MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Shigella flexneri 2a str. 301 plasmid pCP301

Total Repeats: 168

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004851	CATTG	2	10	3540	3549	20 %	40 %	20 %	20 %	31983555
2	NC_004851	AAATT	2	10	3736	3745	60 %	40 %	0 %	0 %	31983555
3	NC_004851	CAGAG	2	10	5176	5185	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_004851	ACATC	2	10	5493	5502	40 %	20 %	0 %	40 %	56403996
5	NC_004851	AGGTG	2	10	6061	6070	20 %	20 %	60 %	0 %	31983711
6	NC_004851	CAGAC	2	10	6341	6350	40 %	0 %	20 %	40 %	31983633
7	NC_004851	TGCAA	2	10	7961	7970	40 %	20 %	20 %	20 %	56403997
8	NC_004851	CTGAT	2	10	9813	9822	20 %	40 %	20 %	20 %	31983551
9	NC_004851	ATGTA	2	10	10371	10380	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004851	CCATT	2	10	12164	12173	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_004851	GTCTG	2	10	13511	13520	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_004851	GGCAA	2	10	15088	15097	40 %	0 %	40 %	20 %	31983625
13	NC_004851	CTGTG	2	10	15554	15563	0 %	40 %	40 %	20 %	31983714
14	NC_004851	GAACG	2	10	15980	15989	40 %	0 %	40 %	20 %	31983613
15	NC_004851	GATGT	2	10	16452	16461	20 %	40 %	40 %	0 %	31983611
16	NC_004851	ACCGG	2	10	16927	16936	20 %	0 %	40 %	40 %	31983611
17	NC_004851	TGGTG	2	10	17376	17385	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004851	ATGAA	2	10	17599	17608	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004851	ATTAC	2	10	18844	18853	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_004851	TAACG	2	10	21531	21540	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_004851	CGAGT	2	10	21633	21642	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_004851	GTTCG	2	10	23456	23465	0 %	40 %	40 %	20 %	31983605
23	NC_004851	TGTTT	2	10	24255	24264	0 %	80 %	20 %	0 %	56404001
24	NC_004851	CCCAG	2	10	24485	24494	20 %	0 %	20 %	60 %	56404001
25	NC_004851	AAGGT	2	10	25115	25124	40 %	20 %	40 %	0 %	56404002
26	NC_004851	AGCGC	2	10	25515	25524	20 %	0 %	40 %	40 %	31983610
27	NC_004851	TCAAA	2	10	26153	26162	60 %	20 %	0 %	20 %	31983610
28	NC_004851	ACCGC	2	10	27471	27480	20 %	0 %	20 %	60 %	31983549
29	NC_004851	TTATG	2	10	27554	27563	20 %	60 %	20 %	0 %	31983549
30	NC_004851	ACAAA	2	10	27632	27641	80 %	0 %	0 %	20 %	31983549
31	NC_004851	TTCCA	2	10	27795	27804	20 %	40 %	0 %	40 %	31983549
32	NC_004851	CGAGT	2	10	30081	30090	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_004851	CAAAT	2	10	30764	30773	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_004851	CCTCT	2	10	33571	33580	0 %	40 %	0 %	60 %	31983721
35	NC_004851	AGCGC	2	10	36136	36145	20 %	0 %	40 %	40 %	31983722
36	NC_004851	ATGTC	2	10	37730	37739	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_004851	GTGAT	2	10	39002	39011	20 %	40 %	40 %	0 %	31983640
38	NC_004851	AGCGA	2	10	40265	40274	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_004851	CCTGA	2	10	40946	40955	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_004851	GCTCT	2	10	42391	42400	0 %	40 %	20 %	40 %	31983584
41	NC_004851	CATTG	2	10	47815	47824	20 %	40 %	20 %	20 %	31983556
