MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia massiliae str. AZT80 chromosome

Total Repeats: 369

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016931	TATGT	2	10	8572	8581	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016931	ATTTA	2	10	11295	11304	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016931	ATTTT	2	10	12556	12565	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016931	TTAGG	2	10	22938	22947	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016931	ATTGC	2	10	26252	26261	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_016931	TAATA	2	10	29542	29551	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016931	TAATG	2	10	29678	29687	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016931	AGAAA	2	10	30736	30745	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016931	GTACT	2	10	32035	32044	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_016931	AGTTA	2	10	35343	35352	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016931	GGCTC	2	10	35820	35829	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_016931	AGCAG	2	10	36240	36249	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_016931	TAATA	2	10	37474	37483	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016931	TTTAA	2	10	41955	41964	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016931	TATAA	2	10	47464	47473	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016931	AGTTC	2	10	47561	47570	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_016931	ATGTT	2	10	50747	50756	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016931	CTATA	2	10	54283	54292	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_016931	CGCTC	2	10	54958	54967	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
20	NC_016931	AAGTG	2	10	56842	56851	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016931	TGAGT	2	10	58442	58451	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016931	TTAGT	2	10	60716	60725	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016931	CTTGA	2	10	61945	61954	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_016931	TTATT	2	10	63035	63044	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016931	TTTTA	2	10	63140	63149	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016931	AAAAC	2	10	68260	68269	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_016931	ATAAA	2	10	69375	69384	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016931	AAAGA	2	10	71417	71426	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016931	TAAAC	2	10	72318	72327	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_016931	TAATA	2	10	72765	72774	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016931	ATTTA	2	10	74886	74895	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016931	TAATT	2	10	103821	103830	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016931	TACAA	2	10	105129	105138	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_016931	TGTAT	2	10	119702	119711	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016931	AATTA	2	10	131435	131444	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016931	ATCTA	2	10	166964	166973	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_016931	AAATC	2	10	181422	181431	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_016931	TTTAA	2	10	181488	181497	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016931	ATTTT	2	10	181527	181536	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016931	GAGAG	2	10	181704	181713	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016931	CGCTC	2	10	190417	190426	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_016931	TTTAT	2	10	206079	206088	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016931	AATTA	2	10	210125	210134	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016931	TAAAT	2	10	210142	210151	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016931	TAAAA	2	10	210177	210186	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016931	AGACA	2	10	210239	210248	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_016931	GTTTT	2	10	210721	210730	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016931	ATTAT	2	10	212346	212355	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016931	ATTTA	2	10	214830	214839	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016931	AAATT	2	10	216363	216372	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016931	TTTCT	2	10	216378	216387	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_016931	CTTGT	2	10	216916	216925	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_016931	GTCAA	2	10	218860	218869	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_016931	TAATA	2	10	225386	225395	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016931	TAAAT	2	10	227029	227038	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016931	TATAT	2	10	228399	228408	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016931	ATTAA	2	10	230917	230926	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016931	TCCCA	2	10	233588	233597	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
59	NC_016931	ATTAT	2	10	234244	234253	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016931	TGGAG	2	10	245730	245739	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016931	TATTT	2	10	256278	256287	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016931	GACAA	2	10	256426	256435	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_016931	CTACA	2	10	258277	258286	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_016931	AAGGA	2	10	259463	259472	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016931	TATAA	2	10	260145	260154	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016931	TATAC	2	10	275409	275418	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_016931	AAAAT	2	10	275777	275786	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016931	TAAAA	2	10	276673	276682	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016931	CGAAG	2	10	280968	280977	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_016931	ATCCC	2	10	282029	282038	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
71	NC_016931	TAATA	2	10	285594	285603	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016931	TAATT	2	10	288742	288751	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016931	GATAT	2	10	299287	299296	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016931	AGTAA	2	10	301317	301326	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016931	TAAAG	2	10	301744	301753	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016931	TTGGT	2	10	305954	305963	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016931	ATATT	2	10	312375	312384	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016931	CGCTC	2	10	314650	314659	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
