MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Shigella flexneri 2a str. 301 chromosome

Total Repeats: 3144

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004337	CGCTG	2	10	692	701	0 %	20 %	40 %	40 %	56479580
2	NC_004337	ATTGC	2	10	3395	3404	20 %	40 %	20 %	20 %	24111453
3	NC_004337	TGCGT	2	10	4986	4995	0 %	40 %	40 %	20 %	24111454
4	NC_004337	CGCAG	2	10	8359	8368	20 %	0 %	40 %	40 %	56479582
5	NC_004337	CGTAC	2	10	9787	9796	20 %	20 %	20 %	40 %	56479583
6	NC_004337	CGCGC	2	10	10774	10783	0 %	0 %	40 %	60 %	24111461
7	NC_004337	TCTTT	2	10	11867	11876	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_004337	CCGAT	2	10	16492	16501	20 %	20 %	20 %	40 %	24111465
9	NC_004337	AGCGA	2	10	16880	16889	40 %	0 %	40 %	20 %	24111465
10	NC_004337	ATCAC	2	10	19075	19084	40 %	20 %	0 %	40 %	24111467
11	NC_004337	ATTTA	2	10	28660	28669	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004337	CATCG	2	10	30101	30110	20 %	20 %	20 %	40 %	56479588
13	NC_004337	GCGAA	2	10	31898	31907	40 %	0 %	40 %	20 %	24111479
14	NC_004337	CACGG	2	10	33169	33178	20 %	0 %	40 %	40 %	24111479
15	NC_004337	CGAAT	2	10	35879	35888	40 %	20 %	20 %	20 %	24111483
16	NC_004337	CCATG	2	10	37417	37426	20 %	20 %	20 %	40 %	24111484
17	NC_004337	CCGTA	2	10	39063	39072	20 %	20 %	20 %	40 %	24111485
18	NC_004337	GTACA	2	10	39553	39562	40 %	20 %	20 %	20 %	24111485
19	NC_004337	TTAAA	2	10	39801	39810	60 %	40 %	0 %	0 %	24111485
20	NC_004337	ACCCA	2	10	40544	40553	40 %	0 %	0 %	60 %	24111486
21	NC_004337	TGATC	2	10	42055	42064	20 %	40 %	20 %	20 %	344915205
22	NC_004337	CGGCG	2	10	42304	42313	0 %	0 %	60 %	40 %	344915205
23	NC_004337	AATCA	2	10	42586	42595	60 %	20 %	0 %	20 %	24111488
24	NC_004337	CGGTT	2	10	43541	43550	0 %	40 %	40 %	20 %	24111489
25	NC_004337	GTGAT	2	10	43936	43945	20 %	40 %	40 %	0 %	24111489
26	NC_004337	TGGCG	2	10	45233	45242	0 %	20 %	60 %	20 %	24111491
27	NC_004337	TGCAC	2	10	46998	47007	20 %	20 %	20 %	40 %	24111492
28	NC_004337	AGGGC	2	10	48083	48092	20 %	0 %	60 %	20 %	24111493
29	NC_004337	GAAAC	2	10	48930	48939	60 %	0 %	20 %	20 %	24111493
30	NC_004337	AACGT	2	10	50841	50850	40 %	20 %	20 %	20 %	24111496
31	NC_004337	CCCCA	2	10	53320	53329	20 %	0 %	0 %	80 %	24111499
32	NC_004337	GCGTC	2	10	53825	53834	0 %	20 %	40 %	40 %	24111499
33	NC_004337	ATGTT	2	10	54639	54648	20 %	60 %	20 %	0 %	24111500
34	NC_004337	CTTCG	2	10	55072	55081	0 %	40 %	20 %	40 %	24111500
35	NC_004337	TGCGT	2	10	55358	55367	0 %	40 %	40 %	20 %	24111500
36	NC_004337	AAAGT	2	10	61093	61102	60 %	20 %	20 %	0 %	24111503
37	NC_004337	AGTCG	2	10	62062	62071	20 %	20 %	40 %	20 %	24111504
38	NC_004337	GGTGA	2	10	63341	63350	20 %	20 %	60 %	0 %	24111504
39	NC_004337	TCGCG	2	10	65978	65987	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_004337	TAGTG	2	10	73456	73465	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_004337	ATTTT	2	10	75172	75181	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_004337	CTGGA	2	10	76244	76253	20 %	20 %	40 %	20 %	24111513
43	NC_004337	CTGGT	2	10	79537	79546	0 %	40 %	40 %	20 %	344915206
