MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia parkeri str. Portsmouth chromosome

Total Repeats: 129

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017044	AGAAAA	2	12	14299	14310	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017044	TAGCTC	2	12	14362	14373	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017044	AGAACA	2	12	18249	18260	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017044	CAAATA	2	12	27248	27259	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017044	TAAAGT	2	12	27411	27422	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017044	TTTAGG	2	12	28793	28804	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017044	AAGAAA	2	12	39173	39184	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017044	ATCTTT	2	12	41598	41609	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017044	AGTATT	2	12	52026	52037	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017044	ATAAAA	2	12	69214	69225	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017044	ATTTAT	2	12	69247	69258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017044	TTTAAG	2	12	78470	78481	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017044	TATTAA	2	12	87703	87714	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017044	TTTTAA	2	12	93475	93486	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017044	TAAAAA	2	12	96203	96214	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017044	CTCAAT	2	12	122727	122738	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017044	TATTTT	2	12	130990	131001	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017044	TTTTAA	2	12	170865	170876	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017044	TATTTA	2	12	211247	211258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017044	TATTTT	2	12	255896	255907	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017044	TAATTA	2	12	256821	256832	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017044	AAATAA	2	12	264434	264445	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017044	AAAATG	2	12	264500	264511	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017044	ATGACG	2	12	273240	273251	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017044	ATTGCA	2	12	277281	277292	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017044	ATTAAA	2	12	283961	283972	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017044	TAAAAT	2	12	286049	286060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017044	CCTGAA	2	12	287676	287687	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017044	CAAATA	2	12	293172	293183	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017044	TATTGT	2	12	296540	296551	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017044	ATCTTT	2	12	309342	309353	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017044	CAGAAA	2	12	333556	333567	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017044	ATTTAT	2	12	373115	373126	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017044	AAGATA	2	12	374397	374408	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017044	ATAAAA	2	12	374890	374901	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017044	TTTTAC	2	12	376988	376999	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017044	ATATAA	2	12	379805	379816	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017044	TATTGT	2	12	389318	389329	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017044	TAAAAT	2	12	390988	390999	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017044	AAATTA	2	12	391011	391022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017044	ATCTTT	2	12	399175	399186	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017044	AATTCT	2	12	448896	448907	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017044	TGTAGG	2	12	468481	468492	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017044	AATATC	2	12	487426	487437	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017044	TTGGCG	2	12	496210	496221	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017044	AAATTT	2	12	496258	496269	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017044	ATACCG	2	12	520675	520686	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017044	TTAATT	2	12	526549	526560	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017044	TCATTG	2	12	531757	531768	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017044	AATTTA	2	12	548142	548153	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017044	TAGTTT	2	12	551521	551532	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017044	TATTAA	2	12	554960	554971	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017044	TAATTT	2	12	555754	555765	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017044	CTATAT	2	12	565427	565438	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017044	CATATT	2	12	565961	565972	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017044	TGCTTG	2	12	566087	566098	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017044	TATCAA	2	12	566388	566399	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017044	CTTTAG	2	12	568878	568889	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017044	CAAAAA	2	12	571997	572008	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017044	AATATA	2	12	586112	586123	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017044	GCTTGT	2	12	600142	600153	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017044	ACAAAA	2	12	608608	608619	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017044	TGCAAA	2	12	610954	610965	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017044	TATAGT	2	12	628098	628109	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017044	AAAGCT	2	12	629293	629304	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017044	ATTTAA	2	12	660180	660191	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017044	TGCTTC	2	12	672599	672610	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017044	TAAAAC	2	12	673528	673539	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017044	CTTCAA	2	12	688174	688185	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017044	ATTTAA	2	12	688280	688291	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017044	ATCTAG	2	12	695048	695059	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017044	TATAAA	2	12	738153	738164	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017044	TTTGTA	2	12	762268	762279	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017044	TATAAT	2	12	762901	762912	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017044	TATATT	2	12	777427	777438	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017044	TTTTAT	2	12	782285	782296	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017044	ATATTT	2	12	783822	783833	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017044	TAAAGC	2	12	788878	788889	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017044	TATTTT	2	12	799707	799718	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017044	GCTTCA	2	12	816741	816752	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017044	ATAATT	2	12	821550	821561	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017044	AAATTT	2	12	822148	822159	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017044	ATAAAC	2	12	822953	822964	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017044	AGCGAT	2	12	823352	823363	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017044	TAAACA	2	12	824011	824022	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017044	ATCGTC	2	12	832857	832868	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017044	TATTTT	2	12	874136	874147	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017044	TTAATA	2	12	881049	881060	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017044	ATTTAA	2	12	890164	890175	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017044	TATTAA	2	12	891826	891837	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017044	TCTGAC	2	12	909479	909490	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017044	AACATC	2	12	909737	909748	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017044	ATATAA	2	12	923638	923649	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017044	AATATT	2	12	923802	923813	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017044	GCATTG	2	12	944487	944498	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017044	TTCAAA	2	12	946556	946567	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_017044	TTTATC	2	12	976934	976945	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_017044	CCGATA	2	12	977795	977806	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017044	ACAAAA	2	12	982321	982332	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017044	TAATTT	2	12	994925	994936	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017044	TGCTCT	2	12	996331	996342	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017044	GCCATG	2	12	1003565	1003576	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017044	TTTAAA	2	12	1010807	1010818	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017044	ATATCC	2	12	1011827	1011838	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017044	ATTAGG	2	12	1016291	1016302	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017044	AATTAT	2	12	1019113	1019124	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017044	ATCAAT	2	12	1019863	1019874	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017044	CATTGT	2	12	1020488	1020499	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017044	CATATT	2	12	1025522	1025533	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017044	AATTTA	2	12	1039913	1039924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017044	TTAATA	2	12	1059293	1059304	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017044	CAAGAA	2	12	1059395	1059406	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_017044	AACAAT	2	12	1062929	1062940	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017044	CTTTAT	2	12	1063192	1063203	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_017044	TTAAAT	2	12	1071826	1071837	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017044	TTATAT	2	12	1072034	1072045	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017044	TTAGTT	2	12	1073701	1073712	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017044	TAGTGA	2	12	1074425	1074436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017044	CAAGAA	2	12	1077442	1077453	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017044	CTTTTA	2	12	1103783	1103794	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017044	AGCTTA	2	12	1115766	1115777	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017044	AACACC	2	12	1134114	1134125	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_017044	TCTAGT	2	12	1138177	1138188	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_017044	TGTTCC	2	12	1199859	1199870	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017044	CCTAAT	2	12	1244468	1244479	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017044	TCATTG	2	12	1245911	1245922	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_017044	TTTATC	2	12	1280472	1280483	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_017044	AAAAGA	2	12	1296375	1296386	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017044	CAAAAT	2	12	1296675	1296686	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.