MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 plasmid pSLT

Total Repeats: 145

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003277	GC	3	6	239	244	0 %	0 %	50 %	50 %	17233404
2	NC_003277	GT	3	6	1019	1024	0 %	50 %	50 %	0 %	17233405
3	NC_003277	GA	3	6	1988	1993	50 %	0 %	50 %	0 %	228960845
4	NC_003277	TC	3	6	2894	2899	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_003277	TC	3	6	3098	3103	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_003277	GT	3	6	4164	4169	0 %	50 %	50 %	0 %	17233473
7	NC_003277	TC	3	6	4398	4403	0 %	50 %	0 %	50 %	17233473
8	NC_003277	GT	3	6	5912	5917	0 %	50 %	50 %	0 %	17233475
9	NC_003277	AC	3	6	7476	7481	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_003277	GC	3	6	8047	8052	0 %	0 %	50 %	50 %	17233478
11	NC_003277	TA	3	6	9058	9063	50 %	50 %	0 %	0 %	17233479
12	NC_003277	CA	4	8	10188	10195	50 %	0 %	0 %	50 %	17233480
13	NC_003277	GC	3	6	11037	11042	0 %	0 %	50 %	50 %	17233482
14	NC_003277	GC	3	6	11109	11114	0 %	0 %	50 %	50 %	17233482
15	NC_003277	GC	3	6	11380	11385	0 %	0 %	50 %	50 %	17233482
16	NC_003277	AC	3	6	11787	11792	50 %	0 %	0 %	50 %	17233482
17	NC_003277	TA	3	6	14089	14094	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_003277	AT	3	6	14240	14245	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003277	GC	3	6	14269	14274	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_003277	AC	3	6	14478	14483	50 %	0 %	0 %	50 %	17233484
21	NC_003277	TA	3	6	14736	14741	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003277	AT	3	6	14938	14943	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003277	TA	3	6	16403	16408	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_003277	AT	3	6	16430	16435	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_003277	TA	3	6	16544	16549	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003277	CT	3	6	16979	16984	0 %	50 %	0 %	50 %	17233485
27	NC_003277	GA	3	6	17437	17442	50 %	0 %	50 %	0 %	17233485
28	NC_003277	TA	3	6	18872	18877	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_003277	GA	3	6	19165	19170	50 %	0 %	50 %	0 %	17233487
30	NC_003277	GC	3	6	19696	19701	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_003277	TG	3	6	20671	20676	0 %	50 %	50 %	0 %	17233415
32	NC_003277	GC	3	6	21218	21223	0 %	0 %	50 %	50 %	17233416
33	NC_003277	GA	3	6	21456	21461	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003277	GC	3	6	21940	21945	0 %	0 %	50 %	50 %	17233417
35	NC_003277	GC	3	6	22779	22784	0 %	0 %	50 %	50 %	17233418
36	NC_003277	GC	3	6	22854	22859	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_003277	TC	3	6	23845	23850	0 %	50 %	0 %	50 %	17233419
38	NC_003277	TG	3	6	23871	23876	0 %	50 %	50 %	0 %	17233419
39	NC_003277	CG	3	6	23896	23901	0 %	0 %	50 %	50 %	17233419
40	NC_003277	GC	3	6	23954	23959	0 %	0 %	50 %	50 %	17233419
41	NC_003277	AC	3	6	24124	24129	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_003277	GC	3	6	25044	25049	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_003277	AT	3	6	25630	25635	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003277	AT	3	6	25675	25680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_003277	CT	3	6	26221	26226	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_003277	AT	3	6	26647	26652	50 %	50 %	0 %	0 %	17233489
