MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia slovaca str. D-CWPP chromosome

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017065	CAAATA	2	12	27365	27376	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017065	TAAAGT	2	12	27528	27539	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017065	TTTAGG	2	12	28921	28932	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017065	TTTTTG	2	12	38324	38335	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017065	AAGAAA	2	12	39262	39273	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017065	ATCTTT	2	12	41681	41692	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017065	AGTATT	2	12	51892	51903	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017065	GCGGGA	2	12	55727	55738	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017065	TATAGT	2	12	75751	75762	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017065	TTTTAA	2	12	94011	94022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017065	TAAAAA	2	12	96721	96732	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017065	TATTTT	2	12	131013	131024	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017065	CAATAT	2	12	164424	164435	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017065	TTTTAA	2	12	171063	171074	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017065	TATTTA	2	12	211542	211553	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017065	AAATGA	2	12	212858	212869	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017065	TCTGTC	2	12	234313	234324	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017065	ATAAAT	2	12	252565	252576	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017065	TATTTT	2	12	256760	256771	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017065	TAATTA	2	12	257685	257696	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017065	AAATAA	2	12	265321	265332	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017065	AAAATG	2	12	265387	265398	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017065	ATGACG	2	12	274128	274139	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017065	ATTGCA	2	12	278176	278187	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017065	TAAAAT	2	12	286732	286743	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017065	CCTGAA	2	12	288359	288370	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017065	CAAATA	2	12	293896	293907	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017065	TATTGT	2	12	297296	297307	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017065	ATCTTT	2	12	310125	310136	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017065	AATATT	2	12	346118	346129	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017065	GCTATA	2	12	369643	369654	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017065	ATTTAT	2	12	374260	374271	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017065	AAGATA	2	12	375386	375397	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017065	ATAAAA	2	12	375800	375811	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017065	TTTTAC	2	12	377949	377960	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017065	ATATAA	2	12	380717	380728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017065	TATTGT	2	12	390258	390269	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017065	TAAAAT	2	12	391926	391937	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017065	AAATTA	2	12	391949	391960	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017065	TTATAT	2	12	453751	453762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017065	TGTAGG	2	12	470031	470042	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017065	AATATC	2	12	489067	489078	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017065	TTGGCG	2	12	498043	498054	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017065	AAATTT	2	12	498091	498102	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017065	ATCAGT	2	12	512866	512877	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017065	ATACCG	3	18	522474	522491	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017065	TTAATT	2	12	528390	528401	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017065	TCATTG	2	12	533597	533608	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017065	TAGTTT	2	12	553019	553030	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017065	TATTAA	2	12	556466	556477	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017065	TATCAA	2	12	567950	567961	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017065	CAAAAA	2	12	573170	573181	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017065	AATATA	2	12	587276	587287	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017065	GCTTGT	2	12	601306	601317	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017065	ACAAAA	2	12	609903	609914	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017065	TGCAAA	2	12	612251	612262	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017065	TATTAA	2	12	622447	622458	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017065	TGCTAA	2	12	624430	624441	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017065	TACAAT	2	12	629877	629888	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017065	AAAGCT	2	12	632154	632165	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017065	TGCTTC	2	12	675605	675616	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017065	TAAAAC	2	12	676531	676542	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017065	TAAACC	2	12	689429	689440	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017065	CTTCAA	2	12	691126	691137	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017065	ATTTAA	2	12	691232	691243	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017065	ATAGAA	2	12	718196	718207	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017065	TATAAT	2	12	735467	735478	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017065	TATATT	2	12	750066	750077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017065	CTTCAG	2	12	754864	754875	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017065	ATATTT	2	12	756519	756530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017065	CTACTC	2	12	766921	766932	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_017065	TATTTT	2	12	772429	772440	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017065	ATTTTT	2	12	791904	791915	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017065	TAAATC	2	12	801293	801304	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017065	AGGTGG	2	12	801356	801367	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017065	ATCGTC	2	12	805695	805706	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017065	TATTTT	2	12	847396	847407	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017065	TTAATA	2	12	854309	854320	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017065	CTAAAC	2	12	857743	857754	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017065	ATTTAA	2	12	863554	863565	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017065	TATTAA	2	12	865216	865227	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017065	GATATA	2	12	872665	872676	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017065	TCTGAC	2	12	882896	882907	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017065	AATATT	2	12	897160	897171	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017065	TTCAAA	2	12	920549	920560	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017065	TAGCAC	2	12	927818	927829	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017065	TTTATC	2	12	951211	951222	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_017065	CCGATA	2	12	951932	951943	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017065	ACAAAA	2	12	956467	956478	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017065	TAATTT	2	12	968918	968929	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017065	TGCTCT	2	12	970324	970335	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017065	GCCATG	2	12	977538	977549	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017065	TTTAAA	2	12	984832	984843	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017065	ATTAGG	2	12	990890	990901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017065	AATTAT	2	12	993737	993748	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017065	ATCAAT	2	12	994580	994591	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_017065	GTTAAT	2	12	996816	996827	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017065	TAATGA	2	12	1000443	1000454	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017065	TAAATT	2	12	1011810	1011821	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017065	AATATG	2	12	1026226	1026237	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017065	TTAATA	2	12	1034957	1034968	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017065	CAAGAA	2	12	1035059	1035070	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017065	CTTTAT	2	12	1038866	1038877	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017065	TTAAAT	2	12	1047476	1047487	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017065	TTATAT	2	12	1047684	1047695	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017065	TTAGTT	2	12	1049351	1049362	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017065	TAGTGA	2	12	1050149	1050160	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017065	CTTTTA	2	12	1077873	1077884	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017065	AGCTTA	2	12	1089895	1089906	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017065	AGTTTA	2	12	1089998	1090009	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017065	ATACTA	2	12	1098813	1098824	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_017065	AACACC	2	12	1108248	1108259	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_017065	TCTAGT	2	12	1112325	1112336	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017065	TGTTCC	2	12	1173102	1173113	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017065	TCATTT	2	12	1203465	1203476	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_017065	GCCCCA	2	12	1210267	1210278	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_017065	CCTAAT	2	12	1216348	1216359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017065	TCATTG	2	12	1217790	1217801	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017065	TTTATC	2	12	1252384	1252395	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017065	AAAAGA	2	12	1267557	1267568	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.