MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia typhi str. B9991CWPP chromosome

Total Repeats: 380

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017062	ATTTA	2	10	8936	8945	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017062	TACAT	2	10	13912	13921	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017062	AAAGT	2	10	14397	14406	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017062	ATTTA	2	10	18372	18381	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017062	TTAAT	2	10	19001	19010	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017062	AATTA	2	10	26708	26717	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017062	TTTAT	2	10	26942	26951	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017062	ACTAA	2	10	50136	50145	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017062	AATTC	2	10	54423	54432	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017062	TATTG	2	10	54512	54521	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017062	ATCTT	2	10	54592	54601	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017062	ATTAT	2	10	54727	54736	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017062	AAATT	2	10	67638	67647	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017062	TAGTA	2	10	73240	73249	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017062	AATAA	2	10	73609	73618	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017062	AAATT	2	10	74032	74041	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017062	ATTTT	2	10	81705	81714	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017062	TATAC	2	10	84430	84439	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017062	GAATA	2	10	84561	84570	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017062	TTTGT	2	10	90738	90747	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017062	GTAGC	2	10	90762	90771	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017062	TAATG	2	10	91863	91872	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017062	TATAA	2	10	104889	104898	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017062	ATTTT	2	10	109835	109844	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017062	TTGCT	2	10	129861	129870	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017062	AATTT	2	10	130145	130154	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017062	AATAA	2	10	130219	130228	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017062	ATTGC	2	10	131070	131079	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017062	TAAGC	2	10	131156	131165	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017062	TTTTA	2	10	133125	133134	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017062	CATTA	2	10	134315	134324	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017062	TATTT	2	10	141946	141955	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017062	ATATT	2	10	142843	142852	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017062	TAAAC	2	10	143297	143306	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017062	TAAAG	2	10	170567	170576	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017062	TACTT	2	10	171060	171069	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017062	GCATT	2	10	176092	176101	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017062	GTTTC	2	10	176222	176231	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017062	TATAG	2	10	180169	180178	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017062	ATTTT	2	10	185545	185554	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017062	AATTT	2	10	190020	190029	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017062	ATTAT	2	10	190100	190109	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017062	TAATA	2	10	196040	196049	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017062	TAATA	2	10	203146	203155	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017062	GCTAA	2	10	204689	204698	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017062	ATATT	2	10	210601	210610	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017062	TTTTA	2	10	210945	210954	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017062	ATTTT	2	10	221711	221720	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017062	ATTAT	2	10	223025	223034	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017062	ATGTA	2	10	227126	227135	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017062	TAAAA	2	10	230379	230388	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017062	CTACA	2	10	231685	231694	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017062	AATTG	2	10	234169	234178	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017062	ATATG	2	10	234326	234335	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017062	TTTAA	2	10	234820	234829	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017062	TAAAA	2	10	234986	234995	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017062	AAATG	2	10	238907	238916	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017062	TGCAA	2	10	244175	244184	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017062	TATAA	2	10	247010	247019	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017062	TTTAA	2	10	249869	249878	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017062	TATCG	2	10	249894	249903	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017062	TTATA	2	10	253385	253394	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017062	TAAAT	2	10	253656	253665	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017062	AAGTT	2	10	255951	255960	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017062	ATCCC	2	10	259677	259686	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
66	NC_017062	TGCAA	2	10	259762	259771	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017062	TTTTA	2	10	271830	271839	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017062	AATAT	2	10	275054	275063	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017062	TATAA	2	10	276042	276051	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017062	AAATG	2	10	276196	276205	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017062	ATCAA	2	10	276510	276519	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017062	TAAAA	2	10	278628	278637	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017062	ATTAA	2	10	278747	278756	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017062	TAGTT	2	10	282606	282615	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017062	TTCAT	2	10	284667	284676	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017062	TTTAA	2	10	290692	290701	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017062	TATAA	2	10	309167	309176	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017062	GTTGT	2	10	311031	311040	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017062	GCAAT	2	10	314865	314874	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017062	AATAA	2	10	316418	316427	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017062	GTTAT	2	10	319489	319498	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017062	ATTTA	2	10	320706	320715	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017062	ATTTT	2	10	322052	322061	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017062	TATAA	2	10	324229	324238	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017062	TTTTA	2	10	324488	324497	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017062	