MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Dachau chromosome

Total Repeats: 429

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017051	TGACT	2	10	8808	8817	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017051	GATAC	2	10	8992	9001	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017051	ATTTA	2	10	9351	9360	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017051	TAAAC	2	10	14655	14664	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017051	ATTTA	2	10	19331	19340	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017051	AGTTT	2	10	19529	19538	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017051	TATAA	2	10	19762	19771	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017051	AATCT	2	10	20572	20581	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017051	CTATA	2	10	23545	23554	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017051	TAATA	2	10	23768	23777	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017051	TTGAG	2	10	28493	28502	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017051	ATTTT	2	10	29214	29223	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017051	TATTT	2	10	29790	29799	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017051	ATATT	2	10	31076	31085	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017051	ATTAA	2	10	31708	31717	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017051	CTTAA	2	10	32062	32071	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017051	ATTTA	2	10	32199	32208	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017051	GTATT	2	10	41434	41443	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017051	TTTAA	2	10	44153	44162	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017051	AATTG	2	10	46065	46074	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017051	AAATT	2	10	50908	50917	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017051	AATAT	2	10	54164	54173	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017051	ATATT	2	10	69967	69976	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017051	TAACA	2	10	70268	70277	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017051	AATGA	2	10	70310	70319	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017051	ACAAA	2	10	71912	71921	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017051	TTAAT	2	10	74823	74832	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017051	ATATA	2	10	79639	79648	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017051	TTGTA	2	10	79760	79769	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017051	AAAAT	2	10	80527	80536	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017051	TTAAT	2	10	88058	88067	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017051	TTATT	2	10	89079	89088	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017051	TTAAC	2	10	89103	89112	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017051	ATATT	2	10	89346	89355	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017051	TCTTT	2	10	90186	90195	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017051	TTTAA	2	10	90597	90606	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017051	TCCTT	2	10	91071	91080	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_017051	ATTGT	2	10	91149	91158	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017051	TACTT	2	10	91756	91765	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017051	TTATG	2	10	92687	92696	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017051	TTATG	2	10	94618	94627	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017051	AGTTA	2	10	94659	94668	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017051	TCTAT	2	10	96731	96740	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017051	TTAAT	2	10	108086	108095	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017051	ATTTT	2	10	108140	108149	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017051	TTATT	2	10	108309	108318	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017051	AGTAG	2	10	110081	110090	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017051	CACTA	2	10	110342	110351	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_017051	AATAC	2	10	110486	110495	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017051	GTAAT	2	10	112064	112073	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017051	TGTAT	2	10	133682	133691	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017051	TATGT	2	10	139972	139981	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017051	ATTAA	2	10	140223	140232	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017051	TAAGC	2	10	146684	146693	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017051	TAAAT	2	10	146705	146714	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017051	TGAAA	2	10	148058	148067	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017051	TTAAG	2	10	148594	148603	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017051	ATTAA	2	10	158135	158144	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017051	ATATT	2	10	158674	158683	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017051	TTCAT	2	10	170639	170648	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017051	AAGAT	2	10	173213	173222	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017051	ATTAT	2	10	173677	173686	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017051	TAAAA	2	10	174858	174867	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017051	TATTT	2	10	182218	182227	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017051	ATGTA	2	10	187583	187592	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017051	TAATA	2	10	200143	200152	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017051	AATTT	2	10	201593	201602	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017051	AACTT	2	10	203694	203703	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017051	ATTAA	2	10	205935	205944	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017051	AAATC	2	10	207812	207821	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017051	ATATT	2	10	208008	208017	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017051	TAAAA	2	10	208173	208182	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017051	ATTTT	2	10	208405	208414	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017051	ATGTG	2	10	224839	224848	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017051	ATAAA	2	10	228132	228141	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017051	TATCA	2	10	229509	229518	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017051	ATATG	2	10	231986	231995	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017051	TAAAA	2	10	232646	232655	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017051	AATTA	2	10	235662	235671	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017051	ATATA	2	10	235728	235737	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017051	ATTAT	2	10	235750	235759	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017051	ACTAA	2	10	235809	235818	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017051	ATTGC	2	10	236250	236259	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017051	TATAA	2	10	236425	236434	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017051	AATGT	2	10	236796	236805	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017051	TAGTA	2	10	237248	237257	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017051	AACAA	2	10	242677	242686	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017051	CTAAA	2	10	248260	248269	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017051	TTTAA	2	10	248278	248287	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017051	AAATT	2	10	248749	248758	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017051	ATTTA	2	10	248865	248874	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017051	ATTTT	2	10	253429	253438	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017051	ATCCC	2	10	259120	259129	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