44	NC_004337	GACCG	2	10	80085	80094	20 %	0 %	40 %	40 %	24111517
45	NC_004337	ATGTT	2	10	82633	82642	20 %	60 %	20 %	0 %	344915207
46	NC_004337	AAAAC	2	10	83048	83057	80 %	0 %	0 %	20 %	344915207
47	NC_004337	TGCAT	2	10	83575	83584	20 %	40 %	20 %	20 %	344915208
48	NC_004337	ATTCC	2	10	83745	83754	20 %	40 %	0 %	40 %	344915208
49	NC_004337	GTGAT	2	10	87293	87302	20 %	40 %	40 %	0 %	24111525
50	NC_004337	AGTTC	2	10	89615	89624	20 %	40 %	20 %	20 %	24111527
51	NC_004337	CGTGG	2	10	90988	90997	0 %	20 %	60 %	20 %	24111529
52	NC_004337	TATCG	2	10	91495	91504	20 %	40 %	20 %	20 %	24111529
53	NC_004337	GCCTG	2	10	95827	95836	0 %	20 %	40 %	40 %	24111533
54	NC_004337	ACCGT	2	10	97740	97749	20 %	20 %	20 %	40 %	56479599
55	NC_004337	ATCAG	2	10	99513	99522	40 %	20 %	20 %	20 %	24111536
56	NC_004337	AGCCG	2	10	101281	101290	20 %	0 %	40 %	40 %	24111537
57	NC_004337	GCGCA	2	10	103609	103618	20 %	0 %	40 %	40 %	24111539
58	NC_004337	TGGCG	2	10	104603	104612	0 %	20 %	60 %	20 %	56479600
59	NC_004337	CCGGC	2	10	107573	107582	0 %	0 %	40 %	60 %	24111543
60	NC_004337	CGCGG	2	10	110782	110791	0 %	0 %	60 %	40 %	24111547
61	NC_004337	ATCCC	2	10	113026	113035	20 %	20 %	0 %	60 %	24111551
62	NC_004337	CATCG	2	10	113039	113048	20 %	20 %	20 %	40 %	24111551
63	NC_004337	AACGC	2	10	113734	113743	40 %	0 %	20 %	40 %	24111551
64	NC_004337	ATGCC	2	10	114192	114201	20 %	20 %	20 %	40 %	24111551
65	NC_004337	AATGC	2	10	115237	115246	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_004337	TCTGT	2	10	116183	116192	0 %	60 %	20 %	20 %	56479602
67	NC_004337	AGCAG	2	10	118614	118623	40 %	0 %	40 %	20 %	24111556
68	NC_004337	CGAAG	2	10	120529	120538	40 %	0 %	40 %	20 %	56479604
69	NC_004337	ACACG	2	10	120662	120671	40 %	0 %	20 %	40 %	56479604
70	NC_004337	TCGCG	2	10	120923	120932	0 %	20 %	40 %	40 %	56479604
71	NC_004337	GCATC	2	10	121013	121022	20 %	20 %	20 %	40 %	56479604
72	NC_004337	GACTG	2	10	122331	122340	20 %	20 %	40 %	20 %	24111558
73	NC_004337	AGAGC	2	10	122741	122750	40 %	0 %	40 %	20 %	24111558
74	NC_004337	AGGCG	2	10	128001	128010	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
75	NC_004337	GGTTG	2	10	128754	128763	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
76	NC_004337	TCTGG	2	10	131400	131409	0 %	40 %	40 %	20 %	56479606
77	NC_004337	GCGAT	2	10	132596	132605	20 %	20 %	40 %	20 %	344915210
78	NC_004337	GGGCA	2	10	132811	132820	20 %	0 %	60 %	20 %	344915210
79	NC_004337	CAGCG	2	10	133090	133099	20 %	0 %	40 %	40 %	24111563
80	NC_004337	ACGAC	2	10	134370	134379	40 %	0 %	20 %	40 %	24111564
81	NC_004337	GCGCG	2	10	139129	139138	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
82	NC_004337	CCGTC	2	10	139915	139924	0 %	20 %	20 %	60 %	344915211
83	NC_004337	GTGAA	2	10	139925	139934	40 %	20 %	40 %	0 %	344915211
84	NC_004337	GGCAT	2	10	140087	140096	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_004337	GTTCA	2	10	140312	140321	20 %	40 %	20 %	20 %	24111569
86	NC_004337	ATCCA	2	10	140638	140647	40 %	20 %	0 %	40 %	24111569
87	NC_004337	GTAAG	2	10	140851	140860	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_004337	CTTTA	2	10	141901	141910	20 %	60 %	0 %	20 %	24111571
