MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Shewanella oneidensis MR-1 plasmid megaplasmid

Total Repeats: 432

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004349	AGCG	2	8	487	494	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_004349	AAGG	2	8	818	825	50 %	0 %	50 %	0 %	24376232
3	NC_004349	AGTA	2	8	908	915	50 %	25 %	25 %	0 %	24376232
4	NC_004349	GTTA	2	8	1189	1196	25 %	50 %	25 %	0 %	24376232
5	NC_004349	TGAT	2	8	1434	1441	25 %	50 %	25 %	0 %	24376232
6	NC_004349	CATG	2	8	1791	1798	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_004349	GTTA	2	8	1892	1899	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004349	CACT	2	8	2177	2184	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_004349	ATTA	2	8	2561	2568	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004349	TCGA	2	8	2777	2784	25 %	25 %	25 %	25 %	24376233
11	NC_004349	GAAA	2	8	2792	2799	75 %	0 %	25 %	0 %	24376233
12	NC_004349	ATTA	2	8	2907	2914	50 %	50 %	0 %	0 %	24376234
13	NC_004349	AAGA	2	8	3551	3558	75 %	0 %	25 %	0 %	24376234
14	NC_004349	TAAA	2	8	3887	3894	75 %	25 %	0 %	0 %	24376234
15	NC_004349	CTTT	2	8	5499	5506	0 %	75 %	0 %	25 %	24376235
16	NC_004349	TATC	2	8	5604	5611	25 %	50 %	0 %	25 %	24376235
17	NC_004349	CTTT	2	8	6284	6291	0 %	75 %	0 %	25 %	118725020
18	NC_004349	ATCA	2	8	6703	6710	50 %	25 %	0 %	25 %	118725020
19	NC_004349	AACG	2	8	6971	6978	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_004349	CGCC	2	8	7586	7593	0 %	0 %	25 %	75 %	118725021
21	NC_004349	CAGG	2	8	7822	7829	25 %	0 %	50 %	25 %	118725021
22	NC_004349	GTGA	2	8	8122	8129	25 %	25 %	50 %	0 %	24376239
23	NC_004349	GAGC	2	8	8160	8167	25 %	0 %	50 %	25 %	24376239
24	NC_004349	ATGA	2	8	8687	8694	50 %	25 %	25 %	0 %	118725022
25	NC_004349	TGGA	2	8	8904	8911	25 %	25 %	50 %	0 %	24376241
26	NC_004349	TTTG	2	8	9005	9012	0 %	75 %	25 %	0 %	24376241
27	NC_004349	AATT	2	8	9368	9375	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_004349	TAAT	2	8	9414	9421	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_004349	TAAC	2	8	10075	10082	50 %	25 %	0 %	25 %	24376243
30	NC_004349	TGCT	2	8	10537	10544	0 %	50 %	25 %	25 %	24376243
31	NC_004349	TCGC	2	8	10567	10574	0 %	25 %	25 %	50 %	24376243
32	NC_004349	GCGG	2	8	11530	11537	0 %	0 %	75 %	25 %	24376244
33	NC_004349	GGAT	2	8	11630	11637	25 %	25 %	50 %	0 %	24376244
34	NC_004349	TGGG	2	8	12047	12054	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
35	NC_004349	CGGG	2	8	12099	12106	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
36	NC_004349	GCCC	2	8	12334	12341	0 %	0 %	25 %	75 %	24376245
37	NC_004349	TGAG	2	8	13415	13422	25 %	25 %	50 %	0 %	24376247
38	NC_004349	AGCC	2	8	13452	13459	25 %	0 %	25 %	50 %	24376247
39	NC_004349	AGCC	2	8	13643	13650	25 %	0 %	25 %	50 %	24376247
40	NC_004349	GTCC	2	8	13792	13799	0 %	25 %	25 %	50 %	24376247
41	NC_004349	TTCA	2	8	14358	14365	25 %	50 %	0 %	25 %	24376247
42	NC_004349	ATTG	2	8	14402	14409	25 %	50 %	25 %	0 %	24376247
43	NC_004349	GCGA	2	8	14800	14807	25 %	0 %	50 %	25 %	24376247
44	NC_004349	GCTT	2	8	14884	14891	0 %	50 %	25 %	25 %	24376247
45	NC_004349	CTCG	2	8	15623	15630	0 %	25 %	25 %	50 %	24376247
46	NC_004349	GCTC	2	8	16092	16099	0 %	25 %	25 %	50 %	24376248
47	NC_004349	CCCT	2	8	16220	16227	0 %	25 %	0 %	75 %	24376248
48	NC_004349	GTCA	2	8	16936	16943	25 %	25 %	25 %	25 %	24376250
49	NC_004349	CAAA	2	8	16975	16982	75 %	0 %	0 %	25 %	24376250
