MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Synechocystis sp. PCC 6803 plasmid pSYSA

Total Repeats: 67

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005230	CCATC	2	10	761	770	20 %	20 %	0 %	60 %	38505670
2	NC_005230	TTTTA	2	10	937	946	20 %	80 %	0 %	0 %	38505670
3	NC_005230	AATTA	2	10	2018	2027	60 %	40 %	0 %	0 %	38505672
4	NC_005230	AAAAT	2	10	2145	2154	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_005230	CCTGG	2	10	2545	2554	0 %	20 %	40 %	40 %	38505673
6	NC_005230	TTTGC	2	10	5262	5271	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_005230	AATTT	2	10	9062	9071	40 %	60 %	0 %	0 %	38505679
8	NC_005230	GAAAT	2	10	9414	9423	60 %	20 %	20 %	0 %	38505679
9	NC_005230	CAAAA	2	10	10090	10099	80 %	0 %	0 %	20 %	38505679
10	NC_005230	GATCA	2	10	13184	13193	40 %	20 %	20 %	20 %	38505681
11	NC_005230	TCCTT	2	10	17899	17908	0 %	60 %	0 %	40 %	38505686
12	NC_005230	TTTAG	2	10	20020	20029	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_005230	ATTAG	2	10	20238	20247	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_005230	GCATC	2	10	20926	20935	20 %	20 %	20 %	40 %	38505691
15	NC_005230	TGATT	2	10	22453	22462	20 %	60 %	20 %	0 %	38505692
16	NC_005230	TGGAA	2	10	23781	23790	40 %	20 %	40 %	0 %	38505692
17	NC_005230	CAAGC	2	10	25653	25662	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_005230	CAAGC	2	10	25683	25692	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_005230	TTTGT	2	10	26295	26304	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_005230	CTGCA	2	10	29882	29891	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_005230	ACAAT	2	10	31599	31608	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_005230	CAATC	2	10	31829	31838	40 %	20 %	0 %	40 %	38505703
23	NC_005230	GAATT	2	10	33224	33233	40 %	40 %	20 %	0 %	38505705
24	NC_005230	TTACC	2	10	33745	33754	20 %	40 %	0 %	40 %	38505705
25	NC_005230	CAAGC	2	10	33823	33832	40 %	0 %	20 %	40 %	38505705
26	NC_005230	ATTGA	2	10	36177	36186	40 %	40 %	20 %	0 %	38505706
27	NC_005230	ATTGG	2	10	36228	36237	20 %	40 %	40 %	0 %	38505707
28	NC_005230	ACCCC	2	10	36337	36346	20 %	0 %	0 %	80 %	38505707
29	NC_005230	CCCAG	2	10	39615	39624	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_005230	CCTGC	2	10	39632	39641	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_005230	CTCTG	2	10	42550	42559	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_005230	CAAGC	2	10	43143	43152	40 %	0 %	20 %	40 %	38505718
33	NC_005230	TCTCT	2	10	44422	44431	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_005230	GGGGC	2	10	45403	45412	0 %	0 %	80 %	20 %	38505722
35	NC_005230	GCATT	2	10	45987	45996	20 %	40 %	20 %	20 %	38505723
36	NC_005230	AGAGG	2	10	46734	46743	40 %	0 %	60 %	0 %	38505724
37	NC_005230	GAAGG	2	10	48539	48548	40 %	0 %	60 %	0 %	38505726
38	NC_005230	TAATT	2	10	50204	50213	40 %	60 %	0 %	0 %	38505728
39	NC_005230	TCTCC	2	10	51095	51104	0 %	40 %	0 %	60 %	38505728
40	NC_005230	TTGCC	2	10	52360	52369	0 %	40 %	20 %	40 %	38505729
41	NC_005230	AGCAA	2	10	52514	52523	60 %	0 %	20 %	20 %	38505729
42	NC_005230	TTGTT	2	10	57067	57076	0 %	80 %	20 %	0 %	38505733
43	NC_005230	TTTTC	2	10	58777	58786	0 %	80 %	0 %	20 %	38505734
44	NC_005230	AAAAT	2	10	60676	60685	80 %	20 %	0 %	0 %	38505734
45	NC_005230	AAAAT	2	10	62535	62544	80 %	20 %	0 %	0 %	38505735
46	NC_005230	TTTGG	2	10	63703	63712	0 %	60 %	40 %	0 %	38505736
47	NC_005230	GGGCT	2	10	63726	63735	0 %	20 %	60 %	20 %	38505736
48	NC_005230	TGGCG	2	10	67475	67484	0 %	20 %	60 %	20 %	38505743
49	NC_005230	TCGTA	2	10	67957	67966	20 %	40 %	20 %	20 %	38505743
50	NC_005230	TGAGT	2	10	69858	69867	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_005230	GGATC	2	10	70531	70540	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_005230	GCCAT	2	10	76226	76235	20 %	20 %	20 %	40 %	38505749
53	NC_005230	ATGGA	2	10	76509	76518	40 %	20 %	40 %	0 %	38505749
54	NC_005230	TCAGC	2	10	76567	76576	20 %	20 %	20 %	40 %	38505749
55	NC_005230	CCCAA	2	10	83176	83185	40 %	0 %	0 %	60 %	38505755
56	NC_005230	TCTTG	2	10	88375	88384	0 %	60 %	20 %	20 %	38505759
57	NC_005230	CACCC	2	10	88996	89005	20 %	0 %	0 %	80 %	38505760
58	NC_005230	ACTCT	2	10	90717	90726	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_005230	ATTAA	2	10	91154	91163	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_005230	GTCTC	2	10	91481	91490	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_005230	CGCTT	2	10	91597	91606	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_005230	TGAAT	2	10	92991	93000	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_005230	CGGAG	2	10	94941	94950	20 %	0 %	60 %	20 %	38505765
64	NC_005230	AGGGG	2	10	96249	96258	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
65	NC_005230	CACCG	2	10	97119	97128	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
66	NC_005230	TAACT	2	10	97153	97162	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_005230	CCAAA	2	10	103059	103068	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.