MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Streptococcus thermophilus LMG 18311 chromosome

Total Repeats: 1253

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006448	AAAGG	2	10	2050	2059	60 %	0 %	40 %	0 %	55820105
2	NC_006448	CAAAT	2	10	2387	2396	60 %	20 %	0 %	20 %	55820105
3	NC_006448	TGATT	2	10	2673	2682	20 %	60 %	20 %	0 %	55820105
4	NC_006448	GAGAT	2	10	5641	5650	40 %	20 %	40 %	0 %	55820109
5	NC_006448	TTATG	2	10	7448	7457	20 %	60 %	20 %	0 %	55820109
6	NC_006448	CTTTT	2	10	8597	8606	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_006448	GGAAA	2	10	8720	8729	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_006448	TCAGA	2	10	9231	9240	40 %	20 %	20 %	20 %	55820111
9	NC_006448	CAGTA	2	10	12769	12778	40 %	20 %	20 %	20 %	55820115
10	NC_006448	GGTAA	2	10	12849	12858	40 %	20 %	40 %	0 %	55820115
11	NC_006448	ACCGA	2	10	15573	15582	40 %	0 %	20 %	40 %	55820117
12	NC_006448	TCGTG	2	10	18894	18903	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_006448	GTTAA	2	10	19641	19650	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_006448	GGGAG	2	10	20159	20168	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
15	NC_006448	AGGGA	2	10	22368	22377	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_006448	TTGAG	2	10	22602	22611	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_006448	CTAGT	2	10	25535	25544	20 %	40 %	20 %	20 %	55820124
18	NC_006448	CAATC	2	10	25871	25880	40 %	20 %	0 %	40 %	55820125
19	NC_006448	ATTCA	2	10	27017	27026	40 %	40 %	0 %	20 %	55820125
20	NC_006448	TTTTA	2	10	27174	27183	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_006448	TGATT	2	10	28236	28245	20 %	60 %	20 %	0 %	55820126
22	NC_006448	ACCTT	2	10	28982	28991	20 %	40 %	0 %	40 %	55820128
23	NC_006448	TTTTG	2	10	29866	29875	0 %	80 %	20 %	0 %	55820129
24	NC_006448	ATGAA	2	10	31219	31228	60 %	20 %	20 %	0 %	55820130
25	NC_006448	GTAGA	2	10	32582	32591	40 %	20 %	40 %	0 %	55820132
26	NC_006448	AACAA	2	10	33021	33030	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_006448	AAATG	2	10	38695	38704	60 %	20 %	20 %	0 %	55820135
28	NC_006448	AAAAT	2	10	40870	40879	80 %	20 %	0 %	0 %	55820138
29	NC_006448	GTGAA	2	10	41809	41818	40 %	20 %	40 %	0 %	55820138
30	NC_006448	AGTGG	2	10	41961	41970	20 %	20 %	60 %	0 %	55820138
31	NC_006448	TCAAA	2	10	42124	42133	60 %	20 %	0 %	20 %	55820138
32	NC_006448	ACTAT	2	10	44742	44751	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_006448	TTGAT	2	10	45092	45101	20 %	60 %	20 %	0 %	55820143
34	NC_006448	GAAGC	2	10	48050	48059	40 %	0 %	40 %	20 %	55820145
35	NC_006448	ATTTT	2	10	48360	48369	20 %	80 %	0 %	0 %	55820146
36	NC_006448	AATAA	2	10	49441	49450	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_006448	GCTTG	2	10	49668	49677	0 %	40 %	40 %	20 %	55820148
38	NC_006448	CTTTT	2	10	52917	52926	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_006448	TAGCT	2	10	64135	64144	20 %	40 %	20 %	20 %	55820161
40	NC_006448	TTCTT	2	10	65829	65838	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_006448	TTTGA	2	10	65839	65848	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_006448	GATAA	2	10	65944	65953	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_006448	TTGAT	2	10	66223	66232	20 %	60 %	20 %	0 %	55820163
44	NC_006448	TCGTG	2	10	67875	67884	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_006448	GTTAA	2	10	68622	68631	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_006448	GGGAG	2	10	69140	69149	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
47	NC_006448	AGGGA	2	10	71349	71358	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
48	NC_006448	TTGAG	2	10	71583	71592	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_006448	CAAAT	2	10	75237	75246	60 %	20 %	0 %	20 %	55820164
50	NC_006448	GAATC	2	10	77576	77585	40 %	20 %	20 %	20 %	55820165
51	NC_006448	AGAAA	2	10	77630	77639	80 %	0 %	20 %	0 %	55820165
52	NC_006448	TCAAA	2	10	78510	78519	60 %	20 %	0 %	20 %	55820165
53	NC_006448	AATTT	2	10	79071	79080	40 %	60 %	0 %	0 %	55820167
54	NC_006448	AAGAT	2	10	79812	79821	60 %	20 %	20 %	0 %	55820168
55	NC_006448	GGGGC	2	10	83768	83777	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