50	NC_004349	GAAA	2	8	17662	17669	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_004349	AGGC	2	8	17726	17733	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_004349	AAGA	2	8	17879	17886	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_004349	CAAC	2	8	18322	18329	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_004349	ATTT	2	8	18728	18735	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_004349	AGAT	2	8	19009	19016	50 %	25 %	25 %	0 %	24376251
56	NC_004349	GTTA	2	8	19449	19456	25 %	50 %	25 %	0 %	24376252
57	NC_004349	ACGA	2	8	20144	20151	50 %	0 %	25 %	25 %	118725023
58	NC_004349	CCTT	2	8	20172	20179	0 %	50 %	0 %	50 %	118725023
59	NC_004349	TTCC	2	8	20539	20546	0 %	50 %	0 %	50 %	118725023
60	NC_004349	ATCA	2	8	20993	21000	50 %	25 %	0 %	25 %	24376255
61	NC_004349	TCAG	2	8	21006	21013	25 %	25 %	25 %	25 %	24376255
62	NC_004349	GGAA	2	8	21274	21281	50 %	0 %	50 %	0 %	118725024
63	NC_004349	GAAA	2	8	21377	21384	75 %	0 %	25 %	0 %	118725024
64	NC_004349	AAGG	2	8	21641	21648	50 %	0 %	50 %	0 %	118725024
65	NC_004349	TCGT	2	8	21669	21676	0 %	50 %	25 %	25 %	118725024
66	NC_004349	CAAC	2	8	22157	22164	50 %	0 %	0 %	50 %	118725024
67	NC_004349	TCGG	2	8	22402	22409	0 %	25 %	50 %	25 %	24376258
68	NC_004349	GCAA	2	8	22451	22458	50 %	0 %	25 %	25 %	24376258
69	NC_004349	TGTC	2	8	22703	22710	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_004349	GCAA	2	8	22799	22806	50 %	0 %	25 %	25 %	24376259
71	NC_004349	CTAT	2	8	23226	23233	25 %	50 %	0 %	25 %	24376259
72	NC_004349	GCGG	2	8	23604	23611	0 %	0 %	75 %	25 %	24376259
73	NC_004349	TCTG	2	8	24102	24109	0 %	50 %	25 %	25 %	24376259
74	NC_004349	AGCC	2	8	24239	24246	25 %	0 %	25 %	50 %	24376259
75	NC_004349	AGAA	2	8	24319	24326	75 %	0 %	25 %	0 %	24376259
76	NC_004349	CGAC	2	8	24438	24445	25 %	0 %	25 %	50 %	24376259
77	NC_004349	TAAA	2	8	24713	24720	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004349	TGAA	2	8	24974	24981	50 %	25 %	25 %	0 %	24376260
79	NC_004349	TGGC	2	8	25024	25031	0 %	25 %	50 %	25 %	24376260
80	NC_004349	TGAT	2	8	25557	25564	25 %	50 %	25 %	0 %	24376261
81	NC_004349	AAAT	2	8	26161	26168	75 %	25 %	0 %	0 %	24376263
82	NC_004349	ACTG	2	8	26928	26935	25 %	25 %	25 %	25 %	24376263
83	NC_004349	CATA	2	8	26957	26964	50 %	25 %	0 %	25 %	24376263
84	NC_004349	CGGA	2	8	27125	27132	25 %	0 %	50 %	25 %	24376263
85	NC_004349	ATAA	2	8	27744	27751	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_004349	AGCA	2	8	27905	27912	50 %	0 %	25 %	25 %	118725025
87	NC_004349	TCGG	2	8	28218	28225	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
88	NC_004349	GCAA	2	8	28267	28274	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_004349	ACGA	2	8	28967	28974	50 %	0 %	25 %	25 %	118725026
90	NC_004349	CCTT	2	8	28995	29002	0 %	50 %	0 %	50 %	118725026
91	NC_004349	TTTC	2	8	29259	29266	0 %	75 %	0 %	25 %	118725026
92	NC_004349	TTCC	2	8	29362	29369	0 %	50 %	0 %	50 %	118725026
93	NC_004349	TGAT	2	8	29644	29651	25 %	50 %	25 %	0 %	118725027
94	NC_004349	AAGC	2	8	29894	29901	50 %	0 %	25 %	25 %	118725027
95	NC_004349	CAAA	2	8	29944	29951	75 %	0 %	0 %	25 %	118725027
96	NC_004349	GCAA	2	8	30084	30091	50 %	0 %	25 %	25 %	118725027
97	NC_004349	GACG	2	8	30254	30261	25 %	0 %	50 %	25 %	118725027
98	NC_004349	GACG	2	8	31056	31063	25 %	0 %	50 %	25 %	24376268
99	NC_004349	TTGA	2	8	31101	31108	25 %	50 %	25 %	0 %	24376269
100	NC_004349	TTTA	2	8	31550	31557	25 %	75 %	0 %	0 %	24376270
