MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. RpGvF24 chromosome

Total Repeats: 157

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017057	TTTTAT	2	12	10701	10712	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017057	GAAGAT	2	12	16346	16357	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017057	AATATA	2	12	17069	17080	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017057	ATTTAA	2	12	18314	18325	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017057	AATTAT	2	12	18537	18548	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017057	ATCTAA	2	12	19397	19408	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017057	TACTAG	2	12	29571	29582	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017057	CTACGT	2	12	29760	29771	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017057	AGAAAC	2	12	29812	29823	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017057	AATAAG	2	12	32578	32589	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017057	TTTAAT	2	12	37512	37523	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017057	CTTTGT	2	12	44592	44603	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017057	ATAAAA	2	12	52906	52917	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017057	CACTTG	2	12	56799	56810	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017057	GAAAAA	2	12	56963	56974	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017057	GCATTT	2	12	92116	92127	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017057	ATAATT	2	12	153255	153266	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017057	TAGAGA	2	12	153793	153804	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017057	TATGTA	2	12	173217	173228	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017057	TAAAAT	2	12	184685	184696	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017057	TTTAAT	2	12	192013	192024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017057	TCACAA	2	12	193433	193444	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017057	TTAATA	2	12	196976	196987	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017057	TGAAGA	2	12	197603	197614	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017057	TCTTAA	2	12	203774	203785	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017057	AATTCA	2	12	209881	209892	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_017057	ACTATA	2	12	210063	210074	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017057	AATCTT	2	12	226681	226692	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017057	TTTCTT	2	12	233548	233559	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017057	GCAATT	2	12	234882	234893	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017057	TAAAAA	2	12	237846	237857	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017057	GTAAAG	2	12	239045	239056	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017057	AAATAA	2	12	247889	247900	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017057	CAATTA	2	12	250224	250235	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017057	AGTAAA	2	12	254689	254700	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017057	TAAAAT	2	12	257870	257881	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017057	CAACTG	2	12	262700	262711	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017057	GATTTT	2	12	264657	264668	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017057	TCAGGA	2	12	267975	267986	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017057	TTGCAA	2	12	270712	270723	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017057	AAAATA	2	12	271735	271746	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017057	TTACTA	2	12	277991	278002	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017057	TTATAA	2	12	303672	303683	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017057	AAGGAT	2	12	311255	311266	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017057	AATTTA	2	12	313177	313188	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017057	TTAATT	2	12	313440	313451	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017057	ATAATT	2	12	313787	313798	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017057	TTTAAA	2	12	320512	320523	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017057	TAAAAT	2	12	323677	323688	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017057	AAATTT	2	12	326017	326028	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017057	TTTATT	2	12	330602	330613	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017057	ATTTTT	2	12	334493	334504	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017057	GCATTA	2	12	336337	336348	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017057	GTAAAA	2	12	339363	339374	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017057	ATATTT	2	12	341664	341675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017057	CACTTT	2	12	342943	342954	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017057	TCAATA	2	12	351540	351551	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017057	TAAAAT	2	12	353597	353608	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017057	TCAGTA	2	12	362035	362046	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017057	TTAACT	2	12	362576	362587	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017057	TATCTA	2	12	368372	368383	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017057	TATTAG	2	12	370235	370246	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017057	AATTTT	2	12	375650	375661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017057	CATTAT	2	12	423055	423066	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017057	AGAAAA	2	12	425294	425305	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017057	ATATCT	2	12	437489	437500	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017057	AATTTT	2	12	443194	443205	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017057	TTAATT	2	12	446109	446120	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017057	ATTTTA	2	12	446717	446728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017057	TTAGTA	3	18	450274	450291	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017057	TTTTTA	2	12	451631	451642	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017057	TCTATT	2	12	482704	482715	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017057	ATTTAG	2	12	483991	484002	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017057	TAAATA	2	12	484783	484794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017057	TATTTT	2	12	504599	504610	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017057	ATTTTT	2	12	508049	508060	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017057	AAATTT	2	12	532652	532663	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017057	TTTATA	2	12	544771	544782	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017057	GCAAAA	2	12	554713	554724	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017057	CATTAA	2	12	555151	555162	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017057	ATACAG	2	12	564017	564028	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017057	GTATAA	2	12	569638	569649	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017057	AATAAA	2	12	570082	570093	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017057	AAAGCA	2	12	580437	580448	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017057	TCTATT	2	12	604404	604415	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017057	ATTTTG	2	12	609332	609343	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017057	CATAAT	2	12	614190	614201	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_017057	TTTAAA	2	12	629812	629823	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017057	GAAATA	2	12	642331	642342	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017057	AAAATA	2	12	668821	668832	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017057	TGGTAT	2	12	669213	669224	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017057	TCAATT	2	12	680838	680849	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017057	TTTTAA	2	12	689224	689235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017057	TCAGAT	2	12	691400	691411	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017057	TAAAAC	2	12	691810	691821	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017057	GGAGTA	2	12	702149	702160	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017057	ACATCA	2	12	708749	708760	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017057	ATTACA	2	12	715504	715515	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017057	ATTAAT	2	12	716033	716044	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017057	TGATTT	2	12	722032	722043	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017057	TAATAT	2	12	722167	722178	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017057	TAATTT	2	12	726400	726411	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017057	TATTTT	2	12	737432	737443	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017057	TATTAA	2	12	741526	741537	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017057	TTAATA	2	12	743830	743841	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017057	TGATAT	2	12	743852	743863	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017057	GATATT	2	12	746956	746967	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017057	GTAATT	2	12	748028	748039	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017057	TTATTT	2	12	763715	763726	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017057	AATAAG	2	12	772975	772986	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017057	GAAAAA	2	12	778871	778882	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017057	TTCAAT	2	12	794349	794360	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_017057	TTTTAA	2	12	796010	796021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017057	AAAATA	2	12	797814	797825	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017057	AAAAAT	2	12	800408	800419	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017057	GTTTAT	2	12	801080	801091	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017057	TAATCT	2	12	823386	823397	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_017057	GTACTT	2	12	831971	831982	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017057	GTGTAT	2	12	831996	832007	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017057	ATATTT	2	12	833121	833132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017057	TTTTTA	2	12	839952	839963	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017057	TACAAG	2	12	843602	843613	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_017057	ACTGAC	2	12	864894	864905	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_017057	CACAAA	2	12	870241	870252	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017057	ATTTTG	2	12	886876	886887	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017057	TTAGAT	2	12	892845	892856	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017057	TAATGA	2	12	896459	896470	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017057	TTTTTC	2	12	897340	897351	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017057	ATACAT	2	12	897753	897764	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017057	CTATAT	2	12	897881	897892	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_017057	GATTTA	2	12	898645	898656	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017057	GGTAAA	2	12	899232	899243	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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135	NC_017057	AATATG	2	12	900742	900753	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.