MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM1

Total Repeats: 4181

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_003384	TGC	2	6	52495	52500	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466491
1002	NC_003384	CAT	2	6	52672	52677	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466491
1003	NC_003384	TAA	2	6	52678	52683	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466491
1004	NC_003384	TAA	2	6	52708	52713	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466491
1005	NC_003384	ATG	2	6	52761	52766	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466491
1006	NC_003384	TGA	2	6	52936	52941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466491
1007	NC_003384	ATG	3	9	52974	52982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466491
1008	NC_003384	AAT	2	6	53029	53034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466491
1009	NC_003384	CAA	2	6	53066	53071	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466491
1010	NC_003384	TGC	2	6	53079	53084	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466491
1011	NC_003384	GAA	2	6	53096	53101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466491
1012	NC_003384	AGG	2	6	53221	53226	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18466491
1013	NC_003384	GAA	2	6	53300	53305	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466491
1014	NC_003384	ATT	2	6	53348	53353	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466491
1015	NC_003384	AAGA	2	8	53381	53388	75 %	0 %	25 %	0 %	18466491
1016	NC_003384	CGC	2	6	53393	53398	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466491
1017	NC_003384	GTT	2	6	53401	53406	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466491
1018	NC_003384	TGA	2	6	53413	53418	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466491
1019	NC_003384	TCCG	2	8	53433	53440	0 %	25 %	25 %	50 %	18466491
1020	NC_003384	ATC	2	6	53615	53620	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466491
1021	NC_003384	AGGAAA	2	12	53628	53639	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466491
1022	NC_003384	AAC	2	6	53660	53665	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466491
1023	NC_003384	TAGA	2	8	53784	53791	50 %	25 %	25 %	0 %	18466491
1024	NC_003384	GCTTT	2	10	53800	53809	0 %	60 %	20 %	20 %	18466491
1025	NC_003384	TTTTG	2	10	53954	53963	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
1026	NC_003384	GTT	2	6	53997	54002	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1027	NC_003384	TGCC	2	8	54012	54019	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1028	NC_003384	ATA	2	6	54030	54035	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1029	NC_003384	TTC	2	6	54109	54114	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1030	NC_003384	TGAA	2	8	54124	54131	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
1031	NC_003384	ATG	2	6	54133	54138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1032	NC_003384	ATT	2	6	54153	54158	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1033	NC_003384	TAT	2	6	54199	54204	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1034	NC_003384	AACC	2	8	54219	54226	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1035	NC_003384	CAT	2	6	54260	54265	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1036	NC_003384	TAA	2	6	54277	54282	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1037	NC_003384	TA	3	6	54291	54296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1038	NC_003384	T	6	6	54310	54315	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1039	NC_003384	AAT	2	6	54331	54336	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1040	NC_003384	GAT	2	6	54352	54357	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1041	NC_003384	ATGCG	2	10	54403	54412	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
1042	NC_003384	ATT	2	6	54418	54423	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1043	NC_003384	A	6	6	54450	54455	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1044	NC_003384	ATA	2	6	54480	54485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1045	NC_003384	GGA	2	6	54682	54687	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1046	NC_003384	GGA	2	6	54736	54741	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1047	NC_003384	GGA	2	6	54790	54795	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1048	NC_003384	GGA	2	6	54844	54849	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1049	NC_003384	G	6	6	54898	54903	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1050	NC_003384	ATT	2	6	54957	54962	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1051	NC_003384	T	7	7	55097	55103	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1052	NC_003384	TAAAAG	2	12	55171	55182	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
1053	NC_003384	GTA	2	6	55224	55229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1054	NC_003384	G	7	7	55372	55378	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1055	NC_003384	GAC	2	6	55416	55421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1056	NC_003384	A	6	6	55454	55459	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1057	NC_003384	CT	3	6	55460	55465	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1058	NC_003384	ATTG	2	8	55496	55503	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
1059	NC_003384	T	6	6	55511	55516	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1060	NC_003384	AAC	2	6	55535	55540	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1061	NC_003384	T	7	7	55561	55567	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1062	NC_003384	TAATC	2	10	55615	55624	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