89	NC_004337	TGGCG	2	10	142128	142137	0 %	20 %	60 %	20 %	24111571
90	NC_004337	TCCTC	2	10	142571	142580	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
91	NC_004337	TTTCA	2	10	144441	144450	20 %	60 %	0 %	20 %	56479610
92	NC_004337	TGAAG	2	10	147664	147673	40 %	20 %	40 %	0 %	24111577
93	NC_004337	ACCGC	2	10	147769	147778	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
94	NC_004337	GCGGT	2	10	147788	147797	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
95	NC_004337	GTGAT	2	10	148483	148492	20 %	40 %	40 %	0 %	24111579
96	NC_004337	GCGAG	2	10	150201	150210	20 %	0 %	60 %	20 %	344915212
97	NC_004337	GGCGT	2	10	150639	150648	0 %	20 %	60 %	20 %	344915212
98	NC_004337	ATCAG	2	10	151277	151286	40 %	20 %	20 %	20 %	344915213
99	NC_004337	ACCAC	2	10	153542	153551	40 %	0 %	0 %	60 %	24111585
100	NC_004337	GGCGT	2	10	155245	155254	0 %	20 %	60 %	20 %	24111586
101	NC_004337	CGACG	2	10	156284	156293	20 %	0 %	40 %	40 %	24111586
102	NC_004337	TTATC	2	10	159196	159205	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_004337	AAAAC	2	10	160271	160280	80 %	0 %	0 %	20 %	24111588
104	NC_004337	TGGTT	2	10	160528	160537	0 %	60 %	40 %	0 %	24111588
105	NC_004337	AACCT	2	10	162609	162618	40 %	20 %	0 %	40 %	56479615
106	NC_004337	TGGTC	2	10	162651	162660	0 %	40 %	40 %	20 %	56479615
107	NC_004337	TGGCG	2	10	163896	163905	0 %	20 %	60 %	20 %	24111591
108	NC_004337	CGGCG	2	10	164526	164535	0 %	0 %	60 %	40 %	24111591
109	NC_004337	TGGTG	2	10	164538	164547	0 %	40 %	60 %	0 %	24111591
110	NC_004337	TTCCA	2	10	165137	165146	20 %	40 %	0 %	40 %	24111591
111	NC_004337	GGTCC	2	10	169460	169469	0 %	20 %	40 %	40 %	24111596
112	NC_004337	ACGGG	2	10	171377	171386	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
113	NC_004337	GTGAT	2	10	173540	173549	20 %	40 %	40 %	0 %	24111599
114	NC_004337	GTGAT	2	10	173831	173840	20 %	40 %	40 %	0 %	24111599
115	NC_004337	TACGT	2	10	174076	174085	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_004337	GCCAG	2	10	177548	177557	20 %	0 %	40 %	40 %	24111602
117	NC_004337	GTTCT	2	10	178989	178998	0 %	60 %	20 %	20 %	24111602
118	NC_004337	CTGAA	2	10	180981	180990	40 %	20 %	20 %	20 %	56479617
119	NC_004337	AAGCG	2	10	181045	181054	40 %	0 %	40 %	20 %	56479617
120	NC_004337	TGGTG	2	10	182951	182960	0 %	40 %	60 %	0 %	24111606
121	NC_004337	TGCAC	2	10	183077	183086	20 %	20 %	20 %	40 %	24111606
122	NC_004337	TGCGC	2	10	183470	183479	0 %	20 %	40 %	40 %	24111606
123	NC_004337	AAATA	2	10	183692	183701	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_004337	GTCTG	2	10	183777	183786	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_004337	CATGG	2	10	185313	185322	20 %	20 %	40 %	20 %	24111608
126	NC_004337	CAGAT	2	10	186352	186361	40 %	20 %	20 %	20 %	24111609
127	NC_004337	ACTTT	2	10	186485	186494	20 %	60 %	0 %	20 %	24111609
128	NC_004337	GTTGG	2	10	186896	186905	0 %	40 %	60 %	0 %	344915214
129	NC_004337	GACGT	2	10	190405	190414	20 %	20 %	40 %	20 %	24111612
130	NC_004337	CGACG	2	10	192232	192241	20 %	0 %	40 %	40 %	24111614
