MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium tropici CIAT 899 plasmid pRtrCIAT899c

Total Repeats: 173

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020062	ACAGC	2	10	74	83	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_020062	GCAGA	2	10	1889	1898	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_020062	GCTCG	2	10	4269	4278	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_020062	GCTTC	2	10	4618	4627	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_020062	AATCC	2	10	4762	4771	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_020062	GCCGG	2	10	37408	37417	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
7	NC_020062	AGCAT	2	10	44308	44317	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020062	ACCGC	2	10	52324	52333	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
9	NC_020062	CACGT	2	10	59974	59983	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020062	TCGTG	2	10	62962	62971	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_020062	TTCTC	2	10	63686	63695	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_020062	AGGCC	2	10	69114	69123	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_020062	GTAGG	2	10	87241	87250	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020062	GGCAG	2	10	108400	108409	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020062	CGTGC	2	10	117091	117100	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_020062	CGGCG	2	10	133210	133219	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
17	NC_020062	AGGAG	2	10	139561	139570	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020062	CGGAT	2	10	142592	142601	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_020062	TGTGA	2	10	142622	142631	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020062	GCCGA	2	10	158818	158827	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_020062	TTCAT	2	10	169410	169419	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020062	CATGG	2	10	180784	180793	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020062	TTTGC	2	10	193224	193233	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020062	TGACG	2	10	193329	193338	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020062	CTTTC	2	10	216376	216385	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_020062	GCGCT	2	10	240065	240074	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_020062	CGTCT	2	10	240721	240730	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_020062	CGCAG	2	10	253736	253745	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_020062	ATGAG	2	10	254862	254871	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020062	GAATA	2	10	256723	256732	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020062	GTGAT	2	10	276988	276997	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020062	CCTTG	2	10	296459	296468	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020062	AAAAG	2	10	317556	317565	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020062	CGAAG	2	10	324406	324415	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_020062	GCAGA	2	10	357354	357363	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_020062	ACGTC	2	10	357611	357620	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020062	TCAGA	2	10	360299	360308	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020062	GAATA	2	10	361493	361502	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020062	CGCTC	2	10	371923	371932	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
40	NC_020062	ATGCG	2	10	374018	374027	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020062	GCCGT	2	10	399613	399622	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_020062	GATCT	2	10	401958	401967	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020062	CGCTG	2	10	458438	458447	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_020062	ATAGT	2	10	460499	460508	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020062	AATAA	2	10	483068	483077	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020062	GACGG	2	10	483638	483647	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
47	NC_020062	TCCTC	2	10	494624	494633	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
48	NC_020062	GCGCC	2	10	507775	507784	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
49	NC_020062	AGGGA	2	10	515688	515697	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020062	GTGCG	2	10	518952	518961	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_020062	TTGAC	2	10	536315	536324	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_020062	TTCCT	2	10	545420	545429	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_020062	TTTCG	2	10	558696	558705	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020062	TCAGG	2	10	574181	574190	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020062	ATGTA	2	10	577524	577533	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020062	GCGCC	2	10	601919	601928	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
57	NC_020062	ACCTC	2	10	604608	604617	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
58	NC_020062	TTCCA	2	10	612894	612903	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_020062	GCGGA	2	10	629119	629128	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
60	NC_020062	GCGCG	2	10	662861	662870	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
61	NC_020062	TCTGC	2	10	665939	665948	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_020062	CGCTG	2	10	689094	689103	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
63	NC_020062	CAAAG	2	10	746621	746630	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020062	CGATG	2	10	768883	768892	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020062	TATGT	2	10	776975	776984	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020062	GCCTG	2	10	799195	799204	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_020062	CGGTC	2	10	799263	799272	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_020062	GAGTT	2	10	845455	845464	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020062	TGCGG	2	10	879601	879610	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020062	TTTAT	2	10	889165	889174	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020062	GCTTG	2	10	902780	902789	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_020062	CATTT	2	10	920821	920830	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_020062	GCTCG	2	10	920944	920953	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_020062	ATGGC	2	10	929677	929686	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_020062	CGCAC	2	10	929858	929867	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
