MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis str. SC-B67 plasmid pSCV50

Total Repeats: 166

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006855	CTGC	2	8	135	142	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_006855	CAGC	2	8	235	242	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_006855	TTCG	2	8	704	711	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_006855	ACAA	2	8	1575	1582	75 %	0 %	0 %	25 %	60115464
5	NC_006855	TTAT	2	8	1662	1669	25 %	75 %	0 %	0 %	60115464
6	NC_006855	TTCT	2	8	1680	1687	0 %	75 %	0 %	25 %	60115464
7	NC_006855	GAAT	2	8	2299	2306	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_006855	ATAA	2	8	2452	2459	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_006855	TTAT	2	8	2560	2567	25 %	75 %	0 %	0 %	60115465
10	NC_006855	CCGA	2	8	3148	3155	25 %	0 %	25 %	50 %	60115465
11	NC_006855	AGTC	2	8	3596	3603	25 %	25 %	25 %	25 %	60115466
12	NC_006855	CGGA	2	8	3807	3814	25 %	0 %	50 %	25 %	60115466
13	NC_006855	TGGG	2	8	3959	3966	0 %	25 %	75 %	0 %	60115466
14	NC_006855	CGCC	2	8	4375	4382	0 %	0 %	25 %	75 %	60115466
15	NC_006855	AGTA	2	8	6292	6299	50 %	25 %	25 %	0 %	60115467
16	NC_006855	ACAT	2	8	6804	6811	50 %	25 %	0 %	25 %	60115468
17	NC_006855	GCGG	2	8	7288	7295	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
18	NC_006855	TCTG	2	8	7348	7355	0 %	50 %	25 %	25 %	60115469
19	NC_006855	CCAT	2	8	7569	7576	25 %	25 %	0 %	50 %	60115469
20	NC_006855	CTTA	2	8	7700	7707	25 %	50 %	0 %	25 %	60115469
21	NC_006855	GTCA	2	8	8287	8294	25 %	25 %	25 %	25 %	60115471
22	NC_006855	GCTG	2	8	8348	8355	0 %	25 %	50 %	25 %	60115471
23	NC_006855	TGGC	2	8	8847	8854	0 %	25 %	50 %	25 %	60115472
24	NC_006855	CAGG	2	8	9470	9477	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_006855	TCGC	2	8	9611	9618	0 %	25 %	25 %	50 %	60115473
26	NC_006855	CAGC	2	8	9668	9675	25 %	0 %	25 %	50 %	60115473
27	NC_006855	CTGC	2	8	9876	9883	0 %	25 %	25 %	50 %	60115473
28	NC_006855	CTGC	2	8	10020	10027	0 %	25 %	25 %	50 %	60115474
29	NC_006855	CGGG	2	8	10060	10067	0 %	0 %	75 %	25 %	60115474
30	NC_006855	TCAC	2	8	10106	10113	25 %	25 %	0 %	50 %	60115474
31	NC_006855	CCCG	2	8	10117	10124	0 %	0 %	25 %	75 %	60115474
32	NC_006855	CGGG	2	8	10156	10163	0 %	0 %	75 %	25 %	60115474
33	NC_006855	CTGC	2	8	10438	10445	0 %	25 %	25 %	50 %	60115474
34	NC_006855	GGCT	2	8	10517	10524	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_006855	CGGA	2	8	10872	10879	25 %	0 %	50 %	25 %	60115475
36	NC_006855	CGGC	2	8	10933	10940	0 %	0 %	50 %	50 %	60115475
37	NC_006855	CAGC	2	8	11070	11077	25 %	0 %	25 %	50 %	60115475
38	NC_006855	CGGT	2	8	11487	11494	0 %	25 %	50 %	25 %	60115476
39	NC_006855	GCTG	2	8	11629	11636	0 %	25 %	50 %	25 %	60115476
40	NC_006855	CCGC	2	8	11674	11681	0 %	0 %	25 %	75 %	60115476
41	NC_006855	CTGC	2	8	11947	11954	0 %	25 %	25 %	50 %	60115476
42	NC_006855	ACAG	2	8	11957	11964	50 %	0 %	25 %	25 %	60115476
43	NC_006855	ACTG	2	8	14721	14728	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_006855	CTGT	2	8	14739	14746	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_006855	AAAT	2	8	14832	14839	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_006855	GATG	2	8	15036	15043	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_006855	GTCT	2	8	16004	16011	0 %	50 %	25 %	25 %	60115482
48	NC_006855	CAGT	2	8	16185	16192	25 %	25 %	25 %	25 %	60115482
49	NC_006855	GCCA	2	8	16707	16714	25 %	0 %	25 %	50 %	60115482
50	NC_006855	GTGA	2	8	17086	17093	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_006855	ATCT	2	8	17345	17352	25 %	50 %	0 %	25 %	60115484
