MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetMIM1f

Total Repeats: 431

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021911	GTTC	2	8	40	47	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_021911	CGGG	2	8	58	65	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
3	NC_021911	CGAC	2	8	148	155	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_021911	CCGG	2	8	367	374	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_021911	TCAA	2	8	614	621	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_021911	GCCG	2	8	688	695	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7	NC_021911	CAGA	2	8	3535	3542	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_021911	CGAC	2	8	6012	6019	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_021911	AGAA	2	8	9272	9279	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021911	GGAA	2	8	15945	15952	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021911	GCAA	2	8	20778	20785	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_021911	GCGA	2	8	21412	21419	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_021911	CGTG	2	8	21557	21564	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
14	NC_021911	CGCT	2	8	22481	22488	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_021911	CGTT	2	8	22508	22515	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_021911	GAGG	2	8	22912	22919	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021911	GCCG	2	8	23020	23027	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_021911	CTCG	2	8	27566	27573	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_021911	AACT	2	8	27612	27619	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_021911	TCCG	2	8	30710	30717	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_021911	CGGG	2	8	32606	32613	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
22	NC_021911	AGGG	2	8	39832	39839	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021911	CCCA	2	8	45981	45988	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
24	NC_021911	GCCG	2	8	46458	46465	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
25	NC_021911	CGCT	2	8	46667	46674	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_021911	GGCG	2	8	46848	46855	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
27	NC_021911	ACCG	2	8	47155	47162	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NC_021911	TCGG	2	8	47467	47474	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
29	NC_021911	CGGC	2	8	47490	47497	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
30	NC_021911	ACAG	2	8	47569	47576	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_021911	GGCC	2	8	47862	47869	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
32	NC_021911	CACG	2	8	59691	59698	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_021911	CCCT	2	8	59710	59717	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
34	NC_021911	TCCG	2	8	59836	59843	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_021911	TGCC	2	8	60491	60498	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_021911	GCGA	2	8	69417	69424	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_021911	GGTC	2	8	72615	72622	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_021911	AAGC	2	8	80744	80751	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_021911	CGGG	2	8	81154	81161	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
40	NC_021911	GATC	2	8	81187	81194	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_021911	CCCG	2	8	85601	85608	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
42	NC_021911	CCGC	2	8	86696	86703	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
43	NC_021911	AGGA	2	8	88151	88158	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021911	ATCA	2	8	102633	102640	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_021911	AAGG	2	8	107884	107891	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021911	CAGA	2	8	109773	109780	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_021911	TTCA	2	8	112662	112669	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_021911	GTCC	2	8	112764	112771	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_021911	TCGC	2	8	113051	113058	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_021911	TCGC	2	8	113208	113215	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_021911	CGCC	2	8	113286	113293	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
52	NC_021911	AACG	2	8	114486	114493	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_021911	TGGC	2	8	115224	115231	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_021911	TCAC	2	8	125691	125698	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_021911	CGGT	2	8	128501	128508	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_021911	GTGA	2	8	128696	128703	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021911	TCAC	2	8	132205	132212	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_021911	GCTT	2	8	132379	132386	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_021911	GGTC	2	8	132469	132476	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_021911	TTCG	2	8	132505	132512	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_021911	GAAA	2	8	134443	134450	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021911	CCTA	2	8	134460	134467	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_021911	TTGA	2	8	140374	140381	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021911	CATG	2	8	140552	140559	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_021911	TTTG	2	8	149405	149412	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021911	ACGG	2	8	149553	149560	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_021911	TCGG	2	8	149630	149637	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_021911	GATA	2	8	149929	149936	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021911	CGGC	2	8	150181	150188	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NC_021911	AGCT	2	8	150323	150330	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_021911	GAGC	2	8	156112	156119	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_021911	CAGG	2	8	156535	156542	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_021911	AGCC	2	8	156733	156740	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_021911	GCAA	2	8	183557	183564	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_021911	CAGG	2	8	183637	183644	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_021911	CATC	2	8	184641	184648	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_021911	GGCG	2	8	184857	184864	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
78	NC_021911	CCGA	2	8	185099	185106	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
79	NC_021911	ATGA	2	8	185667	185674	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021911	TTTC	2	8	187536	187543	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_021911	GATT	2	8	192612	192619	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021911	TGTT	2	8	195486	195493	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021911	ATCG	2	8	196776	196783	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_021911	GCAG	2	8	199705	199712	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_021911	GACG	2	8	200115	200122	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_021911	CGGG	2	8	200367	200374	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
87	NC_021911	CCAG	2	8	200414	200421	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_021911	GGCA	2	8	200487	200494	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_021911	AGGC	2	8	200507	200514	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_021911	TGCC	2	8	200567	200574	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_021911	CGGC	2	8	200766	200773	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
92	NC_021911	CGGC	2	8	201404	201411	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_021911	GCCG	2	8	201612	201619	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
94	NC_021911	TGGA	2	8	204039	204046	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021911	ACCG	2	8	204983	204990	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_021911	GGGC	2	8	205091	205098	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
97	NC_021911	CGGT	2	8	206422	206429	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_021911	GCAT	2	8	216018	216025	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_021911	CCTG	2	8	222513	222520	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_021911	GCCC	2	8	222564	222571	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
101	NC_021911	CCGG	2	8	222658	222665	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_021911	TCCC	2	8	222709	222716	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
103	NC_021911	TATG	2	8	222833	222840	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021911	ACGC	2	8	225676	225683	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_021911	GCCG	2	8	228730	228737	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
