MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 plasmid pSLT

Total Repeats: 302

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003277	CCGT	2	8	752	759	0 %	25 %	25 %	50 %	17233405
2	NC_003277	TGGC	2	8	869	876	0 %	25 %	50 %	25 %	17233405
3	NC_003277	AAGT	2	8	1281	1288	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_003277	ACAT	2	8	1497	1504	50 %	25 %	0 %	25 %	17233406
5	NC_003277	AAAG	2	8	1505	1512	75 %	0 %	25 %	0 %	17233406
6	NC_003277	AGTG	2	8	1641	1648	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003277	TGGC	2	8	1679	1686	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_003277	GCAG	2	8	1910	1917	25 %	0 %	50 %	25 %	17233408
9	NC_003277	TGAC	2	8	1921	1928	25 %	25 %	25 %	25 %	17233408
10	NC_003277	CGTT	3	12	2080	2091	0 %	50 %	25 %	25 %	228960845
11	NC_003277	TACC	2	8	2315	2322	25 %	25 %	0 %	50 %	228960845
12	NC_003277	CCGA	2	8	2358	2365	25 %	0 %	25 %	50 %	228960845
13	NC_003277	GATG	2	8	2492	2499	25 %	25 %	50 %	0 %	228960845
14	NC_003277	TAAA	2	8	3107	3114	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003277	GCCC	2	8	3157	3164	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
16	NC_003277	AAAT	2	8	3988	3995	75 %	25 %	0 %	0 %	17233473
17	NC_003277	TCAC	2	8	4256	4263	25 %	25 %	0 %	50 %	17233473
18	NC_003277	ACGG	2	8	4443	4450	25 %	0 %	50 %	25 %	17233473
19	NC_003277	TCTG	2	8	4604	4611	0 %	50 %	25 %	25 %	17233473
20	NC_003277	TCCC	2	8	4739	4746	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
21	NC_003277	CCGG	2	8	4789	4796	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_003277	CAGC	2	8	5498	5505	25 %	0 %	25 %	50 %	17233474
23	NC_003277	TACA	2	8	5837	5844	50 %	25 %	0 %	25 %	17233475
24	NC_003277	TCAC	2	8	5925	5932	25 %	25 %	0 %	50 %	17233475
25	NC_003277	GTGG	2	8	6122	6129	0 %	25 %	75 %	0 %	17233475
26	NC_003277	GGTC	2	8	6271	6278	0 %	25 %	50 %	25 %	17233475
27	NC_003277	GCCG	2	8	6419	6426	0 %	0 %	50 %	50 %	17233475
28	NC_003277	GCCG	2	8	6968	6975	0 %	0 %	50 %	50 %	17233476
29	NC_003277	GGGC	2	8	7157	7164	0 %	0 %	75 %	25 %	17233476
30	NC_003277	CAGC	2	8	7254	7261	25 %	0 %	25 %	50 %	17233476
31	NC_003277	TGAA	2	8	7611	7618	50 %	25 %	25 %	0 %	17233477
32	NC_003277	TAAA	2	8	8140	8147	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003277	TGTT	2	8	8233	8240	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003277	CTAA	2	8	8265	8272	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_003277	GCCT	2	8	8514	8521	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_003277	ACTG	2	8	9231	9238	25 %	25 %	25 %	25 %	17233479
37	NC_003277	CAGT	2	8	9813	9820	25 %	25 %	25 %	25 %	17233480
38	NC_003277	CCAG	2	8	9843	9850	25 %	0 %	25 %	50 %	17233480
39	NC_003277	GGTT	2	8	10098	10105	0 %	50 %	50 %	0 %	17233480
40	NC_003277	TCAT	2	8	10366	10373	25 %	50 %	0 %	25 %	17233481
41	NC_003277	TGGT	2	8	10798	10805	0 %	50 %	50 %	0 %	17233481
42	NC_003277	TTCT	2	8	10822	10829	0 %	75 %	0 %	25 %	17233481
43	NC_003277	TCCG	2	8	11130	11137	0 %	25 %	25 %	50 %	17233482
44	NC_003277	CCCA	2	8	11689	11696	25 %	0 %	0 %	75 %	17233482
45	NC_003277	CGAC	2	8	12308	12315	25 %	0 %	25 %	50 %	17233482
46	NC_003277	CCGG	2	8	13181	13188	0 %	0 %	50 %	50 %	17233482
47	NC_003277	TAAA	2	8	13535	13542	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_003277	TGGC	2	8	14157	14164	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_003277	TTCC	2	8	14169	14176	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_003277	CTGA	2	8	14395	14402	25 %	25 %	25 %	25 %	17233484
