MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hino chromosome

Total Repeats: 131

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016914	AAAGAC	2	12	10780	10791	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_016914	AGAACA	2	12	18062	18073	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_016914	CAAATA	2	12	26972	26983	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_016914	TAAAGT	2	12	27135	27146	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016914	TTTAGG	2	12	28513	28524	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016914	AAGAAA	2	12	38644	38655	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016914	ATCTTT	2	12	41060	41071	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_016914	AGTATT	2	12	51527	51538	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016914	AACACC	2	12	57238	57249	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_016914	ATATAA	2	12	86768	86779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016914	AAGGAC	2	12	87785	87796	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016914	TTTTAA	2	12	92551	92562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016914	TAAAAA	2	12	95283	95294	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016914	CTCAAT	2	12	122193	122204	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_016914	TTTTAA	2	12	170023	170034	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016914	AATTTA	2	12	173776	173787	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016914	TATTTA	2	12	210532	210543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016914	CACTAC	2	12	229029	229040	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_016914	TCTGTC	2	12	233382	233393	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_016914	TATTTT	2	12	255813	255824	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016914	TAATTA	2	12	256738	256749	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016914	CTTTAA	2	12	264227	264238	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_016914	AAATAA	2	12	264373	264384	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016914	AAAATG	2	12	264439	264450	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016914	GCACCG	2	12	265701	265712	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_016914	ATGACG	2	12	273160	273171	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_016914	ATTGCA	2	12	277201	277212	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_016914	ATTAAA	2	12	283892	283903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016914	TAAAAT	2	12	286012	286023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016914	CCTGAA	2	12	287639	287650	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_016914	TATTGT	2	12	296502	296513	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016914	ATCTTT	2	12	308415	308426	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_016914	AATATT	2	12	344866	344877	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016914	GCTATA	2	12	368319	368330	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_016914	ATTTAT	2	12	372931	372942	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016914	AAGATA	2	12	374213	374224	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016914	CAGTTT	2	12	375686	375697	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_016914	TTTTAC	2	12	376753	376764	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_016914	ATATAA	2	12	379335	379346	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016914	TATTGT	2	12	388868	388879	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016914	TAAAAT	2	12	390535	390546	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016914	AAATTA	2	12	390558	390569	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016914	GAACAT	2	12	400160	400171	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_016914	TCTTGT	2	12	422112	422123	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_016914	TGTAGG	2	12	467894	467905	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016914	AATATC	2	12	486910	486921	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_016914	TTGGCG	2	12	495831	495842	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_016914	AAATTT	2	12	495880	495891	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016914	ATACCG	2	12	520232	520243	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_016914	TCATTG	2	12	531344	531355	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_016914	TACTAG	2	12	534320	534331	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_016914	AATTTA	2	12	547825	547836	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016914	TAGTTT	2	12	551193	551204	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016914	TATTAA	2	12	554621	554632	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016914	ATTTTA	3	18	555419	555436	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016914	ATATTA	2	12	563869	563880	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016914	CTATAT	2	12	565080	565091	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_016914	CATATT	2	12	565611	565622	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_016914	TGCTTG	2	12	565738	565749	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_016914	TATCAA	2	12	566041	566052	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_016914	CAAAAA	2	12	571662	571673	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_016914	AATATA	2	12	585756	585767	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016914	GCTTGT	2	12	599774	599785	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_016914	ACAAAA	2	12	608359	608370	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_016914	TATTAA	2	12	620829	620840	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016914	TGCTAA	2	12	622802	622813	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_016914	AATTAT	2	12	662061	662072	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016914	TGCTTC	2	12	673504	673515	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_016914	TAAAAC	2	12	674429	674440	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_016914	ATATAA	2	12	675788	675799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016914	ATACCG	2	12	714581	714592	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_016914	AAGATA	2	12	732400	732411	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016914	TTATCC	2	12	742306	742317	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_016914	TATATT	2	12	749556	749567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016914	TTTTAT	2	12	754407	754418	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016914	ATATTT	2	12	756019	756030	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016914	CTACTC	2	12	766414	766425	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_016914	TATTTT	2	12	771909	771920	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016914	ATTTTT	2	12	791383	791394	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016914	ATAATT	2	12	793732	793743	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016914	AAATTT	2	12	794326	794337	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016914	ATAAAC	2	12	795129	795140	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_016914	TAAACA	2	12	796181	796192	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_016914	ATCGTC	2	12	804300	804311	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_016914	TATTTT	2	12	812538	812549	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016914	GCGGAA	2	12	819353	819364	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_016914	TATTTT	2	12	843444	843455	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016914	TTAATA	2	12	850407	850418	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016914	CTAAAC	2	12	853825	853836	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_016914	ATTTAA	2	12	859540	859551	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016914	GATATA	2	12	868638	868649	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016914	TGACTA	2	12	878460	878471	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_016914	ATTACT	2	12	918461	918472	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_016914	TAGCAC	2	12	924186	924197	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_016914	AAATAC	2	12	926346	926357	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_016914	ACTTCC	2	12	927955	927966	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_016914	CTATAA	2	12	928738	928749	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_016914	TTTATC	2	12	950104	950115	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_016914	ACAAAA	2	12	955574	955585	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_016914	TAATTT	2	12	967204	967215	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016914	TGCTCT	2	12	968603	968614	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_016914	GCCATG	2	12	975896	975907	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_016914	ATATCC	2	12	984225	984236	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_016914	ATTAGG	2	12	989509	989520	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016914	AATTAT	2	12	992179	992190	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016914	AATATC	2	12	993068	993079	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_016914	CATTGT	2	12	993907	993918	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_016914	AATATG	2	12	998827	998838	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016914	AATTTA	2	12	1013209	1013220	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016914	GTTTTT	2	12	1030911	1030922	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016914	TTAATA	2	12	1032483	1032494	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016914	CAAGAA	2	12	1032585	1032596	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_016914	AACAAT	2	12	1036100	1036111	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_016914	TACACC	2	12	1036269	1036280	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_016914	CTTTAT	2	12	1036364	1036375	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_016914	TTAAAT	2	12	1044991	1045002	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016914	TTATAT	2	12	1045199	1045210	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016914	TACTAG	2	12	1045687	1045698	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_016914	TTAGTT	2	12	1046868	1046879	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016914	TAGTGA	2	12	1047640	1047651	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016914	CTTTTA	2	12	1071153	1071164	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_016914	AGCTTA	2	12	1083308	1083319	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_016914	AGTTTA	2	12	1083411	1083422	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016914	ATGCAT	2	12	1085077	1085088	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_016914	ATAATG	2	12	1151094	1151105	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016914	TGTTCC	2	12	1167368	1167379	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_016914	TCATTT	2	12	1198309	1198320	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_016914	CCTAAT	2	12	1211494	1211505	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_016914	TCATTG	2	12	1212936	1212947	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_016914	TTTATC	2	12	1246772	1246783	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_016914	AAAAGA	2	12	1262340	1262351	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.