MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM1

Total Repeats: 4181

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4001	NC_003384	CCG	2	6	210278	210283	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466650
4002	NC_003384	ATC	2	6	210311	210316	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466650
4003	NC_003384	ATGCA	2	10	210362	210371	40 %	20 %	20 %	20 %	18466650
4004	NC_003384	ATT	2	6	210414	210419	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466650
4005	NC_003384	GCA	2	6	210474	210479	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466650
4006	NC_003384	TCGCT	2	10	210592	210601	0 %	40 %	20 %	40 %	18466650
4007	NC_003384	AAC	2	6	210654	210659	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466650
4008	NC_003384	CCA	2	6	210686	210691	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466650
4009	NC_003384	GATG	2	8	210712	210719	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
4010	NC_003384	ATT	2	6	210755	210760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466651
4011	NC_003384	TCG	2	6	210803	210808	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466651
4012	NC_003384	CAGA	2	8	210832	210839	50 %	0 %	25 %	25 %	18466651
4013	NC_003384	CCTG	2	8	210850	210857	0 %	25 %	25 %	50 %	18466651
4014	NC_003384	ATG	2	6	210858	210863	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466651
4015	NC_003384	CAC	2	6	210910	210915	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466651
4016	NC_003384	AGA	2	6	210966	210971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466651
4017	NC_003384	GGA	2	6	211000	211005	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18466651
4018	NC_003384	TGT	2	6	211129	211134	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466651
4019	NC_003384	CAT	2	6	211135	211140	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466651
4020	NC_003384	GGA	2	6	211195	211200	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18466651
4021	NC_003384	GTTC	2	8	211201	211208	0 %	50 %	25 %	25 %	18466651
4022	NC_003384	AAC	2	6	211351	211356	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466651
4023	NC_003384	AGC	2	6	211368	211373	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466651
4024	NC_003384	A	8	8	211440	211447	100 %	0 %	0 %	0 %	18466651
4025	NC_003384	T	6	6	211464	211469	0 %	100 %	0 %	0 %	18466652
4026	NC_003384	GCG	2	6	211550	211555	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466652
4027	NC_003384	AAC	2	6	211606	211611	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466652
4028	NC_003384	CTGT	2	8	211651	211658	0 %	50 %	25 %	25 %	18466652
4029	NC_003384	CGA	2	6	211763	211768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466652
4030	NC_003384	AGT	2	6	211795	211800	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466652
4031	NC_003384	GGT	2	6	211801	211806	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466652
4032	NC_003384	CTC	2	6	211832	211837	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4033	NC_003384	TTG	2	6	211929	211934	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466653
4034	NC_003384	GTA	2	6	211977	211982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466653
4035	NC_003384	ATC	2	6	211998	212003	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466653
4036	NC_003384	GGC	2	6	212025	212030	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466653
4037	NC_003384	TAT	2	6	212063	212068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466653
4038	NC_003384	CTT	2	6	212096	212101	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466653
4039	NC_003384	TTA	2	6	212167	212172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466653
4040	NC_003384	CCA	2	6	212198	212203	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466653
4041	NC_003384	CCT	2	6	212230	212235	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4042	NC_003384	CTA	2	6	212246	212251	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4043	NC_003384	GTTCC	2	10	212258	212267	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
4044	NC_003384	TGC	2	6	212340	212345	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4045	NC_003384	TTTC	2	8	212358	212365	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
4046	NC_003384	CCA	2	6	212441	212446	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4047	NC_003384	A	6	6	212476	212481	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4048	NC_003384	C	6	6	212509	212514	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
4049	NC_003384	ATCA	2	8	212539	212546	50 %	25 %	0 %	25 %	18466654
4050	NC_003384	CCA	2	6	212565	212570	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466654
4051	NC_003384	AAG	2	6	212619	212624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466654
4052	NC_003384	TTA	2	6	212709	212714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466654
4053	NC_003384	ATT	2	6	212873	212878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4054	NC_003384	GAC	2	6	212898	212903	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4055	NC_003384	GTC	2	6	212910	212915	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4056	NC_003384	CCA	2	6	212928	212933	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4057	NC_003384	TTTC	2	8	212957	212964	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
4058	NC_003384	CAT	2	6	212994	212999	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4059	NC_003384	ACC	2	6	213041	213046	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4060	NC_003384	A	6	6	213112	213117	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4061	NC_003384	CAT	2	6	213193	213198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466655
4062	NC_003384	GCTG	2	8	213235	213242	0 %	25 %	50 %	25 %	18466655
4063	NC_003384	GAT	2	6	213253	213258	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466655
4064	NC_003384	CTG	2	6	213283	213288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466655
4065	NC_003384	GCG	2	6	213324	213329	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466655
4066	NC_003384	GTGC	2	8	213333	213340	0 %	25 %	50 %	25 %	18466655
4067	NC_003384	GCT	2	6	213365	213370	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466655
4068	NC_003384	GTT	2	6	213473	213478	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466656
4069	NC_003384	ATC	2	6	213581	213586	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466656
4070	NC_003384	ACA	2	6	213663	213668	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466656
4071	NC_003384	AAG	2	6	213699	213704	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466656
4072	NC_003384	GCTG	2	8	213745	213752	0 %	25 %	50 %	25 %	18466656
4073	NC_003384	ATC	2	6	213872	213877	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466656
4074	NC_003384	GCG	2	6	213894	213899	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466656
4075	NC_003384	ATA	2	6	213900	213905	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466656
4076	NC_003384	GCC	2	6	213920	213925	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466656
4077	NC_003384	TGC	2	6	213938	213943	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466656
