115534
43	NC_006856	GCCA	2	8	16835	16842	25 %	0 %	25 %	50 %	60115534
44	NC_006856	CGGC	2	8	17097	17104	0 %	0 %	50 %	50 %	60115534
45	NC_006856	GCCG	2	8	17161	17168	0 %	0 %	50 %	50 %	60115534
46	NC_006856	GCAG	2	8	17353	17360	25 %	0 %	50 %	25 %	60115534
47	NC_006856	CCTT	2	8	18049	18056	0 %	50 %	0 %	50 %	60115536
48	NC_006856	GTTC	2	8	18098	18105	0 %	50 %	25 %	25 %	60115536
49	NC_006856	GCCA	2	8	18455	18462	25 %	0 %	25 %	50 %	60115537
50	NC_006856	CCTG	2	8	18648	18655	0 %	25 %	25 %	50 %	60115537
51	NC_006856	GCGG	2	8	18748	18755	0 %	0 %	75 %	25 %	60115537
52	NC_006856	CAGC	2	8	18840	18847	25 %	0 %	25 %	50 %	60115537
53	NC_006856	GCTG	2	8	20344	20351	0 %	25 %	50 %	25 %	60115539
54	NC_006856	TTTC	2	8	21409	21416	0 %	75 %	0 %	25 %	60115540
55	NC_006856	GCCA	2	8	21433	21440	25 %	0 %	25 %	50 %	60115540
56	NC_006856	ATTC	2	8	21482	21489	25 %	50 %	0 %	25 %	60115540
57	NC_006856	GCTG	2	8	22204	22211	0 %	25 %	50 %	25 %	60115541
58	NC_006856	GCCC	2	8	22859	22866	0 %	0 %	25 %	75 %	60115542
59	NC_006856	TCAA	2	8	23171	23178	50 %	25 %	0 %	25 %	60115542
60	NC_006856	GCCA	2	8	24228	24235	25 %	0 %	25 %	50 %	60115543
61	NC_006856	TTTA	2	8	25175	25182	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_006856	AGCC	2	8	25850	25857	25 %	0 %	25 %	50 %	60115546
63	NC_006856	AAGC	2	8	26164	26171	50 %	0 %	25 %	25 %	60115546
64	NC_006856	GGCT	2	8	26444	26451	0 %	25 %	50 %	25 %	60115547
65	NC_006856	ATCC	2	8	26593	26600	25 %	25 %	0 %	50 %	60115547
66	NC_006856	GCCG	2	8	26949	26956	0 %	0 %	50 %	50 %	60115548
67	NC_006856	CGCC	2	8	27852	27859	0 %	0 %	25 %	75 %	60115549
68	NC_006856	TAGG	2	8	28629	28636	25 %	25 %	50 %	0 %	60115550
69	NC_006856	CAAC	2	8	28655	28662	50 %	0 %	0 %	50 %	60115550
70	NC_006856	ACGG	2	8	28882	28889	25 %	0 %	50 %	25 %	60115550
71	NC_006856	GGGT	2	8	28951	28958	0 %	25 %	75 %	0 %	60115550
72	NC_006856	CTGC	2	8	29257	29264	0 %	25 %	25 %	50 %	60115552
73	NC_006856	GCTG	2	8	29486	29493	0 %	25 %	50 %	25 %	60115552
74	NC_006856	CAAG	2	8	30265	30272	50 %	0 %	25 %	25 %	60115553
75	NC_006856	TTGC	2	8	30769	30776	0 %	50 %	25 %	25 %	60115553
76	NC_006856	TAAA	2	8	31056	31063	75 %	25 %	0 %	0 %	60115553
77	NC_006856	TTAG	2	8	31203	31210	25 %	50 %	25 %	0 %	60115553
78	NC_006856	ATAA	2	8	31367	31374	75 %	25 %	0 %	0 %	60115553
79	NC_006856	TCCA	2	8	31759	31766	25 %	25 %	0 %	50 %	60115554
80	NC_006856	TCAT	2	8	31802	31809	25 %	50 %	0 %	25 %	60115554
81	NC_006856	ATCT	2	8	33090	33097	25 %	50 %	0 %	25 %	60115556
82	NC_006856	CTTA	2	8	33827	33834	25 %	50 %	0 %	25 %	60115556
83	NC_006856	GCTG	2	8	34588	34595	0 %	25 %	50 %	25 %	60115558
84	NC_006856	AGCA	2	8	35679	35686	50 %	0 %	25 %	25 %	60115560
85	NC_006856	GGAA	2	8	36117	36124	50 %	0 %	50 %	0 %	60115560