51	NC_003277	AAAC	2	8	14714	14721	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_003277	TGTT	2	8	14746	14753	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_003277	CAAA	2	8	14790	14797	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_003277	CATA	2	8	14855	14862	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_003277	CTTT	2	8	15419	15426	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_003277	TTGC	2	8	15431	15438	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_003277	GTGG	2	8	15551	15558	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
58	NC_003277	AGAT	2	8	15730	15737	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_003277	TTCC	2	8	15882	15889	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_003277	GCAG	2	8	16114	16121	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_003277	TCAC	2	8	16388	16395	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_003277	TGGC	2	8	16737	16744	0 %	25 %	50 %	25 %	17233485
63	NC_003277	TGAC	2	8	17257	17264	25 %	25 %	25 %	25 %	17233485
64	NC_003277	GAAT	2	8	17345	17352	50 %	25 %	25 %	0 %	17233485
65	NC_003277	ACAA	2	8	17618	17625	75 %	0 %	0 %	25 %	17233485
66	NC_003277	CATC	2	8	18409	18416	25 %	25 %	0 %	50 %	17233486
67	NC_003277	ATTT	2	8	18613	18620	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_003277	ACAG	2	8	18706	18713	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_003277	CAGT	2	8	18724	18731	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_003277	GCAG	2	8	21498	21505	25 %	0 %	50 %	25 %	17233417
71	NC_003277	GCGG	2	8	21771	21778	0 %	0 %	75 %	25 %	17233417
72	NC_003277	CAGC	2	8	21816	21823	25 %	0 %	25 %	50 %	17233417
73	NC_003277	ACCG	2	8	21958	21965	25 %	0 %	25 %	50 %	17233417
74	NC_003277	GCTG	2	8	22375	22382	0 %	25 %	50 %	25 %	17233418
75	NC_003277	GCCG	2	8	22512	22519	0 %	0 %	50 %	50 %	17233418
76	NC_003277	TCCG	2	8	22573	22580	0 %	25 %	25 %	50 %	17233418
77	NC_003277	GGCA	2	8	23028	23035	25 %	0 %	50 %	25 %	32441710
78	NC_003277	CCCG	2	8	23311	23318	0 %	0 %	25 %	75 %	32441710
79	NC_003277	CCGG	2	8	23345	23352	0 %	0 %	50 %	50 %	32441710
80	NC_003277	GTGA	2	8	23361	23368	25 %	25 %	50 %	0 %	32441710
81	NC_003277	CCCG	2	8	23407	23414	0 %	0 %	25 %	75 %	32441710
82	NC_003277	GGCA	2	8	23446	23453	25 %	0 %	50 %	25 %	32441710
83	NC_003277	GGCA	2	8	23590	23597	25 %	0 %	50 %	25 %	17233419
84	NC_003277	CTGC	2	8	23746	23753	0 %	25 %	25 %	50 %	17233419
85	NC_003277	GCGA	2	8	23856	23863	25 %	0 %	50 %	25 %	17233419
86	NC_003277	GCCT	2	8	23996	24003	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_003277	GCCA	2	8	24620	24627	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_003277	CAGC	2	8	25119	25126	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_003277	CTGA	2	8	25180	25187	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_003277	TATT	2	8	25683	25690	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_003277	GTAA	2	8	25767	25774	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_003277	GATG	2	8	25897	25904	25 %	25 %	50 %	0 %	17233421
93	NC_003277	CAGA	2	8	26119	26126	50 %	0 %	25 %	25 %	17233421
94	NC_003277	CCCG	2	8	26178	26185	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
95	NC_003277	ATGT	2	8	26663	26670	25 %	50 %	25 %	0 %	17233489
96	NC_003277	GTAT	2	8	26720	26727	25 %	50 %	25 %	0 %	17233489
97	NC_003277	TACT	2	8	27175	27182	25 %	50 %	0 %	25 %	17233490