42	NC_004851	AAATT	2	10	48011	48020	60 %	40 %	0 %	0 %	31983556
43	NC_004851	GTGAT	2	10	49886	49895	20 %	40 %	40 %	0 %	31983631
44	NC_004851	CTCTT	2	10	57043	57052	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_004851	GCTCT	2	10	63375	63384	0 %	40 %	20 %	40 %	31983582
46	NC_004851	GCTCT	2	10	65566	65575	0 %	40 %	20 %	40 %	31983583
47	NC_004851	CGTTA	2	10	68671	68680	20 %	40 %	20 %	20 %	31983644
48	NC_004851	TTAAG	2	10	70122	70131	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_004851	AACAT	2	10	70358	70367	60 %	20 %	0 %	20 %	31983652
50	NC_004851	ACACC	2	10	70652	70661	40 %	0 %	0 %	60 %	31983652
51	NC_004851	CAATC	2	10	70860	70869	40 %	20 %	0 %	40 %	31983652
52	NC_004851	AGCGC	2	10	73623	73632	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_004851	TCAAA	2	10	74261	74270	60 %	20 %	0 %	20 %	31983606
54	NC_004851	GATTG	2	10	75584	75593	20 %	40 %	40 %	0 %	31983653
55	NC_004851	GGTGT	2	10	75792	75801	0 %	40 %	60 %	0 %	31983653
56	NC_004851	ATGTT	2	10	76086	76095	20 %	60 %	20 %	0 %	31983653
57	NC_004851	CTTAA	2	10	76322	76331	40 %	40 %	0 %	20 %	31983676
58	NC_004851	CAGAC	2	10	77851	77860	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_004851	AAGTT	2	10	78253	78262	40 %	40 %	20 %	0 %	31983552
60	NC_004851	TCATT	2	10	79217	79226	20 %	60 %	0 %	20 %	31983552
61	NC_004851	CGTTC	2	10	82144	82153	0 %	40 %	20 %	40 %	56404010
62	NC_004851	ACAAG	2	10	82313	82322	60 %	0 %	20 %	20 %	56404010
63	NC_004851	TTTAT	2	10	83802	83811	20 %	80 %	0 %	0 %	31983736
64	NC_004851	GTCAG	2	10	84273	84282	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_004851	TCGCT	2	10	84955	84964	0 %	40 %	20 %	40 %	31983627
66	NC_004851	CACAA	2	10	85716	85725	60 %	0 %	0 %	40 %	31983737
67	NC_004851	TCCTT	2	10	86852	86861	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_004851	CCACT	2	10	87331	87340	20 %	20 %	0 %	60 %	31983650
69	NC_004851	CAGTG	2	10	87437	87446	20 %	20 %	40 %	20 %	31983650
70	NC_004851	CAGAC	2	10	88587	88596	40 %	0 %	20 %	40 %	31983689
71	NC_004851	TAAGC	2	10	91006	91015	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_004851	GTCTG	2	10	92024	92033	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_004851	TTCCC	2	10	93822	93831	0 %	40 %	0 %	60 %	31983696
74	NC_004851	CTGGT	2	10	94222	94231	0 %	40 %	40 %	20 %	31983697
75	NC_004851	AATTT	2	10	96469	96478	40 %	60 %	0 %	0 %	31983557
76	NC_004851	CAATG	2	10	96665	96674	40 %	20 %	20 %	20 %	31983557
77	NC_004851	GTCTG	2	10	97908	97917	0 %	40 %	40 %	20 %	31983703
78	NC_004851	AGCGA	2	10	100922	100931	40 %	0 %	40 %	20 %	31983628
79	NC_004851	CCTGA	2	10	101603	101612	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_004851	ACCTT	2	10	102016	102025	20 %	40 %	0 %	40 %	31983607
81	NC_004851	CGAAC	2	10	102365	102374	40 %	0 %	20 %	40 %	31983607
82	NC_004851	GTTAT	2	10	104114	104123	20 %	60 %	20 %	0 %	56404014
83	NC_004851	TGGGG	2	10	104883	104892	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
84	NC_004851	TTTTA	2	10	105087	105096	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_004851	TTTAT	2	10	105122	105131	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_004851	TGTTT	2	10	105855	105864	0 %	80 %	20 %	0 %	31983531
