MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Riemerella anatipestifer RA-CH-1 chromosome

Total Repeats: 323

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018609	AATTC	2	10	471	480	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_018609	TACGC	2	10	566	575	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_018609	AAATT	2	10	5428	5437	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018609	GCTTT	2	10	22750	22759	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018609	TTGTC	2	10	22884	22893	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_018609	TGAAC	2	10	27227	27236	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_018609	TTGAA	2	10	30754	30763	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018609	TAAAA	2	10	42769	42778	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018609	TTTTG	2	10	76588	76597	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018609	TAGCT	2	10	79795	79804	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_018609	TCTGT	2	10	79833	79842	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_018609	AAATA	2	10	88447	88456	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018609	TTAAA	2	10	89550	89559	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018609	ATAAC	2	10	99572	99581	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_018609	AAAAT	2	10	115992	116001	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018609	CTAAA	2	10	122897	122906	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_018609	ATGCG	2	10	124721	124730	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_018609	AAACA	2	10	124816	124825	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_018609	AAATG	2	10	150891	150900	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018609	AAAAG	2	10	151101	151110	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018609	CAAAG	2	10	151183	151192	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_018609	TAAAT	2	10	153775	153784	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018609	ATTAT	2	10	165930	165939	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018609	ATCTC	2	10	167764	167773	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_018609	AAACA	2	10	178667	178676	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_018609	ATAAA	2	10	180938	180947	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018609	TAAAT	2	10	183334	183343	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018609	AAAAT	2	10	194326	194335	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018609	TAATC	2	10	194386	194395	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_018609	TTTTA	2	10	231948	231957	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018609	TTTAA	2	10	236744	236753	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018609	ATTAT	2	10	258013	258022	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018609	AGGCT	2	10	262553	262562	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_018609	AAATT	2	10	278845	278854	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018609	TAAGT	2	10	279379	279388	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018609	TAATA	2	10	317194	317203	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018609	TATGA	2	10	327345	327354	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018609	AAATA	2	10	328456	328465	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018609	ACTAA	2	10	329926	329935	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_018609	TATAT	2	10	338769	338778	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018609	TAAAA	2	10	348412	348421	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018609	AAAAC	2	10	350137	350146	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_018609	ATATA	2	10	351762	351771	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018609	TTTTC	2	10	360809	360818	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_018609	TAAAT	2	10	362177	362186	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018609	CATAT	2	10	364517	364526	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_018609	GTTTT	2	10	369456	369465	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018609	AAATT	2	10	389156	389165	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018609	TTAAT	2	10	395018	395027	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018609	TTTAA	2	10	399735	399744	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018609	AATTT	2	10	406881	406890	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018609	ATTAT	2	10	409375	409384	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018609	ATTTA	2	10	414600	414609	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018609	AATTT	2	10	425268	425277	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018609	TGAAA	2	10	425680	425689	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018609	TAAAA	2	10	432759	432768	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018609	TAATA	2	10	440490	440499	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018609	ATTTT	2	10	477032	477041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018609	ATTAA	2	10	487222	487231	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018609	TTTAA	2	10	488408	488417	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018609	ATTTA	2	10	500882	500891	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018609	AAAAC	2	10	501788	501797	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_018609	ATTTT	2	10	504891	504900	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018609	CCCTC	2	10	508631	508640	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
65	NC_018609	ATTAA	2	10	529359	529368	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018609	AATGA	2	10	540736	540745	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018609	CCCTA	2	10	542203	542212	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
68	NC_018609	TTTAA	2	10	548097	548106	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018609	ATTTT	2	10	566808	566817	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018609	GTAAT	2	10	573620	573629	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018609	AATTT	2	10	578166	578175	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018609	TTATT	2	10	583639	583648	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018609	TAAAA	2	10	601954	601963	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018609	ACAAA	2	10	629093	629102	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_018609	AAAAG	2	10	629562	629571	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018609	ATTTA	2	10	634025	634034	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018609	TTATT	2	10	639161	639170	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018609	AAATA	2	10	640788	640797	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018609	TTTTA	2	10	647185	647194	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018609	TTTAA	2	10	652092	652101	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018609	CCAAA	2	10	653864	653873	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_018609	TTTTA	2	10	653965	653974	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018609	TTTTG	2	10	661593	661602	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018609	TTTAA	2	10	666269	666278	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018609	TGTTA	2	10	674176	674185	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018609	GTAGC	2	10	675249	675258	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_018609	ATTTT	2	10	682089	682098	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018609	AGCGG	2	10	689396	689405	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