4078	NC_003384	TTA	2	6	213997	214002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4079	NC_003384	AAC	2	6	214025	214030	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4080	NC_003384	TAA	2	6	214046	214051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4081	NC_003384	TCA	2	6	214054	214059	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466657
4082	NC_003384	ACAAAC	2	12	214065	214076	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466657
4083	NC_003384	ATT	2	6	214147	214152	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466657
4084	NC_003384	TAT	2	6	214191	214196	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466657
4085	NC_003384	GGAA	2	8	214212	214219	50 %	0 %	50 %	0 %	18466657
4086	NC_003384	TCA	2	6	214274	214279	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466657
4087	NC_003384	AGATC	2	10	214365	214374	40 %	20 %	20 %	20 %	18466657
4088	NC_003384	CAAA	2	8	214407	214414	75 %	0 %	0 %	25 %	18466657
4089	NC_003384	CCA	2	6	214418	214423	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466657
4090	NC_003384	TTG	2	6	214424	214429	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466657
4091	NC_003384	CCA	2	6	214522	214527	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4092	NC_003384	CTG	2	6	214592	214597	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466658
4093	NC_003384	GTA	2	6	214676	214681	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466658
4094	NC_003384	CATTTT	2	12	214688	214699	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	18466658
4095	NC_003384	T	6	6	214696	214701	0 %	100 %	0 %	0 %	18466658
4096	NC_003384	CTG	2	6	214730	214735	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466658
4097	NC_003384	GTT	2	6	214765	214770	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466658
4098	NC_003384	ATAA	2	8	214781	214788	75 %	25 %	0 %	0 %	18466658
4099	NC_003384	AG	3	6	214797	214802	50 %	0 %	50 %	0 %	18466658
4100	NC_003384	ATA	2	6	214839	214844	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466658
4101	NC_003384	CCT	2	6	214845	214850	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	18466658
4102	NC_003384	TAT	2	6	214861	214866	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466658
4103	NC_003384	GCT	2	6	214878	214883	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4104	NC_003384	TAA	2	6	214887	214892	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4105	NC_003384	T	6	6	214906	214911	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4106	NC_003384	TTA	2	6	214973	214978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4107	NC_003384	GGT	2	6	214992	214997	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4108	NC_003384	TTA	2	6	215001	215006	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4109	NC_003384	T	6	6	215012	215017	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4110	NC_003384	CAA	2	6	215025	215030	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4111	NC_003384	TAG	2	6	215035	215040	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4112	NC_003384	CGT	2	6	215132	215137	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4113	NC_003384	TTC	2	6	215191	215196	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466660
4114	NC_003384	GCC	2	6	215198	215203	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466660
4115	NC_003384	GCA	2	6	215211	215216	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466660
4116	NC_003384	CTG	2	6	215228	215233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466660
4117	NC_003384	TGG	2	6	215286	215291	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466660
4118	NC_003384	AATG	2	8	215358	215365	50 %	25 %	25 %	0 %	18466660
4119	NC_003384	TTC	2	6	215405	215410	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466660
4120	NC_003384	TTC	2	6	215432	215437	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466660
4121	NC_003384	GTG	2	6	215461	215466	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4122	NC_003384	GTCA	2	8	215492	215499	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
4123	NC_003384	TCG	2	6	215620	215625	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466661
4124	NC_003384	GTT	2	6	215645	215650	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466661
4125	NC_003384	CTT	2	6	215654	215659	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466661
4126	NC_003384	TCG	2	6	215699	215704	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466661
4127	NC_003384	CCA	2	6	215834	215839	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466661
4128	NC_003384	GGTGG	2	10	215845	215854	0 %	20 %	80 %	0 %	18466661
4129	NC_003384	GGT	2	6	215895	215900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466661
4130	NC_003384	G	7	7	215905	215911	0 %	0 %	100 %	0 %	18466661
4131	NC_003384	GCT	2	6	215935	215940	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466661
4132	NC_003384	TGT	2	6	216032	216037	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466661
4133	NC_003384	CGC	2	6	216050	216055	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466661
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4135	NC_003384	TTC	2	6	216210	216215	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466661
4136	NC_003384	GACA	2	8	216258	216265	50 %	0 %	25 %	25 %	18466661
4137	NC_003384	CTC	2	6	216327	216332	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	18466661
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4139	NC_003384	AGT	2	6	216533	216538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466661
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4143	NC_003384	AGGT	2	8	216649	216656	25 %	25 %	50 %	0 %	18466661
4144	NC_003384	GTT	2	6	216672	216677	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466661
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4147	NC_003384	ACA	2	6	216757	216762	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4148	NC_003384	TAA	2	6	216785	216790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4149	NC_003384	A	8	8	216800	216807	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4150	NC_003384	T	7	7	216813	216819	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4151	NC_003384	TCCG	2	8	216840	216847	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
4152	NC_003384	AGG	2	6	216864	216869	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4153	NC_003384	A	6	6	216946	216951	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4154	NC_003384	GCA	2	6	216959	216964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4155	NC_003384	C	8	8	216982	216989	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
4156	NC_003384	CGG	2	6	216994	216999	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4157	NC_003384	A	6	6	217116	217121	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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4161	NC_003384	GCCA	2	8	217344	217351	25 %	0 %	25 %	50 %	32765052
4162	NC_003384	GTC	2	6	217371	217376	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	32765052
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4166	NC_003384	G	6	6	217542	217547	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
4167	NC_003384	C	7	7	217551	217557	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
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4179	NC_003384	ACG	2	6	218039	218044	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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