52	NC_006855	TGGG	2	8	17571	17578	0 %	25 %	75 %	0 %	60115484
53	NC_006855	GAAA	2	8	17660	17667	75 %	0 %	25 %	0 %	60115484
54	NC_006855	TATT	2	8	18112	18119	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_006855	TTGT	2	8	18269	18276	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_006855	TTTG	2	8	18277	18284	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_006855	AAAC	2	8	18320	18327	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_006855	GTTT	2	8	18353	18360	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_006855	TCAG	2	8	18672	18679	25 %	25 %	25 %	25 %	60115485
60	NC_006855	GGGA	2	8	18897	18904	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
61	NC_006855	AGCC	2	8	18909	18916	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_006855	TTTA	2	8	19532	19539	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_006855	CCGG	2	8	19885	19892	0 %	0 %	50 %	50 %	60115487
64	NC_006855	GACG	2	8	21934	21941	25 %	0 %	50 %	25 %	60115487
65	NC_006855	ACCA	2	8	22268	22275	50 %	0 %	0 %	50 %	60115488
66	NC_006855	AGAA	2	8	22850	22857	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_006855	TGCG	2	8	22886	22893	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_006855	GGGC	2	8	23105	23112	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
69	NC_006855	TTAT	3	12	23155	23166	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_006855	GCGG	2	8	23840	23847	0 %	0 %	75 %	25 %	229037897
71	NC_006855	TCGG	2	8	23907	23914	0 %	25 %	50 %	25 %	229037897
72	NC_006855	GGTA	2	8	23950	23957	25 %	25 %	50 %	0 %	229037897
73	NC_006855	CGAA	3	12	24179	24190	50 %	0 %	25 %	25 %	229037897
74	NC_006855	GTCA	2	8	24344	24351	25 %	25 %	25 %	25 %	229037897
75	NC_006855	CTGC	2	8	24355	24362	0 %	25 %	25 %	50 %	60115490
76	NC_006855	GCCA	2	8	24586	24593	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_006855	CTTT	2	8	24760	24767	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_006855	ATGT	2	8	24768	24775	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_006855	ACTT	2	8	24984	24991	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_006855	CACG	2	8	26090	26097	25 %	0 %	25 %	50 %	60115492
81	NC_006855	ACTG	2	8	26176	26183	25 %	25 %	25 %	25 %	60115492
82	NC_006855	CCCG	2	8	27214	27221	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
83	NC_006855	CCAG	2	8	27450	27457	25 %	0 %	25 %	50 %	60115494
84	NC_006855	CGGC	2	8	27714	27721	0 %	0 %	50 %	50 %	60115494
85	NC_006855	GACA	2	8	28531	28538	50 %	0 %	25 %	25 %	60115495
86	NC_006855	CGTC	2	8	29319	29326	0 %	25 %	25 %	50 %	60115495
87	NC_006855	TCAG	2	8	29393	29400	25 %	25 %	25 %	25 %	60115495
88	NC_006855	GCCG	2	8	29907	29914	0 %	0 %	50 %	50 %	60115496
89	NC_006855	GAAA	2	8	30171	30178	75 %	0 %	25 %	0 %	60115496
90	NC_006855	GTTT	2	8	30197	30204	0 %	75 %	25 %	0 %	60115496
91	NC_006855	GCCG	2	8	30233	30240	0 %	0 %	50 %	50 %	60115496
92	NC_006855	CACG	2	8	30321	30328	25 %	0 %	25 %	50 %	60115496
93	NC_006855	GTGG	2	8	30378	30385	0 %	25 %	75 %	0 %	60115496
94	NC_006855	CAGC	2	8	31472	31479	25 %	0 %	25 %	50 %	60115497
95	NC_006855	AGGT	2	8	31659	31666	25 %	25 %	50 %	0 %	60115497
96	NC_006855	CTTC	2	8	31795	31802	0 %	50 %	0 %	50 %	60115497
97	NC_006855	AGCC	2	8	32000	32007	25 %	0 %	25 %	50 %	60115497
98	NC_006855	ACTG	2	8	32033	32040	25 %	25 %	25 %	25 %	60115497
99	NC_006855	ATAG	2	8	32381	32388	50 %	25 %	25 %	0 %	60115497
100	NC_006855	TTAA	2	8	32397	32404	50 %	50 %	0 %	0 %	60115497
