MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia rhipicephali str. 3-7-female6-CWPP chromosome

Total Repeats: 152

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017042	TCATTT	2	12	4705	4716	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017042	CCTAAT	2	12	17803	17814	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017042	TTAAAA	2	12	23225	23236	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017042	ATTAGA	2	12	33878	33889	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017042	TGATTT	2	12	34323	34334	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017042	TTCTTT	2	12	34582	34593	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017042	GATAAA	2	12	50277	50288	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017042	ATAACA	2	12	69047	69058	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017042	AACTCT	2	12	69181	69192	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017042	GAAAAA	2	12	69854	69865	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017042	AAAGAT	2	12	69971	69982	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017042	CAAAAA	2	12	74264	74275	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017042	ACCTAA	2	12	83617	83628	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017042	ACTTTA	2	12	85089	85100	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017042	GATAAT	2	12	85658	85669	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017042	TTTTCT	2	12	98372	98383	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017042	TTTCTT	2	12	99729	99740	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017042	CATAGG	2	12	102357	102368	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017042	TTTCTT	2	12	129620	129631	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017042	AGTATT	2	12	129846	129857	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017042	ATAAAA	2	12	146997	147008	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017042	ATTTAT	2	12	147030	147041	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017042	TATAGT	2	12	153197	153208	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017042	TATAAA	2	12	162029	162040	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017042	ATTTAA	2	12	166403	166414	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017042	TTTTAA	2	12	171650	171661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017042	TAAAAA	2	12	174906	174917	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017042	TTAATA	2	12	210027	210038	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017042	TATTTT	2	12	211089	211100	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017042	AATCAA	2	12	211818	211829	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017042	TTTTAA	2	12	250376	250387	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017042	AATTTA	2	12	254100	254111	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017042	CACTAC	2	12	309144	309155	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_017042	AGCTTC	2	12	311095	311106	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017042	CTAGCA	2	12	311341	311352	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017042	TCTGTC	2	12	313385	313396	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017042	TATTAA	2	12	314671	314682	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017042	TATTTT	2	12	336266	336277	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017042	TAATTA	2	12	337282	337293	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017042	AAATAA	2	12	343998	344009	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017042	GCACCG	2	12	344944	344955	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
42	NC_017042	ATGACG	2	12	352421	352432	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017042	ATTGCA	2	12	356457	356468	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017042	GATAAA	2	12	363817	363828	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017042	TAAAAT	2	12	364430	364441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017042	CCTGAA	2	12	366048	366059	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017042	GCCTTT	2	12	368422	368433	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017042	CAAATA	2	12	371756	371767	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017042	TATTGT	2	12	375201	375212	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017042	ACTATT	2	12	385285	385296	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017042	TATTAA	2	12	387070	387081	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017042	CGTGGG	2	12	404458	404469	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017042	ATTTAT	2	12	453747	453758	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017042	AAGATA	2	12	457801	457812	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017042	ATAAAA	2	12	458273	458284	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017042	TATTGT	2	12	469745	469756	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017042	ATGATT	2	12	471349	471360	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017042	TAAAAT	2	12	471434	471445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017042	AAATTA	2	12	471457	471468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017042	AAATAA	2	12	489036	489047	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017042	AGTATT	2	12	501566	501577	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017042	AATTTA	2	12	516999	517010	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017042	CTATAT	2	12	517651	517662	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017042	ATTTAA	3	18	519780	519797	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017042	TTGATG	2	12	521594	521605	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017042	TGTAGG	2	12	548290	548301	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017042	ATATCA	2	12	551750	551761	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017042	AAATAA	2	12	558980	558991	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017042	TTTAAG	2	12	560676	560687	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017042	AATATC	2	12	567683	567694	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_017042	ATTGGC	2	12	576499	576510	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017042	AAATTT	2	12	576548	576559	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017042	GCATAT	2	12	597058	597069	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017042	TTAATT	2	12	606569	606580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017042	GATTGT	2	12	624070	624081	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017042	AATTTA	2	12	628477	628488	