MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia philipii str. 364D chromosome

Total Repeats: 327

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016930	AATTA	2	10	9107	9116	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016930	AGAAT	2	10	10835	10844	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016930	GAATT	2	10	11190	11199	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016930	TTTAA	2	10	18497	18506	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016930	TATAA	2	10	24272	24281	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016930	AAGTG	2	10	32975	32984	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016930	ATTTT	2	10	32987	32996	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016930	TTAGT	2	10	37236	37245	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016930	TTATT	2	10	39701	39710	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016930	TTTTA	2	10	39805	39814	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016930	AGTTG	2	10	40553	40562	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016930	TAAGT	2	10	43103	43112	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016930	AAGAG	2	10	47126	47135	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016930	TTTAA	2	10	47801	47810	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016930	TTTCT	2	10	48874	48883	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_016930	CATTA	2	10	49925	49934	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_016930	ATTAT	2	10	56557	56566	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016930	TAAAT	2	10	67986	67995	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016930	ACATA	2	10	70714	70723	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_016930	ATACA	2	10	81513	81522	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_016930	TTAAA	2	10	85297	85306	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016930	ACTAT	2	10	95111	95120	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_016930	TAATA	2	10	95129	95138	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016930	TTGTA	2	10	95267	95276	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016930	CATTT	2	10	96422	96431	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_016930	AATTA	2	10	96572	96581	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016930	TTTAT	2	10	104329	104338	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016930	TAATA	2	10	105243	105252	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016930	TGGAT	2	10	113769	113778	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016930	ATTCG	2	10	120175	120184	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_016930	AGCTA	2	10	123157	123166	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_016930	TTAAA	2	10	125333	125342	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016930	TATTT	2	10	127646	127655	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016930	CGCTC	2	10	129614	129623	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
35	NC_016930	GCAGA	2	10	149548	149557	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_016930	AAAGA	2	10	152599	152608	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016930	AAATC	2	10	179126	179135	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_016930	TTTAA	2	10	179194	179203	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016930	TATTT	2	10	179232	179241	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016930	GAGAG	2	10	179411	179420	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016930	AAGAG	2	10	192388	192397	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016930	TTTAT	2	10	204139	204148	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016930	AATTA	2	10	208231	208240	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016930	TAAAT	2	10	208248	208257	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016930	TAAAA	2	10	208283	208292	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016930	GTTTT	2	10	208827	208836	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016930	ATTAT	2	10	210405	210414	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016930	ATTTA	2	10	212892	212901	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016930	AAATT	2	10	214453	214462	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016930	TTTCT	2	10	214468	214477	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_016930	GTCAA	2	10	216934	216943	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_016930	AATTA	2	10	217024	217033	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016930	TAATA	2	10	223422	223431	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016930	ATTTA	2	10	225008	225017	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016930	TAAAT	2	10	225077	225086	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016930	TATAT	2	10	226447	226456	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016930	ATTGT	2	10	231880	231889	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016930	TTTGA	2	10	246373	246382	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016930	TTTAT	2	10	248064	248073	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016930	TTAAT	2	10	249558	249567	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016930	GACAA	2	10	253728	253737	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_016930	GTATT	2	10	256604	256613	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016930	CCCAA	2	10	258261	258270	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
64	NC_016930	ATTAG	2	10	261886	261895	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016930	AGGAT	2	10	262855	262864	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016930	AAGGA	2	10	263076	263085	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016930	AAAAC	2	10	273596	273605	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_016930	CGAAG	2	10	285373	285382	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_016930	TAATA	2	10	286359	286368	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016930	ATCCC	2	10	286433	286442	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
71	NC_016930	TGCAA	2	10	286518	286527	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_016930	TAATA	2	10	290061	290070	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016930	TCAAA	2	10	290982	290991	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_016930	TAATT	2	10	293123	293132	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016930	GATAT	2	10	303654	303663	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016930	TATGA	2	10	304181	304190	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016930	CCTAA	2	10	305993	306002	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_016930	AAAGA	2	10	306954	306963	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016930	ATTTT	2	10	308559	308568	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016930	TAAAA	2	10	308607	308616	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016930	GTTAA	2	10	322105	322114	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016930	GATTT	2	10	322332	322341	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016930	AAAAT	2	10	322359	322368	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016930	AGCAT	2	10	322388	322397	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_016930	TTTAA	2	10	326214	326223	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016930	TTAAA	2	10	327016	327025	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016930	TTTAT	2	10	329021	329030	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016930	TTTAT	2	10	336505	336514	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016930	AAATG	2	10	349538	349547	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016930	AGGAA	2	10	355899	355908	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016930	AATGA	2	10	356114	356123	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016930	ATAAA	