87	NC_004851	TCTTT	2	10	105907	105916	0 %	80 %	0 %	20 %	31983531
88	NC_004851	AAGTT	2	10	106153	106162	40 %	40 %	20 %	0 %	31983531
89	NC_004851	ATGCT	2	10	106321	106330	20 %	40 %	20 %	20 %	31983531
90	NC_004851	TGTTT	2	10	110397	110406	0 %	80 %	20 %	0 %	56404015
91	NC_004851	GGTGA	2	10	110576	110585	20 %	20 %	60 %	0 %	56404015
92	NC_004851	ATTTT	2	10	112518	112527	20 %	80 %	0 %	0 %	31983588
93	NC_004851	TTTTA	2	10	112535	112544	20 %	80 %	0 %	0 %	31983588
94	NC_004851	CTTTA	2	10	113483	113492	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_004851	CATCT	2	10	113859	113868	20 %	40 %	0 %	40 %	31983578
96	NC_004851	TTTCA	2	10	116393	116402	20 %	60 %	0 %	20 %	31983575
97	NC_004851	CTTCT	2	10	117197	117206	0 %	60 %	0 %	40 %	31983575
98	NC_004851	GAGAG	2	10	117230	117239	40 %	0 %	60 %	0 %	31983575
99	NC_004851	ATATT	2	10	118287	118296	40 %	60 %	0 %	0 %	31983574
100	NC_004851	TTTTA	2	10	120520	120529	20 %	80 %	0 %	0 %	31983564
101	NC_004851	TTGAT	2	10	120711	120720	20 %	60 %	20 %	0 %	31983564
102	NC_004851	TTAAA	2	10	123173	123182	60 %	40 %	0 %	0 %	56404017
103	NC_004851	ATTGT	2	10	123201	123210	20 %	60 %	20 %	0 %	56404017
104	NC_004851	ATTGT	2	10	123986	123995	20 %	60 %	20 %	0 %	31983567
105	NC_004851	TGGCT	2	10	125779	125788	0 %	40 %	40 %	20 %	31983568
106	NC_004851	TTGTT	2	10	127983	127992	0 %	80 %	20 %	0 %	31983569
107	NC_004851	GTTAT	2	10	128975	128984	20 %	60 %	20 %	0 %	31983544
108	NC_004851	ATGGT	2	10	133554	133563	20 %	40 %	40 %	0 %	31983792
109	NC_004851	CAGAC	2	10	136398	136407	40 %	0 %	20 %	40 %	31983704
110	NC_004851	TATCA	2	10	141692	141701	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_004851	AAACA	2	10	142004	142013	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_004851	TTCAT	2	10	145736	145745	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_004851	AATAT	2	10	147899	147908	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_004851	ATGGA	2	10	149900	149909	40 %	20 %	40 %	0 %	31983529
115	NC_004851	TCAGC	2	10	152085	152094	20 %	20 %	20 %	40 %	31983529
116	NC_004851	CTGAA	2	10	153527	153536	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_004851	TTTCC	2	10	155539	155548	0 %	60 %	0 %	40 %	56404025
118	NC_004851	GTGGC	2	10	159358	159367	0 %	20 %	60 %	20 %	31983547
119	NC_004851	ACAGT	2	10	160962	160971	40 %	20 %	20 %	20 %	56404026
120	NC_004851	GCTTT	2	10	161000	161009	0 %	60 %	20 %	20 %	56404026
121	NC_004851	AATAA	2	10	162142	162151	80 %	20 %	0 %	0 %	31983537
122	NC_004851	CATTA	2	10	162373	162382	40 %	40 %	0 %	20 %	31983537
123	NC_004851	GCCAG	2	10	162762	162771	20 %	0 %	40 %	40 %	31983537
124	NC_004851	CGCGG	2	10	164241	164250	0 %	0 %	60 %	40 %	56404027
125	NC_004851	ACGGG	2	10	164292	164301	20 %	0 %	60 %	20 %	56404027
126	NC_004851	CCGCC	2	10	166589	166598	0 %	0 %	20 %	80 %	31983666
127	NC_004851	TTCCC	2	10	169475	169484	0 %	40 %	0 %	60 %	31983698
128	NC_004851	CTGGT	2	10	169875	169884	0 %	40 %	40 %	20 %	31983699
129	NC_004851	CCACT	2	10	170594	170603	20 %	20 %	0 %	60 %	31983691