94	NC_017051	TGCAA	2	10	259205	259214	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017051	TTTGT	2	10	260522	260531	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017051	ATATA	2	10	262967	262976	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017051	ACCAT	2	10	263521	263530	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_017051	AGTAA	2	10	263567	263576	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017051	CATTT	2	10	269683	269692	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017051	TAAAG	2	10	272021	272030	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017051	GTAAT	2	10	272355	272364	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017051	TGATA	2	10	272447	272456	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017051	ATTTC	2	10	272869	272878	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017051	TAATA	2	10	275509	275518	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017051	AAAAG	2	10	277134	277143	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017051	ATTAA	2	10	278911	278920	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017051	TAGTT	2	10	282740	282749	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017051	TAGAA	2	10	287926	287935	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017051	TAATT	2	10	293013	293022	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017051	ATAAG	2	10	301686	301695	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017051	TGCAA	2	10	306233	306242	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017051	TATAA	2	10	308655	308664	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017051	AAATA	2	10	308696	308705	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017051	TTATG	2	10	310478	310487	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017051	ATATA	2	10	314383	314392	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017051	AATAA	2	10	315898	315907	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017051	ATTTA	2	10	320138	320147	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017051	TATAA	2	10	323708	323717	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017051	TAATA	2	10	323902	323911	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017051	ATTAT	2	10	325541	325550	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017051	AAGCA	2	10	326295	326304	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017051	CAATA	2	10	330975	330984	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017051	AAATA	2	10	331133	331142	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017051	TATAA	2	10	331198	331207	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017051	ATTTG	2	10	334232	334241	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017051	TAAAC	2	10	337202	337211	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017051	AAATT	2	10	337482	337491	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017051	CATAA	2	10	339672	339681	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017051	AAATA	2	10	340298	340307	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017051	TTATT	2	10	344250	344259	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017051	TAAAA	2	10	344296	344305	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017051	TTAAT	2	10	351509	351518	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017051	CTATT	2	10	360091	360100	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017051	AATAT	2	10	366410	366419	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017051	ATATC	2	10	367859	367868	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017051	AATAA	2	10	368176	368185	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017051	TAATT	2	10	373774	373783	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017051	CATTA	2	10	378258	378267	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017051	ACATA	2	10	378377	378386	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017051	AATAA	2	10	380951	380960	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017051	TACAA	2	10	394447	394456	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017051	TACAC	2	10	395722	395731	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_017051	TAGAT	2	10	396020	396029	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017051	TTGTA	2	10	398150	398159	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017051	CATTA	2	10	400553	400562	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017051	GATAT	2	10	400706	400715	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017051	TGATA	2	10	402195	402204	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017051	TTATT	2	10	406189	406198	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017051	TATTG	2	10	406259	406268	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017051	AATAA	2	10	406360	406369	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017051	TATGG	2	10	420465	420474	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017051	TTAAA	2	10	429735	429744	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017051	TCTAT	2	10	430418	430427	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
154	NC_017051	ATGAT	2	10	430532	430541	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017051	TTAAT	2	10	439837	439846	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017051	ATATT	2	10	441212	441221	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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160	NC_017051	GTTAT	2	10	448894	448903	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
161	NC_017051	TATAA	2	10	449038	449047	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017051	AAAAT	2	10	454982	454991	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_017051	AAGAT	2	10	461166	461175	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017051	ATTTG	2	10	461250	461259	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
165	NC_017051	TGAAT	2	10	461620	461629	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017051	TGATA	2	10	462013	462022	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_017051	TAAAA	2	10	462870	462879	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_017051	GTTTT	2	10	475337	475346	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
170	NC_017051	TATTT	2	10	475910	475919	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017051	ATTTT	2	10	484898	484907	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017051	AAAAT	2	10	488853	488862	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017051	TTATT	2	10	491871	491880	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017051	ATTTT	2	10	503475	503484	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_017051	GTATA	2	10	503722	503731	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
176	NC_017051	CTTTT	2	10	503974	503983	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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180	NC_017051	TGTAA	2	10	504954	504963	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
181	NC_017051	CTATT	2	10	505036	505045	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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184	NC_017051	TTAAT	2	10	506017	506026	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_017051	TAATT	2	10	507622	507631	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_017051	TATTG	2	10	510229	510238	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
187	NC_017051	TAATT	2	10	518593	518602	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_017051	TCTAA	2	10	523552	523561	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_017051	TAATT	2	10	535013	535022	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_017051	AATAA	2	10	536302	536311	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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197	NC_017051	TAAAT	2	10	542773	542782	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_017051	ATACT	2	10	542942	542951	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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428	NC_017051	TAAAT	2	10	1108725	1108734	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
429	NC_017051	TTTAG	2	10	1108860	1108869	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.