MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. GvV257 chromosome

Total Repeats: 158

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017048	AATAAG	2	12	2824	2835	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017048	GAAAAA	2	12	8720	8731	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017048	TTCAAT	2	12	24198	24209	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017048	TTTTAA	2	12	25859	25870	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017048	AAAATA	2	12	27663	27674	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017048	AAAAAT	2	12	30257	30268	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017048	GTTTAT	2	12	30929	30940	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017048	TAATCT	2	12	53235	53246	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017048	GTACTT	2	12	61819	61830	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017048	GTGTAT	2	12	61844	61855	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017048	ATATTT	2	12	62969	62980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017048	TTTTTA	2	12	69800	69811	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017048	TACAAG	2	12	73450	73461	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017048	ACTGAC	2	12	94741	94752	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017048	CACAAA	2	12	100088	100099	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017048	ATTTTG	2	12	116717	116728	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017048	TTAGAT	2	12	122685	122696	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017048	TAATGA	2	12	126299	126310	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017048	TTTTTC	2	12	127180	127191	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017048	ATACAT	2	12	127593	127604	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017048	CTATAT	2	12	127721	127732	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017048	GATTTA	2	12	128485	128496	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017048	GGTAAA	2	12	129072	129083	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017048	GAAGCA	2	12	129655	129666	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017048	AATTAA	2	12	130405	130416	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017048	AATATG	2	12	130582	130593	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017048	TCTTTT	2	12	151559	151570	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017048	AATAGC	2	12	163816	163827	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017048	TATGTT	2	12	165179	165190	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017048	ATATTA	2	12	203053	203064	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017048	CCTTTA	2	12	203671	203682	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017048	AAGCTG	2	12	207059	207070	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017048	TAAATA	2	12	213156	213167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017048	TTTATT	2	12	215973	215984	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017048	ATCTGT	2	12	229774	229785	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017048	ATTATC	2	12	245563	245574	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017048	TTACTG	2	12	265180	265191	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017048	AAATTT	2	12	265469	265480	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017048	TATTGT	2	12	265661	265672	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017048	TTCACT	2	12	279090	279101	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017048	AAAAAT	2	12	292807	292818	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017048	TAACAA	2	12	294474	294485	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017048	TTAAAG	2	12	312374	312385	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017048	AAGTAA	2	12	324003	324014	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017048	ATATTA	2	12	324833	324844	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017048	ATATAA	2	12	330247	330258	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017048	TTATTT	2	12	330612	330623	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017048	AACGTT	2	12	335956	335967	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017048	TTCTTA	2	12	336254	336265	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017048	TATAAA	2	12	338886	338897	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017048	TTTTAT	2	12	352637	352648	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017048	GAAGAT	2	12	358282	358293	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017048	AATATA	2	12	359005	359016	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017048	ATTTAA	2	12	360250	360261	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017048	AATTAT	2	12	360473	360484	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017048	ATCTAA	2	12	361333	361344	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017048	TACTAG	2	12	371506	371517	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017048	CTACGT	2	12	371695	371706	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017048	AGAAAC	2	12	371747	371758	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017048	AATAAG	2	12	374513	374524	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017048	TTTAAT	2	12	379447	379458	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017048	CTTTGT	2	12	386527	386538	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017048	ATAAAA	2	12	394841	394852	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017048	CACTTG	2	12	398734	398745	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017048	GAAAAA	2	12	398898	398909	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017048	GCATTT	2	12	434053	434064	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017048	ATAATT	2	12	495199	495210	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017048	TAGAGA	2	12	495737	495748	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017048	TATGTA	2	12	515158	515169	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017048	TAAAAT	2	12	526626	526637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017048	TTTAAT	2	12	533954	533965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017048	TCACAA	2	12	535374	535385	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017048	TTAATA	2	12	538917	538928	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017048	TGAAGA	2	12	539544	539555	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017048	TCTTAA	2	12	545715	545726	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017048	AATTCA	2	12	551822	551833	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017048	ACTATA	2	12	552004	552015	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017048	AATCTT	2	12	568622	568633	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017048	TTTCTT	2	12	575489	575500	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017048	GCAATT	2	12	576823	576834	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017048	TAAAAA	2	12	579787	579798	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017048	GTAAAG	2	12	580986	580997	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017048	AAATAA	2	12	589830	589841	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017048	CAATTA	2	12	592165	592176	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017048	AGTAAA	2	12	596630	596641	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017048	TAAAAT	2	12	599811	599822	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017048	CAACTG	2	12	604641	604652	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017048	GATTTT	2	12	606598	606609	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017048	TCAGGA	2	12	609916	609927	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017048	TTGCAA	2	12	612653	612664	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017048	AAAATA	2	12	613676	613687	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017048	TTACTA	2	12	619932	619943	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017048	TTATAA	2	12	645613	645624	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017048	AAGGAT	2	12	653196	653207	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017048	AATTTA	2	12	655118	655129	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017048	TTAATT	2	12	655381	655392	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017048	ATAATT	2	12	655728	655739	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017048	TTTAAA	2	12	662453	662464	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017048	TAAAAT	2	12	665618	665629	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017048	AAATTT	2	12	667958	667969	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017048	TTTATT	2	12	672543	672554	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017048	ATTTTT	2	12	676434	676445	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017048	GCATTA	2	12	678278	678289	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017048	GTAAAA	2	12	681304	681315	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017048	ATATTT	2	12	683605	683616	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017048	CACTTT	2	12	684884	684895	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_017048	TCAATA	2	12	693481	693492	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017048	TAAAAT	2	12	695538	695549	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017048	TCAGTA	2	12	703966	703977	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017048	TTAACT	2	12	704507	704518	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_017048	TATCTA	2	12	710303	710314	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_017048	TATTAG	2	12	712166	712177	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017048	AATTTT	2	12	717581	717592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017048	CATTAT	2	12	764986	764997	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_017048	AGAAAA	2	12	767225	767236	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017048	ATATCT	2	12	779420	779431	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_017048	TTAATT	2	12	788040	788051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017048	ATTTTA	2	12	788648	788659	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017048	TTAGTA	3	18	792205	792222	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017048	TTTTTA	2	12	793561	793572	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017048	TCTATT	2	12	824639	824650	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017048	ATTTAG	2	12	825926	825937	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017048	TAAATA	2	12	826718	826729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017048	TATTTT	2	12	846534	846545	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017048	ATTTTT	2	12	849984	849995	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017048	AAATTT	2	12	874586	874597	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017048	TTTATA	2	12	886705	886716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017048	GCAAAA	2	12	896647	896658	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017048	CATTAA	2	12	897085	897096	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017048	ATACAG	2	12	905969	905980	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_017048	GTATAA	2	12	911590	911601	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017048	AATAAA	2	12	912034	912045	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017048	AAAGCA	2	12	922389	922400	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_017048	TCTATT	2	12	946356	946367	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_017048	ATTTTG	2	12	951284	951295	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017048	CATAAT	2	12	956142	956153	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_017048	TTTAAA	2	12	971765	971776	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017048	GAAATA	2	12	984277	984288	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017048	AAAATA	2	12	1010731	1010742	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017048	TGGTAT	2	12	1011123	1011134	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017048	TCAATT	2	12	1022748	1022759	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.