106	NC_021911	GAAC	2	8	232477	232484	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_021911	AGGG	2	8	240542	240549	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021911	GAAC	2	8	242371	242378	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_021911	GGCC	2	8	243615	243622	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
110	NC_021911	CGGG	2	8	243829	243836	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
111	NC_021911	CCGG	2	8	248136	248143	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
112	NC_021911	AGCA	2	8	248232	248239	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_021911	CGTT	2	8	249800	249807	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_021911	GAAG	2	8	251427	251434	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021911	TCGC	2	8	251435	251442	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
116	NC_021911	CTGG	2	8	251463	251470	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_021911	CTTC	2	8	251488	251495	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_021911	CCAG	2	8	251538	251545	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_021911	CAGC	2	8	253925	253932	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
120	NC_021911	ACGG	2	8	256502	256509	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_021911	ATAG	2	8	256541	256548	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021911	TTGT	2	8	256992	256999	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021911	TGAG	2	8	258516	258523	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021911	TGGT	2	8	259296	259303	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021911	GATA	2	8	259306	259313	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021911	TAGT	2	8	261017	261024	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021911	GATG	2	8	262238	262245	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021911	GGCC	2	8	268598	268605	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
129	NC_021911	CTTG	2	8	271284	271291	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_021911	AATG	2	8	273647	273654	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021911	TAGA	2	8	275097	275104	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021911	GGGC	2	8	275123	275130	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
133	NC_021911	AACC	2	8	277127	277134	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_021911	TCAA	2	8	277392	277399	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_021911	GCCC	2	8	277441	277448	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
136	NC_021911	GCCA	2	8	277892	277899	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
137	NC_021911	GCTC	2	8	278027	278034	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
138	NC_021911	GCCT	2	8	278396	278403	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
139	NC_021911	GCTC	2	8	278778	278785	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
140	NC_021911	GACG	2	8	279092	279099	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
141	NC_021911	GCCA	2	8	282411	282418	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
142	NC_021911	GCCG	2	8	282718	282725	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
143	NC_021911	ATTC	2	8	283963	283970	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_021911	CCGA	2	8	284089	284096	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_021911	CATT	2	8	284327	284334	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_021911	TGGC	2	8	284345	284352	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
147	NC_021911	TCGC	2	8	284776	284783	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
148	NC_021911	CCGC	2	8	285330	285337	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
149	NC_021911	CGGC	2	8	285347	285354	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
150	NC_021911	CCCG	2	8	285451	285458	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
151	NC_021911	TTCA	2	8	296880	296887	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_021911	TGAA	2	8	300273	300280	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
153	NC_021911	ATTC	2	8	301336	301343	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
154	NC_021911	GCGA	2	8	301409	301416	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
155	NC_021911	ACCG	2	8	304696	304703	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
156	NC_021911	AGCC	2	8	310047	310054	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
157	NC_021911	AGTG	2	8	322039	322046	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
158	NC_021911	ATTG	2	8	327180	327187	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
159	NC_021911	AGAC	2	8	329385	329392	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
160	NC_021911	TTTG	2	8	329877	329884	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
161	NC_021911	TGGC	2	8	330314	330321	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
162	NC_021911	CAGC	2	8	338514	338521	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
163	NC_021911	GTCT	2	8	338527	338534	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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169	NC_021911	GCAG	2	8	370905	370912	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
170	NC_021911	TTGA	2	8	376459	376466	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
171	NC_021911	GAAC	2	8	376633	376640	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
172	NC_021911	TTCA	2	8	381362	381369	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
173	NC_021911	GCAG	2	8	401195	401202	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
174	NC_021911	ATCA	2	8	409728	409735	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
175	NC_021911	CTGC	2	8	413027	413034	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
176	NC_021911	CGCC	2	8	413357	413364	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
177	NC_021911	TATG	2	8	423603	423610	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
178	NC_021911	CGGA	2	8	423665	423672	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
179	NC_021911	TGAA	2	8	427847	427854	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
180	NC_021911	GGCC	2	8	428707	428714	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
181	NC_021911	ACGA	2	8	428722	428729	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
182	NC_021911	CGGG	2	8	430194	430201	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
183	NC_021911	CCGC	2	8	430405	430412	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
184	NC_021911	CTTC	2	8	438588	438595	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
185	NC_021911	CATC	2	8	442989	442996	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
186	NC_021911	TGCT	2	8	452443	452450	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
187	NC_021911	TATT	2	8	452676	452683	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_021911	AAAC	2	8	460784	460791	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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190	NC_021911	GTTC	2	8	463450	463457	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
191	NC_021911	GGAT	2	8	468308	468315	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
192	NC_021911	GCCG	2	8	470910	470917	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
193	NC_021911	GCGG	2	8	473404	473411	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
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195	NC_021911	CGGT	2	8	476938	476945	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
196	NC_021911	GGCC	2	8	479751	479758	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
197	NC_021911	GTCC	2	8	479895	479902	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
198	NC_021911	GACC	2	8	480518	480525	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
199	NC_021911	TCAT	2	8	482202	482209	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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202	NC_021911	TCGC	2	8	507856	507863	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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221	NC_021911	GCCG	2	8	597898	597905	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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232	NC_021911	GCTG	2	8	628277	628284	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
233	NC_021911	GAGT	2	8	628580	628587	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
234	NC_021911	GCCC	2	8	646596	646603	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
235	NC_021911	TGCA	2	8	646691	646698	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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240	NC_021911	GCCT	2	8	677783	677790	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
241	NC_021911	TGCC	2	8	677800	677807	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
242	NC_021911	GTCA	2	8	677840	677847	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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280	NC_021911	TCGA	2	8	801691	801698	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
281	NC_021911	CGAC	2	8	802037	802044	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
282	NC_021911	GCTT	2	8	803972	803979	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.