MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia slovaca str. D-CWPP chromosome

Total Repeats: 300

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017065	AATTA	2	10	9435	9444	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017065	GAATT	2	10	11563	11572	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017065	CGCTC	2	10	12987	12996	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
4	NC_017065	TAACT	2	10	15375	15384	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017065	TTTAA	2	10	20488	20497	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017065	TATAA	2	10	26537	26546	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017065	AAATA	2	10	28516	28525	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017065	TGCTA	2	10	32875	32884	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017065	AAGTG	2	10	35423	35432	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017065	ATTTT	2	10	35435	35444	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017065	TGAGT	2	10	37165	37174	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017065	TTAGT	2	10	39664	39673	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017065	TTATT	2	10	42126	42135	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017065	TTTTA	2	10	42230	42239	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017065	TAAGT	2	10	45513	45522	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017065	AAGAG	2	10	49510	49519	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017065	TTTAA	2	10	50146	50155	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017065	TTTCT	2	10	51218	51227	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017065	CATTA	2	10	52279	52288	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017065	ATTAT	2	10	58912	58921	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017065	TAAAT	2	10	70630	70639	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017065	ACATA	2	10	73358	73367	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017065	GATTA	2	10	75001	75010	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017065	ATACA	2	10	84740	84749	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017065	TAAAT	2	10	88548	88557	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017065	TATAA	2	10	98416	98425	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017065	TTGTA	2	10	98556	98565	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017065	AATTA	2	10	99724	99733	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017065	TAATA	2	10	108462	108471	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017065	TTAAA	2	10	128059	128068	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017065	TATTT	2	10	130377	130386	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017065	TTGCT	2	10	131689	131698	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017065	AGTTT	2	10	146286	146295	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017065	AAAGA	2	10	155875	155884	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017065	AAATC	2	10	182316	182325	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017065	TTTAA	2	10	182384	182393	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017065	TATTT	2	10	182422	182431	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017065	CGCTC	2	10	191312	191321	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_017065	AAGAG	2	10	195552	195561	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017065	AATTA	2	10	211399	211408	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017065	TAAAT	2	10	211416	211425	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017065	TAAAA	2	10	211451	211460	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017065	AGACA	2	10	211513	211522	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017065	GTTTT	2	10	211995	212004	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017065	ATTAT	2	10	213583	213592	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017065	ATTTA	2	10	216070	216079	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017065	AAATT	2	10	217524	217533	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017065	TTTCT	2	10	217539	217548	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017065	GTCAA	2	10	220005	220014	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017065	TAATA	2	10	226498	226507	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017065	ATTTA	2	10	228085	228094	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017065	TAAAT	2	10	228154	228163	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017065	TATAT	2	10	229524	229533	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017065	TCGCT	2	10	247501	247510	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017065	TTTGA	2	10	249455	249464	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017065	GACAA	2	10	256819	256828	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017065	CTACA	2	10	258670	258679	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_017065	GTATT	2	10	259693	259702	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017065	ATTAG	2	10	264979	264988	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017065	AAGGA	2	10	266164	266173	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017065	AAAAT	2	10	277529	277538	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017065	CGAAG	2	10	288965	288974	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017065	TCCCG	2	10	290029	290038	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
64	NC_017065	TGCAA	2	10	290113	290122	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017065	TAATA	2	10	293620	293629	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017065	TAAAA	2	10	293828	293837	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017065	TCAAA	2	10	294653	294662	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017065	AGATA	2	10	294793	294802	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017065	TAATT	2	10	296794	296803	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017065	GATAT	2	10	307332	307341	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017065	TATGA	2	10	307859	307868	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017065	AAAGA	2	10	310521	310530	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017065	ATTTT	2	10	311931	311940	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017065	TAAAA	2	10	311979	311988	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017065	GATTT	2	10	325698	325707	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017065	AAAAT	2	10	325725	325734	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017065	TTTAT	2	10	332395	332404	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017065	TTTAT	2	10	339621	339630	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017065	TAAAA	2	10	350344	350353	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017065	