MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 chromosome

Total Repeats: 3372

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003197	AGGTA	2	10	2553	2562	40 %	20 %	40 %	0 %	16763392
2	NC_003197	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	16763393
3	NC_003197	CGGCG	2	10	4144	4153	0 %	0 %	60 %	40 %	16763394
4	NC_003197	CCGCG	2	10	7184	7193	0 %	0 %	40 %	60 %	16763396
5	NC_003197	CCTTC	2	10	8674	8683	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
6	NC_003197	GATGA	2	10	8915	8924	40 %	20 %	40 %	0 %	16763398
7	NC_003197	GAAAA	2	10	10061	10070	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_003197	TCTTT	2	10	11322	11331	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_003197	ATTTA	2	10	11364	11373	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003197	GCGTG	2	10	13990	13999	0 %	20 %	60 %	20 %	16763403
11	NC_003197	GTGAT	2	10	14912	14921	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003197	AATCA	2	10	15506	15515	60 %	20 %	0 %	20 %	16763404
13	NC_003197	TATTG	2	10	17576	17585	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003197	GGCTG	2	10	18851	18860	0 %	20 %	60 %	20 %	16763408
15	NC_003197	AGAGC	2	10	19372	19381	40 %	0 %	40 %	20 %	16763408
16	NC_003197	CCTGA	2	10	19913	19922	20 %	20 %	20 %	40 %	16763408
17	NC_003197	TACCG	2	10	21050	21059	20 %	20 %	20 %	40 %	16763409
18	NC_003197	GGCCG	2	10	21674	21683	0 %	0 %	60 %	40 %	16763409
19	NC_003197	CTTTT	2	10	23393	23402	0 %	80 %	0 %	20 %	16763410
20	NC_003197	CGGTA	2	10	24561	24570	20 %	20 %	40 %	20 %	16763411
21	NC_003197	CTGTT	2	10	24600	24609	0 %	60 %	20 %	20 %	16763411
22	NC_003197	TATTT	2	10	25434	25443	20 %	80 %	0 %	0 %	16763412
23	NC_003197	GCGTC	2	10	28357	28366	0 %	20 %	40 %	40 %	16763413
24	NC_003197	ATCTG	2	10	30965	30974	20 %	40 %	20 %	20 %	16763417
25	NC_003197	TTACG	2	10	31020	31029	20 %	40 %	20 %	20 %	16763417
26	NC_003197	GGGCG	2	10	31789	31798	0 %	0 %	80 %	20 %	16763418
27	NC_003197	TGCGT	2	10	32168	32177	0 %	40 %	40 %	20 %	39546288
28	NC_003197	AAAAG	2	10	32562	32571	80 %	0 %	20 %	0 %	16763419
29	NC_003197	TTTTA	2	10	33211	33220	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_003197	TATAA	2	10	34165	34174	60 %	40 %	0 %	0 %	16763420
31	NC_003197	ATCGT	2	10	34918	34927	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_003197	ATTTT	2	10	34962	34971	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003197	TTTTA	2	10	35223	35232	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003197	AGCGA	2	10	35591	35600	40 %	0 %	40 %	20 %	16763422
35	NC_003197	TCCTG	2	10	35801	35810	0 %	40 %	20 %	40 %	16763422
36	NC_003197	GGTCA	2	10	38036	38045	20 %	20 %	40 %	20 %	16763423
37	NC_003197	TTCAT	2	10	39308	39317	20 %	60 %	0 %	20 %	16763424
38	NC_003197	TGAAA	2	10	40127	40136	60 %	20 %	20 %	0 %	16763425
39	NC_003197	TAAAA	2	10	44191	44200	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003197	ACGGC	2	10	44487	44496	20 %	0 %	40 %	40 %	16763428
41	NC_003197	TTTTA	2	10	44813	44822	20 %	80 %	0 %	0 %	16763428
42	NC_003197	GGGCT	2	10	46561	46570	0 %	20 %	60 %	20 %	16763429
43	NC_003197	GCGTA	2	10	48437	48446	20 %	20 %	40 %	20 %	16763431
44	NC_003197	GACCA	2	10	49042	49051	40 %	0 %	20 %	40 %	16763431
45	NC_003197	CCGGC	2	10	49184	49193	0 %	0 %	40 %	60 %	16763431
