MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rickettsia rhipicephali str. 3-7-female6-CWPP plasmid pMCC_1

Total Repeats: 165

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017055	TAA	2	6	16	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017055	ACAG	2	8	41	48	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017055	ACA	2	6	60	65	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017055	ATGATC	2	12	129	140	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017055	TAA	2	6	151	156	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017055	CTT	2	6	174	179	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017055	AGAA	2	8	192	199	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017055	AGA	2	6	244	249	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017055	TAA	2	6	250	255	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017055	TTA	2	6	258	263	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017055	ATG	2	6	291	296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017055	TCT	2	6	337	342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017055	AT	3	6	345	350	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017055	TAA	2	6	354	359	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017055	A	6	6	374	379	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017055	CAA	2	6	395	400	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017055	TAA	2	6	415	420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017055	CCT	2	6	470	475	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_017055	TA	3	6	495	500	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017055	A	6	6	517	522	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017055	TAT	2	6	526	531	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017055	TA	3	6	545	550	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017055	TTC	2	6	583	588	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017055	AT	3	6	593	598	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017055	GAA	2	6	605	610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017055	A	6	6	617	622	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017055	TTC	2	6	673	678	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017055	GTT	2	6	702	707	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017055	AAGA	2	8	716	723	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017055	TTG	2	6	777	782	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017055	AT	3	6	798	803	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017055	TA	3	6	921	926	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017055	CTT	2	6	964	969	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017055	GCGA	2	8	992	999	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017055	ACA	2	6	1028	1033	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017055	AGA	3	9	1143	1151	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017055	CAA	2	6	1219	1224	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017055	AGCG	2	8	1265	1272	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_017055	AGC	2	6	1293	1298	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017055	TTA	2	6	1324	1329	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017055	AGG	2	6	1335	1340	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017055	AGA	2	6	1342	1347	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017055	GGA	2	6	1351	1356	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017055	GAAA	2	8	1367	1374	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017055	GA	3	6	1378	1383	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017055	GAA	2	6	1385	1390	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017055	GGA	2	6	1469	1474	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017055	TATCA	2	10	1505	1514	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017055	GAA	2	6	1565	1570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017055	GTA	2	6	1571	1576	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017055	CAA	2	6	1620	1625	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017055	TAA	2	6	1648	1653	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017055	AG	3	6	1698	1703	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017055	A	6	6	1723	1728	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017055	TCC	2	6	1780	1785	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_017055	A	7	7	1788	1794	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017055	AAG	2	6	1800	1805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017055	TAA	2	6	1818	1823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017055	A	6	6	1825	1830	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017055	AGCA	2	8	1891	1898	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017055	AGT	2	6	1899	1904	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017055	AG	3	6	1929	1934	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017055	ATC	2	6	1943	1948	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017055	GAT	2	6	1982	1987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017055	AAAG	2	8	2043	2050	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017055	TCA	2	6	2095	2100	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017055	ATA	2	6	2104	2109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017055	GAA	2	6	2122	2127	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017055	CAT	2	6	2138	2143	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017055	TC	3	6	5229	5234	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_017055	T	6	6	5367	5372	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017055	ACA	2	6	5375	5380	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017055	AGG	2	6	5391	5396	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017055	AGT	2	6	5422	5427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017055	TAA	2	6	5449	5454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017055	TTAT	2	8	5462	5469	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017055	TG	3	6	5479	5484	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017055	TA	3	6	5588	5593	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017055	TAC	2	6	5600	5605	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017055	CT	3	6	5633	5638	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_017055	ATC	2	6	5854	5859	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017055	T	7	7	5890	5896	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017055	TATT	2	8	5921	5928	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017055	TATTCT	2	12	5931	5942	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017055	AT	3	6	6016	6021	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017055	AAAG	2	8	6046	6053	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017055	TAA	2	6	6055	6060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017055	AAAT	2	8	6065	6072	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017055	TA	3	6	6105	6110	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017055	CTT	2	6	6121	6126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017055	AT	3	6	6132	6137	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017055	ATGATA	2	12	6324	6335	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017055	TGT	2	6	6374	6379	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017055	TTA	2	6	6401	6406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017055	TTAA	2	8	6450	6457	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017055	TA	3	6	6466	6471	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017055	TA	3	6	7091	7096	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017055	A	6	6	7199	7204	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017055	AGA	2	6	7216	7221	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017055	TACC	2	8	8675	8682	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_017055	T	6	6	8709	8714	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017055	GCA	2	6	8754	8759	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017055	ACT	2	6	8760	8765	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_017055	TAT	2	6	8813	8818	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017055	AGA	2	6	8949	8954	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017055	TACA	2	8	8969	8976	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_017055	ATA	2	6	9027	9032	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017055	T	6	6	9065	9070	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017055	AG	3	6	9117	9122	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017055	A	6	6	9133	9138	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017055	AAC	2	6	9191	9196	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017055	ATA	2	6	9715	9720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017055	ATTT	2	8	9751	9758	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017055	ATA	2	6	9816	9821	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017055	GGC	2	6	9845	9850	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_017055	CT	3	6	9855	9860	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017055	TTA	2	6	9866	9871	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017055	G	6	6	9883	9888	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017055	AGT	2	6	9944	9949	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017055	TA	3	6	10017	10022	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017055	TTA	2	6	10030	10035	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017055	TC	3	6	11401	11406	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_017055	TTA	2	6	11412	11417	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017055	CAT	2	6	11471	11476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017055	T	6	6	11483	11488	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017055	CA	3	6	11529	11534	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_017055	TAG	2	6	11831	11836	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017055	TAT	2	6	11839	11844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017055	T	7	7	12001	12007	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017055	ATG	2	6	12008	12013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017055	CTA	2	6	12112	12117	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017055	TAT	2	6	12260	12265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017055	AT	3	6	12303	12308	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017055	GT	3	6	12312	12317	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017055	ACAT	2	8	12859	12866	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_017055	TAC	2	6	12899	12904	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017055	TAA	2	6	12984	12989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017055	AT	4	8	13021	13028	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017055	ATT	2	6	13921	13926	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017055	T	6	6	13929	13934	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017055	ATA	2	6	13940	13945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017055	AT	3	6	13949	13954	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017055	ACAT	2	8	13957	13964	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_017055	ACAT	2	8	13995	14002	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_017055	AT	4	8	14001	14008	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017055	ATT	2	6	14033	14038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017055	T	6	6	14037	14042	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017055	ATT	2	6	14055	14060	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017055	TTGA	2	8	14347	14354	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017055	GCA	2	6	14379	14384	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_017055	ATA	2	6	14397	14402	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017055	AT	3	6	14404	14409	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017055	ACC	2	6	14519	14524	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
154	NC_017055	AATC	2	8	14528	14535	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
155	NC_017055	TAT	2	6	14559	14564	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017055	AT	3	6	14568	14573	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017055	TAC	2	6	14609	14614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_017055	ATCT	2	8	14665	14672	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
159	NC_017055	CT	3	6	14671	14676	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
160	NC_017055	ATT	2	6	14765	14770	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_017055	ATT	2	6	14810	14815	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017055	CAA	2	6	14820	14825	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_017055	ATA	2	6	14889	14894	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017055	ATA	2	6	14937	14942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_017055	A	6	6	14982	14987	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.