86	NC_006856	TCCT	2	8	36303	36310	0 %	50 %	0 %	50 %	60115560
87	NC_006856	TTTG	2	8	36792	36799	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_006856	TTTA	2	8	37308	37315	25 %	75 %	0 %	0 %	60115562
89	NC_006856	TGAT	2	8	37371	37378	25 %	50 %	25 %	0 %	60115562
90	NC_006856	AAAG	2	8	37706	37713	75 %	0 %	25 %	0 %	60115562
91	NC_006856	TGTT	2	8	38285	38292	0 %	75 %	25 %	0 %	60115563
92	NC_006856	ATGT	2	8	38438	38445	25 %	50 %	25 %	0 %	60115563
93	NC_006856	AGTA	2	8	38452	38459	50 %	25 %	25 %	0 %	60115563
94	NC_006856	TGAA	2	8	39194	39201	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_006856	AACG	2	8	39287	39294	50 %	0 %	25 %	25 %	60115564
96	NC_006856	AGCC	2	8	39436	39443	25 %	0 %	25 %	50 %	60115564
97	NC_006856	AACT	2	8	39461	39468	50 %	25 %	0 %	25 %	60115564
98	NC_006856	TGGC	2	8	40139	40146	0 %	25 %	50 %	25 %	60115565
99	NC_006856	CCGA	2	8	40537	40544	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_006856	AGAC	2	8	40700	40707	50 %	0 %	25 %	25 %	60115566
101	NC_006856	GCAA	2	8	40977	40984	50 %	0 %	25 %	25 %	60115566
102	NC_006856	TGCC	2	8	41136	41143	0 %	25 %	25 %	50 %	60115566
103	NC_006856	GCTT	2	8	42231	42238	0 %	50 %	25 %	25 %	229037898
104	NC_006856	TGGC	2	8	42544	42551	0 %	25 %	50 %	25 %	229037898
105	NC_006856	TCCG	2	8	43172	43179	0 %	25 %	25 %	50 %	60115568
106	NC_006856	GAAA	2	8	44201	44208	75 %	0 %	25 %	0 %	60115570
107	NC_006856	TTTC	2	8	44514	44521	0 %	75 %	0 %	25 %	60115570
108	NC_006856	CTGG	2	8	44887	44894	0 %	25 %	50 %	25 %	60115569
109	NC_006856	GCTG	2	8	46642	46649	0 %	25 %	50 %	25 %	60115572
110	NC_006856	CTCG	2	8	47530	47537	0 %	25 %	25 %	50 %	60115573
111	NC_006856	GCTT	2	8	49107	49114	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_006856	CCGC	2	8	49469	49476	0 %	0 %	25 %	75 %	60115576
113	NC_006856	GCTG	2	8	49627	49634	0 %	25 %	50 %	25 %	60115577
114	NC_006856	TGGC	2	8	49760	49767	0 %	25 %	50 %	25 %	60115577
115	NC_006856	TGAG	2	8	50751	50758	25 %	25 %	50 %	0 %	60115578
116	NC_006856	TCTG	2	8	51504	51511	0 %	50 %	25 %	25 %	60115579
117	NC_006856	GCTG	2	8	52074	52081	0 %	25 %	50 %	25 %	60115580
118	NC_006856	CGAT	2	8	52780	52787	25 %	25 %	25 %	25 %	60115581
119	NC_006856	TGGT	2	8	54789	54796	0 %	50 %	50 %	0 %	60115583
120	NC_006856	TTTC	2	8	55219	55226	0 %	75 %	0 %	25 %	60115583
121	NC_006856	GAAC	2	8	55399	55406	50 %	0 %	25 %	25 %	60115584
122	NC_006856	TGGT	2	8	55568	55575	0 %	50 %	50 %	0 %	60115584
123	NC_006856	GCAG	2	8	56059	56066	25 %	0 %	50 %	25 %	60115584
124	NC_006856	GTGC	2	8	56155	56162	0 %	25 %	50 %	25 %	60115584
125	NC_006856	GCTG	2	8	56678	56685	0 %	25 %	50 %	25 %	60115585
126	NC_006856	TTCA	2	8	56988	56995	25 %	50 %	0 %	25 %	60115586
127	NC_006856	GACA	2	8	57097	57104	50 %	0 %	25 %	25 %	60115586
