MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Ruminococcus champanellensis 18P13

Total Repeats: 420

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021039	AGAAA	2	10	2208	2217	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021039	TGCAG	2	10	3744	3753	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_021039	ACGCC	2	10	26083	26092	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
4	NC_021039	CTTTT	2	10	28337	28346	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_021039	TCACA	2	10	29190	29199	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_021039	AGGAG	2	10	51152	51161	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021039	TCCAG	2	10	62352	62361	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_021039	TCGTG	2	10	66953	66962	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_021039	CTGAA	2	10	68080	68089	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021039	GGGAG	2	10	68417	68426	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021039	TAAGA	2	10	70599	70608	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021039	ATATA	2	10	76427	76436	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021039	GAAAA	2	10	76763	76772	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021039	GTCCT	2	10	102826	102835	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021039	ATGCG	2	10	106466	106475	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021039	GCTGC	2	10	115336	115345	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_021039	ATTCT	2	10	118140	118149	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021039	ATGGA	2	10	135821	135830	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021039	CAAAA	2	10	137044	137053	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_021039	GAAGG	2	10	144144	144153	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021039	GTCGA	2	10	144812	144821	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021039	AAGGA	2	10	149883	149892	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021039	CAAGG	2	10	149933	149942	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021039	GAACA	2	10	151412	151421	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021039	GAAAA	2	10	152511	152520	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021039	GTATG	2	10	159777	159786	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021039	TTTTC	2	10	160169	160178	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021039	ATGAT	2	10	165971	165980	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021039	GGTGT	2	10	170462	170471	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021039	TGGTG	2	10	180490	180499	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021039	TGATA	2	10	181786	181795	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021039	TGTAT	2	10	186353	186362	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021039	TTCCG	2	10	194946	194955	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_021039	TAGTT	2	10	200325	200334	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021039	CACGG	2	10	202173	202182	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_021039	AGCCG	2	10	205257	205266	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NC_021039	GCTGT	2	10	206400	206409	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021039	CGTCC	2	10	213327	213336	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_021039	GATCC	2	10	213437	213446	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_021039	GTTAT	3	15	215676	215690	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021039	TCCGC	2	10	220774	220783	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_021039	CCCTC	2	10	223410	223419	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
43	NC_021039	TTCTA	2	10	249702	249711	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_021039	CAGGG	2	10	252216	252225	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021039	AACCA	2	10	282430	282439	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_021039	GTGGG	2	10	283420	283429	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021039	GGGAG	2	10	283462	283471	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021039	TTGTT	2	10	289483	289492	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021039	TAAAG	2	10	300754	300763	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021039	GGGAG	2	10	302712	302721	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021039	TTTTC	2	10	305765	305774	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021039	CATGA	2	10	307488	307497	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021039	AGAAA	2	10	310377	310386	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021039	TGAGG	2	10	318358	318367	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021039	GCAAG	2	10	341248	341257	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_021039	TCCTT	2	10	343503	343512	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_021039	ATAGC	2	10	361828	361837	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_021039	CAGAA	2	10	379502	379511	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_021039	TAGTG	2	10	386082	386091	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021039	CGGCA	2	10	405140	405149	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_021039	AGGGT	2	10	408991	409000	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021039	GGGCT	2	10	424940	424949	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
63	NC_021039	AAAAG	2	10	430500	430509	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021039	TTATT	2	10	434520	434529	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021039	TATGT	2	10	434585	434594	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021039	TATCA	2	10	455726	455735	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_021039	TCTGG	2	10	464852	464861	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_021039	GGTAT	2	10	493926	493935	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021039	TTATA	2	10	501082	501091	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021039	TTTTC	2	10	502940	502949	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_021039	TGTTT	2	10	505472	505481	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021039	TTGAG	2	10	509830	509839	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021039	TGCAA	2	10	509937	509946	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021039	TATAT	2	10	520144	520153	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021039	ATTCG	2	10	523761	523770	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_021039	GAAAA	2	10	523792	523801	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021039	TTCAG	2	10	532547	532556	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_021039	GAATG	2	10	551248	551257	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021039	CTTTT	2	10	552173	552182	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_021039	ATTTT	2	10	567613	567622	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021039	GCGTT	2	10	570218	570227	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_021039	CCTGC	2	10	584047	584056	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