131	NC_004337	ATGCC	2	10	194800	194809	20 %	20 %	20 %	40 %	56479621
132	NC_004337	ACCGC	2	10	196139	196148	20 %	0 %	20 %	60 %	24111619
133	NC_004337	GTAAC	2	10	196869	196878	40 %	20 %	20 %	20 %	24111619
134	NC_004337	AGCCG	2	10	197497	197506	20 %	0 %	40 %	40 %	24111619
135	NC_004337	GGTGG	2	10	197606	197615	0 %	20 %	80 %	0 %	24111619
136	NC_004337	TTAAC	2	10	205749	205758	40 %	40 %	0 %	20 %	24111626
137	NC_004337	TGCGC	2	10	206961	206970	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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139	NC_004337	TGATT	2	10	211457	211466	20 %	60 %	20 %	0 %	24111633
140	NC_004337	CGGTT	2	10	214420	214429	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_004337	GGCAA	2	10	222482	222491	40 %	0 %	40 %	20 %	24111638
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268	NC_004337	TTGAT	2	10	435931	435940	20 %	60 %	20 %	0 %	24111859
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270	NC_004337	CCAGC	2	10	439324	439333	20 %	0 %	20 %	60 %	24111861
271	NC_004337	TCAGG	2	10	441316	441325	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
272	NC_004337	GGCGT	2	10	441353	441362	0 %	20 %	60 %	20 %	24111863
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274	NC_004337	AGGTG	2	10	442966	442975	20 %	20 %	60 %	0 %	24111863
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281	NC_004337	GCTGG	2	10	457994	458003	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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386	NC_004337	AAAAT	2	10	603953	603962	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
387	NC_004337	TCACA	2	10	604454	604463	40 %	20 %	0 %	40 %	24112005
388	NC_004337	GATGG	2	10	608503	608512	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
389	NC_004337	AATTT	2	10	608796	608805	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
390	NC_004337	CGCCT	2	10	608989	608998	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
391	NC_004337	CCGCT	2	10	609455	609464	0 %	20 %	20 %	60 %	56479695
392	NC_004337	CAACC	2	10	610598	610607	40 %	0 %	0 %	60 %	24112009
393	NC_004337	GCGCA	2	10	612719	612728	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
394	NC_004337	GGCGA	2	10	616818	616827	20 %	0 %	60 %	20 %	24112014
395	NC_004337	GGGAT	2	10	618456	618465	20 %	20 %	60 %	0 %	24112016
396	NC_004337	ATCTA	2	10	618791	618800	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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398	NC_004337	ATCAC	2	10	623322	623331	40 %	20 %	0 %	40 %	24112020
399	NC_004337	AATTA	2	10	624459	624468	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
400	NC_004337	CCCTG	2	10	626340	626349	0 %	20 %	20 %	60 %	56479696
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402	NC_004337	CCCTG	2	10	629888	629897	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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404	NC_004337	GCCAG	2	10	631487	631496	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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