MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Roseburia intestinalis XB6B4 draft genome

Total Repeats: 368

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021012	AGGACG	2	12	9706	9717	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_021012	CCATTT	2	12	44638	44649	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_021012	GCAAAA	2	12	45754	45765	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021012	AAAGAT	2	12	62429	62440	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021012	CTTTTT	2	12	70555	70566	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021012	GATAAA	2	12	76874	76885	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021012	CAGTGC	2	12	93816	93827	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_021012	CGGACT	2	12	96189	96200	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_021012	AAGATG	2	12	98443	98454	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021012	AATGAA	2	12	99093	99104	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021012	TCGTAT	2	12	99209	99220	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021012	AATGAA	2	12	100145	100156	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021012	ACATAA	2	12	106387	106398	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021012	TTTAAA	2	12	141771	141782	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021012	TGACCG	2	12	156821	156832	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_021012	TGATGG	2	12	163341	163352	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021012	CAGGTC	2	12	171263	171274	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_021012	AGTTCA	2	12	185061	185072	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_021012	TGGTAA	2	12	185404	185415	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021012	GTCCAC	2	12	227142	227153	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
21	NC_021012	CTCTAC	2	12	228370	228381	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_021012	TCCTGC	2	12	228512	228523	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
23	NC_021012	AAATAT	2	12	242919	242930	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021012	GCGATC	2	12	261290	261301	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_021012	CATATC	2	12	271419	271430	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_021012	GATCAT	2	12	292906	292917	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_021012	CGCATA	2	12	302511	302522	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_021012	AGGGCA	2	12	308323	308334	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_021012	TTTATT	2	12	316065	316076	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021012	ATAGGA	2	12	351776	351787	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021012	TTTATA	2	12	351817	351828	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021012	TCGAGA	2	12	352261	352272	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021012	ATCAGA	2	12	371993	372004	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_021012	ATAAAA	2	12	385644	385655	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021012	TTCAGT	2	12	396674	396685	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_021012	TTAGTG	2	12	409947	409958	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021012	ATATGA	2	12	431393	431404	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021012	AGGGCA	2	12	432797	432808	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_021012	GAAAAA	2	12	474179	474190	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021012	GGAAAG	2	12	475274	475285	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021012	AAAAAT	2	12	486811	486822	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021012	TAAGGA	2	12	488752	488763	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021012	GAGAAA	2	12	490782	490793	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021012	TCCTTG	2	12	491773	491784	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_021012	TAAAAA	2	12	492099	492110	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021012	AAAGAA	2	12	503875	503886	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021012	AAATTC	2	12	515976	515987	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_021012	AAAATA	2	12	549180	549191	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021012	AAAAAT	2	12	551212	551223	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021012	GAAAAA	2	12	572418	572429	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021012	GATCAT	2	12	587137	587148	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_021012	CGGACA	2	12	643169	643180	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_021012	ATAAAA	2	12	657474	657485	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021012	AAAGAA	2	12	661584	661595	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021012	ATGAAC	2	12	668084	668095	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_021012	GAAGCA	2	12	670537	670548	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_021012	AAATAT	2	12	675570	675581	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021012	TGCGAT	2	12	678791	678802	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_021012	TATCAA	2	12	733732	733743	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_021012	TGTTTT	2	12	737014	737025	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021012	AATAAA	2	12	742007	742018	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021012	TCAAAA	2	12	742190	742201	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_021012	CAGGAA	2	12	758481	758492	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_021012	GCACTG	2	12	764738	764749	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_021012	ATGAAA	2	12	772327	772338	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021012	AGCGTG	2	12	772594	772605	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_021012	TTGGTT	2	12	773458	773469	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021012	AGAAAA	2	12	786660	786671	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021012	ATGTGT	2	12	799075	799086	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021012	AAAAAG	2	12	800364	800375	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021012	GATGCT	2	12	826304	826315	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_021012	GAGAAA	2	12	833679	833690	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021012	AGAAAA	2	12	840141	840152	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021012	ATAAAG	2	12	841848	841859	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021012	ATTTTT	2	12	900171	900182	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021012	TTATAA	2	12	900231	900242	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021012	AAAACA	2	12	901960	901971	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_021012	TATATC	2	12	935128	935139	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_021012	ATTTTC	2	12	943640	943651	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_021012	GGAAGC	2	12	948044	948055	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_021012	GAAAAG	2	12	950854	950865	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021012	GAAAGG	2	12	951230	951241	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021012	AAATAA	2	12	985268	985279	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021012	