128	NC_006856	GCTC	2	8	57166	57173	0 %	25 %	25 %	50 %	60115586
129	NC_006856	CCTG	2	8	57352	57359	0 %	25 %	25 %	50 %	60115587
130	NC_006856	GGCG	2	8	57911	57918	0 %	0 %	75 %	25 %	60115588
131	NC_006856	CAGC	2	8	58228	58235	25 %	0 %	25 %	50 %	60115588
132	NC_006856	TACA	2	8	58619	58626	50 %	25 %	0 %	25 %	60115589
133	NC_006856	GAAA	2	8	58849	58856	75 %	0 %	25 %	0 %	60115589
134	NC_006856	GCAG	2	8	59497	59504	25 %	0 %	50 %	25 %	60115589
135	NC_006856	CGGG	2	8	60157	60164	0 %	0 %	75 %	25 %	60115589
136	NC_006856	ATCA	2	8	61004	61011	50 %	25 %	0 %	25 %	60115591
137	NC_006856	CAAT	2	8	61995	62002	50 %	25 %	0 %	25 %	60115591
138	NC_006856	CCAT	2	8	62100	62107	25 %	25 %	0 %	50 %	60115592
139	NC_006856	GCCA	2	8	62283	62290	25 %	0 %	25 %	50 %	60115592
140	NC_006856	TGGC	2	8	62585	62592	0 %	25 %	50 %	25 %	60115592
141	NC_006856	TTAA	2	8	62676	62683	50 %	50 %	0 %	0 %	60115593
142	NC_006856	CAGC	2	8	63418	63425	25 %	0 %	25 %	50 %	60115593
143	NC_006856	GGGT	2	8	63750	63757	0 %	25 %	75 %	0 %	60115593
144	NC_006856	GCTG	2	8	63812	63819	0 %	25 %	50 %	25 %	60115593
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285	NC_006856	CGTT	2	8	121603	121610	0 %	50 %	25 %	25 %	60115665
286	NC_006856	GGCA	2	8	122286	122293	25 %	0 %	50 %	25 %	60115666
287	NC_006856	GGCG	2	8	123516	123523	0 %	0 %	75 %	25 %	60115668
288	NC_006856	CAGC	2	8	123833	123840	25 %	0 %	25 %	50 %	60115668
289	NC_006856	GAAA	2	8	124909	124916	75 %	0 %	25 %	0 %	60115669
290	NC_006856	ACTA	2	8	125147	125154	50 %	25 %	0 %	25 %	60115669
291	NC_006856	GCTG	2	8	125351	125358	0 %	25 %	50 %	25 %	60115670
292	NC_006856	CTTC	2	8	125736	125743	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
293	NC_006856	GCCC	2	8	127033	127040	0 %	0 %	25 %	75 %	60115674
294	NC_006856	CAGC	2	8	127629	127636	25 %	0 %	25 %	50 %	60115675
295	NC_006856	CTAA	2	8	128649	128656	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
296	NC_006856	AGTG	2	8	128803	128810	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
297	NC_006856	TTTA	2	8	129219	129226	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_006856	CATC	2	8	129557	129564	25 %	25 %	0 %	50 %	60115676
299	NC_006856	TTAT	2	8	129710	129717	25 %	75 %	0 %	0 %	60115676
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316	NC_006856	CTTC	2	8	136656	136663	0 %	50 %	0 %	50 %	60115682
317	NC_006856	CCGG	2	8	136711	136718	0 %	0 %	50 %	50 %	60115682
318	NC_006856	TCCG	2	8	136991	136998	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
319	NC_006856	GCCG	2	8	137792	137799	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
320	NC_006856	GCAC	2	8	138590	138597	25 %	0 %	25 %	50 %	60115684

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.