MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia philipii str. 364D chromosome

Total Repeats: 134

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016930	AAAGAC	2	12	10780	10791	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_016930	CAAATA	2	12	25172	25183	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_016930	TAAAGT	2	12	25335	25346	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016930	TTTAGG	2	12	26713	26724	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016930	TTTTTG	2	12	35919	35930	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016930	AAGAAA	2	12	36834	36845	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016930	ATCTTT	2	12	39252	39263	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_016930	AGTATT	2	12	49538	49549	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016930	AACACC	2	12	55258	55269	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_016930	ATAAAA	2	12	66716	66727	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016930	AAGGAC	2	12	85902	85913	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016930	TTTTAA	2	12	90694	90705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016930	TAAAAA	2	12	93426	93437	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016930	CTCAAT	2	12	120107	120118	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_016930	CAATAT	2	12	161107	161118	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_016930	TTTTAA	2	12	167877	167888	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016930	AATTTA	2	12	171630	171641	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016930	TATTTA	2	12	208374	208385	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016930	CACTAC	2	12	226883	226894	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_016930	TCTGTC	2	12	231233	231244	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_016930	TATTTT	2	12	253669	253680	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016930	TAATTA	2	12	254594	254605	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016930	CTTTAA	2	12	262081	262092	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_016930	AAATAA	2	12	262224	262235	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016930	AAAATG	2	12	262290	262301	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016930	ATGACG	2	12	271014	271025	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_016930	ATTGCA	2	12	274317	274328	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_016930	ATTAAA	2	12	281017	281028	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016930	TAAAAT	2	12	283140	283151	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016930	CCTGAA	2	12	284767	284778	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_016930	TATTGT	2	12	293622	293633	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016930	ATCTTT	2	12	306536	306547	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_016930	CAGAAA	2	12	331593	331604	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_016930	AATATT	2	12	343000	343011	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016930	GCTATA	2	12	366490	366501	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_016930	ATTTAT	2	12	371101	371112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016930	AAGATA	2	12	372386	372397	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016930	CAGTTT	2	12	373892	373903	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_016930	TTTTAC	2	12	375113	375124	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_016930	ATATAA	2	12	377686	377697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016930	TATTGT	2	12	386995	387006	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016930	TAAAAT	2	12	388662	388673	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016930	AAATTA	2	12	388685	388696	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016930	GAACAT	2	12	398295	398306	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_016930	GTCGGT	2	12	434550	434561	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_016930	TGTAGG	2	12	466572	466583	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016930	TTGGCG	2	12	494477	494488	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_016930	AAATTT	2	12	494525	494536	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016930	ATCAGT	2	12	509307	509318	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_016930	TTGTTA	2	12	509976	509987	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016930	ATACCG	2	12	518881	518892	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_016930	TCATTG	2	12	530006	530017	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_016930	ATACTA	2	12	532977	532988	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_016930	AATTTA	2	12	546493	546504	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016930	TAGTTT	2	12	549861	549872	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016930	TATTAA	2	12	553277	553288	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016930	ATTTTA	2	12	554068	554079	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016930	CTATAT	2	12	563775	563786	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_016930	CATATT	2	12	564310	564321	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_016930	TGCTTG	2	12	564437	564448	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_016930	TATCAA	2	12	564738	564749	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_016930	CAAAAA	2	12	570359	570370	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_016930	AATATA	2	12	584455	584466	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016930	GCTTGT	2	12	598349	598360	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_016930	ACAAAA	2	12	606896	606907	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_016930	TATTAA	2	12	619394	619405	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016930	TGCTAA	2	12	621375	621386	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_016930	TGCTTC	2	12	672069	672080	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_016930	TAAAAC	2	12	672996	673007	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_016930	ATATAA	2	12	674355	674366	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016930	AAATTA	2	12	688979	688990	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016930	TATCAA	2	12	703698	703709	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_016930	CTAGAG	2	12	718253	718264	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_016930	CATAAA	2	12	723546	723557	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_016930	TCTACT	2	12	727329	727340	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_016930	AAGATA	2	12	747165	747176	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016930	TATATT	2	12	764514	764525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016930	TTTTAT	2	12	769366	769377	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016930	ATATTT	2	12	770980	770991	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016930	CTACTC	2	12	781380	781391	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_016930	TAACAT	2	12	782210	782221	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016930	TATTTT	2	12	786884	786895	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016930	ATAATT	2	12	808724	808735	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016930	AAATTT	2	12	809319	809330	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016930	ATAAAC	2	12	810122	810133	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_016930	TAAACA	2	12	811179	811190	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_016930	ATCGTC	2	12	819988	819999	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_016930	TATTTT	2	12	859532	859543	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016930	TTAATA	2	12	866445	866456	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016930	CTAAAC	2	12	869863	869874	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_016930	TTGATA	2	12	872142	872153	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016930	ATTTAA	2	12	875620	875631	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016930	GATATA	2	12	884721	884732	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016930	TGACTA	2	12	894831	894842	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_016930	AACATC	2	12	895097	895108	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_016930	CTCAAG	2	12	906872	906883	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_016930	TAGCAC	2	12	940608	940619	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_016930	AAATAC	2	12	942766	942777	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_016930	ACTTCC	2	12	944376	944387	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_016930	CTATAA	2	12	945159	945170	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_016930	TTTATC	2	12	966524	966535	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_016930	ACAAAA	2	12	971979	971990	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_016930	TAATTT	2	12	984449	984460	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016930	TGCTCT	2	12	985847	985858	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_016930	GCCATG	2	12	993140	993151	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_016930	ATATCC	2	12	1001470	1001481	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_016930	ATTAGG	2	12	1007814	1007825	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016930	AATTAT	2	12	1010494	1010505	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016930	ATCAAT	2	12	1011442	1011453	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_016930	CATTGT	2	12	1012365	1012376	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_016930	AATATG	2	12	1017278	1017289	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016930	AATTTA	2	12	1031661	1031672	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016930	TTAATA	2	12	1050998	1051009	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016930	CAAGAA	2	12	1051100	1051111	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_016930	TACACC	2	12	1054783	1054794	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_016930	CTTTAT	2	12	1054878	1054889	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_016930	TTAAAT	2	12	1063505	1063516	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016930	TTATAT	2	12	1063713	1063724	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016930	TTAGTT	2	12	1065381	1065392	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016930	TAGTGA	2	12	1066116	1066127	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016930	ATCTGT	2	12	1082818	1082829	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_016930	CTTTTA	2	12	1089603	1089614	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_016930	AGCTTA	2	12	1101802	1101813	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_016930	AGTTTA	2	12	1101905	1101916	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016930	AACACC	2	12	1120154	1120165	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_016930	GCCTGT	2	12	1182178	1182189	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_016930	TGTTCC	2	12	1185786	1185797	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_016930	TCCTGG	2	12	1186892	1186903	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_016930	TCATTT	2	12	1216075	1216086	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_016930	GCCCCA	2	12	1222954	1222965	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_016930	CCTAAT	2	12	1229307	1229318	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_016930	TCATTG	2	12	1230749	1230760	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_016930	TTTATC	2	12	1264583	1264594	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_016930	AAAAGA	2	12	1280250	1280261	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.