MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM1

Total Repeats: 4181

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_003384	GATGT	2	10	25468	25477	20 %	40 %	40 %	0 %	18466464
502	NC_003384	GCC	2	6	25560	25565	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466464
503	NC_003384	CCG	2	6	25567	25572	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466464
504	NC_003384	ACC	2	6	25584	25589	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466464
505	NC_003384	CGG	2	6	25623	25628	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466464
506	NC_003384	GCT	2	6	25634	25639	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466464
507	NC_003384	GAG	2	6	25795	25800	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18466464
508	NC_003384	GTA	2	6	25919	25924	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466464
509	NC_003384	CT	3	6	26087	26092	0 %	50 %	0 %	50 %	18466464
510	NC_003384	GT	3	6	26122	26127	0 %	50 %	50 %	0 %	18466464
511	NC_003384	CAG	2	6	26174	26179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466464
512	NC_003384	ATTTC	2	10	26218	26227	20 %	60 %	0 %	20 %	18466464
513	NC_003384	TTC	2	6	26267	26272	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
514	NC_003384	TG	3	6	26319	26324	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
515	NC_003384	C	7	7	26407	26413	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
516	NC_003384	CAA	2	6	26451	26456	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
517	NC_003384	TGAA	2	8	26472	26479	50 %	25 %	25 %	0 %	18466465
518	NC_003384	TGGCTA	2	12	26497	26508	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	18466465
519	NC_003384	CTG	2	6	26697	26702	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466465
520	NC_003384	ACT	2	6	26709	26714	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466465
521	NC_003384	A	7	7	26771	26777	100 %	0 %	0 %	0 %	18466465
522	NC_003384	CTGG	2	8	26870	26877	0 %	25 %	50 %	25 %	18466465
523	NC_003384	ACACC	2	10	26881	26890	40 %	0 %	0 %	60 %	18466465
524	NC_003384	CGC	2	6	26918	26923	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466465
525	NC_003384	ACG	2	6	27069	27074	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466465
526	NC_003384	AGA	2	6	27084	27089	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
527	NC_003384	A	6	6	27106	27111	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
528	NC_003384	GTG	2	6	27273	27278	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466466
529	NC_003384	GGC	2	6	27387	27392	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466466
530	NC_003384	TTC	2	6	27413	27418	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466466
531	NC_003384	CCGA	2	8	27420	27427	25 %	0 %	25 %	50 %	18466466
532	NC_003384	GGT	2	6	27480	27485	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466467
533	NC_003384	ACA	2	6	27529	27534	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466467
534	NC_003384	CTG	2	6	27602	27607	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466467
535	NC_003384	CAGT	2	8	27696	27703	25 %	25 %	25 %	25 %	18466467
536	NC_003384	CGT	2	6	27803	27808	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466467
537	NC_003384	CAAC	2	8	27833	27840	50 %	0 %	0 %	50 %	18466467
538	NC_003384	TA	3	6	28007	28012	50 %	50 %	0 %	0 %	18466468
539	NC_003384	CTG	2	6	28015	28020	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466468
540	NC_003384	GTA	2	6	28093	28098	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
541	NC_003384	GGC	2	6	28101	28106	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
542	NC_003384	TGA	2	6	28192	28197	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
543	NC_003384	AAT	3	9	28235	28243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
544	NC_003384	ATCC	2	8	28367	28374	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
545	NC_003384	TAA	2	6	28476	28481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466469
546	NC_003384	CAA	2	6	28482	28487	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466469
547	NC_003384	TC	3	6	28492	28497	0 %	50 %	0 %	50 %	18466469
548	NC_003384	GT	3	6	28592	28597	0 %	50 %	50 %	0 %	18466469
549	NC_003384	G	7	7	28626	28632	0 %	0 %	100 %	0 %	18466469
550	NC_003384	CAT	2	6	28642	28647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466469
551	NC_003384	AAC	2	6	28871	28876	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466469
552	NC_003384	CATTT	2	10	28923	28932	20 %	60 %	0 %	20 %	18466469
553	NC_003384	GAT	2	6	28954	28959	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466469
554	NC_003384	TGG	2	6	28982	28987	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466469
555	NC_003384	ATC	3	9	29020	29028	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466469
556	NC_003384	CCTGTA	2	12	29130	29141	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	18466469
557	NC_003384	GAC	2	6	29195	29200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466469
558	NC_003384	TCA	2	6	29209	29214	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466469
559	NC_003384	CCTG	2	8	29368	29375	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
560	NC_003384	GTGG	2	8	29380	29387	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
561	NC_003384	TTC	2	6	29412	29417	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
562	NC_003384	CTC	2	6	29498	29503	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
563	NC_003384	GT	3	6	29527	29532	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
564	NC_003384	T	6	6	29532	29537	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
565	NC_003384	ACT	2	6	29612	29617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
566	NC_003384	TGG	2	6	29639	29644	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
567	NC_003384	TGA	2	6	29773	29778	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
568	NC_003384	AGC	2	6	29846	29851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
569	NC_003384	TCG	2	6	29877	29882	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
570	NC_003384	GCA	2	6	29916	29921	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
571	NC_003384	AT	3	6	29930	29935	50 %	50 %	0 %	0 %	18466470
572	NC_003384	CCA	2	6	29974	29979	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466470
573	NC_003384	ATC	2	6	29998	30003	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466470
574	NC_003384	TCT	2	6	30069	30074	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466470
575	NC_003384	TAA	2	6	30093	30098	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466470
576	NC_003384	GCCA	2	8	30140	30147	25 %	0 %	25 %	50 %	18466470
577	NC_003384	CAA	2	6	30186	30191	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466470
578	NC_003384	AGA	2	6	30198	30203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466470
