MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Chernikova chromosome

Total Repeats: 410

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017049	TGACT	2	10	8807	8816	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017049	GATAC	2	10	8991	9000	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017049	ATTTA	2	10	9350	9359	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017049	TAAAC	2	10	14654	14663	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017049	ATTTA	2	10	19330	19339	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017049	AGTTT	2	10	19528	19537	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017049	TATAA	2	10	19761	19770	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017049	AATCT	2	10	20571	20580	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017049	TTGAG	2	10	28491	28500	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017049	ATTTT	2	10	29212	29221	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017049	TATTT	2	10	29788	29797	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017049	ATATT	2	10	31074	31083	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017049	ATTAA	2	10	31706	31715	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017049	CTTAA	2	10	32060	32069	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017049	ATTTA	2	10	32197	32206	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017049	GTATT	2	10	41432	41441	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017049	TTTAA	2	10	44151	44160	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017049	AATTG	2	10	46063	46072	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017049	AAATT	2	10	50906	50915	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017049	AATAT	2	10	54162	54171	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017049	ATATT	2	10	69965	69974	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017049	TAACA	2	10	70266	70275	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017049	AATGA	2	10	70308	70317	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017049	ACAAA	2	10	71910	71919	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017049	TTAAT	2	10	74821	74830	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017049	ATATA	2	10	79637	79646	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017049	TTGTA	2	10	79758	79767	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017049	AAAAT	2	10	80525	80534	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017049	TTAAT	2	10	88055	88064	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017049	TTATT	2	10	89076	89085	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017049	TTAAC	2	10	89100	89109	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017049	ATATT	2	10	89343	89352	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017049	TCTTT	2	10	90183	90192	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017049	TTTAA	2	10	90594	90603	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017049	TCCTT	2	10	91068	91077	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017049	ATTGT	2	10	91146	91155	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017049	TACTT	2	10	91753	91762	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017049	TTATG	2	10	92684	92693	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017049	TTATG	2	10	94615	94624	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017049	AGTTA	2	10	94656	94665	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017049	TCTAT	2	10	96728	96737	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017049	TTAAT	2	10	108083	108092	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017049	ATTTT	2	10	108137	108146	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017049	TTATT	2	10	108306	108315	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017049	AGTAG	2	10	110078	110087	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017049	CACTA	2	10	110339	110348	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017049	AATAC	2	10	110483	110492	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017049	GTAAT	2	10	112061	112070	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017049	TGTAT	2	10	133679	133688	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017049	TATGT	2	10	139969	139978	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017049	ATTAA	2	10	140220	140229	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017049	TAAGC	2	10	146680	146689	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017049	TAAAT	2	10	146701	146710	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017049	TGAAA	2	10	148054	148063	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017049	TTAAG	2	10	148590	148599	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017049	ATTAA	2	10	158131	158140	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017049	ATATT	2	10	158670	158679	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017049	TTCAT	2	10	170635	170644	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017049	AAGAT	2	10	173209	173218	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017049	ATTAT	2	10	173673	173682	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017049	TAAAA	2	10	174854	174863	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017049	TATTT	2	10	182214	182223	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017049	ATGTA	2	10	187579	187588	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017049	TAATA	2	10	200139	200148	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017049	AATTT	2	10	201589	201598	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017049	AACTT	2	10	203690	203699	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017049	ATTAA	2	10	205931	205940	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017049	AAATC	2	10	207808	207817	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017049	ATATT	2	10	208004	208013	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017049	TAAAA	2	10	208169	208178	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017049	ATTTT	2	10	208401	208410	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017049	ATGTG	2	10	224835	224844	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017049	ATAAA	2	10	228128	228137	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017049	TATCA	2	10	229505	229514	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017049	ATATG	2	10	231982	231991	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017049	TAAAA	2	10	232642	232651	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017049	AATTA	2	10	235658	235667	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017049	ATATA	2	10	235724	235733	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017049	ATTAT	2	10	235746	