MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Breinl

Total Repeats: 157

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020993	AAATAA	2	12	5763	5774	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020993	GAAAAA	2	12	6355	6366	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020993	AATATC	2	12	22529	22540	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020993	TTTTTG	2	12	24978	24989	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020993	AATATC	2	12	25632	25643	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_020993	TATTAA	2	12	25655	25666	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020993	TATTAA	2	12	27957	27968	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020993	AATTTT	2	12	32302	32313	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020993	ATATGT	2	12	37244	37255	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020993	AAATCA	2	12	47492	47503	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_020993	TGTAAT	2	12	54014	54025	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020993	TGATGT	2	12	60766	60777	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020993	TACTAA	2	12	67105	67116	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_020993	TACTCC	2	12	67366	67377	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_020993	ATATTA	2	12	70544	70555	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020993	TATTTT	2	12	70571	70582	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020993	GTTTTA	2	12	77705	77716	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020993	ATCTGA	2	12	78115	78126	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_020993	TTAAAA	2	12	80291	80302	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020993	AATTGA	2	12	88677	88688	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020993	AATACC	2	12	100301	100312	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_020993	TATTTT	2	12	100694	100705	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020993	AATAAA	2	12	104902	104913	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020993	TAAAAA	2	12	122231	122242	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020993	TAAATA	2	12	123405	123416	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020993	TATTTC	2	12	127145	127156	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_020993	AAAATT	2	12	131940	131951	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020993	TTTAAA	2	12	139667	139678	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020993	GTATAA	2	12	148245	148256	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020993	ATATTA	2	12	155283	155294	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020993	ATAGAA	2	12	165080	165091	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020993	TTTGCT	2	12	189034	189045	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_020993	TTAATT	2	12	202039	202050	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020993	CTTTAT	2	12	204398	204409	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_020993	TAGTTT	2	12	204479	204490	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020993	CTGTAT	2	12	205452	205463	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_020993	GTTAAT	2	12	214316	214327	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020993	TTTTGC	2	12	214756	214767	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_020993	TAAGAA	2	12	224504	224515	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020993	TATAAA	2	12	224697	224708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020993	AAATTT	2	12	236814	236825	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020993	TTATAT	2	12	243830	243841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020993	CTTTTT	2	12	263713	263724	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_020993	AAAAAT	2	12	264810	264821	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020993	TATTTA	2	12	284627	284638	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020993	TCTAAA	2	12	285418	285429	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_020993	AATAGA	2	12	286706	286717	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020993	CTAATA	3	18	319135	319152	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_020993	TAAAAT	2	12	322704	322715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020993	AATTAA	2	12	323312	323323	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020993	TATAGA	2	12	331928	331939	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020993	TTTTCT	2	12	344126	344137	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_020993	ATAATG	2	12	346365	346376	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020993	ATAGTT	2	12	374427	374438	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020993	CTAATA	2	12	399184	399195	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_020993	TAATAT	2	12	400967	400978	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020993	TATAGA	2	12	401043	401054	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020993	CATCTA	2	12	406635	406646	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_020993	TACTGA	2	12	407367	407378	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_020993	TTTTAA	2	12	415806	415817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020993	TATTGA	2	12	417879	417890	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020993	AAAGTG	2	12	426476	426487	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020993	CTTTTA	2	12	430055	430066	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_020993	ATTTTA	2	12	445728	445739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020993	TAATTA	2	12	455624	455635	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020993	ATCCTT	2	12	458157	458168	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_020993	TTATAA	2	12	465740	465751	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020993	ATTTTT	2	12	467498	467509	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020993	TAATGT	2	12	489890	489901	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020993	TAGTAA	2	12	491416	491427	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020993	TATGCT	2	12	491726	491737	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_020993	GTATCA	2	12	494931	494942	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_020993	ATTGCA	2	12	498691	498702	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_020993	TCCTGA	2	12	501429	501440	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_020993	AAAATC	2	12	504747	504758	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_020993	CAGTTG	2	12	506704	506715	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_020993	TAATTT	2	12	511533	511544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020993	AATCTT	2	12	513492	513503	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_020993	TTTACT	2	12	514718	514729	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_020993	CTTTAC	2	12	530353	530364	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_020993	ATTTTT	2	12	531551	531562	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020993	AAGAAA	2	12	535850	535861	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020993	ATAATT	2	12	536999	537010	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020993	AATACA	2	12	542078	542089	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_020993	CTAATA	2	12	542504	542515	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_020993	CAATTA	2	12	544457	544468	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_020993	TATAGT	2	12	559340	559351	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020993	TTGAAT	2	12	559521	559532	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020993	CAGTAT	2	12	565293	565304	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_020993	TTAAGA	2	12	565626	565637	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020993	AATTAA	2	12	577385	577396	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020993	ATTTTA	2	12	584714	584725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020993	TATACA	2	12	596180	596191	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_020993	ACAATA	2	12	600064	600075	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_020993	AATATT	2	12	626541	626552	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020993	TATTAA	2	12	637699	637710	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020993	ATAAAT	2	12	679212	679223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020993	AATTAA	2	12	729853	729864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020993	TAAAAA	2	12	731088	731099	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020993	CTTATT	2	12	734789	734800	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_020993	ATATAA	2	12	735694	735705	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020993	AACATA	2	12	737360	737371	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_020993	GTTTCT	2	12	737555	737566	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_020993	GACGTA	2	12	737606	737617	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_020993	CTAGTA	2	12	737796	737807	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_020993	ATTTAG	2	12	747967	747978	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020993	TTTATA	2	12	770428	770439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020993	TAAGAA	2	12	773057	773068	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020993	AACGTT	2	12	773355	773366	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_020993	AAAATA	2	12	778700	778711	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020993	TTATAT	2	12	779066	779077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020993	ATTAAT	2	12	784478	784489	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020993	TAGATA	2	12	785088	785099	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020993	CTTTAA	2	12	796939	796950	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_020993	ATTTTT	2	12	816506	816517	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020993	CTTTTT	2	12	819568	819579	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_020993	ATTAAA	2	12	821196	821207	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020993	AGTGAA	2	12	830244	830255	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020993	TAACAA	2	12	843673	843684	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_020993	AAATTT	2	12	843867	843878	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020993	CAGTAA	2	12	844156	844167	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_020993	ATTAAT	2	12	852998	853009	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020993	AAATTA	2	12	859209	859220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020993	GATAAT	2	12	863774	863785	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020993	ACAGAT	2	12	879563	879574	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_020993	CAGCTT	2	12	902243	902254	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_020993	ACATAA	2	12	944117	944128	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_020993	TTGCTA	2	12	945477	945488	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_020993	AAAAGA	2	12	957736	957747	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020993	TGCTTC	2	12	979637	979648	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_020993	TTTACC	2	12	980220	980231	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.