101	NC_004349	CAAT	2	8	31798	31805	50 %	25 %	0 %	25 %	24376270
102	NC_004349	TGAA	2	8	31924	31931	50 %	25 %	25 %	0 %	24376270
103	NC_004349	ACCA	2	8	32100	32107	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_004349	GATA	2	8	32525	32532	50 %	25 %	25 %	0 %	24376272
105	NC_004349	CGTT	2	8	32627	32634	0 %	50 %	25 %	25 %	24376272
106	NC_004349	CCCT	2	8	32763	32770	0 %	25 %	0 %	75 %	24376272
107	NC_004349	ATGC	2	8	32940	32947	25 %	25 %	25 %	25 %	24376272
108	NC_004349	TTAT	2	8	33083	33090	25 %	75 %	0 %	0 %	24376272
109	NC_004349	ATCA	2	8	33349	33356	50 %	25 %	0 %	25 %	24376272
110	NC_004349	TGTT	2	8	33912	33919	0 %	75 %	25 %	0 %	118725028
111	NC_004349	AACA	2	8	33921	33928	75 %	0 %	0 %	25 %	118725028
112	NC_004349	AGAA	2	8	34837	34844	75 %	0 %	25 %	0 %	118725028
113	NC_004349	TGGA	2	8	37762	37769	25 %	25 %	50 %	0 %	24376276
114	NC_004349	AAAT	2	8	37827	37834	75 %	25 %	0 %	0 %	24376276
115	NC_004349	TTAG	2	8	37937	37944	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_004349	ATGC	2	8	38026	38033	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_004349	ATTG	2	8	38573	38580	25 %	50 %	25 %	0 %	118725047
118	NC_004349	TCAT	2	8	38729	38736	25 %	50 %	0 %	25 %	118725047
119	NC_004349	TTCC	2	8	38758	38765	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_004349	CTGC	2	8	39010	39017	0 %	25 %	25 %	50 %	24376277
121	NC_004349	TCAT	2	8	39093	39100	25 %	50 %	0 %	25 %	24376277
122	NC_004349	ATCA	2	8	39260	39267	50 %	25 %	0 %	25 %	24376277
123	NC_004349	CCTA	2	8	39902	39909	25 %	25 %	0 %	50 %	24376277
124	NC_004349	TACC	2	8	40810	40817	25 %	25 %	0 %	50 %	24376277
125	NC_004349	AAGT	2	8	41045	41052	50 %	25 %	25 %	0 %	24376277
126	NC_004349	AATT	2	8	41758	41765	50 %	50 %	0 %	0 %	24376278
127	NC_004349	ATAA	2	8	41796	41803	75 %	25 %	0 %	0 %	24376278
128	NC_004349	CCTT	2	8	42101	42108	0 %	50 %	0 %	50 %	24376278
129	NC_004349	TGAT	2	8	42807	42814	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_004349	AAAT	2	8	43391	43398	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_004349	ATTA	2	8	43585	43592	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_004349	TCTT	2	8	43654	43661	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_004349	TTCA	2	8	44386	44393	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_004349	GTAA	2	8	44788	44795	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_004349	GGAA	2	8	45197	45204	50 %	0 %	50 %	0 %	118725030
136	NC_004349	GAAA	2	8	45300	45307	75 %	0 %	25 %	0 %	118725030
137	NC_004349	AAGG	2	8	45564	45571	50 %	0 %	50 %	0 %	118725030
138	NC_004349	TCGT	2	8	45592	45599	0 %	50 %	25 %	25 %	118725030
139	NC_004349	CAAC	2	8	46080	46087	50 %	0 %	0 %	50 %	118725030
140	NC_004349	TTGC	2	8	46233	46240	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_004349	GAAT	2	8	46525	46532	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_004349	TGAA	2	8	46608	46615	50 %	25 %	25 %	0 %	24376284
143	NC_004349	GAAC	2	8	47493	47500	50 %	0 %	25 %	25 %	118725031
144	NC_004349	CAAG	2	8	47849	47856	50 %	0 %	25 %	25 %	118725031
145	NC_004349	CAAA	2	8	47920	47927	75 %	0 %	0 %	25 %	118725031
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429	NC_004349	CAAA	2	8	159332	159339	75 %	0 %	0 %	25 %	24376376
430	NC_004349	AAGA	2	8	160133	160140	75 %	0 %	25 %	0 %	24376377
431	NC_004349	ATCA	2	8	161084	161091	50 %	25 %	0 %	25 %	24376379
432	NC_004349	GAGC	2	8	161476	161483	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.