1063	NC_003384	TGG	2	6	55643	55648	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1064	NC_003384	CGT	2	6	55665	55670	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1065	NC_003384	CTG	2	6	55755	55760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1066	NC_003384	GGA	2	6	56069	56074	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1067	NC_003384	GGA	2	6	56123	56128	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1068	NC_003384	CCT	2	6	56363	56368	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1069	NC_003384	GGA	2	6	56384	56389	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1070	NC_003384	C	6	6	56470	56475	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1071	NC_003384	TTG	2	6	56523	56528	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1072	NC_003384	AAT	2	6	56578	56583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1073	NC_003384	AAGAA	2	10	56602	56611	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
1074	NC_003384	TAA	2	6	56627	56632	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1075	NC_003384	TA	3	6	56696	56701	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1076	NC_003384	GAAT	2	8	56740	56747	50 %	25 %	25 %	0 %	18466492
1077	NC_003384	TC	3	6	56797	56802	0 %	50 %	0 %	50 %	18466492
1078	NC_003384	ATT	2	6	56813	56818	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466492
1079	NC_003384	GAT	2	6	56844	56849	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466492
1080	NC_003384	A	8	8	56895	56902	100 %	0 %	0 %	0 %	18466492
1081	NC_003384	T	7	7	56912	56918	0 %	100 %	0 %	0 %	18466492
1082	NC_003384	GAA	2	6	56961	56966	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466492
1083	NC_003384	TGGT	2	8	56974	56981	0 %	50 %	50 %	0 %	18466492
1084	NC_003384	AAT	2	6	57035	57040	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466492
1085	NC_003384	ACT	3	9	57070	57078	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466492
1086	NC_003384	GGT	2	6	57111	57116	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466492
1087	NC_003384	GCA	2	6	57156	57161	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466492
1088	NC_003384	CG	3	6	57179	57184	0 %	0 %	50 %	50 %	18466492
1089	NC_003384	GAT	2	6	57230	57235	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466492
1090	NC_003384	GAT	2	6	57252	57257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466492
1091	NC_003384	GAA	2	6	57297	57302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466492
1092	NC_003384	GAA	2	6	57342	57347	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466492
1093	NC_003384	ATT	2	6	57351	57356	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466492
1094	NC_003384	AC	3	6	57375	57380	50 %	0 %	0 %	50 %	18466492
1095	NC_003384	TTA	2	6	57397	57402	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466492
1096	NC_003384	AGA	2	6	57455	57460	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466492
1097	NC_003384	TTA	2	6	57471	57476	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466492
1098	NC_003384	CCA	2	6	57543	57548	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466492
1099	NC_003384	GCT	2	6	57582	57587	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466492
1100	NC_003384	CAA	2	6	57634	57639	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466492
1101	NC_003384	CGA	2	6	57731	57736	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466492
1102	NC_003384	A	6	6	57870	57875	100 %	0 %	0 %	0 %	18466492
1103	NC_003384	AGA	2	6	57878	57883	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466492
1104	NC_003384	GCTCT	2	10	57884	57893	0 %	40 %	20 %	40 %	18466492
1105	NC_003384	GAA	2	6	57915	57920	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466492
1106	NC_003384	TTA	2	6	57946	57951	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466492
1107	NC_003384	TGA	2	6	57997	58002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466493
1108	NC_003384	GCA	2	6	58003	58008	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466493
1109	NC_003384	GAA	2	6	58105	58110	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466493
1110	NC_003384	TTACA	2	10	58116	58125	40 %	40 %	0 %	20 %	18466493
1111	NC_003384	CAT	2	6	58153	58158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466493
1112	NC_003384	CGG	2	6	58164	58169	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466493
1113	NC_003384	AGG	2	6	58218	58223	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18466493
1114	NC_003384	TGA	2	6	58393	58398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466493
1115	NC_003384	GAT	2	6	58409	58414	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466493
1116	NC_003384	CAT	2	6	58423	58428	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466493
1117	NC_003384	TTA	2	6	58639	58644	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466493
1118	NC_003384	AT	3	6	58669	58674	50 %	50 %	0 %	0 %	18466493
1119	NC_003384	AGA	2	6	58677	58682	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466493
1120	NC_003384	ATTT	2	8	58683	58690	25 %	75 %	0 %	0 %	18466493
1121	NC_003384	GAA	2	6	58697	58702	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466493
1122	NC_003384	GTT	2	6	58703	58708	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466493
1123	NC_003384	ACC	2	6	58816	58821	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466493
1124	NC_003384	TAA	2	6	58861	58866	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466493
1125	NC_003384	AATT	2	8	58941	58948	50 %	50 %	0 %	0 %	18466493
1126	NC_003384	AAT	2	6	58991	58996	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466493
1127	NC_003384	A	6	6	59004	59009	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1128	NC_003384	CAT	2	6	59016	59021	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1129	NC_003384	ATT	2	6	59036	59041	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1130	NC_003384	TTTA	2	8	59052	59059	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1131	NC_003384	ATG	2	6	59120	59125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1132	NC_003384	CAGA	2	8	59208	59215	50 %	0 %	25 %	25 %	18466494
1133	NC_003384	GCT	2	6	59240	59245	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466494
