MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Katsinyian chromosome

Total Repeats: 143

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017050	TTTTAT	2	12	10701	10712	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017050	ATCTAA	2	12	19396	19407	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017050	TACTAG	2	12	29569	29580	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017050	CTACGT	2	12	29758	29769	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017050	AGAAAC	2	12	29810	29821	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017050	AATAAG	2	12	32576	32587	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017050	TTTAAT	2	12	37510	37521	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017050	CTTTGT	2	12	44584	44595	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017050	ATAAAA	2	12	52898	52909	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017050	AATATT	2	12	142636	142647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017050	ATAATT	2	12	153033	153044	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017050	TAGAGA	2	12	153571	153582	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017050	TATGTA	2	12	172995	173006	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017050	ATCTCC	2	12	176308	176319	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_017050	TAAAAT	2	12	184463	184474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017050	TTTAAT	2	12	191791	191802	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017050	TCACAA	2	12	193211	193222	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017050	TTAATA	2	12	196754	196765	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017050	TGAAGA	2	12	197381	197392	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017050	TCTTAA	2	12	203551	203562	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017050	AATTCA	2	12	209655	209666	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017050	ACTATA	2	12	209837	209848	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017050	AATCTT	2	12	226460	226471	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017050	TTTCTT	2	12	233329	233340	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017050	GCAATT	2	12	234663	234674	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017050	TAAAAA	2	12	237609	237620	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017050	GTAAAG	2	12	238808	238819	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017050	AAATAA	2	12	247652	247663	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017050	CAATTA	2	12	249987	249998	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017050	AGTAAA	2	12	254452	254463	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017050	TAAAAT	2	12	257635	257646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017050	CAACTG	2	12	262466	262477	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017050	GATTTT	2	12	264423	264434	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017050	TCAGGA	2	12	267741	267752	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017050	TTGCAA	2	12	270478	270489	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017050	AAAATA	2	12	271501	271512	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017050	TTACTA	2	12	277757	277768	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017050	TTATAA	2	12	303446	303457	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017050	AAGGAT	2	12	311029	311040	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017050	AATTTA	2	12	312951	312962	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017050	TTAATT	2	12	313214	313225	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017050	ATAATT	2	12	313561	313572	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017050	TAAAAT	2	12	323458	323469	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017050	TTTATT	2	12	330372	330383	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017050	ATTTTT	2	12	334263	334274	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017050	GCATTA	2	12	336106	336117	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017050	GTAAAA	2	12	339132	339143	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017050	ATATTT	2	12	341433	341444	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017050	CACTTT	2	12	342712	342723	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017050	TCAATA	2	12	351309	351320	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017050	TAAAAT	2	12	353383	353394	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017050	TCAGTA	2	12	361821	361832	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017050	TTAACT	2	12	362362	362373	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017050	TATCTA	2	12	368158	368169	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017050	TATTAG	2	12	370019	370030	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017050	AATTTT	2	12	375434	375445	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017050	CATTAT	2	12	422826	422837	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017050	AGAAAA	2	12	425065	425076	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017050	ATATCT	2	12	437278	437289	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017050	TTAATT	2	12	445898	445909	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017050	ATTTTA	2	12	446506	446517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017050	TTAGTA	3	18	450065	450082	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017050	TTTTTA	2	12	451422	451433	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017050	TCTATT	2	12	482505	482516	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017050	ATTTAG	2	12	483792	483803	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017050	TAAATA	2	12	484584	484595	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017050	TATTTT	2	12	504400	504411	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017050	ATTTTT	2	12	507848	507859	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017050	AAATTT	2	12	532452	532463	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017050	TTTATA	2	12	544559	544570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017050	GCAAAA	2	12	554500	554511	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017050	CATTAA	2	12	554939	554950	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017050	AATAAA	2	12	569865	569876	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017050	AAAGCA	2	12	580220	580231	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017050	TTAGAT	2	12	600675	600686	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017050	AACACG	2	12	600910	600921	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017050	TCTATT	2	12	604178	604189	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017050	ATTTTG	2	12	609101	609112	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017050	CATAAT	2	12	613961	613972	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017050	TTTAAA	2	12	629585	629596	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017050	GAAATA	2	12	642107	642118	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017050	AAAATA	2	12	668558	668569	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017050	TGGTAT	2	12	668950	668961	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017050	TCAATT	2	12	680575	680586	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017050	TTTTAA	2	12	688961	688972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017050	TCAGAT	2	12	691137	691148	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017050	TAAAAC	2	12	691547	691558	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_017050	GGAGTA	2	12	701886	701897	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017050	ACATCA	2	12	708486	708497	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017050	ATTACA	2	12	715238	715249	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017050	ATTAAT	2	12	715767	715778	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017050	TGATTT	2	12	721766	721777	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017050	TAATAT	2	12	721901	721912	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017050	TAATTT	2	12	726134	726145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017050	TATTTT	2	12	737207	737218	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017050	TATTAA	2	12	741301	741312	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017050	TTAATA	2	12	743605	743616	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017050	TGATAT	2	12	743627	743638	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017050	CAAAAA	2	12	744282	744293	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017050	GATATT	2	12	746731	746742	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017050	GTAATT	2	12	747803	747814	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017050	TTATTT	2	12	763497	763508	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017050	AATAAG	2	12	772589	772600	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017050	GAAAAA	2	12	778485	778496	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017050	TTCAAT	2	12	793963	793974	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_017050	TTTTAA	2	12	795628	795639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017050	AAAATA	2	12	797432	797443	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017050	AAAAAT	2	12	800026	800037	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017050	GTTTAT	2	12	800698	800709	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017050	TAATCT	2	12	823004	823015	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_017050	GTACTT	2	12	831591	831602	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_017050	GTGTAT	2	12	831616	831627	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017050	ATATTT	2	12	832741	832752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017050	TTTTTA	2	12	839573	839584	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017050	TACAAG	2	12	843224	843235	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_017050	ACTGAC	2	12	864516	864527	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017050	CACAAA	2	12	869862	869873	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017050	ATTTTG	2	12	886497	886508	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017050	TTAGAT	2	12	892465	892476	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017050	TAATGA	2	12	896078	896089	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017050	GATTTA	2	12	898264	898275	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017050	GGTAAA	2	12	898851	898862	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017050	TCTTTT	2	12	921089	921100	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_017050	AATAGC	2	12	933345	933356	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_017050	TATGTT	2	12	934708	934719	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017050	AAGCTG	2	12	976589	976600	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_017050	TAAATA	2	12	982688	982699	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017050	TTTATT	2	12	985505	985516	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017050	ATCTGT	2	12	999269	999280	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017050	ATTATC	2	12	1015059	1015070	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_017050	TTACTG	2	12	1034677	1034688	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_017050	AAATTT	2	12	1034966	1034977	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017050	TTCACT	2	12	1048589	1048600	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017050	AAAAAT	2	12	1062327	1062338	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017050	TAACAA	2	12	1063994	1064005	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_017050	TTAAAG	2	12	1081894	1081905	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017050	AAGTAA	2	12	1093523	1093534	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017050	ATATTA	2	12	1094353	1094364	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017050	ATATAA	2	12	1099767	1099778	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017050	TTATTT	2	12	1100132	1100143	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017050	AACGTT	2	12	1105478	1105489	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.