76	NC_020062	CGAGG	2	10	952379	952388	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020062	GGCTT	2	10	955464	955473	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020062	AGCCG	2	10	989325	989334	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_020062	TGGTT	2	10	995648	995657	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020062	CCGGG	2	10	1066447	1066456	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
81	NC_020062	AGAAA	2	10	1083589	1083598	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020062	ATCAG	2	10	1095283	1095292	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_020062	AGCGA	2	10	1103259	1103268	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020062	CATAT	2	10	1105843	1105852	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_020062	AGCTG	2	10	1115473	1115482	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_020062	GGCTA	2	10	1120865	1120874	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020062	TTGAT	2	10	1122121	1122130	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020062	TTCAT	2	10	1157159	1157168	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_020062	TAATT	2	10	1158425	1158434	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020062	TATAT	2	10	1161457	1161466	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020062	CGAAA	2	10	1161608	1161617	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020062	ATTCA	2	10	1166585	1166594	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020062	GCGTC	2	10	1170958	1170967	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_020062	AAAGC	2	10	1172061	1172070	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020062	TTCAA	2	10	1180788	1180797	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020062	GTTCA	2	10	1193454	1193463	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020062	AAATC	2	10	1193636	1193645	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020062	GACAC	2	10	1196211	1196220	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_020062	TAAAA	2	10	1207774	1207783	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020062	TCAAA	2	10	1212913	1212922	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020062	ACAGA	2	10	1226934	1226943	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020062	GCTTG	2	10	1227081	1227090	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020062	TAACA	2	10	1227103	1227112	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020062	TCAAA	2	10	1240564	1240573	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_020062	TCACA	2	10	1241662	1241671	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_020062	CAACT	2	10	1247230	1247239	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_020062	ATCGC	2	10	1269692	1269701	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_020062	CGAGC	2	10	1277813	1277822	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_020062	TCGCG	2	10	1310126	1310135	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_020062	TTCCA	2	10	1320845	1320854	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_020062	CCCCG	2	10	1337683	1337692	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
112	NC_020062	GAAGC	2	10	1356688	1356697	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_020062	TCAGA	2	10	1367170	1367179	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_020062	CAAAA	2	10	1381307	1381316	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_020062	TGCGA	2	10	1382282	1382291	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_020062	AGCGG	2	10	1387131	1387140	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
117	NC_020062	TTCAG	2	10	1390733	1390742	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_020062	TCCAT	2	10	1422212	1422221	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_020062	AAATC	2	10	1428134	1428143	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_020062	TGCAA	2	10	1432825	1432834	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_020062	GCAAA	2	10	1438910	1438919	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_020062	AGATG	2	10	1444496	1444505	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020062	CAAAT	2	10	1444733	1444742	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_020062	GATCG	2	10	1448233	1448242	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_020062	TGGAT	2	10	1477446	1477455	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020062	TGATC	2	10	1489718	1489727	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_020062	GCAGC	2	10	1522487	1522496	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_020062	GTTCT	2	10	1535385	1535394	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_020062	GAACG	2	10	1542861	1542870	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_020062	GAAGC	2	10	1626560	1626569	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_020062	CCCAT	2	10	1634366	1634375	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
132	NC_020062	GCCGG	2	10	1642519	1642528	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
133	NC_020062	CCCCG	2	10	1686848	1686857	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
134	NC_020062	CTCGC	2	10	1705131	1705140	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
135	NC_020062	TAATA	2	10	1706831	1706840	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020062	GAGCG	2	10	1716255	1716264	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
137	NC_020062	GAGTG	2	10	1722331	1722340	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020062	GCGCG	2	10	1733435	1733444	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
139	NC_020062	CGCGC	2	10	1743473	1743482	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
140	NC_020062	CACGG	2	10	1743486	1743495	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
141	NC_020062	CCTTT	2	10	1760212	1760221	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_020062	TGACT	2	10	1760706	1760715	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_020062	AAAAG	2	10	1774532	1774541	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020062	AAATG	2	10	1779558	1779567	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_020062	TCAAG	2	10	1942123	1942132	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
157	NC_020062	AATTG	2	10	1956208	1956217	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_020062	CGGCA	2	10	1981228	1981237	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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168	NC_020062	TATCG	2	10	2039548	2039557	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
169	NC_020062	GGCCC	2	10	2040482	2040491	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
170	NC_020062	GAAGG	2	10	2062568	2062577	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
171	NC_020062	CGGCC	2	10	2079396	2079405	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
172	NC_020062	ACTGT	2	10	2079607	2079616	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
173	NC_020062	GGAAA	2	10	2081809	2081818	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.