TTTAA	2	10	355719	355728	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017065	ATAAA	2	10	360462	360471	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017065	CAACA	2	10	366900	366909	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_017065	TTACT	2	10	367891	367900	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017065	TTAAT	2	10	374080	374089	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017065	ACAAA	2	10	374134	374143	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017065	GAAAA	2	10	375212	375221	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017065	GTTTG	2	10	375719	375728	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017065	GGATA	2	10	376206	376215	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017065	ATAAA	2	10	378112	378121	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017065	ATTTA	2	10	391853	391862	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017065	AATTT	2	10	400682	400691	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017065	TAATT	2	10	415242	415251	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017065	TTATG	2	10	419418	419427	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017065	ATATA	2	10	420769	420778	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017065	TGTAT	2	10	421821	421830	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017065	ATTAA	2	10	423958	423967	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017065	AATAA	2	10	427269	427278	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017065	TAATT	2	10	437563	437572	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017065	AAGCT	2	10	437618	437627	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017065	GATTT	2	10	438232	438241	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017065	TATGC	2	10	438420	438429	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017065	CGCTC	2	10	442761	442770	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
103	NC_017065	CGCTC	2	10	443216	443225	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
104	NC_017065	TGATA	2	10	452437	452446	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017065	TAAAT	2	10	461728	461737	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017065	GAATA	2	10	467631	467640	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017065	ATATA	2	10	468775	468784	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017065	TGCAA	2	10	468857	468866	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017065	TATAT	2	10	473698	473707	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017065	TTTTA	2	10	483336	483345	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017065	TTAAT	2	10	492057	492066	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017065	TAATT	2	10	497878	497887	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017065	CTTTA	2	10	497975	497984	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017065	CTTTT	2	10	498173	498182	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017065	TCGCT	2	10	503027	503036	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_017065	TCGCT	2	10	504785	504794	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_017065	TAAAA	2	10	504809	504818	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017065	ATTAA	2	10	510115	510124	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017065	ATGTT	2	10	518901	518910	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017065	GATTA	2	10	521784	521793	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017065	ATTTA	2	10	537180	537189	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017065	ATTTT	2	10	538615	538624	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017065	ATTAA	2	10	541393	541402	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017065	ATGTC	2	10	546030	546039	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017065	TTTAG	2	10	554412	554421	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017065	GTAAT	2	10	554595	554604	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017065	TTTAT	2	10	556440	556449	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017065	CGTAG	2	10	557173	557182	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017065	CGCTC	2	10	557603	557612	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_017065	TGATA	2	10	562700	562709	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017065	GCTCC	2	10	581394	581403	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
132	NC_017065	TTTAA	2	10	587087	587096	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017065	TTTTA	2	10	591744	591753	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017065	TTATT	2	10	601423	601432	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017065	ATTTA	2	10	601667	601676	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017065	AATAA	2	10	603600	603609	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017065	CAAGC	2	10	605508	605517	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_017065	TTGTA	2	10	608646	608655	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017065	TTAAT	2	10	609853	609862	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017065	CAATG	2	10	611401	611410	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017065	TAGAA	2	10	612065	612074	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017065	TGGTA	2	10	612221	612230	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017065	TATAT	2	10	619391	619400	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017065	AGTAA	2	10	621821	621830	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017065	CAGTT	2	10	624094	624103	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017065	AAAAT	2	10	625022	625031	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017065	CCTAT	2	10	629929	629938	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
148	NC_017065	AATAG	2	10	629999	630008	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_017065	TAAAA	2	10	1221751	1221760	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_017065	ATATT	2	10	1222725	1222734	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_017065	ATTTT	2	10	1222941	1222950	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_017065	TTATT	2	10	1232330	1232339	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_017065	GGAGC	2	10	1252294	1252303	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
296	NC_017065	AATTT	2	10	1258944	1258953	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_017065	GTAAT	2	10	1259865	1259874	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
298	NC_017065	AGAGA	2	10	1263872	1263881	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
299	NC_017065	ATTTA	2	10	1267364	1267373	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_017065	ATTTA	2	10	1268407	1268416	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.