46	NC_003197	CAGAC	2	10	50374	50383	40 %	0 %	20 %	40 %	16763431
47	NC_003197	TGTGC	2	10	53135	53144	0 %	40 %	40 %	20 %	16763435
48	NC_003197	GTTTG	2	10	55457	55466	0 %	60 %	40 %	0 %	16763436
49	NC_003197	CACTA	2	10	56588	56597	40 %	20 %	0 %	40 %	16763436
50	NC_003197	CGGCG	2	10	57126	57135	0 %	0 %	60 %	40 %	16763437
51	NC_003197	AGCGC	2	10	57234	57243	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_003197	TTCAC	2	10	57381	57390	20 %	40 %	0 %	40 %	16763438
53	NC_003197	AAAAT	2	10	58952	58961	80 %	20 %	0 %	0 %	16763440
54	NC_003197	GGAAA	2	10	59739	59748	60 %	0 %	40 %	0 %	16763440
55	NC_003197	CGCTG	2	10	60229	60238	0 %	20 %	40 %	40 %	16763441
56	NC_003197	GCCTG	2	10	64788	64797	0 %	20 %	40 %	40 %	16763444
57	NC_003197	GCGCG	2	10	64942	64951	0 %	0 %	60 %	40 %	16763445
58	NC_003197	CGTGC	2	10	71365	71374	0 %	20 %	40 %	40 %	16763451
59	NC_003197	TTGAT	2	10	71535	71544	20 %	60 %	20 %	0 %	16763451
60	NC_003197	ACCGC	2	10	72095	72104	20 %	0 %	20 %	60 %	16763451
61	NC_003197	ATTTG	2	10	75439	75448	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_003197	CGATG	2	10	77757	77766	20 %	20 %	40 %	20 %	16763457
63	NC_003197	GCGAA	2	10	78698	78707	40 %	0 %	40 %	20 %	16763457
64	NC_003197	CGTAC	2	10	79588	79597	20 %	20 %	20 %	40 %	16763457
65	NC_003197	TTGCC	2	10	81224	81233	0 %	40 %	20 %	40 %	16763459
66	NC_003197	CGTCC	2	10	81334	81343	0 %	20 %	20 %	60 %	16763459
67	NC_003197	AAGCG	2	10	81697	81706	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_003197	TTCAG	2	10	84451	84460	20 %	40 %	20 %	20 %	16763462
69	NC_003197	GGCCA	2	10	84600	84609	20 %	0 %	40 %	40 %	16763462
70	NC_003197	GTACG	2	10	87171	87180	20 %	20 %	40 %	20 %	16763464
71	NC_003197	CAGAA	2	10	87884	87893	60 %	0 %	20 %	20 %	16763464
72	NC_003197	CCGCA	2	10	90003	90012	20 %	0 %	20 %	60 %	16763466
73	NC_003197	CGGTT	2	10	90508	90517	0 %	40 %	40 %	20 %	16763467
74	NC_003197	GCTCC	2	10	91644	91653	0 %	20 %	20 %	60 %	16763467
75	NC_003197	TGGCG	2	10	92288	92297	0 %	20 %	60 %	20 %	16763469
76	NC_003197	TAAAA	2	10	95763	95772	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_003197	TTTCC	2	10	96202	96211	0 %	60 %	0 %	40 %	16763474
78	NC_003197	GTGGC	2	10	96771	96780	0 %	20 %	60 %	20 %	16763474
79	NC_003197	GCGCT	2	10	97923	97932	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_003197	AGCGC	2	10	97990	97999	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_003197	TGCAC	2	10	98688	98697	20 %	20 %	20 %	40 %	16763475
82	NC_003197	TGGCA	2	10	98757	98766	20 %	20 %	40 %	20 %	16763475
83	NC_003197	TCTGT	2	10	99083	99092	0 %	60 %	20 %	20 %	16763476
84	NC_003197	GCGCT	2	10	99393	99402	0 %	20 %	40 %	40 %	16763476
85	NC_003197	GGCGC	2	10	99807	99816	0 %	0 %	60 %	40 %	16763476
86	NC_003197	GCGAC	2	10	100120	100129	20 %	0 %	40 %	40 %	16763476
87	NC_003197	AACGT	2	10	102577	102586	40 %	20 %	20 %	20 %	16763479
88	NC_003197	CCCAA	2	10	104727	104736	40 %	0 %	0 %	60 %	16763482
89	NC_003197	TTGTT	2	10	105434	105443	0 %	80 %	20 %	0 %	16763482
90	NC_003197	GCTTC	2	10	106814	106823	0 %	40 %	20 %	40 %	16763483
91	NC_003197	TGCGT	2	10	107101	107110	0 %	40 %	40 %	20 %	16763483
92	NC_003197	TGATC	2	10	108801	108810	20 %	40 %	20 %	20 %	16763484
93	NC_003197	AAGCG	2	10	109297	109306	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_003197	TGGCG	2	10	111961	111970	0 %	20 %	60 %	20 %	16763486