1134	NC_003384	ATT	2	6	59326	59331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466494
1135	NC_003384	AGTA	2	8	59464	59471	50 %	25 %	25 %	0 %	18466494
1136	NC_003384	A	7	7	59540	59546	100 %	0 %	0 %	0 %	18466494
1137	NC_003384	AT	4	8	59562	59569	50 %	50 %	0 %	0 %	18466494
1138	NC_003384	TTTG	2	8	59624	59631	0 %	75 %	25 %	0 %	18466495
1139	NC_003384	TTA	2	6	59725	59730	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466495
1140	NC_003384	CCG	2	6	59857	59862	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466495
1141	NC_003384	TCAGA	2	10	59867	59876	40 %	20 %	20 %	20 %	18466495
1142	NC_003384	GGA	2	6	60014	60019	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18466495
1143	NC_003384	GTAAG	2	10	60059	60068	40 %	20 %	40 %	0 %	18466495
1144	NC_003384	AAT	2	6	60171	60176	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466496
1145	NC_003384	ACC	2	6	60181	60186	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466496
1146	NC_003384	GAG	2	6	60187	60192	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18466496
1147	NC_003384	GTT	2	6	60193	60198	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466496
1148	NC_003384	ACGA	2	8	60215	60222	50 %	0 %	25 %	25 %	18466496
1149	NC_003384	TAA	2	6	60280	60285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466496
1150	NC_003384	TCC	2	6	60299	60304	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	18466496
1151	NC_003384	T	6	6	60328	60333	0 %	100 %	0 %	0 %	18466496
1152	NC_003384	TTG	2	6	60388	60393	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466496
1153	NC_003384	T	6	6	60421	60426	0 %	100 %	0 %	0 %	18466496
1154	NC_003384	T	6	6	60460	60465	0 %	100 %	0 %	0 %	18466496
1155	NC_003384	TCA	2	6	60581	60586	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466496
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1157	NC_003384	ATG	2	6	60626	60631	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466496
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1165	NC_003384	TG	3	6	60982	60987	0 %	50 %	50 %	0 %	18466497
1166	NC_003384	TGG	2	6	61015	61020	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466497
1167	NC_003384	GTA	2	6	61078	61083	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466497
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1171	NC_003384	TTG	2	6	61360	61365	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466497
1172	NC_003384	TCA	2	6	61436	61441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466497
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1177	NC_003384	TCT	2	6	61609	61614	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466497
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1182	NC_003384	TAC	2	6	61899	61904	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1183	NC_003384	TCA	2	6	61915	61920	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1184	NC_003384	T	6	6	61922	61927	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1185	NC_003384	GTT	2	6	62017	62022	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1186	NC_003384	GT	3	6	62065	62070	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1187	NC_003384	T	6	6	62124	62129	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1188	NC_003384	GTG	2	6	62209	62214	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1189	NC_003384	TAAA	2	8	62218	62225	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1190	NC_003384	TGGCTG	2	12	62270	62281	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	18466498
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1210	NC_003384	ATG	3	9	63292	63300	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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1232	NC_003384	TAT	2	6	64077	64082	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1234	NC_003384	AATT	2	8	64244	64251	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1235	NC_003384	A	7	7	64270	64276	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1238	NC_003384	ATGT	2	8	64315	64322	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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1240	NC_003384	TTAT	2	8	64397	64404	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1241	NC_003384	A	6	6	64415	64420	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1242	NC_003384	T	7	7	64448	64454	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1243	NC_003384	TAC	2	6	64484	64489	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1244	NC_003384	ATT	2	6	64542	64547	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1245	NC_003384	ATA	2	6	64548	64553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1246	NC_003384	CTGA	2	8	64558	64565	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1247	NC_003384	TTCA	2	8	64665	64672	25 %	50 %	0 %	25 %	18466500
1248	NC_003384	A	6	6	64689	64694	100 %	0 %	0 %	0 %	18466500
1249	NC_003384	TGA	2	6	64712	64717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466500
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1255	NC_003384	GA	3	6	65251	65256	50 %	0 %	50 %	0 %	18466501
1256	NC_003384	GGAA	2	8	65349	65356	50 %	0 %	50 %	0 %	18466501
1257	NC_003384	GGT	2	6	65359	65364	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466501
1258	NC_003384	AAG	2	6	65428	65433	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466501
1259	NC_003384	AG	3	6	65432	65437	50 %	0 %	50 %	0 %	18466501
1260	NC_003384	CTG	2	6	65545	65550	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466502
1261	NC_003384	TC	3	6	65592	65597	0 %	50 %	0 %	50 %	18466502
1262	NC_003384	CTC	2	6	65605	65610	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	18466502
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1264	NC_003384	GCA	2	6	65647	65652	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466502
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1389	NC_003384	A	6	6	72857	72862	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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