130	NC_004851	CAGTG	2	10	170700	170709	20 %	20 %	40 %	20 %	31983691
131	NC_004851	GGCTG	2	10	171722	171731	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
132	NC_004851	GACCA	2	10	173932	173941	40 %	0 %	20 %	40 %	31983700
133	NC_004851	GGGAA	2	10	174353	174362	40 %	0 %	60 %	0 %	31983701
134	NC_004851	ATAAA	2	10	178174	178183	80 %	20 %	0 %	0 %	31983784
135	NC_004851	ATCAC	2	10	178689	178698	40 %	20 %	0 %	40 %	31983686
136	NC_004851	CATCA	2	10	179437	179446	40 %	20 %	0 %	40 %	31983756
137	NC_004851	GCCAG	2	10	180083	180092	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
138	NC_004851	GCCCG	2	10	180282	180291	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
139	NC_004851	TTCAT	2	10	181370	181379	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_004851	GCTCT	2	10	182559	182568	0 %	40 %	20 %	40 %	56404031
141	NC_004851	CAGGA	2	10	183602	183611	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_004851	GGCAG	2	10	183696	183705	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
143	NC_004851	TGAGT	2	10	184213	184222	20 %	40 %	40 %	0 %	31983550
144	NC_004851	GTCTG	2	10	184689	184698	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_004851	TTGCC	2	10	185219	185228	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
146	NC_004851	ACGCC	2	10	185466	185475	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
147	NC_004851	CAGTG	2	10	189979	189988	20 %	20 %	40 %	20 %	31983664
148	NC_004851	GGTGG	2	10	191298	191307	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
149	NC_004851	TCTGG	2	10	192150	192159	0 %	40 %	40 %	20 %	31983663
150	NC_004851	AGTTC	2	10	192205	192214	20 %	40 %	20 %	20 %	31983663
151	NC_004851	TGGTA	2	10	193375	193384	20 %	40 %	40 %	0 %	31983662
152	NC_004851	ATTTA	2	10	195724	195733	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_004851	CAGAC	2	10	196962	196971	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
154	NC_004851	GACCT	2	10	199064	199073	20 %	20 %	20 %	40 %	31983763
155	NC_004851	ACCGG	2	10	203225	203234	20 %	0 %	40 %	40 %	31983654
156	NC_004851	GCCGT	2	10	203296	203305	0 %	20 %	40 %	40 %	31983654
157	NC_004851	ACCTG	2	10	203834	203843	20 %	20 %	20 %	40 %	31983654
158	NC_004851	TCTGG	2	10	204171	204180	0 %	40 %	40 %	20 %	56404032
159	NC_004851	CAGAC	2	10	206562	206571	40 %	0 %	20 %	40 %	31983690
160	NC_004851	CCGGG	2	10	207629	207638	0 %	0 %	60 %	40 %	31983766
161	NC_004851	AAAAC	2	10	207825	207834	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
162	NC_004851	TAAAG	2	10	209150	209159	60 %	20 %	20 %	0 %	31983793
163	NC_004851	ACTTT	2	10	209160	209169	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
164	NC_004851	CCTGT	2	10	210646	210655	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
165	NC_004851	TGGGC	2	10	217579	217588	0 %	20 %	60 %	20 %	31983685
166	NC_004851	ATGAA	2	10	219137	219146	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
167	NC_004851	CAAAA	2	10	220428	220437	80 %	0 %	0 %	20 %	56404036
168	NC_004851	ACTGG	2	10	220482	220491	20 %	20 %	40 %	20 %	56404036

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.