AAAACA	2	12	992629	992640	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_021012	GGACTT	2	12	1059832	1059843	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_021012	TCCCGT	2	12	1064273	1064284	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_021012	CTGTGA	2	12	1103194	1103205	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_021012	TTGATA	2	12	1103352	1103363	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021012	GGAGCA	2	12	1161861	1161872	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_021012	CGGAAC	2	12	1161974	1161985	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_021012	ATCGGT	2	12	1162329	1162340	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_021012	AAATAC	2	12	1173242	1173253	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_021012	AACAGG	2	12	1202430	1202441	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_021012	ATCCGG	2	12	1209991	1210002	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_021012	GGTCAT	2	12	1216830	1216841	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_021012	CGCAGC	2	12	1217534	1217545	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
97	NC_021012	TCTGAT	2	12	1224022	1224033	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_021012	GACTCC	2	12	1238118	1238129	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
99	NC_021012	AGAAAG	2	12	1239690	1239701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021012	TAAAGA	2	12	1245012	1245023	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021012	GAGGCA	2	12	1251121	1251132	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_021012	GAAAAA	2	12	1254352	1254363	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021012	AAGGGA	2	12	1277662	1277673	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021012	ATCTGA	2	12	1305976	1305987	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_021012	TTTTGA	2	12	1307993	1308004	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021012	CAGGAA	2	12	1308174	1308185	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_021012	ATTTTT	2	12	1314297	1314308	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021012	ATAAAA	2	12	1340348	1340359	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021012	AGTGTA	2	12	1345329	1345340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021012	CTGGCA	2	12	1345745	1345756	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_021012	GTACAT	2	12	1383162	1383173	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_021012	GGAGAA	2	12	1386893	1386904	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021012	ATAAAA	2	12	1392170	1392181	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021012	CAAAAC	2	12	1396034	1396045	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_021012	CCTATG	2	12	1396643	1396654	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_021012	ATTACA	2	12	1409802	1409813	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_021012	ATGCAG	2	12	1416100	1416111	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_021012	TTATGA	2	12	1444121	1444132	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021012	TTTGCT	2	12	1446412	1446423	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_021012	GTCACT	2	12	1456772	1456783	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_021012	AATCTG	2	12	1457722	1457733	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_021012	TTGCTT	2	12	1503815	1503826	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_021012	TTCCAT	2	12	1535895	1535906	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_021012	TTCCAT	2	12	1536652	1536663	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_021012	AATATA	2	12	1540538	1540549	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021012	ATCGCG	2	12	1558376	1558387	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_021012	TAAAAT	2	12	1558777	1558788	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021012	TTTTCT	2	12	1560477	1560488	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_021012	GCCTTT	2	12	1583067	1583078	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_021012	ATTTCC	2	12	1584359	1584370	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_021012	CTTATC	2	12	1593718	1593729	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_021012	CAGATA	2	12	1608933	1608944	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_021012	ACCGCC	2	12	1608946	1608957	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_021012	CCCTGC	2	12	1611202	1611213	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
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136	NC_021012	AAAAAT	2	12	1619265	1619276	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021012	AAACAA	2	12	1619428	1619439	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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141	NC_021012	TGGTTT	2	12	1663903	1663914	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021012	TCTGAA	2	12	1667677	1667688	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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151	NC_021012	TTGCCC	2	12	1857864	1857875	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
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155	NC_021012	GGGACA	2	12	1905697	1905708	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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242	NC_021012	ATTATA	2	12	2959912	2959923	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
243	NC_021012	TTGAAA	2	12	2961957	2961968	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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245	NC_021012	CATATA	2	12	2963882	2963893	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
246	NC_021012	TCTTTA	2	12	2973044	2973055	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
247	NC_021012	ATAGAA	2	12	2977409	2977420	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
248	NC_021012	ATATAC	2	12	2977479	2977490	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
249	NC_021012	AAAAGA	2	12	2978136	2978147	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
250	NC_021012	TAAAAG	2	12	2978501	2978512	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
251	NC_021012	CACTAA	2	12	2980633	2980644	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
252	NC_021012	GAAAAT	2	12	2985088	2985099	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
253	NC_021012	TCTTCA	2	12	2990675	2990686	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
254	NC_021012	TAAAAA	2	12	2991614	2991625	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
255	NC_021012	ACTGCA	2	12	2992272	2992283	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
256	NC_021012	ATGAAG	2	12	2995094	2995105	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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272	NC_021012	AAGAGG	2	12	3106627	3106638	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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282	NC_021012	TACATT	2	12	3253170	3253181	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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365	NC_021012	ATTTTA	2	12	4229609	4229620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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368	NC_021012	CCATCA	2	12	4277629	4277640	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.