79	NC_016931	TCGCT	2	10	315354	315363	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_016931	TTAAA	2	10	327312	327321	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016931	TAATT	2	10	327374	327383	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016931	TGGTT	2	10	355390	355399	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016931	ATTTT	2	10	355859	355868	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016931	CTTTT	2	10	356586	356595	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_016931	ATTTT	2	10	361586	361595	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016931	AATAA	2	10	364921	364930	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016931	TTAGT	2	10	364961	364970	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016931	TTATA	2	10	371033	371042	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016931	TCATA	2	10	371308	371317	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_016931	ATTTA	2	10	376597	376606	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016931	AATTA	2	10	379002	379011	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016931	TGCCT	2	10	382724	382733	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_016931	TAAAT	2	10	394315	394324	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016931	ATTAT	2	10	396473	396482	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016931	CGCTC	2	10	403144	403153	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
96	NC_016931	CTTGC	2	10	403154	403163	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_016931	AGTTA	2	10	415880	415889	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016931	AAAGA	2	10	416253	416262	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016931	AAAAT	2	10	418620	418629	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016931	TATAT	2	10	420953	420962	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016931	ATTTT	2	10	430070	430079	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016931	AATTT	2	10	430806	430815	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016931	TTATT	2	10	432684	432693	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016931	TAAAA	2	10	434503	434512	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016931	ATTAT	2	10	440817	440826	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016931	AGAAT	2	10	443481	443490	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016931	GATTT	2	10	443520	443529	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016931	ATTTA	2	10	444991	445000	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016931	ATTAA	2	10	446157	446166	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016931	CATTC	2	10	447083	447092	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_016931	CAATG	2	10	448964	448973	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_016931	ATGTA	2	10	450450	450459	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016931	TATGA	2	10	450737	450746	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016931	TAGAA	2	10	468754	468763	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016931	GGCAA	2	10	469464	469473	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_016931	TACAT	2	10	469829	469838	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_016931	TAAAG	2	10	469849	469858	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016931	GCAAG	2	10	473361	473370	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_016931	AGTTT	2	10	474387	474396	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016931	TCCTT	2	10	479359	479368	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_016931	AATTT	2	10	480749	480758	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016931	CGCTC	2	10	482241	482250	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
123	NC_016931	AATAG	2	10	485883	485892	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016931	TACTT	2	10	487168	487177	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_016931	GGGCA	2	10	487957	487966	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
126	NC_016931	AATGA	2	10	489649	489658	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016931	CGCTC	2	10	492007	492016	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
128	NC_016931	AAATT	2	10	499730	499739	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016931	CGCTC	2	10	504175	504184	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_016931	TGCGA	2	10	506905	506914	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_016931	AAGGT	2	10	507484	507493	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016931	CTTAT	2	10	508179	508188	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_016931	TTGCA	2	10	512534	512543	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_016931	TTTTA	2	10	515028	515037	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016931	ATTTT	2	10	518840	518849	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016931	TATAA	2	10	520462	520471	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016931	TTTAT	2	10	525625	525634	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016931	AAGTG	2	10	534707	534716	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016931	ATTAC	2	10	534991	535000	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_016931	TAAAA	2	10	536406	536415	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016931	TTATC	2	10	540847	540856	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_016931	ATTAT	2	10	541222	541231	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016931	AATAA	2	10	542511	542520	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016931	TAAGC	2	10	543226	543235	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_016931	GGATG	2	10	543397	543406	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016931	TTTAA	2	10	546742	546751	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016931	GGGTA	2	10	546946	546955	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016931	ATTTA	2	10	547664	547673	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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187	NC_016931	ATAAA	2	10	675725	675734	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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279	NC_016931	ATTAA	2	10	967608	967617	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.