235755	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017049	ACTAA	2	10	235805	235814	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017049	ATTGC	2	10	236246	236255	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017049	TATAA	2	10	236421	236430	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017049	AATGT	2	10	236792	236801	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017049	TAGTA	2	10	237244	237253	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017049	AACAA	2	10	242673	242682	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017049	CTAAA	2	10	248256	248265	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017049	TTTAA	2	10	248274	248283	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017049	AAATT	2	10	248745	248754	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017049	ATTTA	2	10	248861	248870	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017049	ATTTT	2	10	253425	253434	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017049	ATCCC	2	10	259116	259125	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
92	NC_017049	TGCAA	2	10	259201	259210	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017049	TTTGT	2	10	260518	260527	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017049	ATATA	2	10	262963	262972	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017049	ACCAT	2	10	263517	263526	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017049	AGTAA	2	10	263563	263572	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017049	CATTT	2	10	269679	269688	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017049	TAAAG	2	10	272017	272026	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017049	GTAAT	2	10	272351	272360	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017049	TGATA	2	10	272443	272452	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017049	ATTTC	2	10	272865	272874	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017049	TAATA	2	10	275505	275514	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017049	AAAAG	2	10	277130	277139	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017049	ATTAA	2	10	278907	278916	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017049	TAGTT	2	10	282736	282745	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017049	TAGAA	2	10	287922	287931	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017049	TAATT	2	10	293009	293018	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017049	ATAAG	2	10	301682	301691	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017049	TGCAA	2	10	306229	306238	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017049	TATAA	2	10	308651	308660	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017049	AAATA	2	10	308692	308701	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017049	TTATG	2	10	310474	310483	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017049	ATATA	2	10	314379	314388	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017049	AATAA	2	10	315894	315903	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017049	ATTTA	2	10	320134	320143	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017049	TATAA	2	10	323704	323713	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017049	TAATA	2	10	323898	323907	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017049	CAATA	2	10	330970	330979	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017049	AAATA	2	10	331128	331137	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017049	TATAA	2	10	331193	331202	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017049	ATTTG	2	10	334227	334236	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017049	TAAAC	2	10	337197	337206	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017049	AAATT	2	10	337477	337486	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017049	CATAA	2	10	339667	339676	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017049	AAATA	2	10	340293	340302	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017049	TTATT	2	10	344245	344254	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017049	TTAAT	2	10	351503	351512	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017049	CTATT	2	10	360085	360094	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017049	AATAT	2	10	366404	366413	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017049	ATATC	2	10	367853	367862	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017049	AATAA	2	10	368170	368179	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017049	TAATT	2	10	373768	373777	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017049	CATTA	2	10	378252	378261	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017049	ACATA	2	10	378371	378380	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017049	AATAA	2	10	380945	380954	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017049	TACAA	2	10	394439	394448	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017049	TACAC	2	10	395714	395723	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_017049	TAGAT	2	10	396012	396021	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017049	TTGTA	2	10	398142	398151	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017049	CATTA	2	10	400545	400554	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017049	GATAT	2	10	400698	400707	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017049	TGATA	2	10	402187	402196	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017049	TTATT	2	10	406181	406190	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017049	TATTG	2	10	406251	406260	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017049	AATAA	2	10	406352	406361	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017049	TATGG	2	10	420457	420466	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017049	TCTAT	2	10	430408	430417	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_017049	ATGAT	2	10	430522	430531	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017049	TTAAT	2	10	439827	439836	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017049	ATATT	2	10	441202	441211	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017049	GACAA	2	10	444472	444481	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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187	NC_017049	TAAAT	2	10	542762	542771	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_017049	ATACT	2	10	542931	542940	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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193	NC_017049	TTTTA	2	10	562728	562737	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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292	NC_017049	CAAAT	2	10	824531	824540	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.