47	NC_003277	TC	3	6	26789	26794	0 %	50 %	0 %	50 %	17233489
48	NC_003277	TA	3	6	27427	27432	50 %	50 %	0 %	0 %	17233490
49	NC_003277	AT	3	6	27927	27932	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003277	TA	3	6	28614	28619	50 %	50 %	0 %	0 %	17233491
51	NC_003277	CT	3	6	32186	32191	0 %	50 %	0 %	50 %	17233493
52	NC_003277	AT	3	6	34525	34530	50 %	50 %	0 %	0 %	17233494
53	NC_003277	AC	4	8	36144	36151	50 %	0 %	0 %	50 %	17233495
54	NC_003277	GT	3	6	37817	37822	0 %	50 %	50 %	0 %	17233497
55	NC_003277	TG	3	6	38610	38615	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_003277	GC	4	8	40489	40496	0 %	0 %	50 %	50 %	17233423
57	NC_003277	CA	3	6	40623	40628	50 %	0 %	0 %	50 %	17233423
58	NC_003277	GC	3	6	41130	41135	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_003277	CT	3	6	41424	41429	0 %	50 %	0 %	50 %	32441711
60	NC_003277	TC	3	6	41943	41948	0 %	50 %	0 %	50 %	32441712
61	NC_003277	TC	3	6	42270	42275	0 %	50 %	0 %	50 %	32441712
62	NC_003277	TA	3	6	42752	42757	50 %	50 %	0 %	0 %	17233500
63	NC_003277	AT	3	6	43170	43175	50 %	50 %	0 %	0 %	17233500
64	NC_003277	TA	3	6	43953	43958	50 %	50 %	0 %	0 %	17233425
65	NC_003277	TG	3	6	44472	44477	0 %	50 %	50 %	0 %	17233425
66	NC_003277	AC	3	6	44722	44727	50 %	0 %	0 %	50 %	17233425
67	NC_003277	GA	3	6	45031	45036	50 %	0 %	50 %	0 %	17233426
68	NC_003277	CG	3	6	45876	45881	0 %	0 %	50 %	50 %	17233426
69	NC_003277	GA	3	6	45976	45981	50 %	0 %	50 %	0 %	17233426
70	NC_003277	TC	3	6	46678	46683	0 %	50 %	0 %	50 %	17233501
71	NC_003277	CG	3	6	46723	46728	0 %	0 %	50 %	50 %	17233501
72	NC_003277	GC	3	6	46905	46910	0 %	0 %	50 %	50 %	17233501
73	NC_003277	GC	3	6	47233	47238	0 %	0 %	50 %	50 %	17233501
74	NC_003277	TA	3	6	47801	47806	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_003277	GC	3	6	49539	49544	0 %	0 %	50 %	50 %	17233429
76	NC_003277	CA	4	8	49965	49972	50 %	0 %	0 %	50 %	17233429
77	NC_003277	AT	3	6	50046	50051	50 %	50 %	0 %	0 %	17233429
78	NC_003277	GC	3	6	50112	50117	0 %	0 %	50 %	50 %	17233429
79	NC_003277	GC	3	6	50234	50239	0 %	0 %	50 %	50 %	17233430
80	NC_003277	TG	3	6	51699	51704	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_003277	GC	3	6	52838	52843	0 %	0 %	50 %	50 %	17233433
82	NC_003277	CG	3	6	53222	53227	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
83	NC_003277	GA	3	6	53505	53510	50 %	0 %	50 %	0 %	17233434
84	NC_003277	GT	3	6	53675	53680	0 %	50 %	50 %	0 %	17233434
85	NC_003277	GC	3	6	53966	53971	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
86	NC_003277	AC	3	6	54553	54558	50 %	0 %	0 %	50 %	17233435
87	NC_003277	AG	3	6	55464	55469	50 %	0 %	50 %	0 %	17233437
88	NC_003277	CG	3	6	55732	55737	0 %	0 %	50 %	50 %	17233437
89	NC_003277	GC	3	6	56424	56429	0 %	0 %	50 %	50 %	17233437
90	NC_003277	TG	3	6	56594	56599	0 %	50 %	50 %	0 %	17233437
91	NC_003277	GC	3	6	57192	57197	0 %	0 %	50 %	50 %	17233437
92	NC_003277	CG	3	6	58088	58093	0 %	0 %	50 %	50 %	17233439
93	NC_003277	CG	3	6	58277	58282	0 %	0 %	50 %	50 %	17233439
94	NC_003277	TA	3	6	58983	58988	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_003277	CA	3	6	59413	59418	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_003277	TC	3	6	60514	60519	0 %	50 %	0 %	50 %	17233503