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017042	TAGTTT	2	12	631872	631883	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017042	AATGAA	2	12	633641	633652	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017042	TATTAA	2	12	635304	635315	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017042	ATATTA	2	12	644623	644634	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017042	TAGTAT	2	12	644699	644710	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017042	TTAATA	2	12	645440	645451	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017042	TATCAA	2	12	646901	646912	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017042	CAAAAA	2	12	652485	652496	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017042	AATATA	2	12	666386	666397	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017042	ACTATA	2	12	673342	673353	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017042	GATTTT	2	12	680494	680505	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017042	GCTTGT	2	12	680718	680729	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017042	TGCAAA	2	12	691708	691719	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017042	TTAATA	2	12	712137	712148	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017042	TTGTAG	2	12	721488	721499	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017042	ATTTAA	2	12	741253	741264	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017042	ATATAA	2	12	755934	755945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017042	CAATCT	2	12	756927	756938	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017042	TATCAA	2	12	777916	777927	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017042	TTGATT	2	12	778741	778752	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017042	AATTTA	2	12	779115	779126	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017042	TTCTTT	2	12	798087	798098	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017042	GCCTAA	2	12	807513	807524	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017042	TACAAA	2	12	815825	815836	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017042	ATTATA	2	12	817852	817863	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017042	CTATTT	2	12	833038	833049	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017042	ATACCG	2	12	850070	850081	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_017042	AAACTG	2	12	853870	853881	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017042	CTACTC	2	12	865988	865999	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_017042	CGGTTA	2	12	887217	887228	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017042	GTGCTT	2	12	887255	887266	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017042	CATTTA	2	12	890152	890163	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017042	GAGTAG	2	12	891447	891458	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017042	TTTATG	2	12	893551	893562	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017042	TAATAT	2	12	899293	899304	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017042	TATTTT	2	12	907069	907080	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017042	TATTTT	2	12	937184	937195	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017042	TTAATA	2	12	944098	944109	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017042	TTAAAA	2	12	947227	947238	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017042	CTAAAC	2	12	947530	947541	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017042	TTGATA	2	12	949828	949839	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017042	ATTTAA	2	12	953430	953441	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017042	TTAATA	2	12	980366	980377	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017042	TTTAGT	2	12	983535	983546	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017042	AATATT	2	12	986700	986711	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017042	TTCAAA	2	12	1011691	1011702	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_017042	CTATAA	2	12	1021396	1021407	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_017042	ACCGAT	2	12	1043608	1043619	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017042	ACAAAA	2	12	1048299	1048310	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_017042	TTGCTT	2	12	1056639	1056650	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_017042	TAATTT	2	12	1061678	1061689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017042	TTTAAA	2	12	1076867	1076878	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017042	ATATCC	2	12	1077899	1077910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017042	ATTAGG	2	12	1082370	1082381	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017042	CATATT	2	12	1089269	1089280	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_017042	AATTTA	2	12	1103592	1103603	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017042	TTAATA	2	12	1122196	1122207	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017042	ACAATA	2	12	1125847	1125858	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_017042	CTTTAT	2	12	1126110	1126121	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_017042	TTAAAT	2	12	1134767	1134778	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017042	TTCAAT	2	12	1135238	1135249	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_017042	TTAGTT	2	12	1136653	1136664	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017042	AGCATT	2	12	1142615	1142626	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_017042	CCATAC	2	12	1145824	1145835	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_017042	ATTGCT	2	12	1145944	1145955	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_017042	TGAGGC	2	12	1149965	1149976	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_017042	ACTAGA	2	12	1197727	1197738	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_017042	GGTGTT	2	12	1201729	1201740	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017042	TAAGCT	2	12	1220007	1220018	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_017042	TTTCTC	2	12	1254634	1254645	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_017042	GTTCTT	2	12	1254813	1254824	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_017042	TTAATA	2	12	1259476	1259487	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017042	GCCTGT	2	12	1261258	1261269	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_017042	TGTTCC	2	12	1263994	1264005	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_017042	TCCTGG	2	12	1265168	1265179	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_017042	TATAAA	2	12	1284239	1284250	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.