GTTAA	2	10	327411	327420	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017062	TAAAA	2	10	331701	331710	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017062	ATTAT	2	10	331787	331796	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017062	ATTTA	2	10	333636	333645	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017062	ATTTT	2	10	333714	333723	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017062	ATTTG	2	10	334798	334807	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017062	TAAAA	2	10	337071	337080	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017062	AATAA	2	10	337546	337555	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017062	TTTTG	2	10	338030	338039	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017062	TTAAT	2	10	353494	353503	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017062	ATTAA	2	10	357930	357939	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017062	ATGGT	2	10	362724	362733	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017062	AATAT	2	10	365504	365513	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017062	TTATT	2	10	368246	368255	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017062	TAATT	2	10	375629	375638	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017062	ACATA	2	10	381308	381317	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017062	AATAA	2	10	384050	384059	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017062	TAATC	2	10	391103	391112	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017062	ATCTA	2	10	397878	397887	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017062	TTCAT	2	10	404093	404102	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017062	TATAT	2	10	404493	404502	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017062	TGATA	2	10	405510	405519	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017062	AAAGT	2	10	409408	409417	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017062	TATCA	2	10	423578	423587	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017062	ATATC	2	10	424134	424143	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017062	TATAT	2	10	425937	425946	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017062	ATTAT	2	10	426068	426077	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017062	TTTAT	2	10	426114	426123	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017062	TAGTA	2	10	426521	426530	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017062	AATTT	2	10	429666	429675	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017062	TAATA	2	10	429897	429906	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017062	TGATC	2	10	433657	433666	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017062	ATTGA	2	10	433823	433832	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017062	ATGCA	2	10	433859	433868	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017062	CTAAA	2	10	434387	434396	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017062	CAATT	2	10	434445	434454	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017062	GTCAT	2	10	435182	435191	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017062	TTTAA	2	10	442514	442523	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017062	TTAAT	2	10	443738	443747	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017062	TTTTA	2	10	445043	445052	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017062	AAGAA	2	10	448379	448388	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017062	GTATA	2	10	452052	452061	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017062	TTAAG	2	10	452582	452591	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017062	CAATA	2	10	462212	462221	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017062	TAATA	2	10	462895	462904	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017062	ATGGT	2	10	462907	462916	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017062	TTGCT	2	10	463766	463775	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017062	TTTAA	2	10	463875	463884	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017062	AAGAT	2	10	465166	465175	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017062	TGTTT	2	10	479540	479549	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017062	TATTT	2	10	479780	479789	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017062	TTCAC	2	10	480810	480819	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_017062	ATTCC	2	10	491621	491630	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_017062	GTATT	2	10	495542	495551	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017062	TTTAA	2	10	496864	496873	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017062	ATATA	2	10	498829	498838	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017062	ATTGT	2	10	498912	498921	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017062	CTTTT	2	10	507561	507570	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017062	ATTTT	2	10	507988	507997	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017062	TATTC	2	10	508313	508322	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017062	TATGA	2	10	508449	508458	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017062	TCAGT	2	10	508475	508484	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
148	NC_017062	TTTAA	2	10	508576	508585	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017062	TGAAA	2	10	509195	509204	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017062	TTCTA	2	10	509238	509247	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
151	NC_017062	TGTTT	2	10	510800	510809	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_017062	TATAT	2	10	553802	553811	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_017062	TATAA	2	10	566391	566400	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_017062	CTTAA	2	10	621898	621907	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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184	NC_017062	TAATT	2	10	632099	632108	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_017062	TTGAA	2	10	634072	634081	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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187	NC_017062	TTGAC	2	10	640217	640226	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_017062	TTTAA	2	10	646583	646592	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_017062	TAGAA	2	10	647397	647406	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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272	NC_017062	TAATA	2	10	839816	839825	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
273	NC_017062	TACCT	2	10	839850	839859	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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277	NC_017062	TAAAT	2	10	843166	843175	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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283	NC_017062	TCTCT	2	10	853467	853476	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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288	NC_017062	TAGTG	2	10	870973	870982	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
289	NC_017062	AACTG	2	10	871181	871190	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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379	NC_017062	ATATT	2	10	1107107	1107116	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.