MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Ralstonia solanacearum CMR15 plasmid CMR15_mp

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017589	CCGGCG	2	12	21557	21568	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_017589	GAGGGC	2	12	25392	25403	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017589	ATTCGA	2	12	28442	28453	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017589	GCGGTC	2	12	63417	63428	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017589	GCACCG	2	12	82866	82877	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
6	NC_017589	GTGGCG	2	12	108678	108689	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017589	TCGCGC	2	12	118946	118957	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
8	NC_017589	CGCAGC	2	12	124471	124482	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
9	NC_017589	GGATCG	2	12	125864	125875	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017589	TTTTGG	2	12	132336	132347	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017589	TGAGTG	2	12	132438	132449	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017589	TTAATT	2	12	132607	132618	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017589	CGGCCA	2	12	132779	132790	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017589	CCCATC	2	12	133099	133110	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_017589	GCGCCC	2	12	191995	192006	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_017589	GCGCCG	2	12	194206	194217	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
17	NC_017589	CGTTTT	2	12	199856	199867	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017589	ACGCGA	2	12	211340	211351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017589	TGTTGA	2	12	211887	211898	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017589	AGGGCA	2	12	246076	246087	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017589	AAACCC	2	12	246378	246389	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_017589	GCGGTG	2	12	253800	253811	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017589	CATCGT	2	12	254083	254094	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017589	GTGATG	2	12	276640	276651	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017589	TTTCCC	2	12	279330	279341	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_017589	CATACG	2	12	290860	290871	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017589	GCACGC	2	12	304415	304426	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
28	NC_017589	TTTCTG	2	12	317806	317817	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017589	CTCGAT	2	12	343667	343678	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017589	ATAACG	2	12	353046	353057	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017589	TTTTTG	2	12	432438	432449	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017589	AATGCC	2	12	435614	435625	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017589	ATGACC	2	12	479983	479994	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017589	TGCCGG	2	12	480590	480601	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017589	CGCATT	2	12	483272	483283	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017589	CAGGAT	2	12	495765	495776	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017589	TGTGCT	2	12	506686	506697	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017589	TTTTGA	2	12	506894	506905	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017589	GGCATG	2	12	515056	515067	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017589	GGCACG	2	12	515538	515549	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017589	TTCCAT	2	12	515575	515586	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017589	GGAACA	2	12	595320	595331	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017589	CGCGAA	2	12	595357	595368	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017589	AGGGCA	2	12	643767	643778	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017589	GGAGCG	2	12	654821	654832	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017589	GTTCGA	2	12	715444	715455	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017589	GTGCTG	2	12	745979	745990	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017589	TGGCGG	2	12	746328	746339	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017589	TGCGAA	2	12	797910	797921	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017589	TTTTGA	2	12	810618	810629	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017589	GCTGAA	2	12	866541	866552	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017589	CGCGTG	2	12	888167	888178	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017589	TCACGC	2	12	899423	899434	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
54	NC_017589	TGGCGA	2	12	902568	902579	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017589	CCGAAA	2	12	964674	964685	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017589	CGATGG	2	12	1008470	1008481	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017589	CTTGAG	2	12	1008870	1008881	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017589	ATGCTC	2	12	1013295	1013306	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017589	CGCCAG	2	12	1013365	1013376	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
60	NC_017589	CCACTG	2	12	1041689	1041700	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_017589	CTAGAA	2	12	1052997	1053008	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017589	AGGTGT	2	12	1079966	1079977	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017589	TCAGCA	2	12	1082690	1082701	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017589	GCCGGC	2	12	1160513	1160524	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017589	ATCGGC	2	12	1209159	1209170	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017589	AACCGG	2	12	1210295	1210306	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017589	GCATCC	2	12	1210745	1210756	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
68	NC_017589	CCGTGG	2	12	1227151	1227162	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017589	CCCGGC	2	12	1243646	1243657	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_017589	AGGAGA	2	12	1250923	1250934	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017589	CAAGCC	2	12	1255480	1255491	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
72	NC_017589	CAGAAT	2	12	1269517	1269528	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017589	CTAGAC	2	12	1276936	1276947	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017589	CCGGCG	2	12	1282010	1282021	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017589	ACACCG	2	12	1282024	1282035	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_017589	AGTACG	2	12	1282639	1282650	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017589	GCAACC	2	12	1332733	1332744	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
78	NC_017589	CACAAG	2	12	1342845	1342856	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017589	GGAAAT	2	12	1348415	1348426	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017589	CGGCCT	2	12	1366020	1366031	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
81	NC_017589	CGGCCC	2	12	1388787	1388798	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_017589	TGAGGC	2	12	1393444	1393455	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017589	GCGGCT	11	66	1400468	1400533	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017589	CTGCCG	2	12	1405307	1405318	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_017589	GCTCGC	2	12	1416933	1416944	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
86	NC_017589	ACCCTG	2	12	1423137	1423148	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_017589	CGCAAA	2	12	1484201	1484212	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017589	CATGGC	2	12	1492936	1492947	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017589	GCAGCG	2	12	1500137	1500148	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017589	TCGAGA	2	12	1505269	1505280	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017589	ATGACG	2	12	1508016	1508027	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017589	CCGGTC	2	12	1508791	1508802	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017589	CGCCGG	2	12	1525244	1525255	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
94	NC_017589	AGCGGA	2	12	1535937	1535948	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017589	CCAGCG	2	12	1537396	1537407	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_017589	CGTCAT	2	12	1628180	1628191	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017589	CGCGCC	2	12	1628238	1628249	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_017589	CAAGCG	2	12	1635616	1635627	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017589	CGCCAC	2	12	1650840	1650851	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_017589	TACGTT	2	12	1669930	1669941	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017589	GGCCCA	2	12	1701440	1701451	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
102	NC_017589	GCCACC	2	12	1726929	1726940	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_017589	TGCGGA	11	66	1728146	1728211	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017589	GCATAC	2	12	1739033	1739044	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017589	ATATTC	2	12	1745376	1745387	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_017589	ATCAGA	2	12	1793855	1793866	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017589	GGGCGC	2	12	1796534	1796545	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017589	GCGCCG	2	12	1796629	1796640	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
109	NC_017589	TCCGCC	2	12	1797428	1797439	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_017589	TGCCTT	2	12	1797783	1797794	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_017589	CGGTCA	2	12	1807667	1807678	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017589	AGGTGT	2	12	1809719	1809730	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017589	TCGCCG	2	12	1852381	1852392	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
114	NC_017589	GGAAGA	2	12	1902144	1902155	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017589	GCGCGT	2	12	1907094	1907105	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_017589	GCCAGA	2	12	1908660	1908671	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017589	CACCGC	2	12	1910868	1910879	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_017589	CCTATC	2	12	1913681	1913692	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_017589	TTCCGA	2	12	1915208	1915219	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017589	GGGCAT	2	12	1941184	1941195	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017589	CATACC	2	12	1955450	1955461	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.