56	NC_006448	CAGCC	2	10	83779	83788	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_006448	AAAAG	2	10	84882	84891	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_006448	TCAGC	2	10	85959	85968	20 %	20 %	20 %	40 %	55820178
59	NC_006448	TTTTA	2	10	95498	95507	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_006448	GCTTC	2	10	96531	96540	0 %	40 %	20 %	40 %	55820186
61	NC_006448	AAGCC	2	10	96660	96669	40 %	0 %	20 %	40 %	55820186
62	NC_006448	CTGTT	2	10	96740	96749	0 %	60 %	20 %	20 %	55820186
63	NC_006448	AAATA	2	10	99714	99723	80 %	20 %	0 %	0 %	55820191
64	NC_006448	AAATG	2	10	100947	100956	60 %	20 %	20 %	0 %	55820193
65	NC_006448	AACAA	2	10	102711	102720	80 %	0 %	0 %	20 %	55820195
66	NC_006448	CACAC	2	10	102845	102854	40 %	0 %	0 %	60 %	55820195
67	NC_006448	TTTAC	2	10	104034	104043	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_006448	ATTTT	2	10	104453	104462	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_006448	TGATA	2	10	106067	106076	40 %	40 %	20 %	0 %	55820200
70	NC_006448	TTTAT	2	10	107596	107605	20 %	80 %	0 %	0 %	55820200
71	NC_006448	TATTT	2	10	109100	109109	20 %	80 %	0 %	0 %	55820202
72	NC_006448	GACGA	2	10	109527	109536	40 %	0 %	40 %	20 %	55820202
73	NC_006448	ATTAT	2	10	109922	109931	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_006448	ATGGC	2	10	110887	110896	20 %	20 %	40 %	20 %	55820203
75	NC_006448	AAAAG	2	10	111054	111063	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_006448	AGCAA	2	10	112877	112886	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_006448	TTTGT	2	10	113235	113244	0 %	80 %	20 %	0 %	55820205
78	NC_006448	TAACT	2	10	113528	113537	40 %	40 %	0 %	20 %	55820205
79	NC_006448	ATTGT	2	10	117221	117230	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_006448	TCTGT	2	10	118768	118777	0 %	60 %	20 %	20 %	55820211
81	NC_006448	CGGTT	2	10	119763	119772	0 %	40 %	40 %	20 %	55820213
82	NC_006448	CAGTT	2	10	121907	121916	20 %	40 %	20 %	20 %	55820216
83	NC_006448	AAGGT	2	10	122129	122138	40 %	20 %	40 %	0 %	55820216
84	NC_006448	TTAGT	2	10	122378	122387	20 %	60 %	20 %	0 %	55820216
85	NC_006448	GTATC	2	10	124565	124574	20 %	40 %	20 %	20 %	55820218
86	NC_006448	AAGTG	2	10	125270	125279	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_006448	TTCGT	2	10	125299	125308	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_006448	AAAGG	2	10	126394	126403	60 %	0 %	40 %	0 %	55820219
89	NC_006448	TGATA	2	10	126685	126694	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_006448	TCGTG	2	10	130119	130128	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_006448	GTTAA	2	10	130866	130875	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_006448	GGGAG	2	10	131384	131393	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
93	NC_006448	AGGGA	2	10	133593	133602	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
94	NC_006448	TTGAG	2	10	133827	133836	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_006448	TCGTG	2	10	135926	135935	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_006448	GTTAA	2	10	136673	136682	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_006448	GGGAG	2	10	137191	137200	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
98	NC_006448	AGGGA	2	10	139400	139409	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
99	NC_006448	TTGAG	2	10	139634	139643	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_006448	TCCTT	2	10	141248	141257	0 %	60 %	0 %	40 %	55820223
101	NC_006448	GGATC	2	10	141363	141372	20 %	20 %	40 %	20 %	55820223
102	NC_006448	GGATG	2	10	145397	145406	20 %	20 %	60 %	0 %	55820226
103	NC_006448	AAATT	2	10	149040	149049	60 %	40 %	0 %	0 %	55820229
104	NC_006448	TAAAC	2	10	149176	149185	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_006448	GGTTT	2	10	153577	153586	0 %	60 %	40 %	0 %	55820233
106	NC_006448	TTTGG	2	10	156859	156868	0 %	60 %	40 %	0 %	55820239
107	NC_006448	AAGGT	2	10	156885	156894	40 %	20 %	40 %	0 %	55820239
108	NC_006448	CTGGT	2	10	158469	158478	0 %	40 %	40 %	20 %	55820241
109	NC_006448	ATAAA	2	10	159158	159167	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_006448	TGATT	2	10	159986	159995	20 %	60 %	20 %	0 %	55820243