98	NC_003277	GGCG	2	8	29099	29106	0 %	0 %	75 %	25 %	17233491
99	NC_003277	CCCA	2	8	29515	29522	25 %	0 %	0 %	75 %	17233491
100	NC_003277	TCCG	2	8	29667	29674	0 %	25 %	25 %	50 %	17233491
101	NC_003277	CTGA	2	8	29876	29883	25 %	25 %	25 %	25 %	17233491
102	NC_003277	TCGG	2	8	30326	30333	0 %	25 %	50 %	25 %	17233492
103	NC_003277	TTTA	2	8	31021	31028	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_003277	ATTC	2	8	31175	31182	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_003277	AGAA	2	8	31794	31801	75 %	0 %	25 %	0 %	17233493
106	NC_003277	AATA	2	8	31811	31818	75 %	25 %	0 %	0 %	17233493
107	NC_003277	CGAA	2	8	32770	32777	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_003277	TGGC	2	8	33237	33244	0 %	25 %	50 %	25 %	17233422
109	NC_003277	AGGC	2	8	33337	33344	25 %	0 %	50 %	25 %	17233422
110	NC_003277	ATTT	2	8	33638	33645	25 %	75 %	0 %	0 %	17233422
111	NC_003277	TACA	2	8	33672	33679	50 %	25 %	0 %	25 %	17233422
112	NC_003277	GGCG	2	8	33680	33687	0 %	0 %	75 %	25 %	17233422
113	NC_003277	GCTG	2	8	33746	33753	0 %	25 %	50 %	25 %	17233422
114	NC_003277	GACC	2	8	34166	34173	25 %	0 %	25 %	50 %	17233494
115	NC_003277	TTGT	2	8	34803	34810	0 %	75 %	25 %	0 %	17233494
116	NC_003277	TCAG	2	8	35195	35202	25 %	25 %	25 %	25 %	17233495
117	NC_003277	GCCA	2	8	35747	35754	25 %	0 %	25 %	50 %	17233495
118	NC_003277	TGCC	2	8	35952	35959	0 %	25 %	25 %	50 %	17233495
119	NC_003277	AATC	2	8	36418	36425	50 %	25 %	0 %	25 %	17233495
120	NC_003277	ATTT	2	8	36495	36502	25 %	75 %	0 %	0 %	17233495
121	NC_003277	GGCG	2	8	36823	36830	0 %	0 %	75 %	25 %	17233496
122	NC_003277	TTCC	2	8	36897	36904	0 %	50 %	0 %	50 %	17233496
123	NC_003277	ATAC	2	8	37567	37574	50 %	25 %	0 %	25 %	17233497
124	NC_003277	GACA	2	8	38191	38198	50 %	0 %	25 %	25 %	17233497
125	NC_003277	GTTT	2	8	38216	38223	0 %	75 %	25 %	0 %	17233497
126	NC_003277	TGGT	2	8	38251	38258	0 %	50 %	50 %	0 %	17233497
127	NC_003277	AATA	2	8	38362	38369	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_003277	ATTT	2	8	38859	38866	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_003277	TCTG	2	8	38940	38947	0 %	50 %	25 %	25 %	17233498
130	NC_003277	CTGC	2	8	39015	39022	0 %	25 %	25 %	50 %	17233498
131	NC_003277	TGTC	2	8	39411	39418	0 %	50 %	25 %	25 %	17233498
132	NC_003277	CCCG	2	8	39504	39511	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
133	NC_003277	TTTG	2	8	39594	39601	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_003277	TTAG	2	8	39602	39609	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_003277	GTTT	2	8	39621	39628	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_003277	GGTG	2	8	39768	39775	0 %	25 %	75 %	0 %	17233423
137	NC_003277	GAAA	2	8	40674	40681	75 %	0 %	25 %	0 %	17233423
138	NC_003277	AGCC	2	8	40875	40882	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
139	NC_003277	CAGA	2	8	40982	40989	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_003277	GTCA	2	8	41269	41276	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_003277	ATGA	2	8	41386	41393	50 %	25 %	25 %	0 %	32441711
142	NC_003277	TGGC	2	8	41644	41651	0 %	25 %	50 %	25 %	32441711
143	NC_003277	CAGG	2	8	41925	41932	25 %	0 %	50 %	25 %	32441712
144	NC_003277	GCTG	2	8	41978	41985	0 %	25 %	50 %	25 %	32441712
145	NC_003277	CCGG	2	8	42224	42231	0 %	0 %	50 %	50 %	32441712
146	NC_003277	TGGC	2	8	42384	42391	0 %	25 %	50 %	25 %	32441712
147	NC_003277	TCAG	2	8	42489	42496	25 %	25 %	25 %	25 %	17233500
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.