97	NC_003277	TA	4	8	61030	61037	50 %	50 %	0 %	0 %	17233440
98	NC_003277	GA	3	6	61097	61102	50 %	0 %	50 %	0 %	17233440
99	NC_003277	TC	3	6	61278	61283	0 %	50 %	0 %	50 %	17233440
100	NC_003277	TC	4	8	62007	62014	0 %	50 %	0 %	50 %	17233441
101	NC_003277	GC	3	6	62286	62291	0 %	0 %	50 %	50 %	17233442
102	NC_003277	AG	3	6	62385	62390	50 %	0 %	50 %	0 %	17233442
103	NC_003277	AT	3	6	63639	63644	50 %	50 %	0 %	0 %	17233445
104	NC_003277	TG	3	6	64447	64452	0 %	50 %	50 %	0 %	17233446
105	NC_003277	CG	3	6	65464	65469	0 %	0 %	50 %	50 %	17233447
106	NC_003277	GC	3	6	66900	66905	0 %	0 %	50 %	50 %	17233450
107	NC_003277	TC	3	6	67224	67229	0 %	50 %	0 %	50 %	17233450
108	NC_003277	TG	3	6	67685	67690	0 %	50 %	50 %	0 %	17233451
109	NC_003277	TG	3	6	67899	67904	0 %	50 %	50 %	0 %	17233452
110	NC_003277	CG	3	6	68864	68869	0 %	0 %	50 %	50 %	17233453
111	NC_003277	TG	3	6	68879	68884	0 %	50 %	50 %	0 %	17233453
112	NC_003277	GC	3	6	69086	69091	0 %	0 %	50 %	50 %	17233453
113	NC_003277	CA	3	6	69180	69185	50 %	0 %	0 %	50 %	17233453
114	NC_003277	CG	3	6	69381	69386	0 %	0 %	50 %	50 %	17233453
115	NC_003277	CG	3	6	70831	70836	0 %	0 %	50 %	50 %	17233453
116	NC_003277	GC	3	6	71538	71543	0 %	0 %	50 %	50 %	17233454
117	NC_003277	GC	3	6	71829	71834	0 %	0 %	50 %	50 %	17233455
118	NC_003277	TG	3	6	72247	72252	0 %	50 %	50 %	0 %	17233456
119	NC_003277	AG	3	6	73232	73237	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_003277	GC	3	6	75020	75025	0 %	0 %	50 %	50 %	17233459
121	NC_003277	GA	4	8	75123	75130	50 %	0 %	50 %	0 %	17233459
122	NC_003277	CA	3	6	75252	75257	50 %	0 %	0 %	50 %	17233459
123	NC_003277	GC	3	6	76388	76393	0 %	0 %	50 %	50 %	17233459
124	NC_003277	AT	3	6	77619	77624	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_003277	TC	3	6	77933	77938	0 %	50 %	0 %	50 %	17233462
126	NC_003277	AC	3	6	78372	78377	50 %	0 %	0 %	50 %	17233463
127	NC_003277	CA	3	6	78602	78607	50 %	0 %	0 %	50 %	17233464
128	NC_003277	TG	3	6	80336	80341	0 %	50 %	50 %	0 %	17233465
129	NC_003277	CT	3	6	81035	81040	0 %	50 %	0 %	50 %	17233465
130	NC_003277	TC	3	6	81085	81090	0 %	50 %	0 %	50 %	17233465
131	NC_003277	GC	3	6	81585	81590	0 %	0 %	50 %	50 %	17233465
132	NC_003277	TC	3	6	84039	84044	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_003277	TG	3	6	84671	84676	0 %	50 %	50 %	0 %	17233468
134	NC_003277	CG	3	6	85048	85053	0 %	0 %	50 %	50 %	17233468
135	NC_003277	AC	3	6	85488	85493	50 %	0 %	0 %	50 %	17233468
136	NC_003277	GA	3	6	85560	85565	50 %	0 %	50 %	0 %	17233468
137	NC_003277	CA	3	6	87595	87600	50 %	0 %	0 %	50 %	17233470
138	NC_003277	CG	3	6	87882	87887	0 %	0 %	50 %	50 %	17233470
139	NC_003277	GC	3	6	88912	88917	0 %	0 %	50 %	50 %	17233470
140	NC_003277	AG	3	6	89063	89068	50 %	0 %	50 %	0 %	17233470
141	NC_003277	GA	3	6	89341	89346	50 %	0 %	50 %	0 %	17233470
142	NC_003277	CA	3	6	89654	89659	50 %	0 %	0 %	50 %	17233470
143	NC_003277	AG	3	6	92648	92653	50 %	0 %	50 %	0 %	17233471
144	NC_003277	CA	3	6	93701	93706	50 %	0 %	0 %	50 %	17233472
145	NC_003277	CG	3	6	93892	93897	0 %	0 %	50 %	50 %	17233472

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.