MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rahnella aquatilis HX2 plasmid PRA1

Total Repeats: 1610

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_017060	A	6	6	542620	542625	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1502	NC_017060	TGG	2	6	543268	543273	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1503	NC_017060	TGT	2	6	544034	544039	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1504	NC_017060	GGC	2	6	544093	544098	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1505	NC_017060	CAA	2	6	544101	544106	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1506	NC_017060	GGC	2	6	544204	544209	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1507	NC_017060	TGA	2	6	544300	544305	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1508	NC_017060	CAT	2	6	544315	544320	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1509	NC_017060	TAA	2	6	544400	544405	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1510	NC_017060	A	6	6	544474	544479	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1511	NC_017060	CGAA	2	8	544487	544494	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1512	NC_017060	ATC	2	6	544504	544509	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1513	NC_017060	ATT	2	6	544678	544683	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1514	NC_017060	TTA	2	6	544688	544693	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1515	NC_017060	CTT	2	6	545000	545005	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1516	NC_017060	CTGT	2	8	545041	545048	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1517	NC_017060	A	6	6	545049	545054	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1518	NC_017060	GCC	2	6	545082	545087	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1519	NC_017060	TTTCAT	2	12	545166	545177	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
1520	NC_017060	GC	3	6	545216	545221	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1521	NC_017060	TAA	2	6	545231	545236	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1522	NC_017060	A	6	6	545301	545306	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1523	NC_017060	AT	3	6	545383	545388	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1524	NC_017060	CCCAAT	2	12	545432	545443	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
1525	NC_017060	GCA	2	6	545453	545458	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1526	NC_017060	ACA	2	6	545472	545477	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1527	NC_017060	GTT	2	6	545515	545520	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1528	NC_017060	AGC	2	6	548189	548194	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1529	NC_017060	GAT	2	6	548203	548208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1530	NC_017060	TAT	2	6	548213	548218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1531	NC_017060	T	6	6	548222	548227	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1532	NC_017060	T	6	6	548284	548289	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1533	NC_017060	TGA	2	6	548292	548297	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1534	NC_017060	TTA	2	6	548413	548418	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1535	NC_017060	ATT	2	6	548423	548428	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1536	NC_017060	TTA	2	6	548430	548435	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1537	NC_017060	ATG	2	6	548468	548473	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1538	NC_017060	ATA	2	6	548485	548490	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1539	NC_017060	TAAC	2	8	548491	548498	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
1540	NC_017060	TCA	2	6	548523	548528	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1541	NC_017060	AAT	2	6	548531	548536	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1542	NC_017060	A	6	6	549527	549532	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1543	NC_017060	CAG	2	6	549565	549570	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1544	NC_017060	GCC	2	6	551246	551251	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1545	NC_017060	GCCA	2	8	551320	551327	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1546	NC_017060	TTTC	2	8	551359	551366	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
1547	NC_017060	TGA	2	6	552954	552959	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1548	NC_017060	T	7	7	552983	552989	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1549	NC_017060	T	8	8	553002	553009	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1550	NC_017060	ATT	2	6	553011	553016	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1551	NC_017060	GTTATT	2	12	553041	553052	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
1552	NC_017060	GGA	2	6	553084	553089	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1553	NC_017060	TA	3	6	553096	553101	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1554	NC_017060	TTGATC	2	12	553126	553137	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
1555	NC_017060	T	6	6	553160	553165	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1556	NC_017060	GCCT	2	8	553191	553198	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1557	NC_017060	ATTA	2	8	553200	553207	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1558	NC_017060	A	6	6	553252	553257	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1559	NC_017060	TCA	2	6	553299	553304	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1560	NC_017060	GGA	2	6	553364	553369	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1561	NC_017060	TAA	2	6	553372	553377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1562	NC_017060	TCATC	2	10	553378	553387	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
1563	NC_017060	ATT	2	6	553426	553431	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1564	NC_017060	GTTAA	2	10	553468	553477	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
1565	NC_017060	TTAA	2	8	553489	553496	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1566	NC_017060	TAA	2	6	553503	553508	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1567	NC_017060	AAT	2	6	553572	553577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1568	NC_017060	GC	3	6	553610	553615	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1569	NC_017060	ATT	2	6	553657	553662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1570	NC_017060	GA	3	6	559762	559767	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1571	NC_017060	GTT	2	6	559806	559811	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1572	NC_017060	GGT	2	6	559817	559822	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1573	NC_017060	TATT	2	8	559894	559901	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1574	NC_017060	A	6	6	559940	559945	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1575	NC_017060	TGA	2	6	559981	559986	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1576	NC_017060	TGCC	2	8	560338	560345	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1577	NC_017060	GCC	2	6	560356	560361	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1578	NC_017060	ATA	2	6	560415	560420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1579	NC_017060	T	7	7	560448	560454	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1580	NC_017060	CAGC	2	8	560478	560485	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1581	NC_017060	ATG	2	6	560492	560497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1582	NC_017060	GAT	2	6	560542	560547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1583	NC_017060	T	6	6	561582	561587	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1584	NC_017060	ATAA	2	8	561619	561626	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1585	NC_017060	TTC	2	6	561703	561708	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1586	NC_017060	TG	3	6	561714	561719	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1587	NC_017060	T	8	8	561744	561751	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1588	NC_017060	ATA	2	6	561783	561788	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1589	NC_017060	ATT	2	6	561798	561803	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1590	NC_017060	T	6	6	561836	561841	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1591	NC_017060	GCCC	2	8	562159	562166	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
1592	NC_017060	AGT	2	6	562167	562172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1593	NC_017060	ACG	2	6	562201	562206	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1594	NC_017060	CAG	2	6	562214	562219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1595	NC_017060	GTC	2	6	562275	562280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1596	NC_017060	AGC	2	6	563285	563290	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1597	NC_017060	TTC	2	6	563304	563309	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1598	NC_017060	ATT	2	6	563359	563364	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1599	NC_017060	CTG	2	6	563385	563390	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1600	NC_017060	TGCC	2	8	563400	563407	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1601	NC_017060	T	6	6	563420	563425	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1602	NC_017060	TAC	3	9	563455	563463	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1603	NC_017060	TTGA	2	8	563528	563535	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
1604	NC_017060	GTT	2	6	566802	566807	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1605	NC_017060	T	6	6	566835	566840	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1606	NC_017060	ATA	2	6	566967	566972	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1607	NC_017060	GCC	2	6	567005	567010	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1608	NC_017060	TGA	2	6	568663	568668	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1609	NC_017060	TAA	2	6	570841	570846	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1610	NC_017060	AT	3	6	570862	570867	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.