579	NC_003384	TAA	2	6	30231	30236	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466470
580	NC_003384	TGAG	2	8	30318	30325	25 %	25 %	50 %	0 %	18466470
581	NC_003384	GCC	2	6	30332	30337	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466470
582	NC_003384	ATG	2	6	30404	30409	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466470
583	NC_003384	TCA	2	6	30426	30431	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466470
584	NC_003384	GA	3	6	30481	30486	50 %	0 %	50 %	0 %	18466471
585	NC_003384	ATC	2	6	30498	30503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466471
586	NC_003384	A	6	6	30555	30560	100 %	0 %	0 %	0 %	18466471
587	NC_003384	GGA	2	6	30573	30578	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18466471
588	NC_003384	GAGT	2	8	30669	30676	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
589	NC_003384	AGT	2	6	30706	30711	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
590	NC_003384	CAT	2	6	30744	30749	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
591	NC_003384	TGG	2	6	30814	30819	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
592	NC_003384	CATC	2	8	30825	30832	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
593	NC_003384	ATC	2	6	31039	31044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
594	NC_003384	GCG	2	6	31048	31053	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
595	NC_003384	ACA	3	9	31054	31062	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
596	NC_003384	AAG	2	6	31065	31070	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
597	NC_003384	ACCCT	2	10	31087	31096	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
598	NC_003384	ACG	2	6	31144	31149	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466472
599	NC_003384	ACCCAG	2	12	31188	31199	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	18466472
600	NC_003384	CTT	2	6	31323	31328	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466472
601	NC_003384	GCTG	2	8	31334	31341	0 %	25 %	50 %	25 %	18466472
602	NC_003384	GT	3	6	31361	31366	0 %	50 %	50 %	0 %	18466472
603	NC_003384	GTT	2	6	31428	31433	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466472
604	NC_003384	CTTT	2	8	31459	31466	0 %	75 %	0 %	25 %	18466472
605	NC_003384	GTT	2	6	31470	31475	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466472
606	NC_003384	CGT	2	6	31517	31522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466472
607	NC_003384	ATT	2	6	31563	31568	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466472
608	NC_003384	CTG	2	6	31702	31707	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466472
609	NC_003384	GGTTT	2	10	31714	31723	0 %	60 %	40 %	0 %	18466472
610	NC_003384	CGG	2	6	31743	31748	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466472
611	NC_003384	TTG	2	6	31792	31797	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466472
612	NC_003384	GTAT	2	8	31863	31870	25 %	50 %	25 %	0 %	18466472
613	NC_003384	GAC	2	6	32076	32081	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466472
614	NC_003384	GAA	2	6	32100	32105	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466472
615	NC_003384	TGT	2	6	32115	32120	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466472
616	NC_003384	GGT	2	6	32154	32159	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466472
617	NC_003384	ACG	2	6	32195	32200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466472
618	NC_003384	T	6	6	32240	32245	0 %	100 %	0 %	0 %	18466472
619	NC_003384	AGG	2	6	32423	32428	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18466472
620	NC_003384	TAG	2	6	32479	32484	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466472
621	NC_003384	TCT	2	6	32539	32544	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466472
622	NC_003384	GCC	2	6	32586	32591	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466472
623	NC_003384	TCA	2	6	32764	32769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466472
624	NC_003384	GCG	2	6	32783	32788	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466472
625	NC_003384	TGA	2	6	32819	32824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466472
626	NC_003384	TTC	2	6	32841	32846	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466472
627	NC_003384	TGG	2	6	32858	32863	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466472
628	NC_003384	GCC	2	6	32917	32922	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466472
629	NC_003384	GT	3	6	32936	32941	0 %	50 %	50 %	0 %	18466472
630	NC_003384	TGA	2	6	32972	32977	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466472
631	NC_003384	CAT	2	6	33005	33010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466472
632	NC_003384	TCC	2	6	33045	33050	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	18466472
633	NC_003384	GAC	2	6	33171	33176	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466472
634	NC_003384	CTG	2	6	33180	33185	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466472
635	NC_003384	TGA	2	6	33203	33208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466472
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637	NC_003384	CACT	2	8	33353	33360	25 %	25 %	0 %	50 %	18466472
638	NC_003384	GCC	3	9	33493	33501	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466472
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641	NC_003384	GAA	2	6	33754	33759	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
642	NC_003384	GAT	2	6	33814	33819	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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646	NC_003384	TGT	2	6	33916	33921	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
647	NC_003384	TAA	2	6	33941	33946	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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712	NC_003384	A	6	6	37521	37526	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
713	NC_003384	T	6	6	37563	37568	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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751	NC_003384	TTTAA	2	10	39399	39408	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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902	NC_003384	TTG	2	6	46751	46756	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466485
903	NC_003384	AAG	2	6	46800	46805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466485
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906	NC_003384	TAC	2	6	47080	47085	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466485
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941	NC_003384	AAT	2	6	48902	48907	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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999	NC_003384	CAG	2	6	52317	52322	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466491
1000	NC_003384	TGA	2	6	52387	52392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466491

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