MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Riemerella anatipestifer RA-GD chromosome

Total Repeats: 158

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017569	TAAAAA	2	12	66	77	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017569	TTTTAA	2	12	1462	1473	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017569	TAAATC	2	12	12982	12993	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017569	TTAGAA	2	12	21666	21677	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017569	AAAAGA	2	12	33592	33603	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017569	TTGTTC	2	12	34090	34101	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017569	TCCTAA	2	12	44497	44508	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017569	TAAAAA	2	12	48473	48484	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017569	TAACCC	2	12	55935	55946	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_017569	TATTTA	2	12	67301	67312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017569	ATTTTT	2	12	72649	72660	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017569	ACTCTA	2	12	72816	72827	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017569	CCTGTC	2	12	95946	95957	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017569	GATAAT	2	12	98032	98043	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017569	GGAGCT	2	12	98649	98660	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017569	ATTTAC	2	12	112721	112732	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017569	TATTTT	2	12	155141	155152	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017569	AAAGGT	2	12	162792	162803	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017569	AATAAA	2	12	171486	171497	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017569	AAAATC	2	12	173074	173085	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017569	GTTAAA	2	12	181242	181253	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017569	TATATT	2	12	202988	202999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017569	CTTTTT	2	12	203126	203137	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017569	ACTAAA	2	12	214299	214310	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017569	AGTTTT	2	12	223924	223935	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017569	ACTTTA	2	12	228724	228735	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_017569	TTTCTA	2	12	237825	237836	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017569	AAATAA	2	12	248125	248136	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017569	ATTTGA	2	12	255846	255857	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017569	TCTTTA	2	12	276537	276548	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017569	TCTTTA	2	12	278628	278639	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017569	TTTTAT	2	12	285220	285231	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017569	TTTTCA	2	12	293737	293748	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017569	CAACTC	2	12	294365	294376	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017569	CATTTC	2	12	294742	294753	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017569	AATTTT	2	12	299998	300009	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017569	TCTTTA	2	12	300230	300241	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017569	TGCAGG	2	12	327399	327410	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017569	ACGCGT	2	12	328212	328223	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017569	ATTTTA	2	12	329829	329840	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017569	TTATTT	2	12	365178	365189	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017569	AAAGAT	2	12	380293	380304	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017569	AGAATA	2	12	380354	380365	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017569	ATATTT	2	12	427039	427050	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017569	AATGAA	2	12	434125	434136	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017569	TTAAAA	2	12	439710	439721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017569	TTTCTA	2	12	462972	462983	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017569	CATTTC	2	12	463078	463089	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017569	AGTAAA	2	12	464284	464295	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017569	CTTTAC	2	12	469504	469515	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017569	AAATAA	2	12	473581	473592	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017569	TAAGGG	2	12	480135	480146	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017569	ATTTTT	2	12	523208	523219	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017569	AATTTT	2	12	523399	523410	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017569	GTAAAA	2	12	526797	526808	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017569	AATTTT	2	12	549072	549083	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017569	CTGTGG	2	12	558046	558057	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017569	ATACAA	2	12	572351	572362	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017569	TCTTTT	2	12	611404	611415	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017569	TCGCTT	2	12	640218	640229	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017569	CTACTC	2	12	643149	643160	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017569	AAATTG	2	12	658119	658130	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017569	TATTTT	2	12	669236	669247	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017569	TTTTAA	2	12	671959	671970	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017569	AAAACA	2	12	678739	678750	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017569	CTTTCT	2	12	736560	736571	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017569	CAAAAA	2	12	786204	786215	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017569	CCCCAA	2	12	786916	786927	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_017569	ATTTTT	2	12	786929	786940	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017569	AATTTT	2	12	809110	809121	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017569	TATTTT	2	12	811947	811958	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017569	ATAGAA	2	12	813523	813534	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017569	CATTAA	2	12	814064	814075	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017569	TTAATT	2	12	830820	830831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017569	AATTAA	2	12	840139	840150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017569	ATTTTT	2	12	842852	842863	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017569	ATTTAG	2	12	850329	850340	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017569	AATAAA	2	12	895260	895271	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017569	CTTTTA	2	12	900316	900327	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017569	ATAATT	2	12	903516	903527	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017569	AAAGAA	2	12	926193	926204	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017569	TTAAAT	2	12	937155	937166	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017569	AAAAAT	2	12	938883	938894	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017569	ACATCA	2	12	959161	959172	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017569	ATTTCT	2	12	959307	959318	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017569	TTTCTA	2	12	959972	959983	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017569	TCATTT	2	12	960712	960723	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_017569	AAGGAG	2	12	963774	963785	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017569	ATTTTA	2	12	1001978	1001989	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017569	TAAAAA	2	12	1011143	1011154	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017569	CCTACA	2	12	1013438	1013449	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_017569	CATAGC	2	12	1026358	1026369	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017569	AATTCA	2	12	1079205	1079216	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017569	TTAAAA	2	12	1089563	1089574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017569	TAAAAT	2	12	1117183	1117194	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017569	AAGCGA	2	12	1153821	1153832	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_017569	AGTTAT	2	12	1156502	1156513	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017569	TTTCCT	2	12	1158320	1158331	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017569	CCCTCT	2	12	1162951	1162962	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_017569	TTTTAT	2	12	1163073	1163084	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017569	TCAAAT	2	12	1175636	1175647	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_017569	TAAAAA	2	12	1242339	1242350	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017569	TATTTC	2	12	1274505	1274516	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017569	ATTTTT	2	12	1285022	1285033	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017569	CTATTT	2	12	1321393	1321404	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_017569	TTCAAA	2	12	1321415	1321426	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017569	GTTTTT	2	12	1321532	1321543	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017569	CTTTAA	2	12	1330876	1330887	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017569	TGAAAA	2	12	1397769	1397780	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017569	AAGCGA	2	12	1418287	1418298	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_017569	ATTTTT	2	12	1428295	1428306	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017569	GTTGCG	2	12	1506180	1506191	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_017569	TTTAAT	2	12	1518145	1518156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017569	ATTTAT	2	12	1540770	1540781	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017569	AAATAA	2	12	1542810	1542821	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017569	AAGATA	2	12	1568669	1568680	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017569	CACCTT	2	12	1620928	1620939	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_017569	TTTATT	2	12	1632594	1632605	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017569	ATTTTT	2	12	1655861	1655872	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017569	TAAAAA	2	12	1669375	1669386	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017569	TTATTT	2	12	1676699	1676710	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017569	GATGCC	2	12	1689315	1689326	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017569	TTAAAT	2	12	1700814	1700825	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017569	AAAGAA	2	12	1716818	1716829	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017569	CTTTTT	2	12	1748091	1748102	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_017569	AGTACA	2	12	1780210	1780221	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_017569	ACAAAA	2	12	1792593	1792604	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_017569	AGTAAA	2	12	1793164	1793175	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017569	TTTTAT	2	12	1798147	1798158	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017569	AATAAA	2	12	1813684	1813695	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.