111	NC_006448	GAGAT	2	10	161038	161047	40 %	20 %	40 %	0 %	55820243
112	NC_006448	ATTGA	2	10	161343	161352	40 %	40 %	20 %	0 %	55820243
113	NC_006448	AATGA	2	10	164411	164420	60 %	20 %	20 %	0 %	55820248
114	NC_006448	GGTTG	2	10	166098	166107	0 %	40 %	60 %	0 %	55820249
115	NC_006448	TATTT	2	10	166187	166196	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_006448	AAGTA	2	10	169182	169191	60 %	20 %	20 %	0 %	55820253
117	NC_006448	CACAA	2	10	170173	170182	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_006448	CGTAG	2	10	173499	173508	20 %	20 %	40 %	20 %	55820258
119	NC_006448	AGATA	2	10	173854	173863	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_006448	TTTTA	2	10	174232	174241	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_006448	GTCTT	2	10	177568	177577	0 %	60 %	20 %	20 %	55820263
122	NC_006448	AAGTT	2	10	177919	177928	40 %	40 %	20 %	0 %	55820263
123	NC_006448	CTCAG	2	10	180714	180723	20 %	20 %	20 %	40 %	55820266
124	NC_006448	CTTTA	2	10	181965	181974	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_006448	TTGAT	2	10	183737	183746	20 %	60 %	20 %	0 %	55820270
126	NC_006448	CAGAT	2	10	185647	185656	40 %	20 %	20 %	20 %	55820276
127	NC_006448	AGCTT	2	10	187559	187568	20 %	40 %	20 %	20 %	55820278
128	NC_006448	ATTTG	2	10	188876	188885	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_006448	GGGAA	2	10	189434	189443	40 %	0 %	60 %	0 %	55820280
130	NC_006448	AGTAT	2	10	191787	191796	40 %	40 %	20 %	0 %	55820281
131	NC_006448	TCCAA	2	10	193415	193424	40 %	20 %	0 %	40 %	55820282
132	NC_006448	TTGCC	2	10	196009	196018	0 %	40 %	20 %	40 %	55820286
133	NC_006448	GAAAT	2	10	196957	196966	60 %	20 %	20 %	0 %	55820287
134	NC_006448	CAAGT	2	10	198649	198658	40 %	20 %	20 %	20 %	55820290
135	NC_006448	TTGGT	2	10	198874	198883	0 %	60 %	40 %	0 %	55820290
136	NC_006448	ATCGT	2	10	202730	202739	20 %	40 %	20 %	20 %	55820294
137	NC_006448	ATAAA	2	10	208375	208384	80 %	20 %	0 %	0 %	55820299
138	NC_006448	TGGCT	2	10	210092	210101	0 %	40 %	40 %	20 %	55820299
139	NC_006448	TTTCT	2	10	214729	214738	0 %	80 %	0 %	20 %	55820306
140	NC_006448	TGGTA	2	10	214882	214891	20 %	40 %	40 %	0 %	55820306
141	NC_006448	TTTCT	2	10	214924	214933	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_006448	CAATC	2	10	215380	215389	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_006448	AGTTC	2	10	219866	219875	20 %	40 %	20 %	20 %	55820312
144	NC_006448	TTTGG	2	10	220947	220956	0 %	60 %	40 %	0 %	55820314
145	NC_006448	TAGTA	2	10	223033	223042	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_006448	TGGAT	2	10	236577	236586	20 %	40 %	40 %	0 %	55820330
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158	NC_006448	ATAAA	2	10	238831	238840	80 %	20 %	0 %	0 %	55820332
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162	NC_006448	GTTAC	2	10	246967	246976	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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179	NC_006448	TGGTA	2	10	275823	275832	20 %	40 %	40 %	0 %	55820375
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259	NC_006448	AGGTA	2	10	386982	386991	40 %	20 %	40 %	0 %	55820489
260	NC_006448	ATTTG	2	10	387278	387287	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
261	NC_006448	GTTGA	2	10	392375	392384	20 %	40 %	40 %	0 %	55820496
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270	NC_006448	CTTTT	2	10	405281	405290	0 %	80 %	0 %	20 %	55820512
271	NC_006448	AGAAA	2	10	407327	407336	80 %	0 %	20 %	0 %	55820513
272	NC_006448	AAATC	2	10	409587	409596	60 %	20 %	0 %	20 %	55820516
273	NC_006448	TTTTC	2	10	410455	410464	0 %	80 %	0 %	20 %	55820516
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275	NC_006448	ATTGG	2	10	414254	414263	20 %	40 %	40 %	0 %	55820520
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277	NC_006448	CAAGA	2	10	417176	417185	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
278	NC_006448	GAGAT	2	10	417735	417744	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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400	NC_006448	CAGAT	2	10	600100	600109	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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