95	NC_003197	AGCGC	2	10	112521	112530	20 %	0 %	40 %	40 %	16763486
96	NC_003197	ACGTT	2	10	113338	113347	20 %	40 %	20 %	20 %	16763487
97	NC_003197	CCGCG	2	10	113606	113615	0 %	0 %	40 %	60 %	16763487
98	NC_003197	TAATT	2	10	116724	116733	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_003197	ATTTT	2	10	116750	116759	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_003197	ACAGA	2	10	116933	116942	60 %	0 %	20 %	20 %	16763490
101	NC_003197	CAGCG	2	10	118108	118117	20 %	0 %	40 %	40 %	16763492
102	NC_003197	GCCGG	2	10	118408	118417	0 %	0 %	60 %	40 %	16763492
103	NC_003197	CGAGC	2	10	118533	118542	20 %	0 %	40 %	40 %	16763492
104	NC_003197	ATTTG	2	10	118976	118985	20 %	60 %	20 %	0 %	16763492
105	NC_003197	TTGCC	2	10	123480	123489	0 %	40 %	20 %	40 %	16763496
106	NC_003197	AGCAG	2	10	124157	124166	40 %	0 %	40 %	20 %	16763497
107	NC_003197	AGTTT	2	10	126387	126396	20 %	60 %	20 %	0 %	16763498
108	NC_003197	TAGTG	2	10	126805	126814	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_003197	TCGAT	2	10	128235	128244	20 %	40 %	20 %	20 %	16763499
110	NC_003197	CGGCG	2	10	130546	130555	0 %	0 %	60 %	40 %	16763501
111	NC_003197	CGTTT	2	10	131008	131017	0 %	60 %	20 %	20 %	16763501
112	NC_003197	GACCG	2	10	132452	132461	20 %	0 %	40 %	40 %	16763503
113	NC_003197	GGTTT	2	10	134164	134173	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_003197	ATTCC	2	10	136109	136118	20 %	40 %	0 %	40 %	16763506
115	NC_003197	CCCAA	2	10	138178	138187	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
116	NC_003197	AAAGC	2	10	138406	138415	60 %	0 %	20 %	20 %	16763508
117	NC_003197	CCGCA	2	10	138939	138948	20 %	0 %	20 %	60 %	16763508
118	NC_003197	TTGTT	2	10	139525	139534	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003197	AGTTC	2	10	141310	141319	20 %	40 %	20 %	20 %	16763510
120	NC_003197	TGCCT	2	10	141410	141419	0 %	40 %	20 %	40 %	16763511
121	NC_003197	AAGCG	2	10	146063	146072	40 %	0 %	40 %	20 %	16763514
122	NC_003197	GTTTG	2	10	147966	147975	0 %	60 %	40 %	0 %	16763516
123	NC_003197	CGTAT	2	10	149437	149446	20 %	40 %	20 %	20 %	16763517
124	NC_003197	ATCAG	2	10	151273	151282	40 %	20 %	20 %	20 %	16763519
125	NC_003197	CTGCC	2	10	153282	153291	0 %	20 %	20 %	60 %	16763520
126	NC_003197	CGGCG	2	10	156012	156021	0 %	0 %	60 %	40 %	16763523
127	NC_003197	CGCGG	2	10	158661	158670	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
128	NC_003197	CCGGC	2	10	159365	159374	0 %	0 %	40 %	60 %	16763526
129	NC_003197	GATCA	2	10	162683	162692	40 %	20 %	20 %	20 %	16763529
130	NC_003197	CGTCA	2	10	163429	163438	20 %	20 %	20 %	40 %	16763530
131	NC_003197	ATCCC	2	10	165129	165138	20 %	20 %	0 %	60 %	16763532
132	NC_003197	AGCGC	2	10	165837	165846	20 %	0 %	40 %	40 %	16763532
133	NC_003197	TGAGC	2	10	167686	167695	20 %	20 %	40 %	20 %	16763533
134	NC_003197	CGCAT	2	10	167948	167957	20 %	20 %	20 %	40 %	16763534
135	NC_003197	CGAAC	2	10	168677	168686	40 %	0 %	20 %	40 %	16763535
136	NC_003197	GTTCA	2	10	168943	168952	20 %	40 %	20 %	20 %	16763535
137	NC_003197	ATGAC	2	10	169909	169918	40 %	20 %	20 %	20 %	16763536
138	NC_003197	CTGGA	2	10	170499	170508	20 %	20 %	40 %	20 %	16763537
139	NC_003197	CAGAA	2	10	172618	172627	60 %	0 %	20 %	20 %	16763539
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