2	10	357177	357186	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016930	CAACA	2	10	363625	363634	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_016930	TTACT	2	10	364754	364763	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_016930	GTTTG	2	10	372667	372676	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016930	GGATA	2	10	373223	373232	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016930	TGAGT	2	10	375069	375078	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016930	ATAAA	2	10	375286	375295	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016930	AATTT	2	10	397396	397405	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016930	TAATT	2	10	411983	411992	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016930	TTATG	2	10	416167	416176	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016930	ATATA	2	10	417521	417530	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016930	TGTAT	2	10	418573	418582	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016930	ATTAA	2	10	420700	420709	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016930	AATAA	2	10	423932	423941	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016930	CGCTC	2	10	431619	431628	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
107	NC_016930	TAAGA	2	10	433659	433668	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016930	AAGCT	2	10	434246	434255	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_016930	GATTT	2	10	434861	434870	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016930	TATGC	2	10	435049	435058	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_016930	CGCTC	2	10	439403	439412	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
112	NC_016930	CGCTC	2	10	439849	439858	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
113	NC_016930	ATTTA	2	10	441112	441121	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016930	TGATA	2	10	449042	449051	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016930	GAATA	2	10	464255	464264	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016930	ATATA	2	10	465394	465403	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016930	TGCAA	2	10	465476	465485	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_016930	TATAT	2	10	470230	470239	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016930	TTAAT	2	10	477743	477752	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016930	ATATT	2	10	479685	479694	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016930	TTTTA	2	10	479829	479838	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016930	TTAAT	2	10	488536	488545	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016930	AATTA	2	10	494221	494230	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016930	CTTTA	2	10	494409	494418	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_016930	TCGCT	2	10	501219	501228	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_016930	TAAAA	2	10	501243	501252	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016930	ATTAA	2	10	506558	506567	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016930	AATTA	2	10	509631	509640	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016930	TTTCA	2	10	510339	510348	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_016930	ATGTT	2	10	515308	515317	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016930	TTAAT	2	10	524803	524812	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016930	ATTTA	2	10	533656	533665	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016930	ATTTT	2	10	535091	535100	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016930	ATTAA	2	10	537866	537875	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016930	ATGTC	2	10	542503	542512	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_016930	TTTAG	2	10	551243	551252	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016930	GTAAT	2	10	551425	551434	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016930	CGTAG	2	10	553984	553993	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_016930	CGCTC	2	10	554415	554424	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
140	NC_016930	TGATA	2	10	559515	559524	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016930	TCTGC	2	10	564955	564964	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_016930	ATTTA	2	10	565235	565244	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016930	GCAAG	2	10	565377	565386	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_016930	GCTCC	2	10	578580	578589	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
145	NC_016930	TAATT	2	10	579442	579451	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016930	TTTAA	2	10	584266	584275	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016930	TTTTA	2	10	588924	588933	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016930	ATGTT	2	10	590562	590571	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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282	NC_016930	TAGCA	2	10	1012969	1012978	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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288	NC_016930	CACTA	2	10	1032715	1032724	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
289	NC_016930	TTCTT	2	10	1040504	1040513	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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292	NC_016930	TTTAT	2	10	1053447	1053456	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_016930	ATACT	2	10	1053549	1053558	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
294	NC_016930	AAAAT	2	10	1054001	1054010	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_016930	TAAAG	2	10	1066500	1066509	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
296	NC_016930	TGACC	2	10	1085292	1085301	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
297	NC_016930	TAATA	2	10	1086301	1086310	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_016930	ATTTA	2	10	1088462	1088471	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_016930	TAATT	2	10	1103857	1103866	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_016930	ACTAA	2	10	1117837	1117846	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
301	NC_016930	AAATT	2	10	1153418	1153427	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_016930	AATAT	2	10	1169453	1169462	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_016930	GAATT	2	10	1169573	1169582	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
304	NC_016930	TAAAA	2	10	1171313	1171322	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_016930	CTTTA	2	10	1180182	1180191	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
306	NC_016930	ACTAC	2	10	1182273	1182282	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
307	NC_016930	TTTTG	2	10	1183187	1183196	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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309	NC_016930	TGTAA	2	10	1186719	1186728	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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311	NC_016930	TAAAT	2	10	1192219	1192228	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
312	NC_016930	ATATT	2	10	1211145	1211154	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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321	NC_016930	TATAA	2	10	1244365	1244374	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
322	NC_016930	TTATT	2	10	1244456	1244465	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
323	NC_016930	GGAGC	2	10	1264470	1264479	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
324	NC_016930	AATTT	2	10	1271395	1271404	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
325	NC_016930	GTAAT	2	10	1272311	1272320	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
326	NC_016930	AGAGA	2	10	1276323	1276332	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
327	NC_016930	ATTTA	2	10	1280057	1280066	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.