89	NC_018609	AAATT	2	10	692978	692987	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018609	AATTA	2	10	708057	708066	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018609	ATTTT	2	10	719530	719539	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018609	GCTAA	2	10	732897	732906	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_018609	AATTA	2	10	740496	740505	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018609	ATGAA	2	10	742777	742786	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018609	CATAA	2	10	744523	744532	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_018609	ATGAA	2	10	750536	750545	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018609	AAAAC	2	10	757343	757352	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_018609	ATTTT	2	10	760402	760411	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018609	AACCT	2	10	771940	771949	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_018609	AACCT	2	10	772653	772662	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_018609	AACCT	2	10	773121	773130	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_018609	TAATT	2	10	792624	792633	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018609	TAAAA	2	10	797216	797225	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018609	TTTTA	2	10	800466	800475	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018609	AAAAT	2	10	833384	833393	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018609	AGAGT	2	10	833515	833524	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018609	TAAAA	2	10	833588	833597	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018609	GTTTA	2	10	837233	837242	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018609	TAAAA	2	10	838894	838903	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018609	TAAAA	2	10	843618	843627	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018609	TATTT	2	10	844665	844674	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018609	GATAA	2	10	844680	844689	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018609	TTTTA	2	10	845196	845205	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018609	ATTTG	2	10	846827	846836	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018609	ATATA	2	10	847072	847081	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018609	AAAAT	2	10	847130	847139	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018609	AGGTA	2	10	852101	852110	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018609	ATATT	2	10	852145	852154	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018609	ATTTT	2	10	858724	858733	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018609	TGTAT	2	10	866193	866202	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018609	ATGAA	2	10	869897	869906	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018609	GAGTG	2	10	877798	877807	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018609	AATTT	2	10	882584	882593	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018609	ATTTA	2	10	894802	894811	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018609	AGAAA	2	10	896169	896178	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018609	GTTGG	2	10	898034	898043	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018609	ATTGG	2	10	903602	903611	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018609	TAAAA	2	10	921622	921631	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018609	CAATA	2	10	931754	931763	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_018609	TTTAC	2	10	951686	951695	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_018609	ATCTT	2	10	968139	968148	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_018609	AGTAT	2	10	971056	971065	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018609	AATAA	2	10	972569	972578	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018609	ATGAA	2	10	972680	972689	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018609	GTTTA	2	10	976053	976062	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018609	TAAAA	2	10	976948	976957	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018609	ACTTT	2	10	1000210	1000219	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_018609	CTTTA	2	10	1004410	1004419	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_018609	TAAAC	2	10	1004461	1004470	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_018609	TTTAT	2	10	1006139	1006148	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018609	TAAAA	2	10	1012243	1012252	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018609	AATTA	2	10	1038474	1038483	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018609	AATTT	2	10	1042556	1042565	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018609	AAATT	2	10	1049530	1049539	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018609	TAAAA	2	10	1052487	1052496	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018609	TTGAA	2	10	1054708	1054717	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018609	AATTT	2	10	1062578	1062587	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018609	TTATA	2	10	1072908	1072917	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_018609	TAATT	2	10	2117368	2117377	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_018609	TAAAC	2	10	2117422	2117431	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
291	NC_018609	TGAGA	2	10	2129861	2129870	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
292	NC_018609	AAATG	2	10	2135873	2135882	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
293	NC_018609	TGATA	2	10	2154551	2154560	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
294	NC_018609	AGATT	2	10	2158010	2158019	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
295	NC_018609	TTAAT	2	10	2162645	2162654	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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297	NC_018609	GGATT	2	10	2179900	2179909	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
298	NC_018609	AACAA	2	10	2192198	2192207	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
299	NC_018609	ATTTT	2	10	2194234	2194243	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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314	NC_018609	AATTT	2	10	2282822	2282831	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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321	NC_018609	TTGAA	2	10	2307985	2307994	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
322	NC_018609	TTCAA	2	10	2308023	2308032	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
323	NC_018609	TTGAA	2	10	2308806	2308815	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.