101	NC_006855	AAAG	2	8	32630	32637	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_006855	AATT	2	8	32657	32664	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_006855	ATTT	2	8	32877	32884	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_006855	ATTT	2	8	32908	32915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_006855	GTCA	2	8	32949	32956	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_006855	CCGT	2	8	33564	33571	0 %	25 %	25 %	50 %	60115498
107	NC_006855	CATT	2	8	33811	33818	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_006855	TGGC	2	8	34989	34996	0 %	25 %	50 %	25 %	60115499
109	NC_006855	CTGG	2	8	35000	35007	0 %	25 %	50 %	25 %	60115499
110	NC_006855	GCCG	2	8	35351	35358	0 %	0 %	50 %	50 %	60115500
111	NC_006855	GAAA	2	8	35450	35457	75 %	0 %	25 %	0 %	60115500
112	NC_006855	CGTT	2	8	36064	36071	0 %	50 %	25 %	25 %	60115501
113	NC_006855	GACC	2	8	36105	36112	25 %	0 %	25 %	50 %	60115501
114	NC_006855	AACG	2	8	36198	36205	50 %	0 %	25 %	25 %	60115501
115	NC_006855	GGCA	2	8	36480	36487	25 %	0 %	50 %	25 %	60115501
116	NC_006855	AGGC	2	8	36714	36721	25 %	0 %	50 %	25 %	60115501
117	NC_006855	TTTG	2	8	36766	36773	0 %	75 %	25 %	0 %	60115501
118	NC_006855	GAGC	2	8	36796	36803	25 %	0 %	50 %	25 %	60115501
119	NC_006855	TTGA	2	8	37529	37536	25 %	50 %	25 %	0 %	60115502
120	NC_006855	GTCA	2	8	37946	37953	25 %	25 %	25 %	25 %	60115502
121	NC_006855	TCGA	2	8	38327	38334	25 %	25 %	25 %	25 %	60115503
122	NC_006855	GGCT	2	8	38352	38359	0 %	25 %	50 %	25 %	60115503
123	NC_006855	TACA	2	8	38880	38887	50 %	25 %	0 %	25 %	60115503
124	NC_006855	AAAT	2	8	39277	39284	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_006855	GCAA	2	8	39509	39516	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_006855	GCTG	2	8	40043	40050	0 %	25 %	50 %	25 %	60115504
127	NC_006855	GCAG	2	8	40290	40297	25 %	0 %	50 %	25 %	60115504
128	NC_006855	CTGA	2	8	40543	40550	25 %	25 %	25 %	25 %	60115504
129	NC_006855	GCCA	2	8	40648	40655	25 %	0 %	25 %	50 %	60115505
130	NC_006855	CCGG	2	8	40808	40815	0 %	0 %	50 %	50 %	60115505
131	NC_006855	GCCA	2	8	41052	41059	25 %	0 %	25 %	50 %	60115505
132	NC_006855	CCTG	2	8	41107	41114	0 %	25 %	25 %	50 %	60115505
133	NC_006855	GCCA	2	8	41388	41395	25 %	0 %	25 %	50 %	60115506
134	NC_006855	CCAG	2	8	41604	41611	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
135	NC_006855	CTGA	2	8	41762	41769	25 %	25 %	25 %	25 %	60115507
136	NC_006855	TCTG	2	8	42050	42057	0 %	50 %	25 %	25 %	60115507
137	NC_006855	CAGC	2	8	42087	42094	25 %	0 %	25 %	50 %	60115507
138	NC_006855	GGCT	2	8	42157	42164	0 %	25 %	50 %	25 %	60115507
139	NC_006855	TTTC	2	8	42358	42365	0 %	75 %	0 %	25 %	60115508
140	NC_006855	CAAA	2	8	43410	43417	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_006855	ACTA	2	8	43429	43436	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_006855	ACAA	2	8	43437	43444	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_006855	CGGG	2	8	43528	43535	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
144	NC_006855	AGAC	2	8	43620	43627	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_006855	CAGG	2	8	43903	43910	25 %	0 %	50 %	25 %	60115509
146	NC_006855	ACAG	2	8	44091	44098	50 %	0 %	25 %	25 %	60115509
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159	NC_006855	ATGT	2	8	47480	47487	25 %	50 %	25 %	0 %	60115512
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164	NC_006855	CGCC	2	8	49352	49359	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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166	NC_006855	ATAA	2	8	49392	49399	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.