83	NC_021039	GCAAT	2	10	604499	604508	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021039	ATATA	2	10	608680	608689	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021039	CTATA	2	10	620857	620866	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_021039	GGAGC	2	10	629964	629973	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
87	NC_021039	AGCGC	2	10	630290	630299	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
88	NC_021039	AAAGA	2	10	631621	631630	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021039	GGTCT	2	10	633604	633613	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_021039	CTGCC	2	10	633894	633903	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
91	NC_021039	CTATA	2	10	639733	639742	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021039	CTTTT	2	10	641928	641937	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_021039	AATAT	2	10	643254	643263	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021039	AAACA	2	10	645627	645636	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_021039	CGATC	2	10	668437	668446	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_021039	GGAAA	2	10	670967	670976	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021039	CCATA	2	10	685873	685882	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_021039	GCCTT	2	10	707661	707670	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_021039	TGCCA	2	10	712377	712386	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_021039	CGGTT	2	10	717413	717422	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_021039	ATTTC	2	10	721903	721912	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_021039	CCATT	2	10	727641	727650	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_021039	AATTG	2	10	742631	742640	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021039	ATTTC	2	10	752520	752529	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_021039	CTGCG	2	10	763891	763900	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_021039	ACTCC	2	10	771055	771064	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
107	NC_021039	AGCAC	2	10	772472	772481	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_021039	TTGAG	2	10	772850	772859	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021039	CCTAT	2	10	773048	773057	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_021039	GTTCA	2	10	775963	775972	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_021039	GTTCA	2	10	776491	776500	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_021039	GCGGT	2	10	776624	776633	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
113	NC_021039	GCACA	2	10	798831	798840	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_021039	AATGG	2	10	805459	805468	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021039	TCTGT	2	10	814662	814671	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_021039	GGATT	2	10	815071	815080	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021039	GCTGG	2	10	815412	815421	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
118	NC_021039	CAAAA	2	10	820483	820492	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_021039	TCCTT	2	10	830805	830814	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_021039	GCAGA	2	10	836015	836024	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_021039	GAAAT	2	10	836118	836127	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021039	GGGTG	2	10	839166	839175	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021039	ATTTT	2	10	857728	857737	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021039	TGTGT	2	10	858851	858860	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021039	ATTCT	2	10	860544	860553	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_021039	ACTTG	2	10	863650	863659	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_021039	CGGAT	2	10	868164	868173	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_021039	TCAAC	2	10	878513	878522	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_021039	ATAGC	2	10	886724	886733	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_021039	TCATA	2	10	889794	889803	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_021039	AAAAT	2	10	892212	892221	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021039	TTGCT	2	10	895703	895712	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_021039	CAGAT	2	10	902993	903002	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_021039	AGCGG	2	10	913453	913462	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
135	NC_021039	GGGGC	2	10	913567	913576	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
136	NC_021039	CCTGT	2	10	921998	922007	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_021039	TATAA	2	10	928439	928448	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021039	TGATA	2	10	935255	935264	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021039	TTATG	2	10	936605	936614	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021039	AAAGA	2	10	957530	957539	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021039	AAGGA	2	10	967412	967421	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021039	AGCAG	2	10	986801	986810	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_021039	GCACA	2	10	996488	996497	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_021039	CTTTT	2	10	999657	999666	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_021039	TAAAA	2	10	1002110	1002119	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021039	AGTAT	2	10	1003409	1003418	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021039	TGATG	2	10	1008823	1008832	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021039	TGATG	2	10	1009717	1009726	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021039	GAAAA	2	10	1019012	1019021	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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282	NC_021039	CTTTT	2	10	1715133	1715142	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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288	NC_021039	TCATA	2	10	1734006	1734015	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
289	NC_021039	GTATT	2	10	1734043	1734052	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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418	NC_021039	TCACT	2	10	2529308	2529317	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
419	NC_021039	GCGGG	2	10	2537802	2537811	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
420	NC_021039	TTTCT	2	10	2537812	2537821	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.